6.21. メニュー
Winmostarの各種の設定を行います。
- 基本タブ
- 言語
言語を選択します。
- ライセンスコード
ライセンスコードを設定します。
- 内部UNIX環境
内部で使用するUNIX環境にcygwinを使用するかWindows Subsystem for Linux(Bash on Ubuntu on Windows)を使用するか選択します。
- [ファイル]-[テキストエディタで開く]メニューにて旧エディタを使用
チェックが入っていた場合は、 テキストエディタで開く をクリックした際に、V8までの 機能を使用します。入っていない場合は、 でEditorに設定したプログラムを使います。
- Zipの解凍に旧式(V8以前)のコードを使用
リモートジョブにおいて、リモートサーバから作業フォルダのzipファイルをgetし解凍する際に使うコードを指定します。 旧式のコードは巨大なファイル（数百 MB以上）の解凍時にエラーを出します。
- Xyzファイルの保存に旧式(V9以前)のフォーマットを使用
xyzファイル形式で保存する場合に、V9以前でデフォルトとしていたヘッダのないxyzファイルとして保存します。
- Xyzファイルの保存にセル形状を出力
xyzファイル形式で保存する場合に、セル形状を出力します。
- ChemDrawのMOL形式を読み込み後結合長と水素を自動調整
ChemDrawのMOL形式を読み込み後結合長と水素を自動調整します。
- Xyzファイルの保存に残基番号を出力
xyzファイル形式で保存する場合に、各行の最後に残基番号を出力します。
- ファイルを開くときにプロジェクト表示エリアを維持
ファイルモードに切り替わるときにプロジェクト表示エリアを自動で隠すか維持するか指定します。
- 最近使用したファイル/プロジェクトの数
最近使用したファイル/プロジェクトの数を指定します。
- Cubeファイルの表示に外部ビューワを使用
Cubeファイルを開く際に、Winmostar Viewerではなく外部ビューワ（VESTAなど）を使用します。プログラムパスのCube Viewerで選択したプログラムが使用されます。
- CIFファイル解析方法
CIFファイル読み込みに使うライブラリを指定します。GemmiはV11.6.0から実装された方法です。pymatgenはV11.5.X以前で使われていた方法です。
- [ツール]-[慣性半径]において旧式のファイル名を使用
[ツール]-[慣性半径]で出力するファイルの名前をV11.6.0以前の形式またはV11.6.1以降の形式の間で切り替えます。
- GIF animationの生成にImageMagickを使用
チェックが入った場合にはGIFアニメーションの生成にCygwin上のImageMagickを使用します。チェックが入っていない場合はFFmpegを使用します。
- CARファイルの出力時に可変フォーマットを使用
チェックが入った場合は可変フォーマット、入っていない場合は固定フォーマットでCARファイルを生成します。原子数が多いときにmsi2lmpなどのツールを使う際に便利です。
- 編集タブ
- 結合判定係数
原子間距離から共有結合の有無を判定する際の閾値を設定します。
- 編集中にZ-Matrixの結合関係を保持
チェックされている場合は、分子構造の編集時にZ-Matrixの結合関係が変わらないようにします。
- MOL保存時に芳香環を単+二重結合に変換
MOLファイルの保存時に、芳香環を単結合と二重結合の組み合わせに変更してから出力します。
- 結合除外リスト
結合を自動生成する機能において、特定元素間の結合を生成したくない場合に本機能を使います。 まず Add ボタンを押します。 次に、リストの下にある2つのプルダウンメニューで結合を除外したい2つの元素を選択し、 Apply ボタンを押します。 その後、 結合を再生成 などを適用すると指定した元素間の結合が切断されます。 元に戻す場合は、リストの中から設定を解除したい行を選択して Delete ボタンを押します。
- ペーストした原子にマーカーを移動する。
チェックした場合は、 グループを貼り付け を使用した際に、ペーストした原子にマーカーを移動します。
- 簡易構造最適化の方法
簡易構造最適化 で利用する方法を選択します。
- 力場、カットオフ、閾値（OpenBabel）
簡易構造最適化の方法がOpenBabelの時のパラメータを指定します。
