Winmostar 計算メニュー

MOPAC Setup

MOPACの計算を実行するためのデータファイルに記述されるキーワードのリストのデフォルトを設定します。
各項目を選択して指定し、[Set]ボタンをクリックします。

Hamiltonian 使用するハミルトニアンを指定します。
 AM1   MOPAC 6, MOPAC 7, MOPAC 93, MOPAC 97, MOPAC 2000, MOPAC 2002, MOPAC 2006, MOPAC 2007
 PM3   MOPAC 6, MOPAC 7, MOPAC 93, MOPAC 97, MOPAC 2000, MOPAC 2002, MOPAC 2006, MOPAC 2007
 RM1   MOPAC 2007
 AM1 EXTERNAL=RM1.rm1   MOPAC 7.1, MOPAC 93, MOPAC 97, MOPAC 2000, MOPAC 2002, MOPAC 2006, MOPAC 2007
 PM5   MOPAC 2002, MOPAC 2006
 PM6   MOPAC 2007
 MINDO/3   MOPAC 6, MOPAC 7, MOPAC 93, MOPAC 97, MOPAC 2000, MOPAC 2002, MOPAC 2006
 MNDO   MOPAC 6, MOPAC 7, MOPAC 93, MOPAC 97, MOPAC 2000, MOPAC 2002, MOPAC 2006, MOPAC 2007
 MNDO-d   MOPAC 97, MOPAC 2000, MOPAC 2002, MOPAC 2006, MOPAC 2007
Method 計算方法を指定します。
 EF   EF (Eigen Vector Following)法による構造最適化計算を行います。
 TS   遷移状態を求めます。
 FORCE   振動解析を行います。
 1SCF   1回だけSCF計算を行います。(構造最適化を行いません。)
 IRC   固有反応座標計算を行います。エネルギーは保存されません。
 IRC=1   1番目の基準振動の逆方向を指定して固有反応座標計算を行います。
 IRC=-1   1番目の基準振動の正方向を指定して固有反応座標計算を行います。
CHARGE 電荷の値を指定します。
Multiplicity 多重度を指定します。
MM MMOK: CONH結合に分子力学補正を加えます。 NOMM: CONH結合に分子力学補正を加えません。
GNORM エネルギー勾配ノルムの閾値を指定します。
LARGE 指定したサイクルごとに情報を出力します。
GRAPH 分子軌道をグラフィックス表示するためのファイルを作成します。
EXTERNAL ディスク上のパラメータ・ファイルを読み込みます。
PRECISE 収束判定条件を 100 倍厳しくします。
NOINTER 原子間距離を出力しません。
XYZ XYZ座標系を用いて計算を行います。
VECTORS 最終固有ベクトル(波動関数)を出力します。
BONDS 最終の結合次数行列を出力します。
POLAR 分極率と超分極率を計算します。
ENPART エネルギーを1中心および2中心項に分解するエネルギー分割を指定します。
ESP 静電ポテンシャルを計算します。
Others その他のキーワードを記入します。

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分子軌道表示 (Mopac MO Plot)

MOAPCによる計算結果にもとづいて分子軌道を図示します。

Mesh 分子軌道の等値面を格子で表現します。
Contour Map 分子軌道の等値面をソリッドモデルで表現します。 
透明 透明度を指定します。(0: 不透明、1: 透明)
Number of MO 表示する分子軌道の番号を指定します。 (HOMOとLUMOの番号が上部に表示されています。)
Iso. Level 描く確率電子密度の等値面の値を指定します。 (1/A^3)
Scale 描く範囲を指定するスケール・ファクター (デフォールト 1.5)
3D 3D Viewerを利用して表示します。
2D 分子表示ウィンドウ内で格子で表現します。
VRML VRMLで表示します。(VRMLビューワがインストールされている必要があります)
Quit このウィンドウを閉じます。
   
 ※ 3D表示の際のメニューについては、3D Viewer を参照してください。
 ※ 3D表示の際のPreferenceについては、3D - Preferenceを参照してください。

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MOPAC Import Arc

MOPACによるMinimum Energy Path(Reaction Coordinate)計算の結果を読み込んで、アニメーションを表示します。

Animation  
スライダー フレームを移動します。
Slow - Fast 速度を設定します。
3D anime  
Jpeg アニメーションを実行する際に一連のJPEGファイルを書き出します。
autorew 最後のフレームの次は最初のフレームに戻ってアニメーションを繰り返すモードに設定します。
3D 3D Viewerを起動して表示し、アニメーションの設定ウィンドウを表示します。
Excel CSVファイルを出力し、Excelを起動して読み込みます。
>| ( | アニメーションの実行 (停止)
Quit Animation ウィンドウを閉じます。

