13. よくある質問・トラブルシューティング
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Q. Cygwinを使う処理が異常終了します。/ 機能で ... ERROR ... と表示されます。/Cygwinの黒いウィンドウに child_info_fork::abort: ... Loaded to different address: parent ... != child ... などと表示されます。
Q. 機能で No reference file (... filelist_cygwinwm.txt) was found... と表示されます。
Q. 機能で WARNING ... some files are missing と表示されます。
Q. Winmostarの各種機能やソルバーの実行など、黒いコンソール画面が出現する機能において、黒いコンソール画面の処理が終わらず先に進みません。
Q. ファイルを開いたり、分子をモデリングした際に、結合が出現しなくなってしまった。または、無駄に結合が多く出現するようになってしまった。
Q. Winmostarから直接計算を実行せず、ファイルだけを保存させることはできますか?Winmostarが生成するファイルを編集してからジョブを流すことはできますか?
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Q. 機能を実行すると Error : Failed to solvate. などと表示され処理に失敗します。
MOPAC, CNDO/S, GAMESS, NWChem, Gaussianに関して
Q. 系のモデリング中や、計算結果を読み込んだ際に、不要な結合が表示されます。または結合が表示されません。どのように対処したらいいですか?
Q. MOPACのログに ATOMS **, **, AND ** ARE WITHIN .**** ANGSTROMS OF A STRAIGHT LINE と表示されて異常終了します。
Q. MOPACを実行するとログに「UNRECOGNIZED KEY-WORDS: ( PM6(ハミルトニアン名))」と出力され計算が終了してしまいます。
Q. GAMESS, Gaussian, NWChemのESP(静電ポテンシャル)の3次元表示を高速化することはできますか?
Q. GAMESSの実行時に「* ERROR: MEMORY REQUEST EXCEEDS AVAILABLE MEMORY」などとログに出力され計算が異常終了します。
Q. Windows版GAMESSをインストールした直後は問題なく利用できていたが、ある時期から計算が全て途中で異常終了するようになりました。対処方法はありますか?
Q. GAMESSのログに「 **** ERROR **** PCM SPHERE(S) MUST HAVE A POSITIVE RADIUS 」と表示され異常終了します。
Q. GAMESSの実行時に「ERROR: BAD DELOCALIZED COORDINATES GENERATED!!!」とログに出力され計算が異常終了します。
Q. GAMESSで構造最適化計算を実行し「THE GEOMETRY SEARCH IS NOT CONVERGED!」というメッセージが出た際の対処方法を教えてください。
Q. NWChemの並列実行時に「Please specify an authentication passphrase for smpd: 」とログに出力され計算が流れません。
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Q. MD計算においてSHAKE法などによる拘束は計算結果にどのような影響を与えますか?拘束方法はどのように選んだらよいですか?
Q. MD計算を実行後、アニメーションを観たり、最終構造を見ていると、分子がセルの外側に出てしまうことがあるのはなぜですか?
Q. タンパク質のような大規模な分子に[溶媒を配置/セルを構築]メニューでセルから水分子を追加してセルを作成するとセルから分子がはみ出ることがあります。
Q. [MD]-[自動で電荷を割り当て]メニューで「Topology file not found」というエラーが表示されます。解決方法はありますか?
Q. 界面ビルダで作成した構造からMD計算を実行しようとすると、力場の割り当てが失敗したりMD計算破綻します。解決方法はありますか?
Q. LAMMPS, Gromacsで液体(有機物)-固体(無機物)間の相互作用パラメータをどのように決めたらいいですか?
Q. Gromacsの最終構造やアニメーションを読み込んで取得した構造や、それに何かしらの編集を行ってから再びMD計算を実行すると力場の割り当てが失敗したりMD計算が破綻します。解決方法はありますか?
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Q. Quantum ESPRESSOのSCF計算が出力ファイル(.pwoutまたは.out)に「too few bands」と表示され異常終了します。nbndの設定方法が分かりません。
