10.1. コマンドプロンプトからの実行方法

コマンドプロンプトから各種のオプションを指定して起動することが可能です。
オプションに入力ファイル名と処理内容を指定します。
指定できる処理内容は、以下の通りです。
入力ファイルをSMILESとして認識し分子を構築
(Balloonを使用)
(プロフェッショナル版プレミアム限定)

-smilesballoon

入力ファイルをSMILESとして認識し分子を構築
(OpenBabelを使用)
(プロフェッショナル版プレミアム限定)

-smilesbabel

MOPACの実行

-mopac1, -mopac2, -mopac3
(それぞれ ツール ‣ 環境設定 メニュー ‣ プログラムパス において選択した3種のMOPACバイナリに対応)

分子表面積, 体積

-molsv

アスペクト比

-aspect

結合長を自動調整

-adjust

すべての原子に付加

-hadd

すべての水素を削除

-hdel

簡易構造最適化

-clean

RESP電荷を使用 (1分子のみ対応)

-resp (電荷値、中性分子の場合は0)

AM1-BCC/Gasteiger電荷を使用 (AM1-BCC、1分子のみ対応)
(プロフェッショナル版プレミアム限定)

-am1bcc (電荷値、中性分子の場合は0)

溶媒を配置/セルを構築 (第一引数は無視されます)

-pack (分子種1のファイル名):(分子種1の個数):(分子種2のファイル名):(分子種2の個数)(以降、同様に列挙) (密度[g/cm^3])

LAMMPSの計算(ローカルジョブ)
(lmpsetファイルはLAMMPSキーワード設定ウィンドウのSaveボタンから取得可能)
(lmpsetファイルは第一引数からの相対パスで指定)
-lammps (力場の種類) (1つ目のジョブのプリセット名またはlmpsetファイル名):(2つ目のジョブのプリセット名または設定ファイル名):(以降、同様に列挙) (並列数)
LAMMPS座標ファイルの出力
(力場の種類は 力場を割り当て を参照)
(プロフェッショナル版プレミアム限定)

-lammpsfile (一般分子向けの力場の種類) (水分子向けの力場の種類) (並列数) (出力するdataファイルの名前)

Gromacs座標・力場ファイルの出力
(力場の種類は 力場を割り当て を参照)
(プロフェッショナル版プレミアム限定)

-gromacsfile (一般分子向けの力場の種類) (水分子向けの力場の種類) (並列数) (出力するgroファイルの名前) (出力するtopファイルの名前)

ファイル形式を変更して保存

-o output_file_extension

ファイル名を指定して保存
(相対パス指定の場合はUserDataフォルダが起点)

-outfile output_file_name

使用例:
\"C:\\winmos11\\winmostar.exe\" COO -s -smilesballoon -outfile ethanol.mol2
\"C:\\winmos11\\winmostar.exe\" \"C:\\winmos11\\samples\\dbt.dat\" -s -mopac1
\"C:\\winmos11\\winmostar.exe\" \"C:\\winmos11\\samples\\dbt.dat\" -s -molsv 1 2.0 0.02
\"C:\\winmos11\\winmostar.exe\" \"C:\\winmos11\\samples\\dbt.dat\" -s -o pdb
\"C:\\winmos11\\winmostar.exe\" \"C:\\winmos11\\samples\\dbt.dat\" -s -adjust -hadd -clean -o gjf
\"C:\\winmos11\\winmostar.exe\" \"C:\\winmos11\\samples\\ch4.mol2\" -s -pack ch4.mol2:100:ethanol_am1.mol2:2 0.6 -outfile ch4_100_etoh_2.mol2
\"C:\\winmos11\\winmostar.exe\" \"C:\\winmos11\\samples\\ch4_100_etoh_2.mol2\" -s -lammps "Dreiding" "Minimize (fast):NVT (fast):NPT (fast)" 2
\"C:\\winmos11\\winmostar.exe\" \"C:\\winmos11\\samples\\ch4_100_etoh_2.mol2\" -s -lammpsfile GAFF SPC/E ch4_100_ethoh_2_auto.data
初期入力ファイルを第一引数に指定します。
-sを指定した時は処理後に自動的にWinmostarが終了するので、DOSのBATファイルを記述し、MOPAC等を連続的に実行することができます。Samples\wmjobs.batを参考にしてください。
-sを除く-から始まるコマンドは指定した順に実行されます。
GaussianとGAMESSを連続実行する場合は、この方法ではなく ツール ‣ 連続実行 を使用します。