6.26. Surface Setup・Cubegenウィンドウ

分子軌道、静電ポテンシャル、各種cubeファイルなどのボリュームデータの表示を調整します。

File ‣ Open メニュー

描画したいcubeファイルを選びます。

File ‣ Export VRML メニュー

VRML形式で出力します。

File ‣ Export VRML & Open VRML Viewer メニュー

VRML形式で出力し、そのファイルをVRMLビューワで開きます。VRMLビューワは環境設定で設定できます。

File ‣ Open VRML Viewer メニュー

現在のファイルをVRMLビューワで表示します。

File ‣ Open Winmostar Viewer メニュー

現在のファイルをWinmostar Viewerで表示します。

File ‣ Close メニュー

このウィンドウを閉じます。

Quantity プルダウンメニュー

描画する物理量を選択します。

  • MO

    Selected MO で選択された分子軌道の3次元分布です。

  • Surface

    VDW半径程度の距離（厳密ではありません）に描画される分子表面です。

  • ESP(Population Charge)

    ESP(Population Charge) はPopulation解析後の点電荷から算出する静電ポテンシャルの3次元分布です。 ESP よりも高速に動作します。複数種類の電荷が存在する場合は（高優先）ESP電荷＞Lowdin電荷＞NBO電荷＞User電荷＞Mulliken電荷（低優先）の順に使用されます。表示 ‣ ラベル/電荷 メニューで電荷の種類が指定されている場合は、その電荷が優先して使用されます。

  • ESP(Population Charge)/Surface

    ESP(Population Charge) の情報を、分子表面上で表示します。複数種類の電荷が存在する場合はESP(Population Charge)と同様に振る舞います。

  • MO/Surface

    MO の情報を、分子表面上で表示します。

  • Density

    電子密度の3次元分布です。

  • ESP

    電子状態計算で直接計算された静電ポテンシャルの3次元分布です。

ヒント

以下の手順で、 ESP/Surface に相当する、分子表面上でのESPを表示できます。（ただし、MOPACでは未対応）

  1. Dump cube file にチェックを入れ、 Quantity で Density を選択する。

  2. Draw ボタンを押と、 *_den.cube というファイルが生成される。

  3. Quantity で ESP を選択する。

  4. Draw ボタンを押と、 *_esp.cube というファイルが生成される。この処理員は数分掛かることがある。

  5. *_den.cube をWinmostarのメインウィンドウで開くと、 Cube Plot というウィンドウが開く。

  6. File 2 の横の ... ボタンをクリックし、 *_esp.cube を開く。

  7. Draw ボタンをクリックする。

ヒント

Windows版Gaussianに同梱されているCubegenプログラムをお持ちの場合は、 ESP の表示を高速化できます。 Cubeファイルを開いた際に出現する Cubegen ウィンドウにおいて、 Use Gaussian's cubegen チェックボックスにチェックを入れてください。

Cubegenウィンドウのみ選択できる項目は次の通りです。

  • Spin

    スピン密度(アルファスピンとベータスピンの密度差)の3次元分布です。

  • Alpha

    アルファスピン密度の3次元分布です。

  • Beta

    ベータスピン密度の3次元分布です。

  • CurrentDensity=X

    磁場により誘起された電流密度の3次元分布です。Xは磁場をかける方向で、必要に応じてYもしくはZに書き換えて実行してください。

  • ShieldingDensity=XX1

    磁気遮蔽密度の3次元分布です。=の後の1番目のXは磁場をかける方向、2番目のXは誘起される場の方向、3番目の数値は遮蔽密度を計算する原子の番号で、必要に応じて書き換えて実行してください。

Selected MO

描画する分子軌道の番号を指定します。 Energy Level Diagramウィンドウ で分子軌道を選択するとこの場所に値がセットされます。

Show Diagram ボタン

Energy Level Diagramウィンドウ を表示します。

alpha/beta ボタン

スピンを選択します。

Draw Style プルダウンメニュー

等値面を格子(Mesh)またはソリッド(Solid)モデルで表示します。

Transparency

透明度を指定します。（0: 不透明、1: 透明）

Isosurface Value

描画する等値面の値を指定します。

Points

各辺の格子点数を指定します。

Scale

描く範囲を指定するスケーリング係数を指定します。

Specify Range

ESP(Population Charge)/Surfaceなどの表示時に、カラーバーの範囲を手動で設定したい場合はチェックを入れます。

Min/Max

ESP(Population Charge)/Surfaceなどの表示時に、カラーバーの範囲を指定します。

Draw boundary チェックボックス

cubeファイルの境界に線を描画します。Quantum ESPRESSO, OpenMXなどのバンド計算で主に使用します。

Draw contour Map チェックボックス

指定した断面において等高線を描画します。

Dump cube file チェックボックス

Draw ボタンを押したときに、描画と同時にcubeファイルを出力します。

Draw ボタン

ボリュームデータを Winmostar Viewer を用いて描画します。

Close ボタン

このウィンドウを閉じます。