Q. Quantum ESPRESSOのSCF計算が出力ファイル(.pwoutまたは.out)に「charge is wrong」と表示され異常終了します。どのように解決したらいいですか?
Q. Quantum ESPRESSOを用いて誘電関数を計算する際に、epsilon.xの出力(eps.out)に「bad band number」と表示され誘電関数を取得できません。
Q. Quantum ESPRESSOでセルサイズの構造最適化を行うと最終構造のエネルギーで不連続的な変化をしたりエネルギーが増加するのはなぜですか?
Q. Quantum ESPRESSOが原子数の少ない系では正常終了しますが大きい系では「cannot allocate ...」などのエラーとともに異常終了します。どんな対処法がありますか?
Q. Quantum ESPRESSOでProjected DOS(PDOS)に出現するTotal DOSとDensity of States(DOS)に出現するDOSの値が異なるのはなぜですか?
Q. Quantum ESPRESSO 6.6以前と以降でSCF計算の収束に掛かるサイクル数が大きく変化しますがなぜですか?
Q. 系のモデリング中や、計算結果を読み込んだ際に、不要な結合が表示されます。または結合が表示されません。どのように対処したらいいですか?
13.1. 購入に関して
13.1.1. Q. 代金の支払方法を教えてください。
13.1.2. Q. 当社から発行される書類の種類を教えてください。
13.1.3. Q. 代理店などエンドユーザ以外が注文する方法を教えてください。
13.1.4. Q. Winmostar本体と保守の価格を分割することは可能ですか?保守のみの販売はありますか?
13.1.5. Q. 製品の保証書はありますか?
13.1.6. Q. 個人利用での割引などありますか?個人向けライセンスはありますか?
13.1.7. Q. 教育機関と研究機関を兼任していますが、研究機関の予算で教育機関向けライセンスを購入できますか?
13.2. ライセンス・ライセンスコードに関して
13.2.1. Q. 特定ユーザライセンスの登録ユーザ変更は可能ですか?
民間企業・官公庁の場合は不可能です。教育機関の場合は、前回のユーザ変更(初回の変更の場合は購入)から1年以上経過していたら変更可能です。
13.2.2. Q. 教育機関向けライセンスを購入した時の所属機関から他の機関に移った場合、そのライセンスを使い続けることは可能ですか?
購入時の機関の所属から外れた場合、永久使用権であっても使用できません。教育機関向けライセンスは、教育機関に所属し教育機関の用務に限定して使用する学生・研究者・教員向けの特別価格として弊社が設定しているためです。
13.2.3. Q. 無償版、学生版、無料トライアルからプロフェッショナル版といった具合に、途中から製品を購入するなどしてエディションを変更する際に再インストールは必要ですか?
13.2.4. Q. 無償版とプロフェッショナル版、といった具合に異なるエディションのWinmostarを複数インストールすることは可能ですか?
13.2.5. Q. すでに入力したライセンスコードを変更する方法を教えてください。
13.2.6. Q. MACアドレスを表示する方法を教えてください。
Winmostar V10以下でWindows10の場合は、まず
をクリックしてコマンドプロンプトを起動します。次に、コマンドプロンプトのウィンドウで ipconfig /all と入力しEnterキーを押します。様々な情報が出力されるので、その中から「物理アドレス」の行を探してください。その内容がMACアドレスです。「物理アドレス」行が複数ある場合、Winmostarのノードロックライセンス購入時に申請するMACアドレスは、基本的にどの「物理アドレス」でも大丈夫です。
