Winmostar(TM) V6 操作メニュー解説

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Winmostar V6
　 for Windows
　　　　Vista/7/8/10

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1.はじめに

　Winmostarは分子のモデリングから分子軌道計算、計算結果の表示までをWindows上で実現するソフトウェアです。
　最大原子数：分子のモデリングについては100,000原子まで確認済です。
　本操作メニュー解説では、メニューの各項目を説明します。

2.インストール/アンインストール

2.1　インストール

　ダウンロードしたexeファイルを実行すると解凍されます。c:\winmos6がデフォルトのフォルダになります。
　[スタート]メニューとデスクトップに Winmostar アイコンが自動的に追加されます。
　実行ファイルはWINMOSTAR.EXEです。
　HDDにインストールしなくても、USBメモリーから実行することも可能です。

2.2　バージョンアップ

　インストールと同じ方法でバージョンアップできます。Winmostarを起動した状態では、エラーになります。

2.3 アンインストール

　インストールされているフォルダとショートカットの削除だけでアンインストールできます。

3.使用方法

3.1. 起動方法

　デスクトップのショートカット、または[スタート]→「（すべての）プログラム」→「Winmostar」で起動します。
　コマンドプロンプトから起動オプションをつけて起動することもできます。起動オプションに入力ファイル名と実行プログラムを指定できます。実行プログラムには、以下があります。
　-mopac1,-mopac2,-mopac3：MOPACの実行
　-molsv：分子表面積・体積
　-aspect：アスペクト比
　-o (dat,gjf,mol,pdb等)：出力ファイル形式
　　　例）"C:\winmos6\winmostar.exe" "C:\winmos6\dbt.dat" -mopac1
　　　　　"C:\winmos6\winmostar.exe" "C:\winmos6\dbt.arc" -o pdb
　　　　　"C:\winmos6\winmostar.exe" "C:\winmos6\dbt.mol" -o gjf adjust hadd clean
　実行プログラムを指定した時は実行後にWinmostarを終了しますので、DOSのBATファイルに書いて、MOPAC等を連続的に実行することができます。
　-o 出力ファイル形式の後に、adjust(座標調整),hadd(水素付加),hdel(水素削除),clean(クリーン)が指定できます。
　WMJOBS.BATに使用例があります。
　GaussianとGAMESSの連続実行は、この方法ではなく[その他]/[連続実行]で行います。

3.2. 設定ファイル

　atoms1.wmxが最大原子数や原子の色の設定ファイルです。最大原子数のデフォルトは２万原子になっています。 これ以上の原子数を取り扱う場合は、atoms1.wmxの1行目を修正します。大きくし過ぎるとプログラムが立ち上がらなくなることがありますので、ご注意ください。

3.3 マウスの使い方

キーボード 左ボタン 左ボタン+
ドラッグ		 右ボタン 右ボタン+
上下ドラッグ		 ホイール
なし 選択 回転 選択＋
部品置換		 縮小・拡大 縮小・拡大
Shift 選択＋
原子削除
Ctrl 複数選択/
複数選択解除		 複数矩形選択

4. 操作メニュー

4.1. [ファイル]

[ファイル]
[新規]　Ctrl+N 画面を初期化します。
[開く]　Ctrl+O ファイルから分子を読込みます。
[インポート]▶ 計算結果ファイルから構造や特性値を読み込みます。QMメニューにあるものと同じです。
[MOPAC]

MO (mgf)
Charge,Dipole (arc)
Animation(arc)
IRC,STEP(out)
Force(out)