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MOPAC Import IRC Out

MOPACによるIRC計算結果を読み込んで、アニメーションを表示します。

IRC out  
スライダー フレームを移動します。
Slow - Fast 速度を設定します。
3D anime 3D Viewerを起動して表示します。
Jpeg アニメーションを実行する際に一連のJPEGファイルを書き出します。
autorew 最後のフレームの次は最初のフレームに戻ってアニメーションを繰り返すモードに設定します。
3D 3D Viewerを起動して表示し、アニメーションの設定ウィンドウを表示します。
Excel CSVファイルを出力し、Excelを起動して読み込みます。
>| ( | アニメーションの実行 (停止)
Quit Animation ウィンドウを閉じます。

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MOPAC Import Force

MOPACによるForce計算結果を読み込んで、振動スペクトルを表示します。

IR Spectrum  
Quit IR Spectrum ウィンドウを閉じます。
Displ.F  
Excel CSVファイルを出力し、Excelを起動して読み込みます。
Y-Level 縦軸の縮尺を変更します。
単位 1/cm、eV、nmから単位を選択します。(1/cm以外は無効)
Anim. 選択された振動数(ピーク)に相当する振動のアニメーション表示を行います。
Vector 選択された振動数(ピーク)に相当する振動のベクトル表示を行います。
Scal.F. 系統的誤差を補正するためのスケーリング・ファクターを選択します。
Width 半値幅を設定します。
X-min 波数(波長)軸の表示する範囲を指定します。
X-max 波数(波長)軸の表示する範囲を指定します。
X-rev 波数(波長)軸を反転して表示します。
IR IRスペクトルを表示します。
Rev. 上下を反転して表示します。(吸収スペクトル)

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GAMESS Setup

GAMESSによる計算を実行するためのデータファイルに記述されるキーワードのリストのデフォルトを設定します。
各項目を選択して指定し、[Set]ボタンをクリックします。

$CONTRL  
 ICHARG   電荷を指定します。
 MULT   多重度を指定します。
 SCFTYP   SCF計算方法を指定します。
 RUNTYP   計算目的を選択します。
 COORD   分子構造データの形式を指定します。
 MAXIT   SCF計算の反復回数の上限を指定します。
 NZVAR   内部座標の数を指定します。
 EXETYP   実際に計算を行うかどうかの指定で、入力をチェックするときはCHECKを指定します。
 NOSYM   計算の際に対称性を利用するかどうかを指定します。
 NPRINT   出力の詳細度を指定します。
 LOCAL   軌道の局在化の方法を指定します。(デフォルト 0 = しない)
 DFTTYP   密度汎関数法の基底関数系を指定します。
 TDDFT   時間依存(time-dependent)DFT法を用いて励起状態のエネルギー計算を行うかどうかを指定します
 Others   その他のキーワードを記入します。
$ZMAT DLC=.T. AUTO=.T. $END NZVAR=3N-6  
&SYSTEM  
 TIMLIM   計算の制限時間 (デフォルト 600分)
 MWORDS   メモリー使用量 (デフォルト 1MW)
 Others   その他のキーワードを記入します。
$GUESS  
 GUESS   初期波動関数の求め方を指定します。
 Others   その他のキーワードを記入します。
$STATPT  
 NSTEP   構造最適化のステップ数の上限を指定します。(デフォルト 20)
 OPTTOL   エネルギー勾配の閾値を指定します。(デフォルト 0.0001 Hartree/Bohr)
 METHOD   構造最適化のアルゴリズムを指定します。
 HESS   Hessian 行列の求め方を指定します。
 Others   その他のキーワードを記入します。
$SCF  
 DIRSCF   ダイレクトSCF計算法を使用するかどうかを指定します。
 DAMP   Fock 行列の作成にDavidson damping.を利用します。
 CONV   SCF収束判定の際の密度変化の閾値を指定します。(デフォルト 1.0d-05)
 Others   その他のキーワードを記入します。
$BASIS  
 Basis Set   基底関数系を選択します。
 GBASIS   基底関数系の基本セットを選択します。
 NGAUSS   Gaussian関数の数を指定します。
 EXTFIL   外部ファイルから基底関数を読み込みます。
 NDFUNC   d-分極関数をいくつ加えるかを指定します。
 NFFUNC   f-分極関数をいくつ加えるかを指定します。
 NPFUNC   p-分極関数をいくつ加えるかを指定します。
 DIFFSP   sp-diffuse関数を加えるかどうかを指定します。
 DIFFS   s-diffuse関数を加えるかどうかを指定します。
 Others   その他のキーワードを記入します。

