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購入

  • Q. 代金の支払方法を教えてください。

    A.
    【法人の場合】
    以下の条件での後払いとなります。

    支払方法: 当社指定銀行口座への現金振込
    支払期日: 納品翌月末日

    【個人の場合】
    PayPalにてクレジットカードでお支払いください。

  • Q. 当社からどんな書類が発行されるか教えてください。

    A.
    法人の場合は、請求書・納品書・見積書を発行いたします。
    個人の場合は、PayPal にて領収書を取得してください。
    その他の書類を発行希望の際はご相談ください。ただし、内容によりお断りする場合もありますのでご了承ください。

  • Q. 代理店などエンドユーザ以外が注文する方法を教えてください。

    A.
    代理店等、エンドユーザ以外の方が見積を依頼する場合は自由記入欄に以下の情報をご記入ください。

    ・エンドユーザの所属
    ・エンドユーザの氏名

    なお、エンドユーザに直接納品いたしますので、ご注文の際はエンドユーザの送付先情報をお知らせいただきます。

ライセンス

  • Q. 講義での使用方法(講義用ライセンス)について教えてください。

    A. 講義用ライセンスを教育機関での講義目的に限り、教員及び授業に参加する学生全員でお使いいただけます。

    申請時には以下の注意点をご確認下さい。
    ・講義を行われる先生から直接問い合わせ下さい。
    ・自由記入欄に授業名・期間・おおよその学生数ご記入下さい。
    ・後日授業資料を共有いただけますと幸いです。

    講義用ライセンスはこちらから申請することができます。

  • Q. すでに入力したライセンスコードを変更する方法を教えてください。

    A. これから使用したいライセンスコードを[ツール]-[環境設定]メニューの[ライセンスコード]に入力してください。
    学生の方で、無償版から学生版に切り替えたい場合は、トップページで学生版にチェックを入れて再度ライセンス登録をしてください。

サポート

  • Q. 質問するときの注意事項はありますか?

    A. 計算が上手く流れない等の質問の場合、原則として状況を再現するインプットやアウトプットファイルをお送り下さい。

ソフトウェア

  • Q. 思ったようにモデルを作成できません。計算できません。動作しません。

    A. まず、以下の基礎的なチェックを行ってください。
     ・使用中のWinmostarが無償版、学生版、トライアル版、プロフェッショナル版のいずれに該当するか確認し、
      問題を起こしている機能がその版で使用可能か機能表を見て確認する。

     ・使用中のOSがサポートされているOSに含まれるか確認する。(Windows Serverはも一部機能で不具合が起こる場合がある)
     ・使用中のセキュリティ対策ソフトの活動記録を確認し、Winmostarおよびcygwin_wmのインストールフォルダの下の
      アプリケーションの活動が妨害された記録がないか確認する。
     ・Winmostarを最新版にアップデートし(使用中のバージョンと共存させることが可能)、既知の不具合よくある質問
      類似する状況がないか確認する。
     ・保存するファイルやそれを含むディレクトリ(上位階層全てを含む)の名前に、
      日本語、全角文字などのマルチバイト文字や特殊記号が含まれている場合は、
      一部ソルバで不具合が出ることがあるため半角英数のみとなるようにする。
     ・一部ソルバ・処理では、ネットワークドライブ上に置かれたファイルに対して処理が失敗することがあるため、Cドライブなどのローカルマシンのドライブ上にファイルを置いて処理を実行する。
     ・実行した処理で何かしらログが出力されているか作業フォルダを確認し、ログの内容を確認する。
     ・計算が開始されたが計算結果がおかしいと感じた場合は、メインメニューで使用したソルバのメニューから
      「log(out)ファイル編集」などをクリックし、ログの内容を確認する。

    次に、メモ帳などで以降の作業の記録を取れるようにしてください。
    そして、Winmostarのチュートリアルのうち、これから使いたいソルバの基礎編チュートリアルを実施してください。
    基礎編チュートリアルのトレースができない場合は、以下を試してください。
     ・誤操作でないことを確認するため再度トレースする。
     ・並列で実行している場合は、並列ではなくシリアル実行に切り替える。
     ・Winmostarを再起動する。
     ・OSを再起動する。
     ・cygwin_wmを使用している場合は、[ヘルプ]-[cygwin_wmを診断]でcygwin_wmの診断を実行する。
     ・OpenMP, MPIなどで並列計算をしている場合は、それらを使用せず並列なしで実行する。
     ・使用しているセキュリティ対策ソフトで、Winmostar、cygwin_wmのインストールフォルダ、および使用したいソルバが
      監視対象外になっているか確認する。
     ・Winmostar, cygwin_wmおよび使用したソルバを再インストールする。
     ・他のPCで試す。
    不具合の再現方法が判明した場合は、作業メモと一緒にご報告頂くと比較的短時間で修正できることがあります。

