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１、はじめに Winmostarは、分子のモデリングから分子軌道計算、計算結果の表示までをWindows上で実現するソフトウェアです。 最大原子数：分子のモデリングについては、たぶん99,999原子（100,000原子まで確認済）。 |
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２、インストール/アンインストール ２−１ インストール ダウンロードした exeファイルを実行すると解凍されます。c:\winmos3がデフォルトのフォルダになります。 [スタート]メニューとデスクトップに Winmostar アイコンが自動的に追加されます。 V2.0以降はDelphi版になり、レジストリへの書込みは行わなくなりました。VB版のようなランタイムは不要ですので、 インストールされたフォルダを他のPCにコピーしても実行できるようになります。実行ファイルはWINMOSTAR.EXEです。 HDDにインストールしなくても、MOやUSBメモリーから実行することも可能です。 大学等での講習会のための再配布は禁止しませんが、利用者数が把握できないのが悩みです。講習会を実施する場合は、 出来ればメールで連絡していただくと助かります。フリーソフトとして配布を続けるには、ユーザーの声が一番励みになります。 ２−２ バージョンアップ |
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３、使用方法 ３−１ 概要 WinmostarはZ-Matrix（内部座標）をベースにしていますが、Z-Matrixの知識がなくても分子のモデリングが出来るように設計されています。 画面上で原子や原子グループを移動・回転した結果は自動的にZ-Matrixに変換されます。変換の際には、元の結合関係が変わらないように 配慮されています。Z-Matrixの知識があればZ-matrixを直接操作することも可能です。 他の方法で作成したMOPAC形式のZ-Matrix座標だけでなく、PDB形式等のXYZ座標（カーテシアン座標）を読み込むこともできます。 XYZ座標を読み込んだ場合は自動的にZ-Matrixに変換されます。作成した分子の座標をいろいろな形式で保存することもできます。 分子軌道表示は、GRAPHFキーワードを用いて作成したmgfファイルを使用します。 ３−２ 起動方法 デスクトップのショートカット、または［スタート］→「（すべての）プログラム」→「Winmostar」で起動します。 コマンドプロンプトから起動オプションをつけて起動することもできます。起動オプションに入力ファイル名と実行プログラムを指定できます。 実行プログラムには、以下があります。 -mopac1,-mopac2,-mopac3：MOPACの実行 -molsv1,-molsv2,-molsv3：分子表面積・体積 -aspect：アスペクト比 例）"C:\winmos3\winmostar.exe" "C:\winmos3\dbt.dat" -mopac1 実行プログラムを指定した時は実行後にWinmostarを終了しますので、DOSのBATファイルに書いて、MOPAC等を連続的に実行することができます。 WMJOBS.BATに使用例があります。 GaussianとGAMESSの連続実行は、この方法ではなく［その他］/［連続実行］で行います。 ３−３ 設定ファイル atoms1.wmxが最大原子数や原子の色の設定ファイルです。最大原子数のデフォルトは２万原子になっています。 これ以上の原子数を取り扱う場合は、atoms1.wmxの一行目を修正します。大きくし過ぎるとプログラムが立ち上がらなくなることがありますので、 ご注意ください。 V3.09以降は最大原子数を自動的に拡張するようになりましたが、安定性等の点で、設定ファイルで設定する方をお勧めします。 |
| ［ファイル］ | |
| ［新規］ | 画面を初期化します。 |
| ［開く］ | ファイルから分子を読込みます。 |
| ［Import］ | 計算結果ファイルから構造や特性値を読み込みます。計算メニューにあるものと同じです。 |
| /［Mopac］ | MO(mgf, gpt) |
| /［GAMESS］ | Animation MO, Charge, Dipole Hessian,Raman |