13.2.7. Q. Winmostarのライセンス料に、Gaussianのライセンス料は含まれていますか?Gaussianのライセンスが付属したWinmostarのラインナップはありますか?
13.2.8. Q. ライセンス期限が来るとそれまで使用していたWinmostarはどうなりますか?
13.2.9. Q. 個人での学習目的に教育機関向けライセンスを購入できますか?
13.2.10. Q. ライセンスの更新の手順を教えてください。
13.3. サポート・保守に関して
13.3.1. Q. 不具合サポートやパッチ提供は受けられますか?
使用規約の内容に基づき実施されます。最新の使用規約はこちら( Winmostar 使用規約 )です。
13.3.2. Q. 旧バージョンのサポート・保守はどこまで行われますか?
ご使用中のバージョンのWinmostarに関する、有効な使用規約に記載の内容に基づきます。また、操作方法の簡単な案内は、可能な範囲で対応します。
13.3.3. Q. Winmostarの開発元(製造元)はどこですか?製造地はどこですか?
株式会社クロスアビリティ です。製造地は日本です。
13.3.4. Q. 開発元(製造元)と直接連絡取ることはできますか?
問い合わせフォーム から連絡を取ることができますが、対応の可否は利用規約に基づきます。最新の使用規約はこちら( Winmostar 使用規約 )です。 有償サポート を利用することで、より進んだメールでのサポートが可能となります。
13.3.5. Q. 使用しているWinmostarのアップデート・バージョンアップ・アップグレードは可能ですか?
13.3.6. Q. 質問するときの注意事項はありますか?
13.3.7. Q. 保守のみの販売はありますか?
13.4. ソフトウェアの機能・利用について
13.4.1. Q. 「Winmostar」の呼び方は何ですか?
13.4.2. Q. Winmostarは社内外のサーバやクラウドに接続しますか?LAN接続していない状態でも利用可能ですか?
13.4.3. Q. Winmostarを動かすPCの最小・推奨スペックを教えてください。
13.4.4. Q. Winmostarで作成したデータを学会発表や論文に用いることは可能ですか?学会発表、論文投稿の際にどのように引用したらいいですか?
13.4.5. Q. Winmostarの画面を撮影した動画・画像をYouTube、SNSなどのウェブ媒体にアップロードすることは可能ですか?
13.4.6. Q. Winmostarそのものに各種計算用ソフトがインストールされていますか?
13.4.7. Q. Winmostarはクラウド上で計算させていますか?
13.4.8. Q. WinmostarはGPU計算に対応していますか?
13.4.9. Q. IntelとAMDのどちらのCPUの方が動作に適していますか?どちらがお勧めですか?
13.4.10. Q. Winmostarを使って並列計算は可能ですか?
13.4.11. Q. Winmostarを使って並列計算する際、利用できるコア数の上限はありますか?利用できるコア数に応じて費用は変わりますか?
13.4.12. Q. WinmostarはmacOS、Linuxで動作しますか?
13.4.13. Q. Gaussianのインストール方法を教えてください。
Gaussianのインストール方法は、Gaussianの販売代理店より入手してください。Gaussianをインストールした後は、
において、Gaussianのプログラムパス(g03.exe, g09.exe, g16.exeなど)を選択してください。
13.4.14. Q. Winmostarで何原子あるいは何分子まで計算できますか?扱える原子数、分子数の上限はありますか?
動作速度は考えないとすると、100万原子程度までの動作確認はしています。動作速度は実行環境に強く依存するため、ご購入前に無料トライアルでご確認ください。なお、将来のバージョンではWinmostarの高速化を計画しております。
13.4.15. Q. Winmostarで粗視化モデルの計算はできますか?
純粋な量子化学計算、第一原理計算、古典分子動力学計算ではないという意味での粗視化モデルとしては、LAMMPSを用いた散逸粒子動力学(DPD)計算とKremer-Gresetモデルに対応しています(Kremer-Grestについては別途お問い合わせください)。United atomモデルやその派生の粗視化モデルは今後対応予定です。それ以外のモデルについては、個別にお問い合わせください。個別対応としている理由は、粗視化モデルを用いたほとんどの研究が、ソフトを使うだけでは有意義な結果が得られず、入念かつ慎重なコンサルティングが必要であるという認識を我々が持っているためです。Winmostarのサポート事例では、十分に検証を行った粗視化モデルのシミュレーション結果を紹介しています。
13.5. ソフトウェア動作全般に関して
13.5.1. Q. 思ったようにモデルを作成できません。計算できません。動作しません。
まず、以下の基礎的なチェックを行ってください。
インストール時の注意事項 を確認する。
使用中のWinmostarが無償版、学生版、プロフェッショナル版、プロフェッショナル版(トライアル)のいずれに該当するか確認し、問題を起こしている機能がその版で使用可能か 機能表 を見て確認する。