    次に、最終的に計算したいものに一番近そうなチュートリアルをトレースできるかご確認ください。
    Winmostarに限らず、一度に多くの新しいことに取り掛かろうとすると原因の特定が困難になります。

    それがトレースできた場合は、最終的に計算したいものを再度実行してください。
    そして、
     ・系の作成で失敗する
     ・系の作成は成功するが計算が異常終了する
     ・計算は正常終了するが結果の表示に失敗する
     ・結果の表示は成功するが意図した結果が得られない
    のどれに当てはまるか確認し、問題になっている箇所についてWinmostarのマニュアルをご確認ください。
    Winmostarから他のソフトをcallしている部分の場合は、そのソフトの情報もご確認ください。
    Cygwinを用いた処理で落ちている場合は、こちらの対処方法で解決する場合があります。

  • Q. 作製した分子モデル等を学会発表や論文に用いることは可能ですか?

    A. 使用いただいて問題ありません。

  • Q. 学会発表、論文投稿の際にどのように引用したらいいですか?

    A. Winmostar本体については、例えば以下の様に記載してください。

    Winmostar Version 8, X-Ability Co. Ltd., Tokyo, Japan, 2017.

    また、Winmostarから呼び出したソルバや外部の補助プログラムについては、それぞれのソフトウエアの指示に従って下さい。

  • Q. 溶媒を配置/系を構築に失敗します。
    ---------質問詳細---------
    [MD]-[溶媒を配置/系を構築]
    を実行した際にgenerate.logに
    gmx insert-molecules -try 100 -f gmx_tmp_water.gro -o gmx_tmp_water_tmp.gro -ci mol0.gro -nmol 64
    ...(途中省略)...
    set +v
    Error : Failed to solvate.
    などと出力され処理が正常終了しません。

    A. 一般的な不具合の対処と、Cygwinを使用するソフトウエアの不具合の対処に加え、分子数を減らすか、密度を減らして実行してください。
    また、それでも実行できない場合は、内部的に使用しているGromacsの再インストールを、以下の手順で実施してください。
     ・cygwin_wmのインストールフォルダの下の/etc/profile.d/winmostar.shの中の
       source /usr/local/gromacs_sse/bin/GMXRC
      または
       source /usr/local/gromacs_avx/bin/GMXRC
      の行をコメントアウトまたは削除する
     ・Winmostarの[ツール]-[cygwin_wm起動]をクリックし、起動したcygwin上で
      各種ソルバのインストール手順(Cygwin)の「1-2. Gromacs」のインストール手順を試みる
     ・その後、[ツール]-[cygwin_wm起動]で
       gmx   と実行し「GROMACS: gmx, VERSION ...」などとGromacsの起動を示すメッセージが表示されたら再ビルドは成功である 分子数が大きい場合(ケースにもよるが10,000程度)は、現在内部処理で使用しているgmx solvateの処理の限界となるケースもあるので、[編集]-[部分編集]-[部分複製]で分子を並べてください。
    将来的には本機能で分子数が大きい場合にも対応予定です。

  • Q. LAMMPS, Quantum ESPRESSOのMPI並列実行時にWARNINGが表示されます。
    ---------質問詳細---------
    LAMMPSまたはQuantum ESPRESSOを並列実行したときに下記のようなメッセージが表示されます。
    Unable to open the HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\MPICH\SMPD\process\???? registry key, error 5, アクセスが拒否されました。

    A. MPICHがレジストリを書き換えようとするのですが、管理者権限がないので失敗したというメッセージです。
    管理者権限でWinmostarを起動すればメッセージは出なくなりますが、
    メッセージが出ている状態でも計算自体は正常に実行されているので、無視しても問題ありません。