[GAMESS] Animation
MO,UV,Charge,Dipole,NMR
Hessian,Raman
[Gaussian] Animation
Anim_Opt(IRC,modred)
MO,UV,Charge,Dipole,NMR
Freq
Fchk（CubeGen)
Cube
[NWChem] Animation
MO,UV,Charge,Dipole,NMR
Frequencies,Raman
[SMILES入力] SMILES表記で入力すると分子モデリングを行います。その他メニューにあるものと同じです。
[上書き保存]　Ctrl+S 編集中の分子を保存します。
[名前を付けて保存] ファイル名ボックスに、新しい名前を入力して保存します。
[分子の重ね合わせ]▶ 分子を重ね合わせます。
[追加] 　事前にクリックして指定した３点で決まる平面で分子を重ねます。 １点目を原点に置き、２点目をＸ軸上に置き、３点目をＸＹ平面上に置きます。 [追加]によって、Superimpose画面が表示された重ね表示モードになります。
　２個目の分子を読込むには、Superimpose画面の[Quit]で終了してから、同様な操作を繰り返します。
　重ね表示中は分子の編集はできません。Z-shiftで重ね面をずらしたり、Circleで青丸表示することで重ね分子を確認できます。 [Del]は、青丸で表示された分子を削除します。
　重ね表示モードを終了すると、通常の一分子表示モードに戻ります。ファイルから分子を読込んだ時も一分子表示モードに戻ります。 重ねる分子を追加する時は、一分子表示モードから追加します。
　重ね表示モードの[３Ｄ]ボタンで、３Ｄ表示の重ね合わせ画面が立ち上がります。
[重ね表示] 一分子表示モードから重ね表示モードに変わります。
[エディタ起動] 表示分子の元のファイルをエディタで開きます。
[XYZ形式で保存] MOPAC形式の保存時にXYZ形式で保存します。
[マイプロファイル]▶
[読み込み] 保存してあるプロファイルをロードして適用します。
[保存] プロファイルを保存します。
[デフォルトに戻す] デフォルトのプロファイルを適用します。
[GEMS形式] Nanobox形式保存で、旧ファイル形式(GEMS形式)で保存できます。
[履歴をクリア] ファイルを開いた履歴を削除します。
[終了] Winmostarを終了します。

4.2. [編集1]

[編集1]
　分子の編集は、多くの場合、選択原子（太線の赤丸で表示）と前選択原子（細線の赤丸で表示）に対して行う操作が基本になります。 選択原子は、分子表示画面上の原子をクリックするか、Z-Matrix表示画面上の行をクリックすることで変更できます。
　前選択原子とは一つ前の段階の選択原子です。 例えば、原子を削除するには、まず削除したい原子をクリックして選択しておき、プルダウンメニューの編集/原子削除（または[Del]ボタン）で行います。
　部分移動・回転・複製・削除等は、複数選択されている原子グループ(青丸で表示)あるいは選択原子に結合している（前選択原子を除く）原子グループをまとめて操作します。
　原子間距離が共有結合半径の和*1.15（デフォルト値）より小さい場合に結合を表示します。 部分移動・回転・削除をするために結合を変更したい場合は、[結合付加]と[結合削除]で変更できます。
　原子追加、原子移動、部分回転等の操作を途中でキャンセルするには、プルダウンメニューのチェックをはずすかEscキーを押します。
　[部品置換]は下の方法でもできますが、原子を右クリックすることでも部品ウィンドウの部品で置換されます。 [原子削除]は、Shiftキー+マウス右クリックでも同様な操作になります。
[元に戻す] 分子の編集操作を元に戻します。20回までできます。
[やり直し] 元に戻した操作をやり直します。20回までできます。
[直接編集] 座標データをエディタで直接編集します。
[回転方法]▶
[自由回転] ドラッグすると画面内の軸のまわりで分子が回転します。
[X軸回転] 上下にドラッグするとX軸のまわりで分子が回転します。
[Y軸回転] 左右にドラッグするとY軸のまわりで分子が回転します。
[Z軸回転] 上下または左右にドラッグするとZ軸のまわりで分子が回転します。
[原子]▶
[原子追加]　F4 原子を追加します。[Add]ボタンと同じです。
[原子移動]　F5 マウスをドラッグすることにより選択した原子を移動します。
[原子削除]　Shift+F4 選択した原子を削除します。[Del]ボタンと同じです。
[元素変更]　Shift+F5 選択した原子の元素名を変更します。[Chng]ボタンと同じです。
[水素付加]▶ 水素を付加します。
[座標調整] ChemDrawのMol形式読込み等で結合距離が異常な場合、水素付加前に結合距離を調整することが出来ます。
[全原子]　Ctrl+H 全原子に水素を自動的に付加します。
[１原子] 選択原子に水素を自動的に付加します。
[１原子(H1)] 選択原子に水素を1個付加します。
[１原子(H2)] 選択原子に水素を2個付加します。
[１原子(H3)] 選択原子に水素を3個付加します。
[水素削除] 水素を削除します。
[部分回転]　Ctrl+R 前選択原子と選択原子を通る軸の周りで、選択原子側の原子グループを回転します。２つの選択原子の前に、さらに２つの原子を選択しておくと、回転軸周りの二面角が表示されます。
[結合角変更] 前選択原子を中心に結合角を変更します。選択原子側の原子グループが画面上の平面で回転するので、分子を回転してから行うと、いろいろな変形ができます。
[部分移動] 選択側の原子グループを移動します。
[部分複製] 部分複製の位置と数の設定をします。
[部分削除] 選択側の原子グループを削除します。
[部分自由回転] 選択側の原子グループを自由回転します。
[部分固定・自由] 選択原子グループの最適化指標を変更します。
[部分クリーン] 選択原子グループだけを対象に簡易分子力場法で構造最適化を行います。
[変更]▶
[距離] 数値を直接入力して、指定した原子間の距離を変更します。
[角度] 数値を直接入力して、指定した原子間の角度を変更します。
[二面角] 数値を直接入力して、指定した原子間の二面角を変更します。
[環構築]　F9 選択した末端二原子間で環を作ります。多環用部品の"-CHCH-"や"-CH-"を自動的に付加します。

