素早い回答ありがとうございました。
確かにStewart に確認するのが一番ですね。
下記のエラーメッセージの通り、原因は明らかなのですが、
MOPAC2009 がバイナリー配布のため、
サイズチェックの値を変更できないのが問題でした。
The system is too large for 'GRAPH' to be used.
そこで(本筋は外れますが)Winmostar にてMO係数のみで
(つまりmgfファイルなしでoutファイルのみで)
MO表示が可能かどうかを確認したく思った次第でした。
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