  • Q. GAMESSでNMR計算を実行できません。

    A. まずは一般的な不具合の対処を実施してください。
    また、$SCFのDIRSCF=.F.にすること、並列計算ができないのでNCPUS=1にすることが必要です。 (計算結果出力の最後の方に以下の様に詳細が記載されます。)

    INCOMPATIBLE OPTION CHOSEN WITH RUNTYP=NMR ***
    NMR MAY BE COMPUTED ONLY FOR SCFTYP=RHF,
    NO CORRELATION OPTION (DFTTYP, CITYP, CCTYP, MPLEVL) MAY BE CHOSEN
    NO SEMI-EMPIRICAL OPTION (GBASIS=AM1/PM3/MNDO) MAY BE CHOSEN
    DIRECT AO INTEGRAL CALCULATION (DIRSCF) IS NOT ENABLED,
    AND/OR PARALLEL EXECUTION IS NOT ENABLED.

  • Q. MOPACのログに「ATOMS **, **, AND ** ARE WITHIN .**** ANGSTROMS OF A STRAIGHT LINE」と表示されて異常終了します。
    ---------質問詳細---------
    以下のように3原子が直線になったというエラーが出て止まります。
    CALCULATION ABANDONED AT THIS POINT

    THREE ATOMS BEING USED TO DEFINE THE
    COORDINATES OF A FOURTH ATOM, WHOSE BOND-ANGLE IS
    NOT ZERO OR 180 DEGREEES, ARE IN AN ALMOST STRAIGHT
    LINE. THERE IS A HIGH PROBABILITY THAT THE
    COORDINATES OF THE ATOM WILL BE INCORRECT.
    THE FAULTY ATOM IS ATOM NUMBER 69
    最後に、
    ATOMS 68, 57, AND 54 ARE WITHIN .0134 ANGSTROMS OF A STRAIGHT LINE
    と出ます。

    A.
    角度が180°近くになる角度がZ-Matrixに含まれている場合に表示されます。
    メインウインドウ右下の座標編集機能で、接続先の原子を変更し、Z-Matrixから180°に近い角度がなくなるようにしてください。
    Z-Matrixに慣れていない場合は、これ以外の方法として、キーワードに"XYZ"を追加すると、このエラーを回避できることもあります。
    あるいは、3原子が直線に並ぶ線上から外れた位置に、原子種XXのダミー原子を追加し、直線に並ぶ原子のZ-Matrix上の接続先として指定することで, エラーを回避できることもあります。

  • Q. MPICHが計算途中で終了します。
    ---------質問詳細---------
    MPICH実行中に、次のようなエラーを表示して計算が途中終了となることがあります。
    op_read error on left context: Error = -1
    op_read error on parent context: Error = -1
    unable to read the cmd header on the left context, Error = -1
    unable to read the cmd header on the parent context, Error = -1
    Error posting readv, An existing connection was forcibly closed by the remote host.(10054)
    connection to my parent broken, aborting.
    state machine failed.

    A.
    このエラーはMPICHがlocalonlyでもネットワークアダプタを使うため、ネットワークアダプタが途中で切れてしまうため発生するエラーです。
    しかし初めからネットワークアダプタが切れている場合、MPICHはネットワークアダプタを使用しないため、このエラーは発生しません。
    MPICHを用いて長時間の計算を行う場合、ネットワークアダプタを無効にしてから計算を実行して下さい。

  • Q. [cygwin_wmを診断]機能で「WARNING ... some files are missing」と表示されます。

    A. cygwin_wmを再インストールしてください。
    再インストールしても表示される場合は、セキュリティ対策ソフトを一時的に無効にするか、インストール先・インストーラを監視対象外に指定してください。

  • Q. Cygwinを使う処理が異常終了します。/
    [cygwin_wmを診断]機能で「... ERROR ...」と表示されます。/
    cygwin(黒いウインドウ)に「child_info_fork::abort: ... Loaded to different address: parent ... != child ...」などと表示されます。

    A.
    以下の手順を上から順に一つずつ実行し、その都度、エラーが起きた処理を再実施してください。
     (1) 一般的な不具合の対処を実施する
     (2) マシンを再起動する
     (3) 使用しているcygwin_wmのcygwin1.dll以外を検索して削除し、マシンを再起動する
      (同一マシン上にcygwin_wm以外にcygwin1.dllが存在して場合の一部のケースでこの操作が必要です。)
      (cygwin1.dllは他にCygwinをインストールしていなくても、各種フリーウエアなどに同梱されていることがあります。)
     (4) 使用しているマシン上の全てのCygwinが終了している状態で、Windowsの[ファイル名を指定して実行]にてC:\cygwin_wm\bin\ash.exe(cygwin_wmをC:\cygwin_wmにインストールした場合)を実行し、
      /bin/rebaseall -v
      と入力しマシンを再起動する。
     (5) セキュリティ対策ソフトを一時的に無効する。
     (6) CygwinのFAQに記載されている不具合を起こしがちなソフトを無効にする。
     (7) その他、Cygwinのfork()関連の失敗に関するFAQに記載された方法を試す。

