Winmostarから起動できるNWChemは、実行できる形にインストールされていることを前提としています。
NWChemはEducational Community License 2.0のもとに配布されており、無償で利用することができます。

弊社環境にて動作を確認した実行環境はWindows 10(64bit)です。
計算結果の保証は致しかねますのでご了承願います。

　1. NWChemのインストール方法(Windows)

NWChem 6.6を概ね下記の公式サイトのMinGWを使用する方法に沿ってビルドします。
http://www.nwchem-sw.org/index.php/Compiling_NWChem#How-to:_Windows_Platforms

　1-1. MinGW

MinGWのインストーラ mingw-get-setup.exe を https://sourceforge.net/projects/mingw/files/Installer/ からダウンロードします。
mingw-get-setup.exeのウィザードにしたがってMinGWをインストールします。
インストールする必要のあるパッケージは下記のパッケージです。
・Basic Setupの全てのパッケージ
・All Packages MinGW の mingw32-pthreads-w32, mingw32-gcc-fortran-dev

　1-2. MPICH2

MPI並列にはMPICH2を使用します。
https://www.mpich.org/static/downloads/1.4.1p1/mpich2-1.4.1p1-win-ia32.msiをダウンロードしてインストールします。

C:\MinGW\msys\1.0\msys.batを起動し、端末として使用します。

$ cp -rp /c/Program\ Files\ $x86$/MPICH2/ ~/

　1-3. Python

Pythonもインストールしておきます。
https://www.python.org/ftp/python/2.7.8/python-2.7.8.msiをダウンロードしてインストールします。

　1-4. NWChemのコンパイル

NWChem 6.6のソースコード(tar.gz)を
http://www.nwchem-sw.org/index.php/Download#NWChem_6.6_Source_Code
からダウンロードします。

パッチもすべてダウンロードします。
これらのファイルをホームディレクトリに配置します。

下記のようにパッチをあてます。
$ for f in *.gz; do gunzip $f; done
$ tar Nwchem-6.6.revision27746-src.2015-10-20.tar.gz
$ mv *.patch nwchem-6.6/
$ cd nwchem-6.6
$ for f in *.patch; do patch -p0 < $f; done

$ vim nwchem_env.sh
export NWCHEM_TOP=~/nwchem-6.6
export NWCHEM_TARGET=LINUX
export USE_MPI=y
export MPI_LOC=~/MPICH2
export MPI_INCLUDE=$MPI_LOC/include
export MPI_LIB=$MPI_LOC/lib
export LIBMPI="-lfmpich2g -lmpi"
export PYTHONHOME=/c/Python27/
xport PYTHONVERSION=27
export DEPEND_CC=gcc
export NWCHEM_MODULES=all
export USE_INTERNALBLAS=y

$ . nwchem_env.sh

下記のようにコンパイルします。
$ cd src
$ make nwchem_config
$ make FC=gfortran DEPEND_CC=gcc

下記のようにインストールします。
$ mkdir -p /c/nwchem/bin
$ mkdir -p /c/nwchem/data
$ cp $NWCHEM_TOP/bin/${NWCHEM_TARGET}/nwchem /c/nwchem/bin
$ chmod 755 /c/nwchem/bin/nwchem
$ cp -r $NWCHEM_TOP/src/basis/libraries /c/nwchem/data
$ cp -r $NWCHEM_TOP/src/data /c/nwchem
$ cp -r $NWCHEM_TOP/src/nwpw/libraryps /c/nwchem/data
$ vim /c/nwchem/data/default.nwchemrc
nwchem_basis_library /c/nwchem/data/libraries/
nwchem_nwpw_library /c/nwchem/data/libraryps/
ffield amber
amber_1 /c/nwchem/data/amber_s/
amber_2 /c/nwchem/data/amber_q/
amber_3 /c/nwchem/data/amber_x/
amber_4 /c/nwchem/data/amber_u/
spce /c/nwchem/data/solvents/spce.rst
charmm_s /c/nwchem/data/charmm_s/
charmm_x /c/nwchem/data/charmm_x/