| /［Gaussian］ | Animation Opt MO, UV, Charge, Dipole Freq Fchk（CubeGen) Cube |
| ［上書き保存］ | 編集中の分子を保存します。 |
| ［名前を付けて保存］ | ファイル名ボックスに、新しい名前を入力して保存します。 |
| ［分子の重ね合わせ］ | 分子を重ね合わせます。 |
| /［追加］ | 事前にクリックして指定した３点で決まる平面で分子を重ねます。１点目を原点に置き、２点目をＸ軸上に置き、３点目をＸＹ平面上に置きます。［追加］によって、Superimpose画面が表示された重ね表示モードになります。 ２個目の分子を読込むには、Superimpose画面の[Quit]で終了してから、同様な操作を繰り返します。 |
| 重ね表示中は分子の編集はできません。Z-shiftで重ね面をずらしたり、Circleで青丸表示することで重ね分子を確認できます。 [Del]は、青丸で表示された分子を削除します。 | |
| 重ね表示モードを終了すると、通常の一分子表示モードに戻ります。ファイルから分子を読込んだ時も一分子表示モードに戻ります。
重ねる分子を追加する時は、一分子表示モードから追加します。 重ね表示モードの[３Ｄ]ボタンで、３Ｄ表示の重ね合わせ画面が立ち上がります。 |
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| /［重ね表示］ | 一分子表示モードから重ね表示モードに変わります。 |
| ［エディタ起動］ | 表示分子の元のファイルをエディタで開きます。 |
| ［XYZ形式で保存］ | MOPAC形式の保存時にXYZ形式で保存します。 |
| ［マイプロファイル(P)］ | |
| /［Load］ | 保存してあるプロファイルをロードして適用します。 |
| /［Save］ | プロファイルを保存します。 |
| /［Default］ | デフォルトのプロファイルを適用します。 |
| ［終了］ | Winmostarを終了します。 |
| ［編集］ | |
| 分子の編集は、多くの場合、選択原子（太線の赤丸で表示）と前選択原子（細線の赤丸で表示）に対して行う操作が基本になります。選択原子は、分子表示画面上の原子をクリックするか、Z-Matrix表示画面上の行をクリックすることで変更できます。前選択原子とは一つ前の段階の選択原子です。 | |
| 例えば、原子を削除するには、まず削除したい原子をクリックして選択しておき、プルダウンメニューの編集(E)/原子削除（または[Del]ボタン）で行います。 | |
| 部分移動・回転・削除は、選択原子に結合している（前選択原子を除く）原子グループをまとめて操作します。 | |
| 原子間距離が共有結合半径の和*1.15（デフォルト値）より小さい場合に結合を表示します。二重結合等の区別はありません。部分移動・回転・削除をするために結合を変更したい場合は、［結合付加］と［結合削除］で変更できます。 | |
| 原子追加、原子移動、部分回転等の操作を途中でキャンセルするには、プルダウンメニューのチェックをはずすかEscキーを押します。 | |
| ［部品置換］は下の方法でもできますが、原子を右クリックすることでも部品ｳｨﾝﾄﾞｳの部品で置換されます。 | |
| ［原子削除］は、Shiftキー+マウス右クリックでも同様な操作になります。 | |
| ［元に戻す］ | 分子の編集操作を元に戻します。20回までできます。 |
| ［やり直し］ | 元に戻した操作をやり直します。20回までできます。 |
| ［直接編集］ | 座標データをエディタで直接編集します。 |
| ［回転方法］ | |
| /［自由回転］ | ドラッグすると画面内の軸のまわりで分子が回転します。 |
| /［X軸回転］ | 上下にドラッグするとX軸のまわりで分子が回転します。 |
| /［Y軸回転］ | 左右にドラッグするとY軸のまわりで分子が回転します。 |
| /［Z軸回転)］ | 上下または左右にドラッグするとZ軸のまわりで分子が回転します。 |
| ［原子追加］ F4 | 原子を追加します。[Add]ボタンと同じです。 |
| ［原子移動］ F5 | マウスをドラッグすることにより選択した原子を移動します。 |
| ［原子削除］ Shift+F4 | 選択した原子を削除します。[Del]ボタンと同じです。 |
