6.7. QM ‣ GAMESS メニュー

GAMESSに関するメニューです。

GAMESSを利用するためには別途GAMESSをインストールする必要があります。 GAMESSをインストールする方法は インストール に記載しています。

6.7.1. キーワード設定

GAMESSの計算条件を設定します。設定後、すぐに計算を実行する場合は Run ボタン、一旦メインウィンドウに戻る場合は OK ボタンを押してください。

Run をクリックしたときの挙動は (1) GAMESS実行, (2) GAMESS実行 を参照してください。

Reset ボタンでデフォルトの状態に戻ります。 Save as Default ボタンで現在の状態をデフォルトの状態として保存します。 Save as Default ‣ Clear Default Settings で保存されてデフォルトの状態を出荷時の状態に戻します。

Easy Setup
簡易設定画面を表示します。
NCPUS
並列数を指定します。
NODES (FireFly)
計算に使用するノードのディレクトリを指定します。
Basicタブ
$CONTRL
ICHARG
電荷を指定します。
MULT
多重度を指定します。
SCFTYP
SCF計算方法を指定します。
RUNTYP
計算目的を選択します。
COORD
分子構造データの形式を指定します。
MAXIT
SCF計算の反復回数の上限を指定します。
NZVAR
内部座標の数を指定します。
EXETYP
実際に計算を行うかどうかの指定で、入力をチェックするときはCHECKを指定します。
NOSYM
計算の際に対称性を利用するかどうかを指定します。
NPRINT
出力の詳細度を指定します。
LOCAL
軌道の局在化の方法を指定します。(デフォルト 0 = しない)
ECP
Pseudopotentialを指定します。
DFTTYP
密度汎関数法の基底関数系を指定します。
TDDFT
時間依存(Time-dependent)DFT法を用いて励起状態のエネルギー計算を行うかどうかを指定します
Others
その他のキーワードを記入します。
$BASIS
Basis Set
基底関数系を選択します。GBASIS、NGAUSS、NDFUNC、NFFUNC、DIFFSP、DIFFSに反映されます。
GBASIS
基底関数系の基本セット
NGAUSS
Gaussian関数の数
EXTFIL
外部ファイルから基底関数を読み込みます。
NDFUNC
加えるd-分極関数の数
NFFUNC
加えるf-分極関数の数
NPFUNC
加えるp-分極関数の数
DIFFSP
sp-diffuse関数を加えるかどうかの指定
DIFFS
s-diffuse関数を加えるかどうかの指定
Others
その他のキーワードを記入します。
Advancedタブ
$SYSTEM
TIMLIM
計算の制限時間 (デフォルト 600分)
MWORDS
メモリー使用量 (デフォルト 1MW)
Others
その他のキーワードを記入します。
$SCF
DIRSCF
ダイレクトSCF計算法を使用するかどうかを指定します。
DAMP
Fock 行列の作成に際して、Davidson damping を利用します。
CONV
SCF収束判定の際の密度変化の閾値を指定します。(デフォルト 1.0D-05)
Others
その他のキーワードを記入します。
$GUESS
GUESS
初期波動関数の求め方を指定します。
Others
その他のキーワードを記入します。
$STATPT
NSTEP
構造最適化のステップ数の上限を指定します。(デフォルト 20)
OPTTOL
エネルギー勾配の閾値を指定します。(デフォルト 0.0001 Hartree/Bohr)
METHOD
構造最適化のアルゴリズムを指定します。
HESS
Hessian 行列の求め方を指定します。
Others
その他のキーワードを記入します。
Z-Matrix
Z-Matrixの設定を行います。
DFT
$DFT
LC
長距離補正を行うかどうかを指定します。(BLYP, BOP及び BVWNの場合のみ)
MU
長距離補正のパラメータの値を指定します。(デフォルト 0.33)
Others
その他のキーワードを記入します。
$TDDFT
NSTATE
求める状態の数(基底状態をのぞく)を指定します。
NRAD
密度汎関数の導関数を求める際の動径方向の格子点の数を指定します。(デフォルト 48)
NLEB
角度方向の格子点の数を指定します。(デフォルト 110)
Others
その他のキーワードを記入します。