4.3. [編集2]

[編集2]
[部品置換]　F6 選択した原子を部品コンボボックスの現在の部品で置換します。。"-CHCH-"と"-CH-"は多環構造を作る為の部品で、前選択原子側に炭素原子が近づく構造になります。
[Rep]ボタンと同じです。原子を右クリックすることでも置換されます
[部品登録] 編集中の分子を部品として登録します。結合させる末端原子を選択しておく必要があります。
[部品削除] 現在の部品の登録を削除します。
[ポリマー] monomerを編集します。
[結合]▶
[結合付加]　F7 前選択原子と選択原子の間に結合を追加します。
[結合削除]　F8 前選択原子と選択原子の間の結合を削除します。
[移動] 分子を上下左右に移動します。
[原点復帰] 原点を画面の中心に戻します。
[重心原点] 指定すると、常に重心を原点に調整します。
[番号交換] 選択原子と前選択原子の番号を交換します。
[原子の並び替え] 水素原子が後ろに来るように、原子を並び替えます。
[初期配向]▶
[配向] 初期配向に戻します。
[再設定] 現在の配向を初期配向に設定します。
[再設定（３点）] 事前にクリックして指定した３点で決まる平面を、初期配向に設定します。[重心原点]のチェックがない時は、１点目が原点になります。
[原点設定] 選択した原子を原点に設定します。[重心原点]にチェックがある時は動作しません。
[Z-Matrix]▶
[原子追加] 元素ウィンドウの原子を追加します。原子を置きたい所をクリックした後、結合関係を示す３原子をクリックします。
[ダミー原子追加] ダミー原子を追加します。
[２面角変更] Z-Matrixの２面角を変更します。
[結合関係変更] Z-Matrixの結合関係を変更します。
[原子移動(Z-Mat)] １原子を移動することで、Z-Matrixの結合関係にある原子も移動します。
[Z-Matrix再生成] Z-Matrixを再生成します。結合関係も再生成されます。
[クリーン]　Ctrl+G 簡易分子力場法で構造最適化を行います。
[結合再生成] 全原子の結合を再生成してから再描画します。
[結合関係保持] チェックされている場合は、分子編集時に結合関係が変わらないようにします。
[XYZ座標保持] チェックされている場合は、結合関係を変えてもXYZ座標位置が変わらないように結合長・結合角等が自動的に修正されます。
[座標反転] 座標を反転し、鏡像体に変換します。
[鏡像体生成] 鏡像体を生成します。
[部分重心] 選択した原子群の重心を求めて、その位置にダミー原子を置きます。
[分子を選択] チェックを入れた分子を選択します。選択後、部分削除などの各種操作を適用できます。

4.4. [表示]