- 座標表示エリアに表示する最大原子数
座標表示エリアに座標を表示する最大原子数を設定します。
- アニメーションで座標表示エリアを更新する最大原子数
アニメーションの再生時に座標表示エリアを都度更新する最大原子数を設定します。
- Z-Matrixを自動生成する最大原子数
Z-Matrixを自動生成する最大原子数を設定します。
- 結合を自動生成する最大原子数
結合を自動生成する処理が動作する最大原子数を設定します。
- フラグメント選択のショートカットを表示
ツールバーにフラグメント選択のショートカットボタンを設置します。（V10以前の同様）
- ツールバーのキャプションを表示
ツールバーの「ソルバ」「元素」「フラグメント」などのキャプションを表示します。
- 分子表示エリアで右クリックした際に
- コンテキストメニューを表示
分子表示エリアで右クリックした際にコンテキストメニューを表示します。
- フラグメントで置換
分子表示エリアで右クリックした際にフラグメントで置換します。（V10以前と同様）
- フラグメントをアルファベット順にソート
フラグメントのリストをアルファベット順にソートします。（V10以前と同様）
- 計算タブ
- General
- MOPACをジョブマネージャで実行
チェックが入っている場合は、MOPACを実行する際に Winmostar Job Manager を使用します。 入っていない場合は、MOPACでの計算が終わるまでWinmostarは待ち状態となり、MOPACの出力結果は自動でメインウィンドウに読み込まれます。
ジョブマネージャで実行 からも設定することができます。
- その他のプログラムをジョブマネージャで実行
MOPAC以外のプログラムの実行に、 Winmostar Job Manager を使用するか指定します。
- 最大ジョブ数
ジョブマネージャの最大ジョブ数を設定します。
- タイムアウト時間
時間のかかる処理のタイムアウト時間を設定します。
- リモートサーバ上のディレクトリ名に"wm_"を付ける
チェックした場合はリモートジョブ実行の作業フォルダにユーザ名に"wm_"をつけたディレクトリ名を使用します。
- QM
- GAMESS計算後に強制的にスリープ
チェックが入っている場合は、ローカルマシンでGAMESSを実行した後に強制的に指定秒数スリープします。計算直後にログの内容をその場で確認したいときに便利な機能です。
- GAMESSローカルジョブ実行中にログを表示
GAMESSのローカルジョブを実行する際に、ログをリアルタイムで表示するか否かを選択します。軌道係数の表示などが重い際に有用です。
- mpiexec (NWChem)
NWChemのローカルジョブで並列計算時に使うmpiexecを指定します。 MPICH の場合は プログラムパス でMPICH2に指定されたmpiexecを利用します。 Select の場合は任意のmpiexecを指定できます。
- Options for mpiexec (NWChem)
mpiexec (NWChem) で Select を選択した場合のmpiexecコマンドの引数を入力します。 %WM_NUM_PROC% と入力した箇所には実行時に自動的に並列数が代入されます。（例：Options for mpiexec (NWChem) に -np %WM_NUM_PROC% と入力し2並列で計算する場合、実際には -np 2 という引数でmpiexecが実行されます。 ）
- GAMESSによるRESP電荷自動計算時の並列数
GAMESSを使ってRESP電荷を自動算出する際の並列数を指定します。
- RESP電荷自動計算時のキーワード(GAMESS)
GAMESSを使ってRESP電荷を自動算出する際のキーワードを設定します。デフォルトではHF/6-31G*による1点計算を実行するキーワードが使われます。
- MD
- AmberToolsで計算する電荷を自動調整
acpypeまたはAmberToolsを利用してAM1/BCC、Gasteiger、RESP電荷を算出する際に、分子全体の電荷を厳密に整数値にします。この場合、分子内の最初の原子の電荷の値が微修正されます。
- 力場割り当て時に残基名と原子名を保持
力場割り当て時に、残基名と原子名を保持するか設定します。
- topファイル生成時に大文字・小文字を区別