使用中のセキュリティ対策ソフトの活動記録を確認し、Winmostar、CygwinWM、および各ソルバのインストールフォルダの下のアプリケーションの活動が妨害された記録がないか確認する。
Winmostarを最新版にアップデートし(使用中のバージョンと共存させることが可能)、 既知の不具合 、 よくある質問・トラブルシューティング に類似する状況がないか確認する。
保存するファイルやそれを含むディレクトリ(上位階層全てを含む)の名前に、日本語、全角文字などのマルチバイト文字や特殊記号(スペースも不具合の原因となります)が含まれている場合は、一部ソルバで不具合が出ることがあるため半角英数のみとなるようにする。
実行した処理で何かしらログが出力されているか作業フォルダを確認し、ログの内容を確認する。
計算が開始されたが計算結果がおかしいと感じた場合は、メインメニューで使用したソルバのメニューから「ログを表示」などをクリックし、ログの内容を確認する。
計算の不具合については、各種ソルバのバージョンが、Winmostarのインストールガイドで推奨しているバージョンと同じであるか確認する。(特にGromacs, LAMMPS, Quantum ESPRESSO)
誤操作でないことを確認するため再度トレースする。
並列実行している場合は、シリアル実行(並列数1)に切り替える。
Winmostarを再起動する。
OSを再起動する。
セキュリティ対策ソフトで、Winmostar、CygwinWMのインストールフォルダ、およびソルバ(MPIを含む)が監視対象外に設定する。
CygwinWMを使用している場合は、
でCygwinWMの簡易的な診断を実行する。Winmostar, CygwinWMおよび使用したソルバを再インストールする。
他のPCで試す。
次に、最終的に計算したいものに極力近いと思われるチュートリアルをトレースしてください。 それに成功したら、最終的に計算したいものに少しずつ寄せるように計算条件を変更し(原子数、スーパーセルのサイズ、重合度、元素の種類、相の数など)、問題発生箇所を特定したら以下を試してください。
よくある質問・トラブルシューティング に類似事例がないかご確認ください。
問題発生箇所がWinmostarが外部ソフトを呼んでいる部分の場合は、そのソフトの情報もご確認ください。
Cygwinを用いた処理で落ちている場合は、 Cygwinの一般的な不具合 をご確認ください。
13.5.2. Q. 「ERROR: I/O error 32」と表示され処理に失敗します。
13.5.3. Q. Cygwinを使う処理が異常終了します。/ 機能で ... ERROR ... と表示されます。/Cygwinの黒いウィンドウに child_info_fork::abort: ... Loaded to different address: parent ... != child ... などと表示されます。
A. 以下の手順を上から順に一つずつ実行し、その都度、エラーが起きた処理を再実施してください。
一般的な 一般的な不具合の対処 を実施する
マシンを再起動する
Windowsセキュリティ開き アプリとブラウザーコントロール から Exploit Protectionの設定 クリックする。そして、 イメージのランダム化を強制する の値を 既定でオフにする か 既定値を使用する(オフ) に変更する。
使用しているCygwinWMの
cygwin1.dll
以外を検索して削除し、マシンを再起動する警告
同一マシン上にCygwinWM以外に
cygwin1.dll
が存在して場合の一部のケースでこの操作が必要です。
cygwin1.dll
は他にCygwinをインストールしていなくても、各種フリーウエアなどに同梱されていることがあります。
使用しているマシン上の全てのCygwinが終了している状態で、Windowsの[ファイル名を指定して実行]にて
C:\cygwin_wm\bin\ash.exe
(CygwinWMをC:\cygwin_wm
にインストールした場合)を実行し、 /bin/rebaseall -v というコマンドを実行しマシンを再起動する。セキュリティ対策ソフトを一時的に無効する。
CygwinのFAQ に記載されている不具合を起こしがちなソフトを無効にする。
その他、 Cygwinのfork()関連の失敗に関するFAQ に記載された方法を試す。
Cygwin公式サイト のCygwinを新規にインストールし、そこからターミナル(端末)を起動できるか確認する。
13.5.4. Q. 機能で No reference file (... filelist_cygwinwm.txt) was found... と表示されます。
C:\cygwin_wm
)でfilelist_cygwinwm.txtを探し、その直上のフォルダを[ツール]-[環境設定]-[プログラムパス]で指定してください。filelist_cygwinwm.txtが見つからない場合はCygwinWMのインストールに失敗した可能性があるので、セキュリティソフトの設定などを見直したうえでCygwinWMを再インストールしてください。13.5.5. Q. 機能で WARNING ... some files are missing と表示されます。