[表示]
[最大化] ウィンドウを最大化します。もう一度選択すると元に戻ります。
[全表示] 分子表示画面のみをウィンドウ全体に広げます。もう一度選択すると元に戻ります。
[標準色] 配色を、Winmostar、GaussView、Jmol、Rasmol、旧Winmostar、特許出願用モードから選択します。
[色変更]▶
[原子] 選択している原子種の色を変更します。
[背景] 背景の色を変更します。
[背景(3D)] 3D表示の背景の色を変更します。
[結合] 結合の色を変更します。
[文字] 分子表示画面の文字の色を変更します。
[VDW半径変更] VDW半径を変更します。
[芳香環]▶
[結合再生成] 結合再生成させます。
[atom. bond -> 1-2] 芳香環結合を単結合と二重結合の組み合わせに変更します。
[1-2save(mol)] molファイルの保存時に、芳香環を単結合と二重結合の組み合わせに変更してから出力します。
[双極子／遷移モーメント]▶
[表示] MOPACの計算結果から双極子／遷移モーメントを表示します。
[スケール] 矢印の長さのスケールを設定します。
[双極子／遷移　選択] 双極子モーメントと遷移モーメントの表示・非表示を変更できます。
[表示選択]▶ 表示のオン・オフを設定します。
[メッシュ] グリッドを表示します。
[スライダー] ズーム・スライダーを表示します。
[番号/電荷] 番号と元素名(あるいは電荷)を表示します。
[電荷表示]▶ 電荷の表示方法を変更します。
　　　　[Numerical] 数値で表示します。
　　　　[Graphical] 青丸と赤丸で表示します。
　　　　[Scale] 青丸と赤丸のスケールを設定します。
[全原子] ダミー原子等も表示します。
[分子情報] 分子に関する情報をウィンドウ内に表示します。
[選択原子マーカー] 選択原子を赤丸のマークで表示します。
[座標軸] 座標軸を表示します。
[多重結合] 多重結合を表示します。
[諧調] カラーリング時の諧調の有無を指定します。
[キーワードフォントサイズ] キーワードフォントサイズを変更します。
[バックボーン] バックボーンを表示します。
[棒球表示] 棒球モデルの表示形式を、スリム、標準、BS1, BS2から選択します。
[拡大・縮小] 拡大または縮小表示します。
[空間充填モデル] 空間充填モデルを表示します。
[遠近法] 遠近法を使って表示します。
[周期境界折り返し表示]▶
[なし] 折り返し表示を行いません。
[原子] 原子単位で折り返し表示します。
[分子] 分子単位で折り返し表示します。
[3D] OpenGLを用いたビューワを起動します。
[Jmol] Jmolを起動します。
[VRML] VRMLで表示します。（VRMLビューワがインストールされている必要があります）
[Mercury] Mercuryを起動します。読込み中のファイルの拡張子がCIFの時はCIFファイルを読込みます。
[ChemscapeChime] MDL Chimeがインストールされている場合、新しいウィンドウでMDL Chimeを起動します。
[レイトレーシング(POV-Ray)] POV-Rayがインストールされパスが設定されている場合、レイトレーシングによるレンダリングを設定、実行します。
[OpenSCAD] OpenSCADがインストールされパスが設定されている場合、OpenSCADを起動し3Dプリンタ用のデータを出力します。
[クリップボードに貼り付け] 分子表示画面をクリップボードに貼り付けます。

4.5. [QM1]

[QM1]