内部的に力場パラメータを書き込むtopファイルを生成する際に、原子名・原子タイプ名の一致を検出する部分で大文字・小文字を区別するか指定します。Gromacsに限らず力場パラメータを使う全ての処理において影響します。
- mpiexec (LAMMPS)
LAMMPSのローカルジョブで並列計算時に使うmpiexecを指定します。 MPICH の場合は プログラムパス でMPICH2に指定されたmpiexecを利用します。 Select の場合は任意のmpiexecを指定できます。
- Options for mpiexec (LAMMPS)
mpiexec (LAMMPS) で Select を選択した場合のmpiexecコマンドの引数を入力します。 %WM_NUM_PROC% と入力した箇所には実行時に自動的に並列数が代入されます。（例：Options for mpiexec (LAMMPS) に -np %WM_NUM_PROC% と入力し2並列で計算する場合、実際には -np 2 という引数でmpiexecが実行されます。 ）
- MDの結果解析で倍精度を使用
Gromacsを使用する結果解析において
gmx（単精度）またはgmx_d（倍精度）を使用するか設定します。- topファイル読み込み時に元素を更新
Gromacsの力場割り当てにおいてtopファイルを読み込むときに、元素をtopファイルから読み込んでモデルに反映するか設定します。
- 使用するLAMMPSのバージョン
出力するLAMMPSの入力ファイルが対応するLAMMPSのバージョンを指定します。いくつかのキーワード（thermo_styleなど）の出力形式はバージョンによって変化します。
- 使用するGromacsのバージョン
出力するGromacsの入力ファイルが対応するGromacsのバージョンを指定します。いくつかのキーワード（tau_pなど）の出力形式はバージョンによって変化します。
- LAMMPSポテンシャルフォルダ
LAMMPSのポテンシャルフォルダについて設定します。
- Open potential directory
LAMMPSのポテンシャルフォルダをエクスプローラで開きます。
- LAMMPSのdataファイル内で同一パラメータのtypeを統合
出力するLAMMPSのdataファイルにおいて、同一パラメータのBond type, Angle type, Dihedral type, Improper typeを統合するか設定します。
- LAMMPSのpair_style, Potential fileの入力を許可
力場割り当て機能において、pair_styleとPotential fileをユーザが自由に入力できるようにします。
- LAMMPSのdataファイルでPairIJの形式を使用
dataファイルを生成する際に、LJパラメータをPair Coeffsの形式ではなくPairIJ Coeffsの形式で出力します。異種間パラメータを調整したいときに有用です。
- Solid
- Spglibの許容誤差
Spglibで結晶の対称性を自動検出するさいの許容誤差を設定します。
- Spglib実行前に警告を表示する最低原子数
Spglibの実行をスキップする最低原子数を設定します。
- デフォルト拡張子
それぞれのソルバーの入力ファイルを作成する際にデフォルトで設定される拡張子を設定します。
- Open k-path file
Quantum ESPRESSOおよびOpenMXでバンド構造を算出する際のデフォルトのk点パスを設定するファイルを開きます。 Quantum ESPRESSOのibravごとに設定します。
- mpiexec (QE)
Quantum ESPRESSOのローカルジョブで並列計算時に使うmpiexecを指定します。 MPICH の場合は プログラムパス でMPICH2に指定されたmpiexecを利用します。 Select の場合は任意のmpiexecを指定できます。
- Options for mpiexec (QE)
mpiexec (QE) で Select を選択した場合のmpiexecコマンドの引数を入力します。 %WM_NUM_PROC% と入力した箇所には実行時に自動的に並列数が代入されます。（例：Options for mpiexec (QE) に -np %WM_NUM_PROC% と入力し2並列で計算する場合、実際には -np 2 という引数でmpiexecが実行されます。 ）
