6.26. Surface Setup・Cubegenウィンドウ
分子軌道、静電ポテンシャル、各種cubeファイルなどのボリュームデータの表示を調整します。
- メニュー
描画したいcubeファイルを選びます。
- メニュー
VRML形式で出力します。
- メニュー
VRML形式で出力し、そのファイルをVRMLビューワで開きます。VRMLビューワは環境設定で設定できます。
- メニュー
現在のファイルをVRMLビューワで表示します。
- メニュー
現在のファイルをWinmostar Viewerで表示します。
- メニュー
このウィンドウを閉じます。
- Quantity プルダウンメニュー
描画する物理量を選択します。
- MO
Selected MO で選択された分子軌道の3次元分布です。
- Surface
VDW半径程度の距離（厳密ではありません）に描画される分子表面です。
- ESP(Population Charge)
ESP(Population Charge) はPopulation解析後の点電荷から算出する静電ポテンシャルの3次元分布です。 ESP よりも高速に動作します。複数種類の電荷が存在する場合は（高優先）ESP電荷＞Lowdin電荷＞NBO電荷＞User電荷＞Mulliken電荷（低優先）の順に使用されます。
- ESP(Population Charge)/Surface
ESP(Population Charge) の情報を、分子表面上で表示します。複数種類の電荷が存在する場合はESP(Population Charge)と同様に振る舞います。
- MO/Surface
MO の情報を、分子表面上で表示します。
- Density
電子密度の3次元分布です。
- ESP
電子状態計算で直接計算された静電ポテンシャルの3次元分布です。
ヒント
以下の手順で、 ESP/Surface に相当する、分子表面上でのESPを表示できます。（ただし、MOPACでは未対応）
Dump cube file にチェックを入れ、 Quantity で Density を選択する。
Draw ボタンを押と、
*_den.cubeというファイルが生成される。Quantity で ESP を選択する。
Draw ボタンを押と、
*_esp.cubeというファイルが生成される。この処理員は数分掛かることがある。
*_den.cubeをWinmostarのメインウィンドウで開くと、 Cube Plot というウィンドウが開く。File 2 の横の ... ボタンをクリックし、
*_esp.cubeを開く。Draw ボタンをクリックする。
ヒント
Windows版Gaussianに同梱されているCubegenプログラムをお持ちの場合は、 ESP の表示を高速化できます。 Cubeファイルを開いた際に出現する Cubegen ウィンドウにおいて、 Use Gaussian's cubegen チェックボックスにチェックを入れてください。
Cubegenウィンドウのみ選択できる項目は次の通りです。
- Spin
スピン密度(アルファスピンとベータスピンの密度差)の3次元分布です。
- Alpha
アルファスピン密度の3次元分布です。
- Beta
ベータスピン密度の3次元分布です。
- CurrentDensity=X
磁場により誘起された電流密度の3次元分布です。Xは磁場をかける方向で、必要に応じてYもしくはZに書き換えて実行してください。
- ShieldingDensity=XX1
磁気遮蔽密度の3次元分布です。=の後の1番目のXは磁場をかける方向、2番目のXは誘起される場の方向、3番目の数値は遮蔽密度を計算する原子の番号で、必要に応じて書き換えて実行してください。
- Selected MO
描画する分子軌道の番号を指定します。 Energy Level Diagramウィンドウ で分子軌道を選択するとこの場所に値がセットされます。
- Show Diagram ボタン
Energy Level Diagramウィンドウ を表示します。
- alpha/beta ボタン
スピンを選択します。
- Draw Style プルダウンメニュー
等値面を格子(Mesh)またはソリッド(Solid)モデルで表示します。
- Transparency
透明度を指定します。（0: 不透明、1: 透明）
- Isosurface Value
描画する等値面の値を指定します。
- Points
各辺の格子点数を指定します。
- Scale
描く範囲を指定するスケーリング係数を指定します。
- Draw boundary チェックボックス
cubeファイルの境界に線を描画します。Quantum ESPRESSO, OpenMXなどのバンド計算で主に使用します。
- Draw contour Map チェックボックス
指定した断面において等高線を描画します。
- Dump cube file チェックボックス
Draw ボタンを押したときに、描画と同時にcubeファイルを出力します。
- Draw ボタン
ボリュームデータを Winmostar Viewer を用いて描画します。
- Close ボタン
このウィンドウを閉じます。