| ［元素変更］ Shift+F5 | 選択した原子の元素名を変更します。[Chng]ボタンと同じです。 |
| ［水素付加］ | 水素を付加します。 |
| /［全原子］ | 全原子に水素を自動的に付加します。 |
| /［１原子］ | 選択原子に水素を自動的に付加します。 |
| /［１原子(H1)］ | 選択原子に水素を1個付加します。 |
| /［１原子(H2)］ | 選択原子に水素を2個付加します。 |
| /［１原子(H3)］ | 選択原子に水素を3個付加します。 |
| ［水素削除］ | 水素を削除します。 |
| ［部品置換］ F6 | 選択した原子を部品コンボボックスの現在の部品で置換します。。"-CHCH-"と"-CH-"は多環構造を作る為の部品で、前選択原子側に炭素原子が近づく構造になります。 [Rep]ボタンと同じです。原子を右クリックすることでも置換されます |
| ［部分回転］ | 前選択原子と選択原子を通る軸の周りで、選択原子側の原子グループを回転します。２つの選択原子の前に、さらに２つの原子を選択しておくと、回転軸周りの二面角が表示されます。 |
| ［結合角変更］ | 前選択原子を中心に結合角を変更します。選択原子側の原子グループが画面上の平面で回転するので、分子を回転してから行うと、いろいろな変形ができます。 |
| ［部分移動］ | 選択側の原子グループを移動します。 |
| ［部分削除］ | 選択側の原子グループを削除します。 |
| ［部分自由回転］ | 選択側の原子グループを自由回転します。 |
| ［部分固定・自由］ | 選択原子グループの最適化指標を変更します。 |
| ［部分部分クリーン］ | 選択原子グループだけを対象に簡易分子力場法で構造最適化を行います。 |
| ［変更］ | 水素を付加します。 |
| /［距離］ | 数値を直接入力して、指定した原子間の距離を変更します。 |
| /［角度］ | 数値を直接入力して、指定した原子間の角度を変更します。 |
| /［二面角］ | 数値を直接入力して、指定した原子間の二面角を変更します。 |
| ［結合付加］ F7 | 前選択原子と選択原子の間に結合を追加します。 |
| ［結合削除］ F8 | 前選択原子と選択原子の間の結合を削除します。 |
| ［環構築］ F9 | 選択した末端二原子間で環を作ります。多環用部品の"-CHCH-"や"-CH-"を自動的に付加します。 |
| ［番号交換］ | 選択原子と前選択原子の番号を交換します。 |
| ［原子の並び替え］ | 水素原子が後ろに来るように、原子を並び替えます。 |
| ［部品登録］ | 編集中の分子を部品として登録します。結合させる末端原子を選択しておく必要があります。 |
| ［部品削除］ | 現在の部品の登録を削除します。 |
| ［移動］ | 分子を上下左右に移動します。 |
| ［原点復帰］ | 原点を画面の中心に戻します。 |
| ［重心原点］ | 指定すると、常に重心を原点に調整します。 |
| ［初期配向］ | |
| /［配向］ | 初期配向に戻します。 |
| /［再設定］ | 現在の配向を初期配向に設定します。 |
| /［再設定（３点）］ | 事前にクリックして指定した３点で決まる平面を、初期配向に設定します。［重心原点］のチェックがない時は、１点目が原点になります。 |
| /［原点設定］ | 選択した原子を原点に設定します。［重心原点］にチェックがある時は動作しません。 |
| ［Z-Matrix］ | |
| /［原子追加(E)］ | 元素ウィンドウの原子を追加します。原子を置きたい所をクリックした後、結合関係を示す３原子をクリックします。 |
| /［ダミー原子追加］ | ダミー原子を追加します。 |
| /［２面角変更］ | Z-Matrixの２面角を変更します。 |
| /［結合関係変更］ | Z-Matrixの結合関係を変更します。 |
| /［原子移動(Z-Mat)］ | １原子を移動することで、Z-Matrixの結合関係にある原子も移動します。 |
| /［Z-Matrix再生成］ | Z-Matrixを再生成します。結合関係も再生成されます。 |
| ［クリーン］ | 簡易分子力場法で構造最適化を行います。 |
| ［その他］ | |
| /［クリーン］ | 簡易分子力場法で構造最適化を行います。 |
| /［結合再生成］ | 全原子の結合を再生成してから再描画します。 |