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Gaussian Setup

Gaussianによる計算を実行するためのデータファイルに記述されるキーワードのリストのデフォルトを設定します。
各項目を選択して指定し、[Set]ボタンをクリックします。

Link0  
 #nproc=n   プロセッサ数を指定します。
 #Chk=file   チェックポイントファイルを指定します。
 #Mem=n   動的メモリ量をワード単位で指定します。KB, MB, GB, KW, MB, GWの単位を指定することもできます。(デフォルト:6MW)
Comment コメントを記述します。
# ルートセクションの始まりを指定します。
 #N   標準レベルで出力を行います。(デフォルト)
 #P   詳細な出力を行います。各リンクの開始時と終了時における実行時間などや,SCFの収束に関する情報が出力されます。
 #T   重要な情報と結果のみを出力する簡潔な出力を指定します。
Hamiltonian 使用するハミルトニアンを指定します。
 hf   Hartree-Fock計算を行います。明示的に指定されない限り,一重項にはRHFを,それより高次の多重度ではUHFを用います。
 rhf   Restricted Hartree-Fock計算を行います。
 uhf   Unrestricted Hartree-Fock計算を行います。
 am1   AM1ハミルトニアン を用いた半経験的計算を行います。
 pm3   PM3ハミルトニアン を用いた半経験的計算を行います。
 pm3mm   HCON結合に関する分子力学補正が含まれたPM3ハミルトニアン を用いた半経験的計算を行います。
 b3lyp   Becke3汎関数にLYP非局所相関汎関数を組み合わせた密度汎関数法計算を行います。
 ub3lyp   
 mp2   Hartree-Fock計算の後に2次までのMoller-Plesset相関エネルギー補正を行います。
 ump2   
 mp4   Hartree-Fock計算の後に4次までのMoller-Plesset相関エネルギー補正を行います。
 ump4   
 cis   一電子励起CIを用いて励起状態を計算します。
 cisd   二電子励起CIを用いて励起状態を計算します。(CIDと同義)
 indo   INDOハミルトニアンを用いた半経験的計算を行います。
 cndo   CNDOハミルトニアンを用いた半経験的計算を行います。
 gvb   GVB(General Valence Bond; 一般化原子価結合)計算を行います。
 oniom   ONIOM計算を行います。
Basis 基底関数セットを指定します。
Pop 分子軌道の出力や電子密度解析及び原子の電荷分布などを制御します。
 none  分子軌道を出力せず,電子密度解析も行いません。
 minimal  原子の電荷と軌道エネルギーを出力します。
 regular  占有軌道と仮想軌道を5つずつ出力します。密度行列とMulliken電子密度解析も出力します。
 full  すべての占有軌道と仮想軌道を出力します。密度行列とMulliken電子密度解析も出力します。
Calc. Type EF (Eigen Vector Following)法による構造最適化計算を行います。
 opt   構造最適化を実行します。
 opt=z-matrix   内部座標で構造最適化を行います。
 opt=modredundant    redundant内部座標の定義(探索や束縛情報を含む)を追加・削除・修正ます。構造指定の後に入力セクションが必要です。
 opt=(ts,noeigentest,calcfc)   遷移状態に対する最適化を行います。曲率のテストを行いません。初回に力の定数を計算します
 irc   反応経路を追跡します
 irc=(maxpoint=20,stepsize=20t,calcfc)   反応経路を追跡します。経路上の点の個数とステップサイズを指定します。初回に力の定数を計算します
MaxCyc=n 最適化ステップの最大数をnにします。
Charge 電荷の値を指定します。
Multi. 多重度を指定します。
Freq  
 freq   力の定数と振動数の計算を行います。
 freq=raman   IR強度に加えてラマン強度も計算します。
 freq=vcd   通常の振動数解析に加えて振動円二色性(VCD)強度を計算します
 freq=noraman   Hartree-Fock解析的振動数計算でラマン強度を求めません。
 freq=nraman   電場に関する解析的双極子導関数を数値的に微分することによって分極率導関数を求めます。
 freq=nnraman   核座標に関する解析的分極率を数値微分して分極率導関数を求めます。
Td  
 td   時間依存(time-dependent)Hartree-FockまたはDFT法を用いて励起状態のエネルギー計算を行います
 td=(nstates=n)   n個の状態に対して時間依存計算法を用いて励起状態のエネルギーを求めます。(デフォルト 3)
gfinput 基底関数系を入力フォーマットと同様な形式で出力します。
gfprint 基底関数系を表形式で出力します。
nosym 座標の再配向を行わず,Z-matrix 配向ですべての計算を実行します。
guess=read チェックポイントファイルから初期波動関数を読み込みます
geom=check 分子指定セクションをチェックポイントファイルから取り出します。
Others その他のキーワードを記入します。