13.5.6. Q. ジョブマネージャに登録されたジョブが実行されません。
13.5.7. Q. ジョブの実行時に「実行できません(アクセスが拒否されました。)」と表示アラートが出現しジョブが開始されません。
13.5.8. Q. Winmostarの各種機能やソルバーの実行など、黒いコンソール画面が出現する機能において、黒いコンソール画面の処理が終わらず先に進みません。
13.5.9. Q. ファイルを開いたり、分子をモデリングした際に、結合が出現しなくなってしまった。または、無駄に結合が多く出現するようになってしまった。
13.5.10. Q. Windowsのエクスプローラ上で拡張子を表示するにはどうしたらいいですか?
- Windows 7の場合:
エクスプローラを開く
Alt キーを押す
表示 タブを開く
メニューの登録されている拡張子は表示しない のチェックが外れた状態にする
- Windows 8, 10の場合
エクスプローラを開く
表示 タブを開く
ファイル名拡張子 のチェックが付いた状態にする
13.5.11. Q. マーカー(赤丸)やグループ選択(青丸)が表示されなくなりました。原子を選択できなくなりました。
にチェックを入れてください。
13.5.12. Q. ツールバー、ツールボタンの表示が崩れました。直すことはできますか?
まずはWinmostarを終了し、UserPrefフォルダのバックアップを作成したうえでUserPrefフォルダの中身を削除しWinmostarを再起動してください。それでも変わらない場合は Windowsのディスプレイ拡大率が100%以外の時にWinmostarのツールバー、ツールボタンの表示が崩れる。 の対処法を試してください。
13.5.13. Q. 最適化フラグとは何ですか?
最適化フラグを変更 を参照してください。
13.5.14. Q. Winmostarから直接計算を実行せず、ファイルだけを保存させることはできますか?Winmostarが生成するファイルを編集してからジョブを流すことはできますか?
はい。 基本的な操作の流れ で「Winmostarから直接計算を実行せず、ファイルだけを保存したい場合」の手順を実行してください。
13.6. ファイル入出力に関して
13.6.1. Q. Winmostar以外で生成されたファイルをWinmostarで開けません。また、Winmostarで生成したファイルを編集してからWinmostarで開こうとしても開けません。
13.6.2. Q. MOL形式またはSDF形式のファイルを開くと、結合長が不自然になります。水素が出現しません。
13.7. 分子のモデリング・系の作成に関して
13.7.1. Q. 化学結合の種類(一重、二重など)を変更する方法を教えてください。
13.7.2. Q. 機能を実行すると Error : Failed to solvate. などと表示され処理に失敗します。
---------質問詳細---------
generate.log
に下記のように出力され処理が正常終了しません。
gmx insert-molecules -try 100 -f gmx_tmp_water.gro -o gmx_tmp_water_tmp.gro -ci mol0.gro -nmol 64
...
set +v
Error : Failed to solvate.
一般的な不具合 の対処と、Cygwinの一般的な不具合 の対処に加え、分子数を減らすか、密度を減らして実行してください。
13.8. ローカルマシンでのMPI・並列実行に関して
13.8.1. Q. MPICHが計算途中で終了します。
13.8.2. Q. LAMMPS, Quantum ESPRESSOのMPI並列実行時に Unable to open the HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\MPICH\SMPD\process\???? registry key, error 5, アクセスが拒否されました。 という警告が表示されます。
13.9. リモートジョブに関して
13.9.1. Q. 社内や学内のスパコンまたはLinuxサーバにジョブを投げる方法を教えてください。
13.9.2. Q. 公開鍵方式のSSH接続に失敗します。TeraTermやCygwinなど他のソフトで同じ秘密鍵ファイルを指定すると接続に成功します。解決法はありますか?
13.9.3. Q. Test Connection での接続テストは成功するが、ジョブの投入(サブミット)に失敗します。
13.9.4. Q. Test Connection での接続テストは成功するが、PuttyのWARNINGが表示され各種の操作に失敗します。
13.9.5. Q. リモートサーバではどの種類のMPI(MPICH、OpenMPIなど)を使用できますか?
13.9.6. Q. リモートサーバでbashrcなどに記入して設定しているはずの環境変数(PATHなど)が、Winmostarから実行した時に設定されないことがあるのはなぜですか?そのような場合はどうしたらいいですか?
13.9.7. Q. Windows版のソルバとLinux版のソルバの間で動作に違いはありますか?
13.10. シミュレーション全般に関して
13.10.1. Q. ある物質とある物質の間の相互作用を計算することはWinmostarで可能ですか?
13.10.2. Q. 分子内のある結合に関する結合エネルギーや結合乖離エネルギーを計算することはできますか?
13.11. MOPAC, CNDO/S, GAMESS, NWChem, Gaussianに関して
13.11.1. Q. MOPAC、GAMESS、Gaussian、NWChemのキーワード設定ウィンドウやEasy Setupウィンドウで、使用したい計算手法(Hamiltonian)、基底関数(Basis Set)が選択肢の中に見つかりません。どのように設定したらいいですか?