　Winmostarに内蔵されているのはMOPAC6/MOPAC7です。 　
　他のソルバは、それぞれのホームページからダウンロードしたり登録したりすることが必要になります。
[リモートジョブ投入] sshによるLinux(UNIX)マシンのリモートジョブ制御を行います。GAMESS,Gaussian,NWChem,Gromacs,LAMMPS,ERmodの実行・制御が可能で、 各種ジョブスケジューラに対応しています。
[MOPACキーワード]▶
[設定] MOPACのキーワードを設定するウィンドウを表示します。
[インポート] 保存済みのMOPAC形式データから、キーワード部分をインポートします。
[ジョブマネージャで実行] 実行時にジョブマネージャを使用するか設定します。
[(1)MOPAC6実行] 現在の分子構造・キーワードでMOPAC6入力ファイルを生成し計算を実行します。 計算後は自動的に[その他]-[パスの設定]-[エディタ]で指定したエディタで出力ファイルが開かれます。
[(2)MOPAC7実行] MOPAC7入力ファイルを生成し計算を実行します。 または、[その他]-[パスの設定]-[(2)MOPAC]で指定したプログラムを起動します。
[(3)MOPACX実行] MOPAC入力ファイルを生成し、[その他]-[パスの設定]-[(3)MOPAC]で指定した別バージョンのMOPACを起動します。 (無い場合は無効になります)
[outファイル編集] MOPACの標準出力ファイル(.out)を指定エディタで開きます。
[arcファイル編集] MOPACの出力要約ファイル(.arc)を指定エディタで開きます。
[Import]▶
[MO(mgf)] 計算でグラフィック用出力を指定したとき(キーワードGRAPHF)、その出力を読み込んで分子軌道を表示します。3D表示も可能です。
[Charge,Dipole(arc)] Arcファイルを読み込んで、電荷や双極子モーメントを表示します。
[Animation(arc)] Arcファイルを読み込んで、構造表示やアニメーション連続表示を行います。
[IRC,STEP(out)] IRC計算の構造出力を読み込んで、連続表示を行います。
[Force(out)] 振動解析結果を読み込んで、赤外線吸収スペクトルと振動の表示を行います。
[FMO]▶
[PDB編集] PDBデータの残基情報等を残したまま、原子削除等の編集を行います。
[FMOutil] FMOutilを起動します。
[GAMESSキーワード]▶ キーワード欄をGAMESS用パラメータに差し替えます。
[設定] GAMESSのキーワードを設定するウィンドウを表示します。
[インポート] 保存済みのGAMESS形式データから、キーワード部分をインポートします。
[NCPUS] 計算に使用するCPU（コア）の数を指定します。
[NODES(Firefly)] 計算に使用するノードのディレクトリを指定します。
[(1)GAMESS実行] 現在の分子構造・キーワードでGAMESS入力ファイルを生成し計算を実行します。
外部基底関数ファイルを使用するには($BASIS EXTFIL=.T.)、basis.libをGAMESSのEXEファイルと同じディレクトリに置きます。 WinGAMESSの場合は、runscript.cshの中でsetenv EXTBAS ../basis.libと指定します。
[(2)GAMESS実行] [パスの設定] － [(2)GAMESSのパス]で指定したプログラムを起動します。
[out(log)ファイル編集] GAMESSの標準出力ファイル(.out)を指定エディタで開きます。
[インポート]▶
[Animation] GAMESSの標準出力ファイル(.out)を読み込んで、最適化過程の座標変化を表示します。
[MO,UV,Charge,Dipole,NMR] GAMESSの標準出力ファイル(.out)を読み込んで、構造と分子軌道などを表示します。3D表示も可能です。
[Hessian,Raman] 振動解析結果を読み込んで、赤外・ラマン吸収スペクトル表示と振動の表示ができます。
$VEC from punch $VECをpunchファイルから読み込みます。
$HESS from punch $HESSをpunchファイルから読み込みます。
RESP charge from punch RESP法に基づく点電荷をpunchファイルから算出します。
[Gaussianキーワード]▶
[設定] Gaussianのパラメータを設定するウィンドウを表示します。
[インポート] 保存済みのGaussian形式データから、パラメータ部分をインポートします。
[Gaussian実行] 現在の分子構造・キーワードでGaussian入力ファイルを生成し計算を実行します。
[log(out)ファイル編集] Gaussianの出力ファイルを指定エディタで開きます。
[インポート]▶
[Animation] Gaussianの出力ファイル(.out)を読み込んで、最適化過程の座標変化を表示します。
[Anim_Opt(IRC,modred)] Gaussianの出力ファイル(.out)を読み込んで、最適化構造を表示します。
[MO,UV,Charge,Dipole,NMR] Gaussianの出力ファイル(.out)を読み込んで、構造と分子軌道などを表示します。3D表示も可能です。
[Freq] 振動解析結果を読み込んで、赤外・ラマン吸収スペクトルの表示と振動の表示を行います。
[FormChk] G09W,G03WユーティリティのFormchkを起動し、.chkファイルから書式付の.fchファイルを作成し、表示します。
[Fchkファイル読み込み(CubeGen)] G09W,G03WユーティリティのCubegenを起動し、.fchファイルを読込んでCubeファイルを作成します。Cubegenがない場合は、Winmostar内臓のOpenCubegenを使います。
[Cubeファイル読み込み] Cube形式ファイルを読込んで表示します。3D表示も可能です。GAMESSのpunファイルの場合は、Cubeファイルに変換します。
[PIO]▶
[with Gaussian] GaussianによるPIO (paired interacting orbitals) analysis計算 の設定と実行を行います。
[with GAMESS] GAMESSによるPIO (paired interacting orbitals) analysis計算 の設定と実行を行います。

