6.20. ツールメニュー

6.20.1. 環境設定

環境設定ウィンドウを開きます。詳細はツール ‣ 環境設定メニューを参照してください。

6.20.2. フラグメントを登録/削除

6.20.2.1. フラグメントを登録

フラグメントを登録と同じです。

6.20.2.2. フラグメントを削除

フラグメントを削除と同じです。

6.20.3. 構造式を入力

構造式と同じです。

6.20.4. 配座探索(Balloon)

Balloonを用いて配座探索を行います。 Search ボタンをクリックすると処理が開始されます。 Options にはBalloonのオプションを入力します。 *_balloon_tmp という作業フォルダに中間ファイルが生成されます。

本機能は以下のように動作しています。

初期構造に対し、GAを使わず配座探索

Ballonオプション: -v 1 -c 10 --noGA -i 300 --randomSeed 51277

1の最もエネルギーが低い構造に対し、GAを使い配座探索

Ballonオプション: -v 1 -b -k -c 400 --full -R 0.25 --nGene 20 --random 51277

2のエネルギーが低い構造から4個に対し、GAを使わず配座探索

Ballonオプション: -v 1 -c 25 --noGA -i 300 --randomSeed 51277

3のエネルギーが低い構造から100個を抽出

Cluster similar structures にチェックが入っていた場合は、100個の構造をクラスタリングし、RMSD tolerance以下の類似構造を集約してWinmostarで表示（ただし、簡易的なクラスタリングのため、候補が効率よく削減できない場合があります）

警告

本機能は、結合次数に影響を受けます。

6.20.5. 点群解析

モデリングした分子の点群対称性を判定します。

本機能は主に以下の目的で使用されます。

モデリングした分子の点群解析を行います。

判定された点群情報を元に分子の構造の歪みを解消します。（対称化）

対称単位⇔非対称単位の変換を行えます。

金属を含まない有機分子であれば、一度クリーンを行った構造の方が点群解析が成功しやすくなります。

以下の機能を用いて点群解析を解析し可視化します。

Analyze
点群解析を開始します。

Accuracy
点群解析の解析精度を指定します。精度を上げると対称性の判定が厳しくなり、下げると判定が甘くなります。

Shoenflies
分子の対称性をShoenflies記号で表示します。

i
点対称要素がリスト表示されます。

Cn Axis
回転対称要素がリスト表示されます。

Sn Axis
回映対称要素がリスト表示されます。

Mirror
鏡映対称要素がリスト表示されます。

Select
リストされている全て対称要素が選択されグラフィック画面に表示されます。

Deselect
リストされている全て対称要素の選択が解除されグラフィック画面で非表示になります。

Select All
全ての対称要素が選択されグラフィック画面に表示されます。

Deselect All
全て対称要素の選択が解除されグラフィック画面で非表示になります。

点群解析終了後、以下の操作で分子構造の対称化と、非対称単位と対称単位の間の切り替えが可能になります。ただし、C1以外の点群対称性だった場合に限ります。

Symmetrize
予測された点群情報に基づき、構造の歪み（完全な対称構造からのずれ）を解消します。

Show
Symmetric Unitにチェックが入っていると対称単位を表示します。 Asymmetric Unitにチェックが入っていると非対称単位のみを表示します。（非対称単位だけが表示された状態でGAMESSキーワード設定に進むと点群情報を引き継いでインプットを作成できます。）

右下のテキストエリア
分子の座標情報をXYZ形式で表示します。

6.20.6. 分子表面積, 体積

分子表面積、体積、卵形度を計算します。

分子の表面積と体積の計算には函館高専の長尾先生のプログラムを使用しています。（長尾輝夫, 分子表面積及び体積計算プログラムの改良, 函館工業高等専門学校紀要, 第27号, p111-120, 1993.）

van der Waals Moleuclar Surface (VMS): 原子をvan der Waals半径の球に置き換えた場合の表面

Accessible Molecular Surface: VMS表面の周りを溶媒分子でなぞった際の溶媒分子の中心の面

Molecular Surface: VMS表面の周りを溶媒分子でなぞった接触表面と凹角表面（Solvent-excluded surface、または、Connolly surfaceとも呼ばれる）

分子体積は各原子を中心とするvdw半径の球の内部の集合の体積を指します。

卵形度（Ovality）は以下の式で計算しています。

分子表面積/最小表面積 = S/4π(3V/4π)**(2/3) 最小表面積 = 4π(3V/4π)**(2/3) (分子体積が等しい真球の表面積)

6.20.7. アスペクト比

分子のアスペクト比を計算します。アスペクト比は、各原子を中心とするvdw半径の球全てを内包する最小直径の円筒の長さLと直径Dの比L/Dとして定義しています。

6.20.8. 慣性半径

分子の慣性半径を計算します。計算された慣性半径の値はバックグラウンドでファイルに保存されます。保存される際の名前はツール ‣ 環境設定メニューで切り替えることができます。