| /［結合関係保持］ | チェックされている場合は、分子編集時に結合関係が変わらないようにします。 |
| /［XYZ座標保持］ | チェックされている場合は、結合関係を変えてもXYZ座標位置が変わらないように結合長・結合角等が自動的に修正されます。 |
| /［座標反転］ | 座標を反転し、鏡像体に変換します。 |
| /［鏡像体生成］ | 鏡像体を生成します。 |
| ［表示］ | |
| ［最大化］ | ウィンドウを最大化します。もう一度選択すると元に戻ります。 |
| ［全表示］ | 分子表示画面のみをウィンドウ全体に広げます。もう一度選択すると元に戻ります。 |
| ［標準色］ | 配色を、Winmostar、GaussView、JMol、Rasmol、旧Winmostarモードから選択します。 |
| ［色変更］ | |
| /［原子］ | 選択している原子種の色を変更します。 |
| /［背景］ | 背景の色を変更します。 |
| /［結合］ | 結合の色を変更します。 |
| /［文字］ | 分子表示画面の文字の色を変更します。 |
| ［双極子モーメント］ | |
| /［表示］ | MOPACの計算結果から双極子モーメントを表示します。 |
| /［スケール］ | 矢印の長さのスケールを設定します。 |
| ［表示選択］ | 表示のオン・オフを設定します。 |
| /［メッシュ］ | グリッドを表示します。 |
| /［スライダー］ | ズーム・スライダーを表示します。 |
| /［番号（電荷）］ | 番号と元素名を表示します。 |
| /［全原子］ | ダミー原子等も表示します。 |
| /分子情報］ | 分子に関する情報をウィンドウ内に表示します。 |
| /［選択原子マーカー］ | 選択原子を赤丸のマークで表示します。 |
| /［座標軸］ | 座標軸を表示します。 |
| /［多重結合］ | 多重結合を表示します。 |
| /［バックボーン］ | バックボーンを表示します。 |
| ［棒球表示］ | 棒球モデルの表示形式を、Slim、Defaultから選択します。 |
| ［拡大・縮小］ | 拡大または縮小表示します。 |
| ［空間充填モデル］ | 空間充填モデルを表示します。 |
| ［遠近法］ | 遠近法を使って表示します。 |
| ［3D］ | 別ウィンドウで3D表示します。 |
| ［Jmol start］ | Jmolを表起動します。 |
| ［Download Jmol］ | Jmolのダウンロードページを表示します。 |
| ［VRML］ | VRMLで表示します。（VRMLビューワがインストールされている必要があります） |
| ［SIM VRMLｖiew］ | SIM社のVRMLビューワのダウンロードページを表示します。 |
| ［Cosmo Player］ | Cosmo Playerのダウンロードページを表示します。 |
| ［Facio］ | Facioを起動します。 |
| ［Facio Homepage］ | Facioのダウンロードページを表示します。 |
| ［Mercury］ | Mercuryを起動します。読込み中のファイルの拡張子がCIFの時はCIFファイルを読込みます。 |
| ［CCDC(Mercury)HP］ | ケンブリッジ結晶データセンターのMercuryのダウンロードページを表示します。 |
| ［ChemscapeChime］ | MDL Chimeがインストールされている場合、新しいウィンドウでMDL Chimeを起動します。 |
| ［Chimeマニュアルページ］ | MDL Chimeのマニュアルページを表示します。 |
| ［Chimeダウンロードページ］ | MDL Chimeのダウンロードページを表示します。 |
| ［光線追跡法(povray)］ | PovRayがインストールされている場合、レイトレーシング法で表示します。 |
| ［Povrayのパラメータ］ | PovRayのパラメータを指定します。 |
| ［Povrayのホームページ］ | PovRayのダウンロードページを表示します。 |
| ［画像固定］ | ウィンドウ右上の画像が切り変わらないようにします。 |
| ［クリップボードに貼り付け］ | 分子表示画面をクリップボードに貼り付けます。 |
| ［計算］ | |
| Winmostarに添付されているのはMOPAC6、MOPAC7とCNDO/Sです。他のプログラムは、それぞれのホームページからダウンロードしたり登録したりすることが必要になります。 | |