4.6. [QM2]

[QM2]
[リモートジョブ投入] [QM1]-[リモートジョブ投入]と同じです。
[NWChemキーワード]▶ キーワード欄をNWChem用パラメータに差し替えます。
[設定] GAMESSのキーワードを設定するウィンドウを表示します。
[インポート] 保存済みのNWChem形式データから、キーワード部分をインポートします。
[NWChem実行] 現在の分子構造・キーワードでNWChem入力ファイルを生成し計算を実行します。
NWCHEM_BASIS_LIBRARY環境変数が設定されていな場合は、NWChemの実行ファイルと同フォルダのlibrariesフォルダを指定します。
[outファイル編集] NWChemの標準出力ファイル(.out)を指定エディタで開きます。
[インポート]▶
[Animation] NWChemの標準出力ファイル(.out)を読み込んで、最適化過程の座標変化を表示します。
[MO,UV,Charge,Dipole,NMR] NWChemの標準出力ファイル(.out)を読み込んで、構造と分子軌道などを表示します。 3D表示も可能です。
[Frequencies,Raman] NWChemの標準出力ファイル(.out)を読み込んで、基準振動やラマンスペクトルを表示します。
[CNDO/Sキーワード]▶
[設定] CNDO/S用パラメータを設定します。
[インポート] CNDO/S形式ファイルを読み込んで、キーワード部分をインポートします。
[CNDO/S実行] CNDO/S計算を実行します。

　日本コンピュータ化学会に登録されている旧JCPEのP083(CNDO/S：紫外・可視吸収スペクトル計算） （マニュアル）です。 二つのプログラムを一つにして、Winmostarから起動できるように修正を行い、Cygwinのg77でコンパイルしてcndosw.exeを作成しました。 ソースプログラム(cndosw.f)もWinmostarのインストールディレクトリに同梱されています。

[UV-VISスペクトル] CNDO/S計算結果から紫外・可視スペクトルと分子軌道を表示します。
[lstファイル編集] CNDO/S出力ファイルをエディタで開きます。
[MOSF]▶
[MOSFパラメータ] キーワード欄をMOSF用パラメータに差し替えます。
[MOSF実行] MOSF計算を実行します。
[UV-VISスペクトル] MOSF出力から紫外・可視スペクトルを表示します。
[osm(mut)ファイル編集] MOSF出力ファイルを指定エディタで開きます。

4.7. [MD]

