6.23. Animation表示エリア

ウィンドウ左のリストには、各フレームのステップ数、エネルギー、力などを表示します。リストの各行をクリックするとその行に対応するフレームがメインウィンドウに表示されます。

ウィンドウ下部では、リスト内の Column プルダウンメニューで選択した列の値がグラフ表示されます。

アニメーション(トラジェクトリ)データについて本機能から直接結果解析することも可能で、詳細は Options ‣ Tools を確認してください。

Reload

アニメーションのファイルを再度読み込みます。

Options
Export
Current Frame

現在のフレームを別名で保存します。

All Frames Separately

全てのフレームをそれぞれ個別のファイルに出力します。

例えば、SDFファイルの各分子構造を個々のファイルに分割し保存・編集したいときに便利です。 分割したファイルを再びSDFファイルに集約する場合は 複数ファイルをSDF形式に集約 を使います。

GIF Animation

GIFアニメーションファイルを書き出します。

Export ボタンからも操作できます。

JPEG Images

連番JPEGファイルを書き出します。

Export ボタンからも操作できます。

MOL2 File (Multiframe)

全てのフレームを含むmol2ファイルを書き出します。

SDF File (Multiframe)

全てのフレームを含むSDFファイルを書き出します。

WMM File (Multiframe)

全てのフレームを含むWMMファイルを書き出します。

Animated GRO File

アニメーションgroファイルを出力します。VMD等との連携に使用できます。 Export ボタンからも操作できます。

CSV

リストの表示されている数字をcsv形式で出力します。

Tools
Invert Trajectory

トラジェクトリを反転させます。順方向、逆方向のIRC計算のトラジェクトリを、鞍点を中心に結合させたいときに便利な機能です。

Skip Frames

トラジェクトリを一定間隔で間引きます。長大なトラジェクトリのサイズを小さくして解析の処理速度を軽くしたい場合などに便利な機能です。

Translate All Atoms

全てのフレームの全ての原子を並進移動させます。計算済みのデータを可視化する際、原子位置を微調整したい時に便利な機能です。

Set Origin as Lower Bound Edge of Cell

各フレームのシミュレーションセルの各方向の始点を、原点に設定します。 Translate All Atoms 機能と組み合わせて使用すると便利な機能です。

Append Trajectory

現在のアニメーションに他のファイルのアニメーションを繋げます。順方向、逆方向のIRC計算のトラジェクトリを、鞍点を中心に結合させたいときに便利な機能です。

Distance/Angle Change

トラジェクトリ内の指定した原子間の結合長・結合角・二面角を解析します。

  1. Bond/Angle Change ウィンドウで、 Type を選択します。

  2. Target Atoms にコンマ区切りで計算したい結合長・結合角・二面角を定義する原子を列挙します。Set ボタンをクリックすると、メインウィンドウでマーカーが付いた原子を自動で入力することができます。

  3. Plot において時間変化( Time Change )またはヒストグラム( Histogram )のどちらを出力するか選択する。

  4. Draw ボタンをクリックします。

Mean Square Displacement/Diffusion Constant

平均二乗変位および自己拡散係数を算出します。詳細は 自己拡散係数/平均二乗変位 を参照してください。Gromacsなど一部のソルバでは本メニューが有効になりませんが、ソルバのメニューに同等機能が用意されている場合があります。

Radial Distribution Function

動径分布関数を算出します。詳細は 動径分布関数 を参照してください。Gromacsなど一部のソルバでは本メニューが有効になりませんが、ソルバのメニューに同等機能が用意されている場合があります。

Displacement of Selected Atoms

選択グループの原子の変位をプロットします。

Extract Trajectory for Selected Group

メインウィンドウでグループ選択した原子のみを取り出したトラジェクトリファイルを作成します。

Auto

File ‣ Export All Frames Separately などのファイル出力機能の実行時に、各フレームの構造に対し操作を行います。操作はメニューの順に実行されます。

Check All/Uncheck All

Deleting Hydrogen から Quick Optimization までの全ての項目のチェックします/チェックを外します。

Deleting Hydrogen

各フレームの構造に対し、水素原子を削除します。 すべての水素を削除 と同じ操作が実行されます。

Extracting One Molecule

各フレームの構造に対し、1分子だけ構造を残します。

Adjusting Coordinate

各フレームの構造に対し、結合長を自動で調整します。 結合長を自動調整 と同じ操作が実行されます。

Adding Hydrogen

各フレームの構造に対し、水素を自動で付加します。 すべての原子に付加 と同じ操作が実行されます。

Quick Optimization

各フレームの構造に対し、簡易構造最適化を実行します。 簡易構造最適化 と同じ操作が実行されます。

Running MOPAC

各フレームの構造に対し、MOPACを実行します。

Enable Dynamic Bond

スナップショットごとに結合を毎回自動生成します。

化学結合が組み変わるMD計算(第一原理MD、CPMD、ReaxFF、DCDFTBMDなど)の際に有用です。

Speed

再生速度を調整します。

Loop

チェックされている場合はループ再生されます。

Open Viewer

現在開いているアニメーションを Winmostar Viewer を用いて表示します。

Frame

表示位置を操作、調整します。

Plot Column

リストの中で、このウィンドウ下部のグラフ表示部に表示する列を指定します。直接値を入力することも可能です。

Custom Plot

リストの内容、原子間距離、角度、格子定数などを柔軟にプロットできるウィンドウを開きます。