| MOPAC 2009（MOPAC 2007） | |
| GAMESS ： WinGAMESSとPC-GAMESSに対応しています。 | |
| MOLEKEL： スイスの国立高速計算センターで開発された可視化ソフトウェア | |
| MOSF V1： 現在入手不可 MOSF V4.2 : WinMOPAC 3に付属 | |
| ［MOPACキーワード］ | |
| /［Setup] | MOPACのキーワードを設定するウィンドウを表示します。 |
| /［Import] | 保存済みのMOPAC形式データから、キーワード部分をインポートします。 |
| ［(1)MOPAC6W70 start］ | 現在の分子構造・キーワードでMOPAC6入力ファイルを生成し計算を実行します。計算後は自動的に「パスの設定」−「エディター」で指定したエディタで出力ファイルが開かれます。 |
| ［(2)MOPAC7W70 start］ | MOPAC7入力ファイルを生成し計算を実行します。または、[パスの設定] − [(2)MOPACのパス]で指定したプログラムを起動します。 |
| ［(3)MOPAC2000スタート］ | MOPAC2000入力ファイルを生成、計算をさせます。(無い場合は無効になります) または、[パスの設定] − [(3)MOPACのパス]で指定したプログラムを起動します。 |
| ［エディット out］ | MOPACの標準出力ファイル(.out)を指定エディタで開きます。 |
| ［エディット arc］ | MOPACの出力要約ファイル(.arc)を指定エディタで開きます。 |
| ［分子軌道表示］ | 計算でグラフィック用出力を指定したとき(キーワードgraph)、その出力を読み込んで分子軌道を表示します。3D表示も可能です。 |
| ［Import］ | |
| /［Charge, Dipole (arc)］ | Arcファイルをを読み込んで、電荷や双極子モーメントを表示します。 |
| /［Animation (arc)］ | Arcファイルをを読み込んで、構造表示やアニメーション連表示を行います。 |
| /［IRC, STEP(out)］ | IRC計算の構造出力を読み込んで、連続表示を行います。 |
| /［Force(out)］ | 振動解析結果を読み込んで、赤外線吸収スペクトルと振動の表示を行います。 |
| ［GAMESSキーワード］ | キーワード欄をGAMESS用パラメータに差し替えます。 |
| /［Setup] | GAMESSのキーワードを設定するウィンドウを表示します。 |
| /［Import] | 保存済みのGAMESS形式データから、キーワード部分をインポートします。 |
| /［NCPUS] | 計算に使用するCPU（コア）の数を指定します。 |
| ［Start GAMESS］ | 現在の分子構造・キーワードでGAMESS入力ファイルを生成し計算を実行します。 外部基底関数ファイルを使用するには($BASIS EXTFIL=.T.)、basis.libをGAMESSのEXEファイルと同じディレクトリに置きます。WinGAMESSの場合は、runscript.cshの中でsetenv EXTBAS ../basis.libと指定します。 |
| ［Start GAMESS(2)］ | [パスの設定] − [(2)GAMESSのパス]で指定したプログラムを起動します。 |
| ［Edit out(log)］ | GAMESSの標準出力ファイル(.out)を指定エディタで開きます。 |
| ［Import］ | |
| /［Animation］ | GAMESSの標準出力ファイル(.out)を読み込んで、最適化過程の座標変化を表示します。 |
| /［MO, Charge, Dipole］ | GAMESSの標準出力ファイル(.out)を読み込んで、構造と分子軌道などを表示します。基底関数は、STO-3G,3-21G(*),6-31(+)G(*),6-31G(d,p)に限定されています。3D表示も可能です。 |
| /［Hessian,Raman］ | 振動解析結果を読み込んで、赤外・ラマン吸収スペクトル表示と振動の表示ができます。 |
| ［GAMESSのホームページ］ | |
| ［Gaussianキーワード］ | |
| /［Setup] | Gaussianのパラメータを設定するウィンドウを表示します。 |