[MD]
[リモートジョブ投入] [QM1]-[リモートジョブ投入]と同じです。
[Gromacs]▶
[キーワード設定] GromacsによるMD計算の設定を行います。
[Gromacs実行] GromacsによるMD計算を行います。
[GROファイル読み込み] Gromacsの出力結果のGROファイル(gmx_tmp_mdrun.gro)、または変換したPDBファイル(gmx_tmp_mdrun.pdb)を読み込みます。
[トラジェクトリ読み込み] Gromacsの出力結果のTRRファイル(gmx_tmp_mdrun_trr)を読み込み3Dグラフィックス表示します。
[エネルギー変化] Gromacsの出力結果のEDRファイルから各種エネルギーのグラフを表示します。
[動径分布関数] Gromacsの出力結果のTRR,TPR,NDXファイルから動径分布関数のグラフを表示します。
[平均二乗変位] Gromacsの出力結果のTRR,TPR,NDXファイルから平均二乗変位のグラフを表示します。
また、自己拡散係数を計算します。
[RMSD] Gromacsの出力結果のTRR,TPR,NDXファイルからRMSD(平均二乗偏差)のグラフを表示します。
[回転半径] Gromacsの出力結果のTRR,TPR,NDXファイルから回転半径のグラフを表示します。
[散乱関数] 分子をGromacsで溶媒として使えるよう登録します。
[溶媒として保存] 分子をGromacsで溶媒として使えるよう登録します。
[ER法実行] エネルギー表示(ER)法に基づき溶媒和自由エネルギーを計算します。
[ER法結果読み込み] [ER法実行]にて処理した結果を表示します。
[BAR法実行] Bennett Acceptance Ratio(BAR)法に基づき溶媒和自由エネルギーを計算します。
[BAR法結果読み込み] [BAR法実行]にて処理した結果を表示します。
[LAMMPS]▶
[キーワード設定] LAMMPSによるMD計算の設定を行います。
[LAMMPS実行] LAMMPSによるMD計算を行います。
[トラジェクトリ読み込み] LAMMPSの出力結果のdumpファイルを読み込み3Dグラフィックス表示します。
[エネルギー変化] LAMMPSによるの出力結果のlogファイルから各種エネルギーのグラフを表示します。
[動径分布関数] LAMMPSの出力結果のXTCファイルから動径分布関数のグラフを表示します。
[平均二乗変位] LAMMPSの出力結果のXTCファイルから平均二乗変位のグラフを表示します。
また、自己拡散係数を計算します。
[Amber]▶
[LEaPキーワード設定] tLEaPの設定を行います。
[LEaP実行] tLEaPを用いて座標（crd）ファイルおよびトポロジ（prmtop）ファイルを作成します。
[sanderキーワード設定] sanderの設定を行います。
[sander実行] sanderを実行します。
[座標ファイル読み込み] Amber形式の座標（crd）ファイルとトポロジ（prmtop）ファイル読み込みます。
[トラジェクトリ読み込み] sanderの出力結果のトラジェクトリファイルを読み込みます。
[エネルギー変化] sanderによるの出力結果のlogファイルから各種エネルギーのグラフを表示します。
[ポリマー]▶
[モノマー登録] モノマーを登録します。
[ホモポリマービルダ] ホモポリマーを作成し登録します。
[ブロックポリマービルダ] ブロックポリマーを作成し登録します。
[ランダムポリマービルダ] ランダムポリマーを作成し登録します。
[ポリマーセルビルダ] 登録したポリマー鎖を活用してポリマーセルを構築します。
[設定] モノマーを登録するフォルダおよびポリマー鎖を登録するフォルダを指定します。
[散逸粒子動力学]▶
[DPDセルビルダ] 計算対象のポリマーセルを構築します。
[ポテンシャル編集] 散逸粒子動力学に用いるポテンシャルを編集・設定します。
[界面ビルダ] 界面ビルダを起動します。

4.8. [固体]

[固体]
[リモートジョブ投入] [QM1]-[リモートジョブ投入]と同じです。
[結晶ビルダ] 結晶系のモデリングを行います。
[Quantum ESPRESSOキーワード]▶
[設定] 第一原理計算ソフトQuantum ESPRESSO（以下、QE）の計算条件を設定します。
[Quantum ESPRESSO実行] QEの計算を実行します。
[pwoutファイル編集] QEの出力ファイル(.pwout)を指定エディタで開きます。
[インポート]▶ QEの計算結果を表示します。
[Animation(pwout)] QEの出力ファイル(.pwout)を読み込んで、最適化過程のエネルギー変化を表示します。
[Electron Density] QEの出力ファイルフォルダを指定し等電子密度面を表示します。
[Lowdin Charge] QEの出力ファイルフォルダを指定し点電荷（Lowdin電荷）を表示します。
[Potential Energy Distribution] QEの出力ファイルフォルダを指定しz軸方向のポテンシャルエネルギーの分布を表示します。
[Band Structure] QEの出力ファイルフォルダを指定しバンド構造を表示します。
[Density of States] QEの出力ファイルフォルダを指定し状態密度を表示します。
[Animation(pos)] QEの出力ファイル(.pos)を読み込んで、MD計算の原子座標変化を表示します。
[Energy Plot(evp)] QEの出力ファイル(.evp)を読み込んで、各種エネルギーのグラフを表示します。
[FDMNESキーワード]▶
[設定] XAFSスペクトル計算ソフトFDMNESの計算条件を設定します。
[FDMNES実行] FDMNESの計算を実行します。
[XAFSスペクトル] XAFSスペクトルのグラフを表示します。

4.9. [その他]

