11.1. コマンドプロンプトからの実行方法
入力ファイルをSMILESとして認識し分子を構築
(Balloonを使用)
（プロフェッショナル版プレミアム、エリート限定）
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-smilesballoon |
入力ファイルをSMILESとして認識し分子を構築
(OpenBabelを使用)
（プロフェッショナル版プレミアム、エリート限定）
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-smilesbabel |
MOPACの実行 |
-mopac1, -mopac2, -mopac3
(それぞれ ツール ‣ 環境設定 メニュー において選択した3種のMOPACバイナリに対応)
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-molsv |
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-aspect |
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-radgyr |
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-adjust |
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-hadd |
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-hdel |
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-clean |
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RESP電荷を使用 （1分子のみ対応） |
-resp (電荷値、中性分子の場合は0) |
AM1-BCC/Gasteiger電荷を使用 （AM1-BCC、1分子のみ対応）
（プロフェッショナル版プレミアム、エリート限定）
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-am1bcc (電荷値、中性分子の場合は0) |
溶媒を配置/セルを構築 （第一引数は無視されます） |
-pack (分子種1のファイル名):(分子種1の個数):(分子種2のファイル名):(分子種2の個数)(以降、同様に列挙) (密度[g/cm^3]) |
分子を挿入
（プロフェッショナル版エリート限定）
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-insertmol (分子種1のファイル名):(分子種1の個数):(分子種2のファイル名):(分子種2の個数)(以降、同様に列挙) |
LAMMPSの計算（ローカルジョブ）
（lmpsetファイルはLAMMPSキーワード設定ウィンドウのSaveボタンから取得可能）
（lmpsetファイルは第一引数からの相対パスで指定）
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-lammps (力場の種類) (1つ目のジョブのプリセット名またはlmpsetファイル名):(2つ目のジョブのプリセット名または設定ファイル名):(以降、同様に列挙) (並列数)
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LAMMPS座標ファイルの出力
（力場の種類は 力場を割り当て を参照）
（プロフェッショナル版プレミアム、エリート限定）
（一般分子向けの力場で一部分子種にUFFまたはDreidingを「GAFF(1=UFF)」などと指定）
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-lammpsfile (一般分子向けの力場の種類) (水分子向けの力場の種類) (出力するdataファイルの名前) |
-gromacsfile (一般分子向けの力場の種類) (水分子向けの力場の種類) (出力するgroファイルの名前) (出力するtopファイルの名前) |
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（プロフェッショナル版エリート限定）
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-slab (h) (k) (l) (a方向のスーパーセルサイズ) (b方向のスーパーセルサイズ) (c軸をa, b軸に対し強制的に垂直にする場合はtrue, そうでない場合はfalse) (hexagonalをorthorombicに変換したい場合はtrue, そうでない場合はfalse) (最小スラブサイズをnumber of hkl planesで指定する場合はtrue, angstromで指定する場合はfalse) (最小スラブサイズの値) (系全体のc軸方向の長さ) |
（プロフェッショナル版エリート限定）
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-supercell (a軸方向のセル数) (b軸方向のセル数) (c軸方向のセル数) (結合を再生成する場合はregenbond, しない場合はnoregenbond) |
一軸方向にセルを変形
（プロフェッショナル版エリート限定）
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-editcellaxis (セルサイズの変化分を指定する場合はinclen, 変化後のセルサイズを指定する場合はtotlen, ひずみを指定する場合はstrain, 変化後の密度を指定する場合はdensity) (指定する値) (変形する軸方向(a, bまたはc)) (+方向にセルを伸ばす場合はposi, -方向の場合はnega, 両方向の場合はboth) (分率座標を維持する場合はkeepfrac, しない場合はnochange) (分子内座標を維持したい場合はkeepintra, しない場合はnokeep) |
ファイル形式を変更して保存 |
-o output_file_extension |
ファイル名を指定して保存
（相対パス指定の場合はUserDataフォルダが起点）
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-outfile output_file_name |
- 使用例:
\"C:\\winmos11\\winmostar.exe\" COO -s -smilesballoon -outfile ethanol.mol2 \"C:\\winmos11\\winmostar.exe\" \"C:\\winmos11\\samples\\dbt.dat\" -s -mopac1 \"C:\\winmos11\\winmostar.exe\" \"C:\\winmos11\\samples\\dbt.dat\" -s -molsv 1 2.0 0.02 \"C:\\winmos11\\winmostar.exe\" \"C:\\winmos11\\samples\\dbt.dat\" -s -o pdb \"C:\\winmos11\\winmostar.exe\" \"C:\\winmos11\\samples\\dbt.dat\" -s -adjust -hadd -clean -o gjf \"C:\\winmos11\\winmostar.exe\" \"C:\\winmos11\\samples\\ch4.mol2\" -s -pack ch4.mol2:100:ethanol_am1.mol2:2 0.6 -outfile ch4_100_etoh_2.mol2 \"C:\\winmos11\\winmostar.exe\" \"C:\\winmos11\\samples\\ch4_100_etoh_2.mol2\" -s -lammps "Dreiding" "Minimize (fast):NVT (fast):NPT (fast)" 2 \"C:\\winmos11\\winmostar.exe\" \"C:\\winmos11\\samples\\ch4_100_etoh_2.mol2\" -s -lammpsfile GAFF SPC/E ch4_100_ethoh_2_auto.data