9.1. ChemDraw/Chem3Dとの連携

ChemDraw上で構造式を描画して作成した分子は、次の SMILES形式 または mol形式 でWinmostarに読み込むことができます。 Chem3Dで作成した3次元構造を読み込む場合は、SMILESまたはmol形式を経由すると立体構造や水素原子の情報が欠落するため、Chem3Dから Gaussian入力形式 でWinmostarに読み込ませてください。

9.1.1. ChemDrawからSMILES形式で読み込む場合

操作手順は以下の通りです。

  1. ChemDrawで分子をモデリングした後、 Edit ‣ Copy As ‣ SMILES をクリックします。

  2. Winmostarで ファイル ‣ インポート ‣ SMILES をクリックし、 Enter SMILES の欄に先ほどコピーした文字列をペーストします。

  3. Import ボタンをクリックすると、メインウィンドウに分子がモデリングされます。

9.1.2. ChemDrawからmol形式で読み込む場合

操作手順は以下の通りです。

  1. ChemDrawで分子をモデリングした後、 File ‣ Save As をクリックし、MDL MolFile形式を選択しファイルを保存します。

  2. Winmostarで先ほど保存したファイルを開きます。ChemDrawで出力したmolファイルには水素が含まれず、結合長も適切でないため、Winmostar上で自動的に結合長の調整と水素の付加が行われます。

9.1.3. Chem3DからGaussian入力形式で読み込む場合

操作手順は以下の通りです。

  1. Chem3Dで分子をモデリングした後、 File ‣ Save As をクリックし、 Gaussian Input (.gjf,.gjc)形式 を選択しファイルを保存します。

  2. Winmostarで先ほど保存したファイルを開くと、メインウィンドウに分子が表示されます。その後、使用したいソルバのキーワード設定から計算内容を設定してください。