10.6. 各種パラメータに関して

10.6.1. 物理定数

Winmostarで使用している物理定数は、2018年CODATA推奨値 [2018CODATA] です。

2018CODATA
  1. Tiesinga, P. J. Mohr, D. B. Newell, B. N. Taylor (2019), "The 2018 CODATA Recommended Values of the Fundamental Physical Constants" (Web Version 8.1). Database developed by J. Baker, M. Douma, S. Kotochigova. Available at http://physics.nist.gov/constants, National Institute of Standards and Technology, Gaithersburg, MD 20899.

10.6.2. 原子データ

Winmostarで使用している原子データの引用文献は次の通りです。

共有結合半径(単結合)

[Cordero2008]

共有結合半径(多重結合)

[Pyykko2008]

van der Waals半径(典型元素)

[Mantina2009]

van der Waals半径(遷移金属元素)

[Rahm2016]

原子質量

[NIST966]

Cordero2008
  1. Cordero, V. Gomez, A. E Platero-Prats, M. Reves, J. Echeverria, E. Cremades, F. Barragan, S. Alvarez, Dalton Trans., (2008) 2832-2838.

Pyykko2008
  1. Pyykko, M. Atsumi, Chem. Eur. J., 15 (2009) 12770-12779.

Mantina2009
  1. Mantina, A. C. Chamberlin, R. Valero, C. J. Cramer, D. G. Truhlar, J. Phys. Chem. A, 113 (2009) 5806-5812.

Rahm2016
  1. Rahm, R. Hoffmann, N. W. Ashcroft, Chem. Eur. J., 22 (2016) 14625-14632.

NIST966

Periodic Table: Atomic Properties of the Elements (Version 14), NIST SP 966. https://physics.nist.gov/pt/

なお、 ヘルプ ‣ ユーザ設定フォルダを開くatoms1.wmx の3列目を編集することで、各元素の表示半径を任意の値に設定することができます。

10.6.3. 結合判定基準

10.6.3.1. 単結合判定

2原子間距離が、それぞれの原子の共有結合半径(単結合)の和に 結合判定係数 を掛けた値より短い場合、単結合と判定します。例外として、H-H、O-O、F-F結合は次の表の値(単位:Å)に 結合判定係数 を掛けて判定します。それぞれ、H2、HOOH、F2をB3LYP/6-31G*で構造最適化計算を行い算出しました。

H-H

0.74

O-O

1.45

F-F

1.40

10.6.3.2. 多重結合判定

一部の2原子の組み合わせについて、2原子間距離が、それぞれの原子の共有結合半径(多重結合)の和を1.03倍した値より短い場合、二重もしくは三重結合と判定します。単結合及び二重結合の平均の和の1.03倍より短い場合、1.5重結合(芳香族結合)と判定します。例外として、N=N、O=O、P=O二重結合は次の表の値(単位:Å)を1.03倍して判定します。それぞれ、HNNH、O2、H3PO4をB3LYP/6-31G*で構造最適化計算を行い算出しました。

N=N

1.246

O=O

1.215

P=O

1.473

判定をしている結合の種類は次の表の通りです。

結合種類

1.5重結合

二重結合

三重結合

C-C

C-N

C-O

C-S

N-N

N-O

O-O

P-O

P-S

S-O