計算手法、基底関数の設定欄に直接キーボードで入力できる場合は、直接入力することができます。分極関数(「*」や「p」「d」「f」で表現されるもの)の指定方法はソルバごとに記述が異なることがあるので、それぞれのソルバのマニュアルを確認してください。
13.11.2. Q. 系のモデリング中や、計算結果を読み込んだ際に、不要な結合が表示されます。または結合が表示されません。どのように対処したらいいですか?
13.11.3. Q. Winmostarから量子化学計算を用いて部分構造の最適化は可能ですか?
13.11.4. Q. MOPACで計算できる最大原子数はいくつですか?
13.11.5. Q. MOPACのログに ATOMS **, **, AND ** ARE WITHIN .**** ANGSTROMS OF A STRAIGHT LINE と表示されて異常終了します。
13.11.6. Q. MOPACを実行するとログに「UNRECOGNIZED KEY-WORDS: ( PM6(ハミルトニアン名))」と出力され計算が終了してしまいます。
13.11.7. Q. Winmostarに付属のMOPACで溶媒効果(COSMO法)を使用するにはどうしたらいいでしょうか。
Winmostarに付属のMOPACは溶媒効果(COSMO法)に対応していません。MOPACより計算時間が掛かりますがより精度の高いGAMESSを用いた計算をご検討ください。
13.11.8. Q. Winmostar内蔵以外のMOPAC(MOPAC2016など)で計算すると、一部の分子軌道しか表示されません。
MOPAC SetupウィンドウのALLVECSにチェックを入れて入力ファイルを作成して、計算をしてください。
13.11.9. Q. CNDO/SでMethod=INDOを使用したときに計算できません。
13.11.10. Q. GAMESS, Gaussian, NWChemで計算可能な最大原子数(必要メモリ)の目安はありますか?
13.11.11. Q. GAMESS, Gaussian, NWChemのESP(静電ポテンシャル)の3次元表示を高速化することはできますか?
13.11.12. Q. GAMESSの実行時に「* ERROR: MEMORY REQUEST EXCEEDS AVAILABLE MEMORY」などとログに出力され計算が異常終了します。
13.11.13. Q. Windows版GAMESSをインストールした直後は問題なく利用できていたが、ある時期から計算が全て途中で異常終了するようになりました。対処方法はありますか?
13.11.14. Q. GAMESSにおいて、1原子だけの系の計算で「WARNING. NUMBER OF INTERNAL COORDINATES IS GREATER THAN (3N-6), BUT NO SYMMETRY COORDINATES ARE GIVEN.」と表示されて異常終了します。
13.11.15. Q. GAMESSのログに「 **** ERROR **** PCM SPHERE(S) MUST HAVE A POSITIVE RADIUS 」と表示され異常終了します。
13.11.16. Q. GAMESSの実行時に「ERROR: BAD DELOCALIZED COORDINATES GENERATED!!!」とログに出力され計算が異常終了します。
13.11.17. Q. GAMESSでNMR計算を実行しようとする(RUNTYP=NMRで計算をする)とエラーが出ます。
13.11.18. Q. GAMESSでDiffuse関数を使うとSCF計算が収束しません。
GAMESS SetupのBasicタブの$CONTRL枠にあるOthers欄にICUT=11を追記して、2電子積分のカットオフ値を小さく(厳しく)してください。