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Gaussian Import

Animation

Gaussianによる計算結果にもとづいてアニメーションを図示します。

Animation  
スライダー フレームを移動します。
Slow - Fast 速度を設定します。
3D anime  
Jpeg 一連のJPEGファイルを書き出します。
autorew 最後のフレームの次は最初のフレームに戻ってアニメーションを繰り返すモードに設定します。
3D 3D Viewerを起動して表示し、アニメーションの設定ウィンドウを表示します。
Excel CSVファイルを出力し、Excelを起動して読み込みます。
>| ( | アニメーションの実行 (停止)
Quit Animation ウィンドウを閉じます。

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分子軌道表示 (Gaussian MO Plot)

Gaussianによる計算結果にもとづいて分子軌道を図示します。

Mesh 分子軌道の等値面を格子で表現します。
Contour Map 分子軌道の等値面をソリッドモデルで表現します。 
透明 透明度を指定します。(0: 不透明、1: 透明)
Number of MO 表示する分子軌道の番号を指定します。 (HOMOとLUMOの番号が上部に表示されています。)
Iso. Level 描く確率電子密度の等値面の値を指定します。 (1/A^3)
Scale 描く範囲を指定するスケール・ファクター (デフォールト 1.5)
3D 3D Viewerを利用して表示します。
2D 分子表示ウィンドウ内で格子で表現します。
VRML VRMLで表示します。(VRMLビューワがインストールされている必要があります)
Quit このウィンドウを閉じます。
   
 ※ 3D表示の際のメニューについては、3D Viewer を参照してください。
 ※ 3D表示の際のPreferenceについては、3D - Preferenceを参照してください。

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振動スペクトルの表示 (IR/Raman/VCD Spectrum)

Gaussianによる計算結果にもとづいて振動スペクトルを図示します。

IR/Raman Spectrum  
Quit IR/Raman Spectrum ウィンドウを閉じます。
Displ.F  
Excel CSVファイルを出力し、Excelを起動して読み込みます。
Y-Level 縦軸の縮尺を変更します。
単位 1/cm、eV、nmから単位を選択します。(1/cm以外は無効)
Raman Raman Activity / Depolar (P) / Depolar (U) を選択します。
Anim. 選択された振動数(ピーク)に相当する振動のアニメーション表示を行います。
Vector 選択された振動数(ピーク)に相当する振動のベクトル表示を行います。
Scal.F. 系統的誤差を補正するためのスケーリング・ファクターを適用します。
Width 半値幅を設定します。
X-min 波数(波長)軸の表示する範囲を指定します。
X-max 波数(波長)軸の表示する範囲を指定します。
X-rev 波数(波長)軸を反転して表示します。
IR IRスペクトルを表示します。
Rev. 上下を反転して表示します。(吸収スペクトル)

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CNDO/S パラメータ

CNDO/S法による計算を実行するためのデータファイルを設定します。

タイトル 化合物名などを記入します。
計算方法等  
 CNDO (INDO)  計算方法を指定します。 
 sp (spd)  基底関数を指定します。 
 BONDS  結合次数の出力を指定します。
 NOINTER  原子間距離を出力しない
 SINGLET (TRIPLET)  一重項(または三重項)励起状態の計算を指定します。 
 SHORT  出力の簡略化を指定します。 
 OUTMO  MOLMOL2用のファィルを出力します。 
近似式  
 反発積分式  1: Pariser 2: 大野 3: 西本−又賀 4: 理論式
 核間反発エネルギー式  1: Za * Zb / 1  2: Za * Zb * γab
 p電子に対するΚ   0.585
 d電子に対するΚ   0.3
CIの指定等  
 原子数  
 電荷  
 CI の個数  励起状態の計算に含める状態の数を指定します。 (上限 500)
 結合次数を出力する励起状態の数  
原子種、座標  Winmostarが自動的に生成します。

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UV-VIS スペクトル表示

MOSF - UV-VIS スペクトル

CNDO/SまたはMOSFによる計算結果にもとづいて紫外・可視スペクトルの吸収位置、強度の理論値を図示します。

File  
 Open  CNDO/SまたはMOSFによる出力ファイルを読み込みます。 
 Exit  ウィンドウを閉じます。
Quit  ウィンドウを閉じます。
Xmax  表示する波長の上限 (nm)
Xmin  表示する波長の下限 (nm)
Ymax  縦軸(振動子強度)の上限
Peaks  指定した数のピークについて波長と振動子強度の値を図の中に記入します。(長波長側から)
Clipboard  スペクトルの図をクリップボードに取り込みます。
   
※ Xmax、Xmin、Ymax、Peaksの指定は、 ウィンドウサイズを変更した際に反映されます。

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