Winmostar(TM) V9用Cygwinインストールマニュアル

 ビルド済みのcygwin_wmをインストールする場合

・cygwin_wmには、Gromacs、OpenMXなどのソルバ本体や、MD、Solidの一部の処理に必要なソフト(Acpypeなど)が含まれています。
・cygwin_wmのビルド方法はこちらを参照してください。
・cygwin_wmのインストールされているソルバをリモートジョブで実行する場合は、こちらの手順を参照してください。

 1. インストール

下記リンクから各パッケージがビルドコンパイル済のCygwinのインストーラをダウンロードし、実行します。
ダウンロードや実行が上手くいかない場合は、他のブラウザをお試しください。

cygwin_wm_v9_20190808.exe(549MB)

デフォルトのインストールパス(C:\cygwin_wm)以外にインストールした時は、Winmostarの[ツール]-[環境設定]メニューの[プログラムパス]の[Cygwin]のところで、インストールしたcygwin_wmを選択します。

AVX対応CPUをご利用の方は、C:\cygwin_wm\etc\profile.d\winmostar.shを以下の通り書き換えるとGromacsの高速版が有効になります。
source /usr/local/gromacs_sse/bin/GMXRC

source /usr/local/gromacs_avx/bin/GMXRC

 2. 動作確認

以下の操作の中で、想定通りに進まないときは、よくある質問の情報を参照してください。

1. Winmostar起動する。
2. [編集]-[フラグメントで置換]メニューをクリックし、メタン分子を作成する。
3. [MD]-[Gromacs]-[キーワード設定]メニューをクリックし、Gromacs Setupウィンドウを開く。
4. ウィンドウ右下の[Run]ボタンを押す。
5. 「シミュレーションセルを作成しますか?」と聞かれるので[はい]をクリックする。
6. 「距離を入力」というダイアログが出現するのでデフォルト値の状態で[OK]ボタンを押す。
7. 「新規ジョブを開始する前に座標ファイルを保存してください(1 of 2)」というダイアログが出現するので、適当にファイル名を入力して[保存]ボタンを押す。
8. 「新規ジョブを開始する前にトポロジファイルを保存してください(2 of 2)」というダイアログが出現するので、適当にファイル名を入力して[保存]ボタンを押す。
9. 黒いターミナルウィンドウが数回立ち上がり、数秒するとそれらの処理が終了する。
10. [MD]-[Gromacs]-[ログを表示]メニューをクリックし、ダイアログにおいてデフォルトで選ばれるファイルを開く。
11. 開かれたテキストファイルの末尾に「Finished mdrun on ...」などとGromacsが終了したことを示す内容が書かれていることを確かめる。



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