  • Q. Quantum ESPRESSOを用いた計算が失敗します。計算結果の表示でエラーが出ます。

    A. まずは一般的な不具合の対処を実施してください。
    次に、WinmostarではQEの各モジュールをバッチ処理で連続実行しているので、Winmostarが生成したbatファイル(ローカル実行の時)またはshファイル(リモート実行の時)に記述された処理の流れを見ながら、生成された出力ファイル(pwoutまたはout)ファイルを順番に確認してください。
    例えば、フォノン計算の場合はph.xの出力ログ(ph.out)を確認してください。
    最初に「Error in routine ...」などのエラーが出現した箇所の対処を施し、再度ジョブを実行してください。
    特定のキーワードに関するエラーは、そのキーワードの設定を公式サイトでご確認ください。
    典型的なQEのエラーの対処方法は公式サイトのFAQに記載されています。

  • Q. Quantum ESPRESSOのSCF計算が出力ファイル(.pwoutまたは.out)に「too few bands」と表示され異常終了します。nbndの設定方法が分かりません。

    A. まずはQE公式のマニュアルのnbndの説明をご確認ください。
    nbndを使わずに計算を流すと、QEが自動でnbndを適当に設定して計算するので、Winmostarのキーワード設定画面で「Use nbnd」のチェックを外してください。
    nbndを増やしたい場合は、nbndを使わずに実行したときにpwoutまたはoutファイルに出力される"number of Kohn-Sham states"の値よりも大きい値をnbndに設定してください。
    また、Winmostarのキーワード設定画面の「Use nbnd」のところに表示される「# valence bands: 」の値も参考にしてください(詳細はWinmostarマニュアルを参照)。

  • Q. Quantum ESPRESSOを用いて誘電関数を計算する際に、epsilon.xの出力(eps.out)に「bad band number」と表示され誘電関数を取得できません。

    A. SCF計算でバンド数(nbnd)を増やすことで解消します。

  • Q. Quantum ESPRESSOを用いて誘電関数を計算する際に、epsilon.xの出力(eps.out)に「USPP are not implemented」と表示され誘電関数を取得できません。

    A. SCF計算でノルム保存型の擬ポテンシャルを選択することで解消します。

  • Q. Quantum ESPRESSOを用いてPhonon計算を実行する際に、ph.xの出力(ph.out)に「The phonon code with US-PP and raman or elop not yet available」と表示され計算結果を取得できません。

    A. ノルム保存型の擬ポテンシャルを選択することで解消します。

  • Q. Winmostarの動かすPCの最小・推奨スペックを教えてください。

    A. 最小スペックは以下の通りです。
    ・CPU・メモリ: Windows 7/8/10のシステム要件に準ず
    ・HDD: 4 GB以上の空き容量

    推奨スペックは、Winmostar本体が比較的低いスペックのPCでも動作するため、
    一緒に使用するソルバーの推奨スペックに準じます。
    ソルバーの推奨スペックが不明な場合は、ひとまず浮動小数点演算機能(コア数x周波数)が高いCPUのマシンを準備して下さい。
    HDD、メモリは後から比較的容易に増設できるため、まずは標準的な容量で構いません。

  • Q. Quantum ESPRESSO, OpenMXのSCF計算または構造最適化計算が収束しません。

    A. 以下の対策を順に実施してください。
    必ず試すべきこと:
     ・第一原理計算は設定項目が多いので、適当に計算条件を変えず、きちんと記録を取りながら一連の計算を流す。
     ・QEの不具合に関する一般的な対処を実施する。
     ・本当に収束しない傾向にあるいかチェックする。
      ・QEではEstimated accuracyをSCFサイクル数に対しプロットする。両対数プロットならなおよし。
     ・スピン分極状態・電荷が妥当か調べる。
      ・up/downスピンの並び方を与える。
      ・系全体の磁気モーメントを拘束する。
     ・尤もらしい初期構造を使う。
      ・実験や他の計算手法で得られた構造を使う。
      ・計算する上で配置に任意性のある原子(X線で見えない軽元素、固溶体、欠陥、非整数の組成など)がある場合は、違う配置を試す。
      ・固溶体・欠陥を含むようなケースでは、系内に大きなダイポールモーメントが生じないような初期構造にする。

