6.31. Winmostar Viewer

Winmostar Viewerは分子軌道などを表示する、描画に特化したWinmostarの付属ソフトウェアです。
MDのような多成分系で特定の成分だけを表示させることも可能です。

6.31.1. マウスの使い方

左ボタン+ドラッグ

視点を回転させます。
ドラッグしながらマウスボタンを離すと回転し続けます。

右ボタン+上下ドラッグ

縮小・拡大します。

左ボタン+右ボタン+ドラッグ

上下・左右に移動します。

6.31.2. メニュー操作

6.31.2.1. Fileメニュー

Open

gld形式およびMOLDA形式のファイルを読み込みます。

Save GLD

現在開いているGLD形式のファイルを名前を付けて保存します。

Save MOLDA

ウィンドウに表示されている構造をMOLDA形式で保存します。

Save JPEG

ウィンドウに表示されている内容をJPEGファイルとして保存します。

Save JPEG (Stereo)

立体視用の左右の画面をJPEGファイルとして保存します。

StereoPhoto Maker

StereoPhotomakerを起動します。

Exit

Winmsotar Viewerを終了します。

6.31.2.2. Viewメニュー

Representations

描画の詳細な調整を行う Representationsウィンドウ を表示します。

Perspective

遠近法を使用します。

Background Color

背景の色を指定します。

Winmostar Viewer

背景の色を暗青色にします。

Winmostar

背景の色をWinmostarのデフォルトの背景色にします。

Black

背景の色を黒にします。

White

背景の色を白にします。

Model

表示するモデルを選択します。

Ball-and-Stick Model

球棒モデルを表示します。

Space-Filling Model

空間充填モデルを表示します。

Stick Model

棒モデルを表示します。

Wire Model

ワイヤーモデルを表示します。

Show SPace-Filling Model Overlapping

空間重点モデルを半透明で重ね合わせ表示する。

Show Animation Control Panel

アニメーション操作パネル を表示します。

Copy Image

ウィンドウに表示されている画像をクリップボードにコピーします。

6.31.2.3. Helpメニュー

Help

マウスの使い方を表示します。

About Winmostar Viewer

バージョンを表示します。

Debug

メモリ使用量など、デバッグ用の情報を表示します。

6.31.3. アニメーション操作パネル

Winmostar 3Dでアニメーションを表示すると、Winmostar 3Dのウィンドウの左上にアニメーション操作用のUIが表示されます。

スライダー

フレームを移動します。

Once

最終フレームまで再生が到達したら再生をストップします。

Loop

最終フレームまで再生が到達したら最初のフレームに戻って再生を繰り返します。

Round

再生を往復で繰り返します。

JPEG

チェックを入れた状態で再生すると表示されている内容がJPEG形式で保存されます

GIF

チェックを入れた状態で再生すると表示されている内容がGIF形式で保存されます

Close

このパネルを閉じます。

6.31.4. Representationsウィンドウ

Orbit/Rotation

左ドラッグで視点を回転させる際の回転方法を指定します。

Orbit

自由に回転させます。

X, Y or Z

画面内水平方向、画面内垂直方向、または画面に垂直方向の軸周りで回転させます。

Periodic Boundary Condition

セルの外側に存在する分子の表示方法を指定します。

None

元の座標のまま表示します。

Atom

原子単位でセル内に構造が収まるよう表示します。

Mol

分子単位でセル内に構造が収まるよう表示します。

Molecule

本ウィンドウ中部の 1 から 9 を各分子に割り当てます。

Composition

本ウィンドウ中部の 1 から 9 を(分子量が共通する)各分子種に割り当てます。

1 - 9

チェックが付いた項目を表示します。プルダウンメニューの BS , SF , ST , WI はそれぞれBall-stick(棒球)モデル(デフォルト)、Space filling(空間充填)モデル、Stick(棒)モデル、ワイヤーモデルを意味します。

Rainbow

分子ごとに異なる色で表示します。

Gold

分子を金色で表示します。

Stereo

立体視表示します。

Enantiomer

元の構造とその鏡像体を表示します。

Para

平行法で表示します。

Cross

交差法で表示します。

Anag

アナグリフで表示します。(赤青のメガネを使用)

Shift

分子間の距離を指定します。

Rot

分子の回転する大きさを指定します。

H

チェックされている場合は、水素原子を表示します。

Dummy

チェックされている場合は、ダミー原子を表示します。

Backbone

チェックされている場合は、バックボーンのみを表示します。(タンパク質向け)

Atom

原子の表示倍率を設定します。

Bond

結合の表示倍率を設定します。

Z-Clip

Z方向のクリッピング位置を指定します。

Surface Style

分子軌道などの等値面の表示方法を指定します。

Mesh

等値面をメッシュ(格子)モデルで表示します。

Solid

等値面をソリッドモデルで表示します。

SmoothSolid

等値面を滑らかなソリッドモデルで表示します。

Trans

等値面の透明度を指定します。 (0: 不透明、1: 透明)

Contour Map Position

分子軌道などのメッシュ(スカラー場)情報が読み込まれた場合、チェックを入れた面に対しコンターマップ(等高線)を描画します。コンターマップの位置はスライダーで調整可能です。