[その他]
[SMILES入力] SMILES表記で入力すると分子モデリングを行います。
[配座探索] Balloonによる配座探索を行います。
[CONFLEX] CONFLEXを起動します。別途CONFLEXをインストールする必要があります。
[分子表面積・体積]

分子の体積や表面積を計算します。この計算は函館高専の長尾先生のプログラムを使用しています。

　参考文献）長尾輝夫「分子表面積及び体積計算プログラムの改良」函館工業高等専門学校紀要.（Hakodate Kogyo Koto Senmon Gakko Kiyo）,第27号,ｐ111-120,1993
　
(1) VAN DER WAALS MOLECULAR SURFACE(VMS)：原子をVan del Walls半径の球に置き換えた表面。
(2) ACCESSIBLE MOLECULAR SURFACE：VMS表面の周りを溶媒分子でなぞった溶媒分子の中心の面。
(3) MOLECULAR SURFACE：VMS表面の周りを溶媒分子でなぞった接触表面と凹角表面。 ( SOLVENT-EXCLUDED SURFACE、または、Connolly SURFACEとも呼ばれます。)

　OVALITYの計算は千田が追加しました。
　OVALITY：分子表面積/最小表面積：S/4π(3V/4π)**(2/3)。 最小表面積とは、分子体積が等しい真球の表面積：4π(3V/4π)**(2/3)

[アスペクト比] アスペクト比を計算します。アスペクト比は、分子が内接する最小直径の円筒の長さ(L)と直径(D)の比(L/D)で定義されます。
[Sterimolパラメータ] メイン画面上でCtrl+ドラッグで選択した（青色でマークされた）原子の集合に対して、Sterimolパラメータを計算します。Calculateをクリックすると計算が開始されます。
[慣性半径] 慣性半径を計算します。
[点群解析] モデリングした分子の点群解析を行います。
[検索] 各種計算結果出力をキーワード検索し、ヒットした行をExcelまたはテキストファイルに出力します。
[ジョブマネージャ]

ジョブマネージャを起動します。
[ジョブマネージャで実行]

ジョブマネージャを起動する設定を行います。
[連続実行] 　GaussianとGAMESSの複数ジョブの計算を連続的に実行します。 連続的に実行するbatファイルを作成・実行するものです。
　まず、普通にGaussianやGAMESSを実行することで１分子実行batができます。実行時にエラーが出ないことを確認してから、DOSウィンドウの[x]で終了します。
　[その他]/[連続実行]を選択すると、ウィンドウの左側の欄には既に実行したことのある１分子実行batファイルが表示されます。 ファイル名は入力ファイル名.batになっています。batファイルを選択して[=>]を押すと、ウィンドウの右側の欄に追加されます。 [Run]で、設定されたジョブの連続実行が始まります。[Run at]で、指定した時刻に連続実行が始まります。連続実行ジョブは、 winmos_batjob1～5.batに保存されます。[Load]・[Save]ボタンで読込・保存もできます。
[パスの設定]▶ それぞれのプログラムの実行ファイルのパスを指定します。
[(1)MOPAC]
[(2)MOPAC]
[(3)MOPAC]
[(1)GAMESS]
[(2)GAMESS]
[Gaussian]
[MOSF]
[Mercury]
[Povray]
[エディタ]
[Amber]
[Cygwin (GROMACS)]
[NWChem]
[CONFLEX]
[MPICH2]

4.10. [ヘルプ]

[ヘルプ]
[マニュアル] マニュアルを表示します。
[WEBマニュアル] winmostar.comのマニュアルページを表示します。
より詳細なドキュメントがあります。
[周期表] 周期表を表示します。
[ホームページ] Winmostarのホームページを開きます。
[Language] ロケールに設定した言語、日本語、英語の切り替えが可能です。
[広告削除] 右上部の広告を削除します。
[バージョン情報] バージョン情報を表示します。
[ライセンス設定] ライセンスコードを設定できます。

5. キーボードショートカット

新規 Ctrl+N 元素変更 Shift+F5
開く Ctrl+O 部品置換 F6
上書き保存 Ctrl+S 結合付加 F7
元に戻す Shift+F1 結合削除 F8
やり直し Shift+F2 環構築 F9
原子追加 F4 拡大 F3
原子移動 F5 縮小 F2
原子削除 Shift+F4 ヘルプ F1