4. 基本的な操作の流れ¶
ここでは、Winmostarを用いて量子化学計算、分子動力学計算、あるいは第一原理計算を流す基本的な流れを紹介します。
- 初期構造を作成
初期構造の作成方法 の手順で、計算したい系を作成します。
- 計算条件（キーワード）の設定
上部のツールバーの1行目中央の ソルバを選択 プルダウンメニュー
で使用したいソルバを選び、 キーワード設定 ボタン
をクリックします。
いくつかのソルバでは、キーワードの欄にポインタを重ねると、そのキーワードの意味が出現します。
- 計算の実行
WinmostarをインストールしたWindows PC上で計算を実行する場合（ ローカルジョブ ）
- キーワード設定ウィンドウが開いた状態で Run ボタンを押します。
- キーワード設定ウィンドウを OK ボタンを押して閉じます。 メインウィンドウの キーワード表示エリア にキーワードが反映されるので、キーワードを直接編集したい場合は、この段階でキーワード表示エリアを編集するか、 テキストエディタで開く から任意のテキストエディタを用いて入力ファイルを編集します。 その後、ツールバーの 実行 ボタン
をクリックします。
Run または 実行 をクリックした後、入力ファイルが保存されていない場合は入力ファイルの名前を入力すると保存され、続けて Winmostar Job Manager にジョブが登録されます。
Winmostar Job Manager は登録されたジョブを順番に処理します。
WinmostarをインストールしたPCにネットワークで接続されたLinuxマシン上で実行する場合（ リモートジョブ ）
キーワード設定ウィンドウを OK ボタンを押して閉じます。
次に、ツールバーの リモートジョブ投入 ボタン
をクリックしサーバへの接続設定を行います。 その後、 Submit Remoet Job ウィンドウ上の Send & Submit ボタンを押し、入力ファイルの保存、転送（Send）とリモートサーバでのジョブの登録（Submit）を一度に行います。
リモートサーバ上では登録されたジョブが順番に実行されます。
リモートサーバ上でジョブが終了したら Get All Files ボタンを押して、WinmostarをインストールしたWindows PC上に計算から出力されたファイルを転送します。
詳細は リモートジョブの実行手順 を参照してください。
- ログの確認
ツールバーの ログを表示 ボタン
を選択します。
どのファイルを開くか聞かれるが、ログを確認したい計算の入力ファイルがメインウィンドウに表示されている場合は、デフォルトで選択されるファイルを開きます。
ログファイルがテキストエディタで表示されるので、ジョブが正常あるいは異常終了したか確認します。
- 各種物理量の表示、解析
ジョブが正常終了している場合は、ツールバーの 結果解析 ボタン
を押して、表示したい物理量のメニューを選択します。
どのファイルを開くか聞かれるため、適宜選択します。 複数ファイル選択する場合もあります。 ログの確認時と同様に、メインウィンドウに表示されているファイルに紐づけられたものがデフォルトで選択されます。
ファイルを指定すると、結果表示用のウィンドウが表示されます。
- 構造最適化の過程やトラジェクトリを可視化する場合はツールバーの アニメーション ボタン
を押します。
- SCFやMD計算中のエネルギーや温度などの変化をグラフ化する場合は、ツールバーの エネルギー変化 ボタン
を押します。
- 分子形状の解析については、別途 ツールメニュー 以下に機能が用意されています。
- ジョブの延長、継続
ジョブの延長や継続が必要な場合は、再度キーワード設定ウィンドウを開き、ジョブを開始します。
- MDについては、キーワード設定ウィンドウで Extending Simulation にチェックを入れます。
- Quantum ESPRESSOについては、キーワード設定ウィンドウで Output Direcotory に Continue を指定しますd。
- その他、例えば半経験QM、QMの構造最適化計算の後に計算を流したい場合は、一旦 ツールバーの アニメーション ボタン