6.1. メニュー
6.1.1. 新規プロジェクト
新規にプロジェクトを作成します。
作成したプロジェクトのファイル構成は以下の通りです。各ファイル・フォルダのリネームには対応していません。
.wmpjdataフォルダ: 当該プロジェクトに含まれるすべてのファイルを含むフォルダです。このフォルダをWinmostarにドラッグアンドドロップするとプロジェクトが開かれます。
.wmpjファイル: 当該プロジェクトに関する情報が書かれたファイルです。このファイルをWinmostarにドラッグアンドドロップするとプロジェクトが開かれます。
temp.wmm: 編集中の分子構造の情報が書かれたファイルです。
index.ndx: で登録したグループの情報が保存されるファイルです。
.wmps*ファイル: このプロジェクトで使用したワークフローの設定ファイルです。
work*フォルダ: 作業フォルダです。
Exec*フォルダ: 各作業フォルダのジョブを制御するファイルが収められたフォルダです。
6.1.2. 現在の構造で新規プロジェクト
現在分子表示エリアに表示されている構造を用いて新規プロジェクトを作成します。
6.1.3. プロジェクトを開く
既存のプロジェクトを開きます。
6.1.4. 最近使ったプロジェクトを開く
最近開かれたプロジェクトを開きます。
6.1.4.1. 履歴をクリア
最近開かれたプロジェクトの履歴を空にします。
6.1.5. プロジェクト
6.1.5.1. 情報を見る
開かれているプロジェクトの情報を見ます。一部情報はここで編集できます。
6.1.5.2. 一時ファイルを開く
開かれているプロジェクトの一時ファイルを開きます。
6.1.5.3. エクスプローラで表示
開かれているプロジェクトのwmpjdataフォルダを開きます。
6.1.5.4. パラメータ/構造スキャン結果表示
この機能を使うためにはアドオンの購入が必要です。パラメータスキャンまたは構造スキャン計算の後、各計算の結果を集計することができます。
- Check All
Working Foldersのすべての作業フォルダにチェックを入れます。
- Uncheck All
Working Foldersのすべての作業フォルダのチェックを外します。
- Check Selected
Working Foldersで選択されている作業フォルダにチェックを入れます。Working FoldersではShiftまたはCtrlで作業フォルダを複数選択することができます。
- Working Folders
可視化したい計算結果を含む作業フォルダにチェックを入れてください。
- X Axis
可視化する際のX軸の値を選択します。
- Y Axis
可視化する際のY軸の値を選択します。
- Export csv
各作業フォルダについて物性を羅列したcsvファイルを出力します。グラフからcsvファイルを出力する場合は物性を1種類しか選べませんが、本機能を利用すると複数の物性を出力することができます。
- Export Animation
終構造とPropertyで選択した値を含むwmmファイルを作成します。例えば体積-全エネルギーグラフを作成したい場合は、この機能でアニメーションを作成してからCustom Plot機能でX軸にVolumeを選択します。
- Draw
設定した条件でグラフを作成します。
6.1.6. 新規ファイル
新規にファイルを作成します。
ヒント
Ctrl+N でも操作できます。
6.1.7. ファイルを開く
ファイルから分子構造をメインウィンドウに読み込みます。各種ソフトのフォーマットに対応しています。
現在のモード・ファイルを切り替えることなく構造を読み込みたい場合は ファイルをインポート を使ってください。
ヒント
Ctrl+O でも操作できます。
6.1.8. 最近使ったファイルを開く
最近開かれたファイルを開きます。
6.1.8.1. 履歴をクリア
最近開かれたファイルの履歴を空にします。
6.1.9. 再度読み込み
メインウィンドウで開かれているファイルを再度読み込みます。
6.1.10. 上書き保存
6.1.11. 名前を付けて保存
メインウィンドウに表示されている分子構造を別名で保存します。
保存後、保存したファイルが開き直されます。開き直すことなく単に構造を指定したフォーマットで出力したい場合は ファイルをエクスポート を使ってください。
