> ●クリーンできない分子は
> H-H、H-F、N≡N、C≡Oの4つの2原子分子です。
2原子分子はクリーンできませんが、クリーンする必要はありません。
そのまま計算してください。
> ●エタンやスチレンでは*.gpt、*.mgfファイルができましたが、
> 上の4つの分子ではできないようです。
outを見るとわかりますが、計算が終了していないとできません。
EIGENVECTOR FOLLOWING IS NOT RECOMMENDED WHEN
MORE THAN 3N-6 COORDINATES ARE TO BE OPTIMIZED
TO CONTINUE, SPECIFY 'GEO-OK'
と出力されていたら、MOPACキーワードのSetupで、GEO-OK
にチェックしてください。
ttp://winmostar.com/manual.html
マニュアルの放送大学資料にH2の計算例があります。
> ●結合距離を最適化してから保存するには
> クリーンが使えないといけないんですよね…?
よほどおかしな構造でなければクリーンする必要はありません。
クリーンしない方がいい場合もあります。
MOPAC等の分子軌道法のデータでは、*.datを見ればわかりますが、
結合情報はありません。分子軌道法では、原子の座標位置だけから
計算するからです。
他の目的で、結合情報を保存する必要がある場合は、Mol形式
ファイル等で、結合次数を含んだ結合情報を保存できます。