動画チュートリアル
分子モデリング
結晶ビルダ
リモートジョブ(各ソルバ共通)
MOPAC
基礎編 NEW
(インディゴ分子, SMILES入力, 分子軌道)
MEP・IRC計算 NEW
(クロロエタン, 化学反応解析, SN2反応, 気相反応, Minimum Energy Path, Intrinsic Reaction Coordinate, 遷移状態探索)
CNDO/S
基礎編 NEW
(インディゴ分子, SMILES入力, UV-Visスペクトル)
GAMESS/Gaussian
基礎編 NEW
(スチレン分子, 構造最適化, IR, ラマン, NMR, UV-Vis, 分子軌道, 静電ポテンシャル)
NWChem
基礎編 NEW
(スチレン分子, 構造最適化, IR, ラマン, NMR, UV-Vis, 分子軌道, 静電ポテンシャル)
NEB法
(クロロエタン, 化学反応解析, SN2反応, 気相反応, Nudged Elastic Band, 遷移状態探索)
Gromacs
シミュレーションセルの作成
(RESP電荷, AM1-BCC電荷, 固液界面, タンパク-リガンド系)
基礎編
(水, 液体, 各種熱力学量, アニメーション, 動径分布関数, 平均二乗変位, 自己拡散係数)
タンパク系
(リゾチーム, PDB, 水素付加, 溶媒配置, イオン追加, 分子の固定, RMSD)
蒸気圧・表面張力
(水, 気液界面, 相平衡, 表面張力, 蒸気圧, 密度分布)
界面張力
(水, ベンゼン, 液液界面, 界面張力, 相平衡, AM1-BCC電荷, 密度分布, 界面ビルダ)
誘電率・粘度
(水, 液体, 誘電率, 粘度, 温度・密度の自動スケーリング)
溶解度/χ/DPDパラメータ
(水, ベンゼン, Hildebrandの溶解度パラメータ, SP値, χパラメータ, DPD aijパラメータ, 凝集エネルギー, AM1-BCC電荷)
溶媒和自由エネルギー(ER法)
(エタノール, AM1-BCC電荷, 水和, 希釈溶液, エネルギー表示法, ERmod)
溶媒和自由エネルギー(BAR法)
(エタノール, AM1-BCC電荷, 水和, 希釈溶液, Bennett Acceptance Ratio法)
LAMMPS
シミュレーションセルの作成
(RESP電荷, AM1-BCC電荷, 固液界面, タンパク-リガンド系)
基礎編
(水, 液体, 各種熱力学量, アニメーション, 動径分布関数, 平均二乗変位, 自己拡散係数)
固体壁を含む系
(グラフェン, 水, 界面ビルダ, 不均一核生成, 固液界面系, 固体壁の固定, 吸着)
熱伝導率
(水, 液体, 熱伝導率, 温度・密度の自動スケーリング, 自己相関関数, Green-Kubo式)
融点計算
(シリコン, 界面ビルダ, Tersoff, 固液界面系, 相平衡, 融点, NPH一定計算)
ガラス転移温度(ポリマー)
(ポリプロピレン, ポリマーメルト, AM1-BCC電荷, ポリマービルダ, アニーリング計算, 比体積, ガラス転移温度, Tg)
伸長計算(ポリマー)
(ポリエチレン, ポリマーメルト, AM1-BCC電荷, ポリマービルダ, 破壊, ひずみ-応力曲線, SS曲線)
線膨張率(固体)
(シリコン, 結晶ビルダ, Tersoff, アニーリング計算, 線膨張率)
伸長計算(固体)
(アルミ, 結晶ビルダ, EAM, スーパーセル, 欠陥, ひずみ-応力曲線, SS曲線)
散逸粒子動力学
(ジブロックコポリマー, DPD, モルフォロジ, 散乱関数, ラメラ構造)
Amber
基礎編
(シニョリン, 溶媒配置, PDB, 各種熱力学量, アニメーション)
Quantum ESPRESSO
基礎編
(シリコン, SCF計算, バンド構造, 状態密度, 部分状態密度, 電子密度)
構造最適化
(ルチル型酸化チタン, 構造最適化, アニメーション)
Car-Parrinello MD
(メタン分子, Γ点, CPMD, アニメーション, エネルギー, 温度制御)
Born-Oppenheimer MD NEW
(メタン分子, Γ点, BOMD, アニメーション, エネルギー, 温度制御)
仕事関数
(金, スラブモデル, 結晶ビルダ, SCF計算, 仕事関数, ポテンシャル分布, ESM法)
ESM法
(アルミ, スラブモデル, 結晶ビルダ, SCF計算, constant-N計算, constant-mu計算, フェルミエネルギー)
フォノン計算
(シリコン, SCF計算, フォノン計算, ph.x, IR, Raman, 誘電率, 振動, フォノンバンド, フォノン状態密度)
誘電関数
(シリコン, SCF計算, 誘電関数, epsilon.x)
フェルミ面
(銅, FCC, SCF計算, フェルミ面, FermiSurfer)
スピン分極計算
(鉄, BCC, SCF計算, スピン分極計算, Up/downスピン, バンド構造, 状態密度, 部分状態密度, 強磁性体)
NEB法 NEW
(銅, スラブモデル, 表面吸着モデル, 部分構造を固定した構造最適化計算, NEB, 遷移状態, 表面拡散)
OpenMX
基礎編 NEW
(ダイアモンド, SCF計算, バンド構造, 状態密度, 部分状態密度, 電子密度)
FDMNES
XAFSスペクトル
(銅, FCC, XAFSスペクトル, XANESスペクトル)
BoltzTraP
基礎編 NEW
(Mg2Si, FCC, Quantum ESPRESSO, ゼーベック係数, 電気伝導率, 電子熱伝導率)
DCDFTBMD
構造最適化
(スチレン分子, 構造最適化, アニメーション)
Fragment ER
結合自由エネルギー計算
(NAMD, リゾチーム, PDB, タンパク-リガンド系, エネルギー表示法)
注:動作未保障、最大420原子、重原子/軽原子200/220,150/170,100/120)
PIO解析機能の使用方法
概要  Gaussian向け  GAMESS向け  処理フロー  PIO研究会HP(現在、研究会としての活動は終了しています)
各ソルバの公式HP
基底関数・古典力場・擬ポテンシャルファイルの入手先
EMSL Basis Set Exchange (GAMESS, Gaussian, NWChem用基底関数データベース)
NIST Interatomic Potentials Repository (LAMMPS用無機物ポテンシャル)
GBRV Ultrasoft/PAW Pseudopotentials (Quantum ESPRESSO用擬ポテンシャル)
外部サイトのWinmostarに関する情報