13.11.19. Q. 一部の分子において、Fireflyのoptimaize実行後、分子軌道UVvis…を確認すると、「'*******' is not valid floating point value」というエラーがでます。
13.11.20. Q. GAMESSで構造最適化計算を実行し「THE GEOMETRY SEARCH IS NOT CONVERGED!」というメッセージが出た際の対処方法を教えてください。
13.11.21. Q. NWChemの並列実行時に「Please specify an authentication passphrase for smpd: 」とログに出力され計算が流れません。
13.11.22. Q. NWChemの実行時に「sym_geom_project: sym_center_map is inconsistent with requested accuracy」とログに出力され計算が流れません。
13.11.23. Q. NWChemで溶媒効果を入れる方法を教えてください。
13.11.24. Q. Gaussianで計算が正常に実行される時とされない時があります。
13.11.25. Q. Gaussianのlogファイルを読み込んだのですが、軌道(固有)エネルギーなどが表示されません。
13.11.26. Q. Gaussianでchkファイルを読み込んだ計算を実施する方法を教えてください。
13.11.27. Q. 数GBのGaussian fchkファイルを読み込ませて分子軌道を表示させようとするとエラーが出ます。
13.12. LAMMPS, Gromacsに関して
13.12.1. Q. これから分子動力学計算を実施してみたいのですがLAMMPSとGromacsのどちらを使ったら良いですか?
13.12.2. Q. 分子動力学計算の実行中にエラーが起こるがどうしたらいいですか。
13.12.3. Q. 分子動力学計算においてどのように系を平衡化したらいいですか。
13.12.4. Q. MD計算においてSHAKE法などによる拘束は計算結果にどのような影響を与えますか?拘束方法はどのように選んだらよいですか?
13.12.5. Q. MD計算を実行後、アニメーションを観たり、最終構造を見ていると、分子がセルの外側に出てしまうことがあるのはなぜですか?
13.12.6. Q. タンパク質のような大規模な分子に[溶媒を配置/セルを構築]メニューでセルから水分子を追加してセルを作成するとセルから分子がはみ出ることがあります。
13.12.7. Q. [MD]-[自動で電荷を割り当て]メニューで「Topology file not found」というエラーが表示されます。解決方法はありますか?
13.12.8. Q. 力場を割り当てで処理に時間が掛かり終わりません。解決方法はありますか?
特に力場の種類にGAFF, OPLS-AA/L+GAFFを選択した場合に処理に時間が掛かることがあります。これは、GAFF, OPLS-AA/L+GAFFの割当にacpypeを使用しており、acpypeの処理が遅いために発生しています。1分子が10000原子近い高分子の場合は、5-6時間程度待てば処理が正常終了することを確認しております。環境によってはこれよりも速い場合もあり、逆に遅い場合もあります。将来のWinmostarではこれらの力場の割当処理の高速化に取り組むことを予定しております。
13.12.9. Q. 力場を割り当てでエラーが表示されます。解決方法はありますか?
13.12.10. Q. Gromacs, LAMMPS(分子動力学計算)から誘電率を計算できますか?
13.12.11. Q. 界面ビルダで作成した構造からMD計算を実行しようとすると、力場の割り当てが失敗したりMD計算破綻します。解決方法はありますか?
13.12.12. Q. 圧力制御(NPT一定またはNPH一定)を行うと、計算が途中で破綻します。解決方法はありますか?
13.12.13. Q. LAMMPS, Gromacsで液体(有機物)-固体(無機物)間の相互作用パラメータをどのように決めたらいいですか?
13.12.14. Q. Gromacsの最終構造やアニメーションを読み込んで取得した構造や、それに何かしらの編集を行ってから再びMD計算を実行すると力場の割り当てが失敗したりMD計算が破綻します。解決方法はありますか?
13.12.15. Q. Gromacsにおいて最終構造やアニメーションを読み込むと分子がバラバラに表示されることがありますがなぜですか?
13.12.16. Q. GromacsのER法結果読み込みを実行しても結果が表示できません/エラーが出ます。
13.12.17. Q. 特定原子の軌跡をプロットする方法を教えてください。
13.13. Quantum ESPRESSO, OpenMXに関して
13.13.1. Q. 手順通りQuantum ESPRESSOの擬ポテンシャルファイルをインストールしたが認識されません。
O.pw-mt_fhi.UPF
、 Au.pbe-dn-rrkjus_psl.0.1.UPF
など)をQuantum ESPRESSOのインストールフォルダの下のpseudoフォルダ(デフォルトではC:\Program Files\Quantum ESPRESSO 64-bit 5.2.1pseudoなど)にコピーしてください。ただし、旧Internet ExprolerなどのブラウザでUPFファイルをダウンロード・保存すると、拡張子が勝手に変更されたりと不具合が報告されているので、EdgeやChromeなどのブラウザも試してください。