6.6. QM ‣ CNDO/S メニュー

CNDO/Sプログラムに関するメニューです。

CNDO/SプログラムはWinmostarに同梱されています。 CNDO/Sプログラムは旧日本化学プログラム交換機構(JCPE、現在の日本コンピュータ化学会)に登録されていたP083プログラムを、Winmostarに対応させるために微修正したものです。 P083のマニュアルは こちら から入手可能です。 CNDO/Sプログラム( cndosw.exe )はgfortranでコンパイルされています。

6.6.1. ワークフロー設定

プロジェクトモードにおけるCNDO/Sの計算フローを設定、実行します。

Preset

設定のプリセットを呼び出し、保存します。

# of Jobs

ジョブの数を指定します。

Enable scan calculation

この機能を使うためにはアドオンの購入が必要です。特定のパラメータだけが異なる複数の計算を流したり(パラメータスキャン)、複数の構造に対し同一のパラメータで計算を流す(構造スキャン)ことが可能となります。

Config をクリックするとスキャン計算の設定画面が出現します。パラメータスキャンの際は Target Variable に%WM_SCAN1%を選択し、 Values の各行に%WM_SCAN1%に設定したいパラメータを入力します。そして、ワークフロー設定ウィンドウまたはキーワード設定ウィンドウにおいて設定したいパラメータに%WM_SCAN1%と入力します。構造スキャンの際は、分子表示エリアでアニメーションが出現した状態(SDFファイルを開くなど)で、 Target Variable に%WM_STRUCT%を選択します。

スキャン計算の終了後は ファイル ‣ プロジェクト ‣ スキャン結果表示 を利用して計算結果を集計します。

Import

Exportで出力した設定を読み込みます。ボタン右の矢印をクリックすると、過去同じプロジェクトまたはWinmostar上で使用した設定を呼び出すことができます。

Export

設定をファイルに出力します。

OK

設定した内容で計算を実行またはファイルを生成します。

Details

計算条件を詳細に設定します。 キーワード設定 が立ち上がります。

Task

計算内容を指定します。(UV-Visのみ)

Method

計算方法を指定します。

Charge

電荷を指定します。

Multiplicity

スピン多重度を指定します。

6.6.2. キーワード設定

CNDO/Sの計算条件を設定します。設定後、すぐに計算を実行する場合は Run ボタン、一旦メインウィンドウに戻る場合は OK ボタンを押してください。

Run をクリックしたときの挙動は 実行 を参照してください。

Method

計算方法を指定します。(CNDOまたはINDO)

Multiplicity

多重度を指定します。

Basis set

基底関数を指定します。(SPまたはSPD)

BONDS

結合次数を出力することを指定します

NOINTER

チェックを入れた場合は原子間距離を出力しません。

SHORT

簡略化されたログを出力します。

OUTMO

MOLMOL2用のファィルを出力します。

Repulsion integral
反発積分の式を指定します。
  • Pariser

  • 大野

  • 西本-又賀

  • 理論式

Nuclear repulsion energy
核間反発エネルギーの式を指定します。
  • Za * Zb / 1

  • Za * Zb * γab

PKAPPA

p電子に対するkappaの値を指定します。

DKAPPA

d電子に対するkappaの値を指定します。

Charge

電荷を指定します。

# of CI

励起状態のCI 計算に含める状態の数を指定します。(上限 500)

# of excited states

結合次数を出力する励起状態の数を指定します。

6.6.3. キーワード読み込み

既存のCNDO/Sの入力ファイルから、キーワード(計算条件)のみを読み込みます。

6.6.4. 実行

メインウィンドウでCNDO/Sの入力ファイルが開かれている場合は、そのファイルを使ってCNDO/Sを実行します。 開かれていない場合は、CNDO/Sの入力ファイルを保存した上でCNDO/Sを実行します。

実行に伴い以下のファイルが生成されます。 例として入力ファイルが water.cnd の時のファイル/フォルダ名を併記しています。

種類

説明

lstファイル
water.lst

計算のログファイルです。

作業フォルダ
water_cnd_tmp\
作業フォルダです。

6.6.5. ログを表示 (lst)

lstファイルをテキストエディタで開きます。

6.6.6. 結果解析

6.6.6.1. UV-Visスペクトル

lstファイルを選択し、UV-Visスペクトルと分子軌道を表示します。

サブウィンドウの操作方法は UV-Vis Spectrumウィンドウ , Energy Level Diagramウィンドウ , Surface Setupウィンドウ を参照してください。