- 使用するQEのバージョン
出力するQEの入力ファイルが対応するQEのバージョンを指定します。いくつかのキーワード（&fcp, HUBBARDなど）の出力形式はバージョンによって変化します。
- QE擬ポテンシャルフォルダ
Quantum ESPRESSOの擬ポテンシャルフォルダについて設定します。
- Open QE pseudo directory
Quantum ESPRESSOの擬ポテンシャルフォルダをエクスプローラで開きます。
- Download pseudo files
Quantum ESPRESSOの擬ポテンシャルフォルダにWebサーバから自動で擬ポテンシャルファイルをダウンロードします。
- Open priority list
Quantum ESPRESSOキーワード設定ウィンドウにおけるPseudo potentialの選択肢のリストの並び順を設定します。アスタリスクはワイルドカードとして使用できます。
- QE MOLファイル用フォルダ
RISM対応版Quantum ESPRESSOの溶媒ファイルを入れるフォルダを指定します。
- スラブを作成でpymatgenを使用する
旧仕様のスラブを作成機能でpymatgenを使用するか指定します。使用しない場合は内製のルーチンを使用します。
- 新しいスラブ作成機能を使用する
チェックが入っている場合は新仕様、入っていない場合は旧仕様のスラブを作成機能が使われます。
- 表示タブ
- 標準色
配色を、Winmostar、GaussView、Jmol、Rasmol、旧Winmostarから選択します。
- 色の設定
- 選択原子
選択している粒子の原子種の色を変更します。
- 結合
結合の色を変更します。
- 補助結合
補助結合の色を変更します。
- 背景
背景の色を変更します。
- 背景(Viewer)
Winmostar Viewerの背景の色を変更します。
- 文字
分子表示画面の文字の色を変更します。
- 結合を原子の色で着色
結合を原子の色で着色します。
- 選択原子のVDW半径
分子表示エリアでマーカーが付いた原子の元素について、VDW半径を変更します。
- 結合の太さ
結合の太さを指定します。
- 補助結合を破線で表示
チェックが入っていた場合は補助結合を破線で表示し、チェックが入っていない場合は実線で表示します。破線の長さを 長さ で指定します。水素結合などの表示で有用です。
- キーワード表示エリアの文字サイズ
キーワード表示エリアのフォントの大きさを指定します。
- マウスのスクロールの速さ
分子表示エリアにおけるマウスホイールによる拡大・縮小の速度を調整します。
- ズーム中にワイヤーモデルに変更する最小原子数
ズーム中にワイヤーモデルに変更する最小原子数を設定します。
- ズーム後ワイヤーモデルから復帰する時間
ズーム後ワイヤーモデルから復帰する時間をミリ秒で設定します。
- 奥行き表現
奥行き表現を使用するか設定します。
- 奥行き表現の強さ
奥行き表現に使用するフォグの濃さを調整します。
- 奥行き表現を有効にする最小原子数
設定した原子数以上の場合に奥行き表現を有効にします。
- ファイルを開いた後にセンタリング
ファイルを開く際に自動で 選択原子を注視 にチェックを入れます。
- ヒント表示の待ち時間
マウスカーソルを各種コントロールに重ねた際に表示されるヒントの表示の待ち時間をミリ秒で設定します。
- ヒントのフォントサイズ
マウスカーソルを各種コントロールに重ねた際に表示されるヒントのフォントサイズを設定します。
- 表示項目
分子表示エリアに表示する項目にチェックを入れます。
表示項目 からも設定することができます。
- プログラムパスタブ
各種プログラムのインストールパスを指定します。
MOPAC、GAMESSについてはプログラムパスを複数指定できます。プロジェクトモードでは(1)のみが使用されます。ファイルモードでは および 以下に複数設置された実行メニューでそれぞれを利用することができます。ファイルモードのキーワード設定ウィンドウの Run ボタンで起動するプログラムは(1)に設定されたプログラムパスです。
Quantum ESPRESSOについては、複数ある実行ファイルのうち
pw.exeを選択します。%APPDIR%はWinmostarのインストールフォルダ、%CYGWINDIR%はCygwinWMのインストールフォルダを示すエイリアス文字です。