6.30. Energy Plotウィンドウ

分子動力学計算の各種エネルギー、温度、圧力等の熱力学量の時間変化を表示します。

ソルバによって出現するUIは異なります。

Energy Terms で項目を選択し、 Draw ボタンをクリックするとグラフが表示されます。

グラフ描画エリアの操作方法は グラフの操作方法 を参照してください。

Uncheck All on Launch

チェックがついている場合は、本機能を立ち上げるたびにEnergy Termsにチェックが入っていない状態になります。チェックがついていない場合は、Energy Termsのチェックがついている項目が保存されます。特定のソルバでのみ出現します。

Block Average

Size で指定したサイズでブロック平均した値をプロットします。瞬時値の揺らぎが大きい物理量をプロットする際に有用です。

Normalize by Nmol

分子数でエネルギーを規格化します。分子数を取得するために、座標ファイルを選択します。

Plot Each Data Set on Separate Graphs

チェックがついている場合は、各項目を個別のグラフにプロットします。チェックがついていない場合は、1枚のグラフに各項目が同時にプロットされます。

Calc Ave

各項目の平均値をテキストファイルで出力します。 Calc Stdev and drift にチェックが入っている場合は標準偏差とドリフト（時系列データを線形回帰して得られた直線の最小値、最大値の差）も出力します。

Gromacsの場合は、 gmx energy を実行し、比熱、bulk modulusなどの揺らぎから求める物性も出力されます。

Draw

グラフを描画します。

Gromacsの場合は、 gmx energy を実行します。

Close

ウィンドウを閉じます。