6.20.9. Sterimolパラメータ

メインウィンドウ上でグループ選択した部分構造に対して、Sterimolパラメータを計算します。 Calculate ボタンをクリックすると計算が開始されます。

6.20.10. 環構造の単位法線ベクトル

NICS計算などにおいて必要な、環構造の単位法線ベクトルを表示します。対象となる環構造をグループ選択した上で本機能を呼び出してください。

例えばベンゼン環の場合は、ベンゼン環を構成する炭素6つをグループ選択します。

出力されるベクトルは以下のように計算されます。

グループされた原子のうち、共有結合する2原子のリストを作成します。

1で作成されたリストの各2原子について、その2原子とグループ選択の幾何中心の3点で張られる平面に垂直なベクトルを算出します。

2で算出したベクトルの平均を本機能で最終的に表示します。

6.20.11. ボロノイ多面体体積

各原子のボロノイ多面体体積をリストで表示します。

6.20.12. ジョブマネージャ

ローカルジョブを管理するWinmostar Job Managerを起動します。

6.20.13. リモートジョブ投入

ファイルモードにおいてリモートジョブの実行、管理を行うウィンドウを開きます。詳細は Submit Remote Jobウィンドウの各機能を参照してください。

6.20.14. リモートサーバ

プロジェクトモードにおいて各プロファイルのリモートサーバの操作を行います。

6.20.14.1. 設定

プロファイルの設定を行います。

6.20.15. Cygwin

CygwinWM の端末画面（ターミナル）を起動します。

6.20.16. ログビューワ

リアルタイムに更新されるテキストファイル（ソルバのログファイルなど）の末尾をリアルタイムに表示します。ウィンドウにテキストファイルをドラッグアンドドロップしてください。

6.20.17. 単位を変換

原子・分子系に特化した単位の変換ツールを開きます。

6.20.18. 文字列を検索

各種ログファイルの中で文字列を検索し、ヒットした行をExcelまたはテキストファイルに出力します。

6.20.19. 分子の重ね合わせ表示

複数の分子を重ね合わせて表示します。複数の分子構造の類似性の確認に便利です。

Import from Main Window または Import from File ボタンで表示したい分子構造を読み込み Structures のリストに追加します。ドラッグ＆ドロップでエクスプローラーから直接読み込ませることもできます。

Structures のリストで強調表示したいファイル名をクリックするとその分子が青くハイライトされます。

Delete ボタンで選択した分子を削除、 Reset ボタンで全ての分子を削除します。

Rotate to align 3 atoms ボタンで各分子の配向を揃えることができます。それぞれの分子について3原子をクリックして指定すると、1点目を原点に、2点目をＸ軸上に、3点目をxy平面上に設定します。

分子の構造が近い場合は、Offset の X , Y , Z の値を調整して重ね合わせる面をずらします。

Structures のリストに2分子しかない場合は RMS-Fit All ボタンで、2分子間のRMS（座標の二乗平均平方根）が最小になるように自動で分子を回転します。また、 RMS に2分子間のRMSが表示されます。

Open Viewer ボタンを押すと、Winmostar Viewer で表示することができます。

6.20.20. 複数ファイルをSDF形式に集約

複数のファイルを1つのSDF形式のファイルに集約して保存します。選択されたフォルダの中に含まれる全てのファイルについて集約します。ファイルを開くで開くことができるファイルの以外は読み込まれません。（拡張子で判断されます）

6.20.21. アニメーション

6.20.21.1. アニメーションに切り替え

アニメーションを表示していない状態でこの機能を使うと、1フレームのアニメーションが表示されている状態に切り替わります。

6.20.21.2. アニメーションを破棄

アニメーションが表示されている状態でこの機能を使うと、現在のフレームのみが残されアニメーションが表示されていない状態に切り替わります。

6.20.21.3. フレームを追加

アニメーションに対し、現在のフレームを複製し新しいフレームを追加します。

6.20.21.4. 現在のフレームを削除

アニメーションに対し、現在のフレームを削除します。

6.20.21.5. 構造スキャン

少しずつ座標・セルサイズを変えた構造を生成し、アニメーションを作成します。

Transform cell only along the selected axis
Axis で選択した軸の方向にセルを伸長または圧縮します。 Variable がLength changeの時は値として増分の長さ（単位はオングストローム）、Normal strainの時は値としてひずみを指定します。いずれも0の時は元のセルサイズと同じであることを意味します。 Change Atomic Position with keeping fractional coordinates にチェックが付いている場合は各原子の座標が分率座標を固定しながら変化し、チェックが付いていない場合は各座標の座標が変化しません。

Transform cell by shear strain
セルにせん断ひずみを与えます。

Transform cell similarly
セルを相似的に変形させます。値として各軸のひずみを指定します（例えば値が0.1の場合は体積が $(1+0.1)^3 = 1.331$ 倍、値が-0.1の時は体積が $(1-0.1)^3 = 0.729$ 倍になります）。各原子の座標は分率座標を固定しながら変化します。体積ひずみを算出したい時に使います。

Translate group along selected axis/vector
選択グループの座標を Axis で選んだ軸の方向に並進移動させます。値として並進移動する距離（単位はオングストローム）を指定します。

Min
値の最小値を指定します。

Max
値の最大値が表示されます。 Max は Min と Interval と # of steps から自動的に設定されるので直接指定することはできません。

Interval
値の間隔を指定します。

# of steps
値の数を指定します。

Show Preview
設定した内容でのアニメーションのプレビューを確認できます。

OK
アニメーションを生成します。