6.26. Animationウィンドウ¶
ウィンドウ左のリストには、各フレームのステップ数、エネルギー、力などを表示します。リストの各行をクリックするとその行に対応するフレームがメインウィンドウに表示されます。
ウィンドウ下部では、リスト内の Column プルダウンメニューで選択した列の値がグラフ表示されます。
アニメーション（トラジェクトリ）データについて本ウィンドウから直接結果解析することも可能で、詳細は Tools メニューを確認してください。
- Fileメニュー
- Realod
アニメーションを再度元ファイルから読み込みます。
Reload ボタンからも操作できます。
- Export GIF Animation
GIFアニメーションファイルを書き出します。
Export... ボタンからも操作できます。
- Export JPEG Images
連番JPEGファイルを書き出します。
Export... ボタンからも操作できます。
- Export Animated GRO File
- アニメーションgroファイルを出力します。VMD等との連携に使用できます Export... ボタンからも操作できます。
- Close
このウィンドウを閉じます。 再度開く場合は ウィンドウメニュー を選択します。
Close ボタンからも操作できます。
- Controlメニュー
- Go to First Frame
最初のフレームに移動します。
ウィンドウ内のボタンからも操作できます。
- Play/Pause
アニメーションを再生/一時停止します。
ウィンドウ内のボタンからも操作できます。
- Go to Last Frame
最後のフレームに移動します。
ウィンドウ内のボタンからも操作できます。
- Toolsメニュー
- Invert Trajectory
- トラジェクトリを反転させます。順方向、逆方向のIRC計算のトラジェクトリを、鞍点を中心に結合させたいときに便利な機能です。
- Skip Frames
- トラジェクトリを一定間隔で間引きます。長大なトラジェクトリのサイズを小さくして解析の処理速度を軽くしたい場合などに便利な機能です。
- Distance/Angle Change
トラジェクトリ内の指定した原子間の結合長・結合角・二面角を解析します。
- Bond/Angle Change ウィンドウで、 Type を選択します。
- Target Atoms にコンマ区切りで計算したい結合長・結合角・二面角を定義する原子を列挙します。Set ボタンをクリックすると、メインウィンドウでマーカーが付いた原子を自動で入力することができます。
- Plot において時間変化（ Time Change ）またはヒストグラム（ Histogram ）のどちらを出力するか選択する。
- Draw ボタンをクリックします。
- Mean Square Displacement/Diffusion Constant
- 平均二乗変位および自己拡散係数を算出します。詳細は 平均二乗変位 を参照してください。Gromacsなど一部のソルバでは本メニューが有効になりませんが、ソルバのメニューに同等機能が用意されている場合があります。
- Radial Distribution Function
- 動径分布関数を算出します。詳細は 動径分布関数 を参照してください。Gromacsなど一部のソルバでは本メニューが有効になりませんが、ソルバのメニューに同等機能が用意されている場合があります。
- Extract Trajectory for Selected Group
- メインウィンドウでグループ選択した原子のみを取り出したトラジェクトリファイルを作成します。
- 上下スライダー
- ドラッグするとフレーム間を移動します。
- Speed スライダー
- 再生速度を調整します。
- Loop チェックボックス
- チェックされている場合はループ再生されます。
- Dynamics Bond チェックボックス
スナップショットごとに結合を毎回自動生成します。
化学結合が組み変わるMD計算（第一原理MD、CPMD、ReaxFF、DCDFTBMDなど）の際に有用です。
- Open Viewer ボタン
- 現在開いているアニメーションを Winmostar Viewer を用いて表示します。
- Excel ボタン
- リストの内容をcsv形式で出力し、Excelを起動して読み込みます。
- Custom Plot ボタン
- リストの内容、原子間距離、角度、格子定数などを柔軟にプロットできるウィンドウを開きます。