6.7.2. キーワード読み込み

既存のGAMESSの入力ファイルから、キーワード(計算条件)のみを読み込みます。

6.7.3. punchファイルから読み込み

6.7.3.1. $VECを読み込み

$VECをpunchファイルから読み込みます。

6.7.3.2. $HESSを読み込み

$HESSをpunchファイルから読み込みます。

6.7.4. (1) GAMESS実行, (2) GAMESS実行

メインウィンドウでGAMESSの入力ファイルが開かれている場合は、そのファイルを使ってGAMESSを実行します。 開かれていない場合は、GAMESSの入力ファイルを保存した上でGAMESSを実行します。

入力ファイルを保存する際に、 座標出力形式を切り替え の選択肢( Z-Matrix または XYZ )および 座標表示エリアZ-Matrix / XYZ タブの選択に応じて座標の出力フォーマットが変化します。

(1) GAMESS実行 , (2) GAMESS実行 の違いは、起動するGAMESSのプログラムパスです。 プログラムパスは、 ツール ‣ 環境設定 ‣ プログラムパス で変更することができます。 (1) GAMESS実行 , (2) GAMESS実行 には、バージョンの異なるGAMESSなどを設定して、両者を場面に応じて使い分けながら使用することを想定しています。

外部基底関数ファイルを使用するには( $BASIS EXTFIL=.T. )、 basis.lib をGAMESSのEXEファイルと同じディレクトリに置きます。 WinGAMESSの場合は、 runscript.csh の中で setenv EXTBAS ../basis.lib と指定します。

実行に伴い以下のファイルが生成されます。 例として入力ファイルが water.inp の時のファイル/フォルダ名を併記しています。

種類 説明
outファイル
water.out
計算のログファイルです。
batファイル
water.inp.bat
GAMESSを実行するためのバッチファイルです。
punファイル
water.pun
詳細な結果解析を行うためのpunchファイルです。

ジョブは Winmostar Job Manager を通じて実行されます。

6.7.5. ログを表示 (out,log)

outファイルをテキストエディタで開きます。

6.7.6. アニメーション

outファイルの情報から構造最適化、スキャン、IRC計算等のアニメーションを作成し表示します。

アニメーション表示の操作方法は Animationウィンドウ を参照してください。

6.7.7. 結果解析

6.7.7.1. 分子軌道, UV-Vis, 電荷, NMR

outファイルの情報から分子軌道, UV-Vis, 電荷, NMRの情報を取得し表示します。

読み込まれた電荷の情報は 表示 ‣ ラベル/電荷 ‣ Mulliken電荷 などを選択することで分子表示エリアに表示することができます。

サブウィンドウの操作方法は Energy Level Diagramウィンドウ , MO Plotウィンドウ , UV-Vis Spectrumウィンドウ , NMRウィンドウ を参照してください。

6.7.7.2. IR/ラマンスペクトル

outファイルを選択し、振動スペクトル(IRまたはラマンスペクトル)を表示します。

RUNTYP=HESSIAN のoutファイルからIRスペクトルを読み込ませた後、続けて本メニューで RUNTYP=RAMAN のoutラマンスペクトルを読み込ませると、両方のスペクトルを同時にサブウィンドウに表示することができます。

サブウィンドウの操作方法は IR Spectrumウィンドウ を参照してください。

6.7.7.3. RESP電荷

RESP法に基づく点電荷をpunchファイルから算出します。

読み込ませるpunchファイルは、 キーワード設定 ‣ Easy Setup において RESP/ESP の設定を選んで実行した計算から出力されている必要があります。 スピン多重度は1という前提で処理されます。

「分子構造的に等価な原子に同じ電荷を割り当てますか?」と聞かれ、 はい をクリックすると内部的にはacpypeを、 いいえ をクリックすると内部的にはAmberToolsを直接使ってRESP電荷を算出しています。基本的には はい をクリックする方を推奨しますが、大きい分子の場合などに処理が正常終了しない場合があり、そのような場合は いいえ をクリックしてください。両者の計算結果は、大きくは変化しないことが期待されます。

警告

本機能を利用するためには CygwinWMのセットアップ が必要です。

6.7.8. PDB

6.7.8.1. PDB編集

PDBデータの残基情報等を残したまま、原子削除等の編集を行います。

6.7.8.2. FMOutil

FMOutilを起動します。

6.7.9. PIO解析

Paired Interacting Orbitals解析を実行します。 詳細は PIO解析ウィンドウ を参照してください。