    次に試すこと:
     ・mixing_modeを調整する。
     ・擬ポテンシャルの種類を変える。
     ・スピン分極の初期値を調整する。(原子単位または系全体)
     ・外部電場、欠陥、吸着など比較的複雑な条件を設定している場合は、それらをなくしたよりシンプルな条件で試し、その計算が収束したなら、その計算の終状態(原子配置・波動関数など)を始状態として計算を開始する。
     ・収束しなかった計算の途中から計算を開始する(SCFのアルゴリズムは履歴に依存するため)。
     ・行列計算のパラメータを調整する(収束しづらい設定のみ見直す)。
     ・スラブに分子が吸着するような、系内に大きなダイポールモーメントが発生してしまう場合は、ダイポールの補正を行う。

    計算時間・計算精度との兼ね合いで試すこと:
     ・カットオフエネルギーを大きく取る。
     ・K点を多めにとる。
     ・smearingを調整する(種類・幅)。
     ・波動関数の更新度合(QEではmixing_beta)を小さくする。

    計算精度との兼ね合いで試すこと:
     ・SCFの収束パラメータを緩くする。

  • Q. リモートジョブ投入が上手くいきません。

    A.
    問題:
    sftpテストの結果はOKにもかかわらず、各種コマンドが実行できない。
    また、リモートジョブ投入画面起動時やsftpテスト実施時などで以下のダイアログが表示される。
    WARNING: Putty default host name was found in registry.
    (\SOFTWARE\SimonTatham\PuTTY\Sessions\Default%20Settings\HostName)
    This may cause errors while job submission.
    Clear this setting.
    原因:
    このWARNINGはPuttyのHostNameが設定されているときにおこります。
    Puttyの設定はWindowsのレジストリに保存されるため、Winmostar同梱版以外のPuttyであってもHostNameに何らか文字列が保存されていても、この問題がおこります。
    対応:
    リモートジョブ投入画面のPuttyボタンからPuttyを起動します。Default SettingsのHostName欄に文字列が設定されているか確認します。
    この文字列を削除してDefault Settingsを選択した状態でSaveすると、この問題を解消できます。
    (なお、Port欄の入力内容は特に影響しません。)

  • Q. NWChemの並列実行時に「Please specify an authentication passphrase for smpd: 」とログに出力され計算が流れません。

    A. MPICH2インストール時にパスフレーズ(passphrase)を省略してしまうとそのようなエラーになる場合があります。
    解決方法はいくつかありますが、MPICH2を一旦アンインストールしてから、再度インストールすると解決することがあります。
    その場合は、MPICH2のアンインストール前にsmpdをストップし、MPICH2の再インストール後にsmpdをインストールする必要があります。

  • Q. GAMESSの実行時に「***** ERROR: MEMORY REQUEST EXCEEDS AVAILABLE MEMORY」などとログに出力され計算が異常終了します。

    A. GAMESSの実行時に割り当てられたメモリ容量が足りていないことを意味しています。
    インプットファイル内のMWORDS=の数値を増やすことで、エラーを回避できます。

  • Q. GAMESSにおいて、1原子だけの系の計算で「WARNING. NUMBER OF INTERNAL COORDINATES IS GREATER THAN (3N-6), BUT NO SYMMETRY COORDINATES ARE GIVEN.」と表示されて異常終了します。

    A. 原子が1個だけの系においてZ-matrixを使うことによる不具合を示すメッセージになります。
    この場合は直交座標を使う(COORD=UNIQUEにする)ことで解消します。
    WimostarのGAMESSキーワード設定ウインドウにおいて、COORDをUNIQUEに変更してください。

  • Q. GAMESSのログに「 **** ERROR **** PCM SPHERE(S) MUST HAVE A POSITIVE RADIUS」と表示され異常終了します。

    A. Cavity半径がGAMESSに内蔵されていない原子が含まれている可能性があります。
    Cavity半径を指定するためには、$PCM行の直後に次のステートメントを追加してください。
    $PCMCAV RIN(13)=1.55, RIN(15)=1.55 $END
    この例では13番目と15番目の原子にCavity半径を与えます。

