11.6. 各種パラメータに関して
11.6.1. 物理定数
Winmostarで使用している物理定数は、2018年CODATA推奨値 [2018CODATA] です。
Tiesinga, P. J. Mohr, D. B. Newell, B. N. Taylor (2019), "The 2018 CODATA Recommended Values of the Fundamental Physical Constants" (Web Version 8.1). Database developed by J. Baker, M. Douma, S. Kotochigova. Available at http://physics.nist.gov/constants, National Institute of Standards and Technology, Gaithersburg, MD 20899.
11.6.2. 原子データ
Winmostarで使用している原子データの引用文献は次の通りです。
共有結合半径(単結合) |
|
共有結合半径(多重結合) |
|
van der Waals半径(典型元素) |
|
van der Waals半径(遷移金属元素) |
|
原子質量 |
Cordero, V. Gomez, A. E Platero-Prats, M. Reves, J. Echeverria, E. Cremades, F. Barragan, S. Alvarez, Dalton Trans., (2008) 2832-2838.
Pyykko, M. Atsumi, Chem. Eur. J., 15 (2009) 12770-12779.
Mantina, A. C. Chamberlin, R. Valero, C. J. Cramer, D. G. Truhlar, J. Phys. Chem. A, 113 (2009) 5806-5812.
Rahm, R. Hoffmann, N. W. Ashcroft, Chem. Eur. J., 22 (2016) 14625-14632.
Periodic Table: Atomic Properties of the Elements (Version 14), NIST SP 966. https://physics.nist.gov/pt/
なお、 の atoms1.wmx の3列目を編集することで、各元素の表示半径を任意の値に設定することができます。
11.6.3. 結合判定基準
11.6.3.1. 単結合判定
2原子間距離が、それぞれの原子の共有結合半径(単結合)の和に 結合判定係数 を掛けた値より短い場合、単結合と判定します。例外として、H-H、O-O、F-F結合は次の表の値(単位:Å)に 結合判定係数 を掛けて判定します。それぞれ、H2、HOOH、F2をB3LYP/6-31G*で構造最適化計算を行い算出しました。
H-H |
0.74 |
O-O |
1.45 |
F-F |
1.40 |
11.6.3.2. 多重結合判定
一部の2原子の組み合わせについて、2原子間距離が、それぞれの原子の共有結合半径(多重結合)の和を1.03倍した値より短い場合、二重もしくは三重結合と判定します。単結合及び二重結合の平均の和の1.03倍より短い場合、1.5重結合(芳香族結合)と判定します。例外として、N=N、O=O、P=O二重結合は次の表の値(単位:Å)を1.03倍して判定します。それぞれ、HNNH、O2、H3PO4をB3LYP/6-31G*で構造最適化計算を行い算出しました。
N=N |
1.246 |
O=O |
1.215 |
P=O |
1.473 |
判定をしている結合の種類は次の表の通りです。
結合種類 |
1.5重結合 |
二重結合 |
三重結合 |
C-C |
✔ |
✔ |
✔ |
C-N |
✔ |
✔ |
✔ |
C-O |
✔ |
||
C-S |
✔ |
✔ |
|
N-N |
✔ |
✔ |
✔ |
N-O |
✔ |
✔ |
|
O-O |
✔ |
||
P-O |
✔ |
||
P-S |
✔ |
||
S-O |
✔ |