6.32. Winmostar Viewer
6.32.1. マウスの使い方
左ボタン+ドラッグ |
視点を回転させます。
ドラッグしながらマウスボタンを離すと回転し続けます。
|
右ボタン+上下ドラッグ |
縮小・拡大します。 |
左ボタン+右ボタン+ドラッグ |
上下･左右に移動します。 |
6.32.2. メニュー操作
6.32.2.1. Fileメニュー
- Open
gld形式およびMOLDA形式のファイルを読み込みます。
- Export GLD
現在開いているGLD形式のファイルを名前を付けて保存します。
- Export Molda
ウィンドウに表示されている構造をMOLDA形式で保存します。
- Export JPEG (Current frame)
ウィンドウに表示されている内容をJPEGファイルとして保存します。
- Export JPEG (Current frame,Stereo)
立体視用の左右の画面をJPEGファイルとして保存します。
- Export JPEG (Sequence)
アニメーションを連番JPEGファイルとして保存します。
- Export GIF (Animation)
アニメーションをGIFアニメーションとして保存します。
- Export Contour Map (bmp)
表示されている等高線をbmp形式で出力します。
- Launch StereoPhoto Maker
StereoPhotomakerを起動します。
- Exit
Winmsotar Viewerを終了します。
6.32.2.2. Viewメニュー
- Representations
描画の詳細な調整を行う Representationsウィンドウ を表示します。
- Perspective
遠近法を使用します。
- Background Color
背景の色を指定します。
- Winmostar Viewer
背景の色を暗青色にします。
- Winmostar
背景の色をWinmostarのデフォルトの背景色にします。
- Black
背景の色を黒にします。
- White
背景の色を白にします。
- Model
表示するモデルを選択します。
- Ball-and-Stick Model
球棒モデルを表示します。
- Space-Filling Model
空間充填モデルを表示します。
- Stick Model
棒モデルを表示します。
- Wire Model
ワイヤーモデルを表示します。
- Show SPace-Filling Model Overlapping
空間重点モデルを半透明で重ね合わせ表示する。
- Show Animation Control Panel
アニメーション操作パネル を表示します。
- Copy Image
ウィンドウに表示されている画像をクリップボードにコピーします。
6.32.2.3. Helpメニュー
- Help
マウスの使い方を表示します。
- Debug
メモリ使用量など、デバッグ用の情報を表示します。
- Use Legacy Representations Window
旧式のRepresentationsウィンドウを表示します。
- About Winmostar Viewer
バージョンを表示します。
6.32.3. アニメーション操作パネル
Winmostar 3Dでアニメーションを表示すると、Winmostar 3Dのウィンドウの左上にアニメーション操作用のUIが表示されます。
- スライダー
フレームを移動します。
- Once
最終フレームまで再生が到達したら再生をストップします。
- Loop
最終フレームまで再生が到達したら最初のフレームに戻って再生を繰り返します。
- Round
再生を往復で繰り返します。
- Close
このパネルを閉じます。
6.32.4. Representationsウィンドウ
- Mouse Mode
マウス操作の内容を指定します。
- PBC
セルの外側に存在する分子の表示方法を指定します。
- None
元の座標のまま表示します。
- Atom
原子単位でセル内に構造が収まるよう表示します。
- Mol
分子単位でセル内に構造が収まるよう表示します。
- Group
グループの定義を指定します。By Compositionの時は分子量が一致する分子種でグルーピングします。IDはグループのIDを意味します。Styleの BS , SF , ST , WI はそれぞれBall-stick（棒球）モデル（デフォルト）、Space filling（空間充填）モデル、Stick（棒）モデル、ワイヤーモデルを意味します。Colorは表示色を意味します。
- Color
表示色を選択します。Propertyの場合はWinmostarから出力されたプロパティに応じて色付けされます。
- Items
表示項目を選択します。
- H
水素原子を表示します。
- Dummy
ダミー原子を表示します。
- Backbone
バックボーンのみを表示します。（タンパク質向け）
- Shape
表示形状を調整します。
- Atom
原子の表示倍率を設定します。
- Bond
結合の表示倍率を設定します。
- Z-Clip
Z方向のクリッピング位置を指定します。
- Surface
分子軌道などの等値面の表示を調整します。
- Style
表示方法を指定します。
- Mesh
等値面をメッシュ（格子）モデルで表示します。
- Solid
等値面をソリッドモデルで表示します。
- SmoothSolid
等値面を滑らかなソリッドモデルで表示します。
- Color
等値面の色を調整します。
- Trans
等値面の透明度を指定します。 （0: 不透明、1: 透明）
- Contour Map Position
分子軌道などのメッシュ（スカラー場）情報が読み込まれた場合、面の表示方向をDirection, 面の表示位置をPosで調整します。
- Stereo/Enantiomer
立体視表示または鏡像体表示を調整します。
- Arrow
矢印の表示を調整します。Colorで色、Sizeでサイズを調整します。
6.32.5. Representationsウィンドウ（旧式）
- Orbit/Rotation
左ドラッグで視点を回転させる際の回転方法を指定します。
- Orbit
自由に回転させます。
- X, Y or Z
画面内水平方向、画面内垂直方向、または画面に垂直方向の軸周りで回転させます。
- Periodic Boundary Condition
セルの外側に存在する分子の表示方法を指定します。
- None
元の座標のまま表示します。
- Atom
原子単位でセル内に構造が収まるよう表示します。
- Mol
分子単位でセル内に構造が収まるよう表示します。
- Molecule
本ウィンドウ中部の 1 から 9 を各分子に割り当てます。
- Composition
本ウィンドウ中部の 1 から 9 を（分子量が共通する）各分子種に割り当てます。
- 1 - 9
チェックが付いた項目を表示します。プルダウンメニューの BS , SF , ST , WI はそれぞれBall-stick（棒球）モデル（デフォルト）、Space filling（空間充填）モデル、Stick（棒）モデル、ワイヤーモデルを意味します。
- Rainbow
分子ごとに異なる色で表示します。
- Gold
分子を金色で表示します。
- Stereo
立体視表示します。
- Enantiomer
元の構造とその鏡像体を表示します。
- Para
平行法で表示します。
- Cross
交差法で表示します。
- Anag
アナグリフで表示します。（赤青のメガネを使用）
- Shift
分子間の距離を指定します。
- Rot
分子の回転する大きさを指定します。
- H
チェックされている場合は、水素原子を表示します。
- Dummy
チェックされている場合は、ダミー原子を表示します。
- Backbone
チェックされている場合は、バックボーンのみを表示します。（タンパク質向け）
- Atom
原子の表示倍率を設定します。
- Bond
結合の表示倍率を設定します。
- Z-Clip
Z方向のクリッピング位置を指定します。
- Surface Style
分子軌道などの等値面の表示方法を指定します。
- Mesh
等値面をメッシュ（格子）モデルで表示します。
- Solid
等値面をソリッドモデルで表示します。
- SmoothSolid
等値面を滑らかなソリッドモデルで表示します。
- Trans
等値面の透明度を指定します。 （0: 不透明、1: 透明）
- Contour Map Position
分子軌道などのメッシュ（スカラー場）情報が読み込まれた場合、チェックを入れた面に対しコンターマップ（等高線）を描画します。コンターマップの位置はスライダーで調整可能です。