  • Q. Gaussianのoutファイルを読み込んだのですが、軌道(固有)エネルギーなどが標示されません。

    A. 実行したGaussianの入力ファイルにpop=fullまたはpop=regularが抜けている場合は表示されません。

  • Q. GromacsのER法結果読み込みを実行しても結果が表示できません/エラーが出ます。

    A. ER法を実行する際に指定した出力先ディレクトリに生成されるermod.outの内容を確認してください。
    ermod.outの中に「 The minimum of the energy coordinate is too large; the ecdmin parameter needs to be smaller」と書かれている場合は、ER法実行ウインドウの[Options]ボタンを押し、[For Solution System]のと[minimum value of the solute-solvent energy (ecdmin)]の値を小さくしてください。
    具体的な値の設定方法など、詳しくはこちらを参照してください。
    また、同様にermod.outの内容とERmodのwikiのFAQの内容を照らし合わせ、ermodの設定の変更が必要な場合はER法実行ウインドウの[Options]で設定してください。

  • Q. CNDO/SでMethod=INDOを使用したときに計算できません。

    A. F以降の元素は同プログラムのMethod=INDOでサポートされていません。
    Method=CNDOにするか、GAMESSなどの非経験手法を使ってください。

  • Q. MOPACを実行するとログに「UNRECOGNIZED KEY-WORDS: ( PM6(ハミルトニアン名))」と出力され計算が終了してしまいます。

    A. MOPACキーワード設定でHamiltonian=AM1に変えると動く場合は、使しているMOPACが対応していないハミルトニアンを選択していることによるエラーが出たことになります。
    WinmostarマニュアルのMOPACの各バージョンがサポートするハミルトニアンの一覧をご確認の上、適切なハミルトニアンを選択してください。
    それでも動かない場合は一般的な不具合の対処を実施してください。

  • Q. 「ERROR: I/O error 32」と表示され処理に失敗します。

    A. 処理に関わるファイルがWinmostar以外のアプリケーションまたはプロセスで開かれていてロックされている場合や、削除されている可能性があります。
    OSを再起動し他のアプリケーションが開いていない状況でお試しください。

  • Q. ジョブマネージャに登録されたジョブが実行されません。

    A. 指定したMPIの並列数がジョブマネージャのMaxCoreの設定より大きいとジョブは実行されません。
    MaxCoreのはじめの値は実行しているPCのコア数に設定されているはずですが、それが変更されていないか、またはMPIの並列数をそれより多く設定していないか確認してください。
    ジョブマネージャを使用しないで実行したい場合は、[ツール]-[環境設定]画面の[計算]タブの「MOPACをプログラムをジョブマネージャで起動」や「その他のプログラムをジョブマネージャで起動」のチェックを外します。

  • Q. GAMESS, Gaussian, NWChemのESP(静電ポテンシャル)の3次元表示を高速化することはできますか?

    A. Windows版Gaussianをインストールしている場合は、Cubeファイルを開いた際に出現するCubegenウインドウにおいて、Cubegenチェックボックスにチェックを入れると、Gaussianに付属するCubegenプログラムを使用し、比較的高速に処理することが可能になります。 将来的にはWinmostar付属のcubeファイル処理プログラム(OpenCubegen)を高速化する予定です。

  • Q. MD計算においてSHAKE法などによる拘束は計算結果にどのような影響を与えますか?拘束方法はどのように選んだらよいですか?

    A. SHAKE法、RATTLE法、LINCS法、SETTLE法を共有結合する原子間に適用し結合長を拘束することで、時間刻みを大きく取り、同じ計算量でもより長時間の現象をより安定して観察できるようになります。安定、というのは、ハミルトニアン(全エネルギー)の保存の観点で、になります。
    拘束しない場合に共有結合を表現する関数も実現象を高精度に表現しているわけではないので、安定した計算が流れているという前提のもと、算出される各種の物性に与える影響という点では、拘束する場合・しない場合のどちらも、それぞれの事情による実現象からのずれが生じています。
    分子内の振動運動自体に計算の目的がない限りは、長時間安定してハミルトニアンが保存する条件を都度選択することを基本的には推奨します。
    ただし、水素原子の結合は、拘束しない場合は系内で突出して高速に運動し、ハミルトニアンのドリフトの原因になりうるので、多くの場合は水素原子の結合については拘束します