| /［Import] | 保存済みのGaussian形式データから、パラメータ部分をインポートします。 |
| ［G03 Start］ | 現在の分子構造・キーワードでGaussian入力ファイルを生成し計算を実行します。 |
| ［Edit log(out)］ | Gaussianの出力ファイルを指定エディタで開きます。 |
| ［Import］ | |
| /［Animation］ | Gaussianの出力ファイル(.out)を読み込んで、最適化過程の座標変化を表示します。 |
| /［Opt］ | Gaussianの出力ファイル(.out)を読み込んで、最適化構造を表示します。 |
| /［MO, UV, Charge, Dipole］ | Gaussianの出力ファイル(.out)を読み込んで、構造と分子軌道などを表示します。基底関数は、STO-3G,3-21G(*),6-31(+)G(*)に限定されています。3D表示も可能です。 |
| /［Freq］ | 振動解析結果を読み込んで、赤外・ラマン吸収スペクトルの表示と振動の表示を行います。 |
| ［FormChk］ | G03WユーティリティのFormchkを起動し、.chkファイルから書式付の.fchファイルを作成し、表示します。 |
| ［Import Fchk（CubeGen)］ | G03WユーティリティのCubegenを起動し、.fchファイルを読込んでCubeファイルを作成します。 |
| ［Import Cube］ | Cube形式ファイルを読込んで表示します。3D表示も可能です。GAMESSのpunファイルの場合は、Cubeファイルに変換します。 |
| ［UNUX Server］ | rsh ,ftpによるLinux(UNIX)マシンのリモートジョブ制御を行います。Gaussian98/03の実行・制御が可能で、LSFにも対応しています。 |
| ［CNDO/S キーワード］ | |
| /［Setup］ | CNDO/S用パラメータを設定します。 |
| /［Import］ | CNDO/S形式ファイルを読み込んで、キーワード部分をインポートします。 |
| ［CNDO/Sスタート］ | CNDO/S計算を実行します。 |
| 日本コンピュータ化学会に登録されている旧JCPEの P083(CNDO/S：紫外・可視吸収スペクトル計算）（ マニュアル）です。 二つのプログラムを一つにして、Winmostarから起動できるように修正を行い、Cygwinのg77でコンパイルしてcndosw.exeを作成しました。 ソースプログラム(cndosw.f)もWinmostarのインストールディレクトリに同梱されています。 | |
| ［UV-VISｽﾍﾟｸﾄﾙ表示］ | CNDO/S計算結果から紫外・可視スペクトルと分子軌道を表示します。 |
| ［Edit CNDO/S OutFile] | CNDO/S出力ファイルをエディタで開きます。 |
| ［MOSF］ | |
| /［MOSFパラメータをセット］ | キーワード欄をMOSF用パラメータに差し替えます。 |
| /［MOSF42 start］ | MOSF計算を実行します。 |
| /［UV-VISスペクトル］ | MOSF出力から紫外・可視スペクトルを表示します。 |
| /［エディットMOSFファイル］ | MOSF出力ファイルを指定エディタで開きます。 |
| ［計算２］ | |
| ［PIO］ | |
| / with Gaussian | GaussianによるPIO (paired interacting orbitals) analysis計算 の設定と実行を行います。 |
| / with GAMESS | GAMESSによるPIO (paired interacting orbitals) analysis計算 の設定と実行を行います。 |
| ［その他］ | |