ファイル名およびファイルを含むフォルダ名（上位階層全て）は半角英数のみで記入することを推奨します。
全角英数、日本語などのマルチバイト文字、スペースが含まれる場合は、一部の処理で不具合がでることがあります。
アンダースコアは使用可能です。
各種ソルバの入力ファイルを保存する場合は、 キーワード表示エリア と 座標表示エリア の内容を基にファイルが作成されます。
キーワード表示エリアに、保存したいソルバのキーワードが表示されていない場合は、キーワード設定ウィンドウが自動で開きます。 また、MOPAC、GAMESS、Gaussian、NWChemの場合は 座標表示形式を切り替え で選択されたフォーマットで座標が出力されます。
ヒント
Shift+Ctrl+S でも操作できます。
6.1.12. 閉じる
現在開いているプロジェクトまたはファイルを閉じ、起動直後の画面に戻ります。
6.1.13. ファイルをインポート
既存の分子構造ファイルを読み込みます。現在の構造を破棄して読み込むか、現在の構造に追加して読み込むことができます。
ファイルを開く ではファイルを読み込んだ時点でファイルモードでファイルが開かれますが、本機能を使うとモードやファイルを切り替えることなく分子表示エリアの構造をインポートしたファイルの構造で上書きします。
6.1.14. 最近使ったファイルをインポート
最近使ったファイルをインポートします。
6.1.15. インポート
特定の形式の分子構造と、一部の計算結果ファイルを読み込みます。
6.1.15.1. SMILES
SMILES形式の文字列から分子構造を生成し、メインウィンドウに読み込みます。 Import SMILES ウィンドウが開いたら、 Enter SMILES の欄にSMILES形式の文字列を入力し、 Import を押してください。内部的にはBalloonまたはOpenBabelが使用されます。
*_smiles_tmpという作業フォルダに中間ファイルが生成されます。
6.1.15.2. 構造式
構造式を入力することにより分子を作成します。内部ではJSMEで構造式を描画し、JSMEからSMILESを生成してBalloonまたはOpenBabelが3次元構造を生成します。
6.1.15.3. Samplesファイル
Samplesフォルダの中のファイルを読み込みます。
6.1.16. ファイルをエクスポート
任意のファイル形式で現在の分子構造を出力します。
6.1.17. エクスポート
選択した形式でメインウィンドウに表示されている内容を出力します。
6.1.17.1. SMILES
メインウィンドウに表示されている分子構造をSMILES形式の文字列で出力します。メインウィンドウに複数分子表示されている場合は使用できません。Cygwin上でOpenBabelを使用します。「水素原子を補完してからSMILESを生成しますか？」のダイアログで「はい」の場合はOpenBabelを-bオプション付きでmol2形式経由で実行し、「いいえ」の場合はxyz形式経由で実行します。
警告
本機能を利用するためには CygwinWMのセットアップ が必要です。
6.1.17.2. 構造式
メインウィンドウに表示されている分子構造の構造式の画像をSVG形式で出力します。メインウィンドウに複数分子表示されている場合は使用できません。Cygwin上でOpenBabelを使用します。
警告
本機能を利用するためには CygwinWMのセットアップ が必要です。
6.1.17.3. 画像
メインウィンドウに表示されている内容をBMPまたはJPG形式で出力します。
6.1.17.4. CHARMM crd File
メインウィンドウに表示されている分子構造をCHARMMのcrd形式で出力します。
6.1.17.5. SDF形式
メインウィンドウに表示されている分子構造をSDF形式で出力します。
6.1.18. 情報を見る
メインウィンドウに表示されている分子構造の詳細情報を表示します。
6.1.19. テキストエディタで開く
メインウィンドウのタイトルに表示されるファイルを、環境設定ウィンドウにて選択したテキストエディタで開きます。
注釈
テキストエディタで編集後、再度読み込み を選択すると、変更をメインウィンドウに反映することができます。
6.1.20. エクスプローラで表示
メインウィンドウのタイトルに表示されているファイルの一階層上のディレクトリを開きます。
6.1.21. 終了
Winmostarを終了します。