| ［分子表面積・体積］ | 分子の体積や表面積を計算します。この計算は函館高専の長尾先生のﾌﾟﾛｸﾞﾗﾑを使用しています。 参考文献）長尾輝夫「分子表面積及び体積計算プログラムの改良」函館工業高等専門学校紀要 （Hakodate Kogyo Koto Senmon Gakko Kiyo）,第27号,ｐ111-120,1993 (1)VAN DER WAALS MOLECULAR SURFACE(VMS)：原子をVan del Walls半径の球に置き換えた表面 (2)ACCESSIBLE MOLECULAR SURFACE：VMS表面の周りを溶媒分子でなぞった溶媒分子の中心の面 (3)MOLECULAR SURFACE：VMS表面の周りを溶媒分子でなぞった接触表面と凹角表面 SOLVENT-EXCLUDED SURFACE、または、Connolly SURFACEとも呼ばれます。 ・OVALITYの計算は千田が追加しました。 OVALITY：分子表面積/最小表面積。本来は(3)のMOLECULAR SURFACEを使うようです。 最小表面積とは、分子体積が等しい真球の表面積：4π(3V/4π)**(2/3) |
| ［アスペクト比］ | アスペクト比を計算します。アスペクト比は、分子が内接する最小直径の円筒の長さ(L)と 直径(D)の比(L/D)で定義されます。 |
| ［検索］ | 各種計算結果出力をキーワード検索し、ヒットした行をExcelまたはテキストファイルに 出力します。 |
| ［連続実行］ | GaussianとGAMESSの複数ジョブの計算を連続的に実行します。バッチキューイングシステムのような高級なものではなくて （それも作れそうな気がしますが）、連続的に実行するbatファイルを作成・実行するものです。 まず、普通にGaussianやGAMESSを実行することで１分子実行batができます。実行時にエラーが出ないことを確認してから、DOS窓の[x]で終了します。 ［その他］/［連続実行］を選択すると、ウィンドウの左側の欄には既に実行したことのある１分子実行batファイルが表示されます。 ファイル名は入力ファイル名.batになっています。batファイルを選択して[=>]を押すと、ウィンドウの右側の欄に追加されます。 [Run]で、設定されたジョブの連続実行が始まります。[Run at]で、指定した時刻に連続実行が始まります。連続実行ジョブは、 winmos_batjob1〜5.batに保存されます。[Load]・[Save]ボタンで読込・保存もできます。 |
| ［パスの設定］ | それぞれのプログラムの実行ファイルのパスを指定します。 |
| /［(1)MOPAC］ | |
| /［(2)MOPAC］ | |
| /［(3)MOPAC］ | |
| /［(1)GAMESS］ | |
| /［(2)GAMESS］ | |
| /［Gaussian］ | |
| /［MOSF Path］ | |
| /［Facio］ | |
| /［Mercury］ | |
| /［Povray］ | |
| /［エディタ−］ |
| ［ヘルプ］ | |
| ［マニュアル］ | このマニュアルを表示します。 |
| ［周期表］ | 周期表を表示します。 |
| ［ホームページ］ | Winmostarのホームページを開きます。 |
| ［ご意見、ご感想］ | 一言どうぞ。 |
| ［バージョン情報］ | バージョン情報を表示します。 |
新規 Ctrl+N 開く Ctrl+O 上書き保存 Ctrl+S 元に戻す Shift+F1 やり直し Shift+F2 原子追加 F4 原子移動 F5 原子削除 Shift+F4 元素変更 Shift+F5 結合付加 F6 結合削除 F7 部品置換 F8 環構築 F9 拡大 F3 縮小 F2 ヘルプ F1
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３−５ スチレンのモデリングとMOPAC計算 初期画面で分子表示ウィンドウの炭素をクリックし、上部にある[-C6H5]を押した後[Rep]を押すとベンゼンの構造ができます。次に、接続したい所の水素をクリックし、[-C2H3]を押した後[Rep]を押すとスチレンができます。 [計算]メニューから[(1)MOP6W70 Startを選ぶと、分子が編集されたのでsaveするかどうか聞いてきます。ここで「はい(Y)」を選ぶと画面にDOS窓が現れて計算が始まります。 計算が終わると計算結果のOutputファイルが テキストエディタで開かれます。構造最適化計算が正常終了した場合、分子表示ウィンドウに最適化された構造が自動的に読み込まれます。 GRAPHFキーワードが指定してある場合は、[計算] - [分子軌道表示]でmgfファイルを読込むことで分子軌道表示ができます。 ３−６ GAMESSの使用方法 GAMESSはフリーのab initio分子軌道法パッケージです。様々なプラットフォームに移植されています。 Windows版は、WinGAMESSとPC-GAMESSがあります。 WinGAMESSは、GAMESSの公式HPからダウンロードします。 GAMESS (Contains all standard GAMESS options) ver. Xxx XX, 200X running on Microsoft Windowsです。 WinGAMESSはダウンロードして解凍するとすぐに使用できますが、PC-GAMESSは、さらにDr. Alex A. Granovskyにメールを送って解凍パスワードを聞く必要があります。 WinGAMESSはCygwinでコンパイルしたものなので、Linux版と全く同じ仕様ですが、PC-GAMESSはLinux版と仕様が異なる部分があります。 WinGAMESSには起動用のGUIが付属していますが、gamess.xx.exeにパスを通すと（計算/ﾊﾟｽの設定/GAMESS）Winmostarからも起動できます。 [計算]メニューから[GAMESSスタート]で実行できます。MOPACに比べると多大な計算時間がかかるのでご注意願います。計算を途中でキャンセルするには、 [Ctrl]+[C]を押します。 MOPACのように構造最適化結果の構造が自動的に読み込まれるようにはしてありません。最適化した構造は［logの読込］で表示します。 |
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４、ＦＡＱ ＦＡＱ(良くある質問と回答)集です Ｑ：結合長や角度、２面角を調べる方法はありますか？ Ａ：分子表示画面の左上に、常に表示されています。 Ｑ：右上の画像が気になるので、止めたり変更したりできませんか？ Ａ：[表示] - [画像固定で一時的に変わらないようにできます。 Winmostarがインストールされているディレクトリ（デフォルトはC:\winmos3）にあるwinmos1.jpg〜winmos7.jpgを 変更・削除してお好みにすることもできます。全部削除しても問題ありません。 ・V3.0以降はデフォルトで固定画面になりました。 Ｑ：多環構造を簡単に作れませんか？ Ａ：部品の-CHCH-や-CH-を使います。前選択原子側に環を巻く方向に追加されます。 環構築を使うと、さらに簡単にできます。 Ｑ：ソフトをインストールしようとしたところ，.exeファイルに欠落があるとのメッセージが出てインストールができません。 Ａ：ダウンロードが不完全だと思われます。再度ダウンロードしてみてください。ダウンロードで[保存]を選択すると、保存先にwinmostar0_setup.EXEが出来るので、ファイルのサイズを確認してください。4300KB程度であれば、winmostar0_setup.EXEをダブルクリックすればインストールできるはずです。 |
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５、著作権・転載等について ●著作権者 ・このアーカイブに含まれる全てのファイルの著作権は千田範夫が保有します。 ●著作権 ・このプログラムはフリーソフトウェアです。ここでいう「フリー」とは、日本で一般的に使われている、「無償で利用できる」という意味であり、GNUプロジェクト等が提唱するGPLではありません。 ・PDSではありませんので、著作権は放棄していません。 ●免責条項 ・このプログラムを使用して発生した損害について、著作権者は一切の責任を負わないものとさせて頂きます。 ●転載/配付 ・転載・配付は基本的には自由としますが、転載の際は必ず著作権者に連絡して下さい。 ・書籍等で CD-ROM / FDD などに収録される場合は、必ず事前に著作権者までご連絡ください。無断での収録は禁止させていただきます。 ・ダウンロードに際して特別の料金を徴収するネットや、ネットの運営維持以外の目的で料金を徴収するネットへの転載は一切禁止します。 ・転載/配付する場合、アーカイブの内容・名称は改変しないで下さい。 ・著作権表示を改変しないで下さい。 ●引用 ・このプログラムを使って得られた結果を雑誌等に発表される場合は、 次の文献を引用して下さい。 千田,"分子計算支援システムWinmostarの開発",出光技報,49,1,106-111(2006) 資料請求先 ●サポート バグ・要望・感想等の連絡は以下にお願いします。 URL：http://winmostar.com/ |