Winmostar V11
Version 11.10.1 2024/11/02
[不具合修正]
- 大規模なCIFファイルの読み込みに失敗する不具合を修正しました。
- プロジェクトモードにおいてアクションから結果解析を実行する際に一部動作が不安定となる不具合を修正しました。
- V11.9.X以前のバージョンで生成したOpenMXのテンプレートスクリプトがV11.10.X以降に対応していないため、それらのテンプレートスクリプトの使用を禁止しました。
- QE6.7以降のCPMDのアニメーション読み込みに失敗する不具合を修正しました。
- VASP GUIにおいて、KPOINTSファイルの中身が正常に生成されない不具合を修正しました。(KPOINTSファイルを使うジョブのみに影響)
[仕様変更]
- LAMMPSのインプットスクリプトにおいて、units=metalまたはReaxFF以外のケースにおいても%ATOMTYPES%という文字列に元素名を代入するように変更しました。
- LAMMPSの力場割り当てに失敗した一部の状況において、不完全なdataデータを生成するのではなくエラーメッセージを表示するように変更しました。
- Quantum ESPRESSOのログ抜粋機能において、出力される情報を追加しました。
Version 11.10.1 2024/11/01
[不具合修正]
- 回転相関関数算出機能において、分子内座標が周期境界を跨ぐ際に適切に処理されない不具合を修正しました。
Version 11.10.0 2024/10/04
[新機能]
- MDの各種結果解析機能において、グラフィカルにグループを定義できるようにしました。(エリートのみ)
- Gromacs, LAMMPSにおいて、速度分布、回転相関関数を表示できるようにしました。(エリートのみ)
- LAMMPSキーワード設定ウィンドウにおいてダイナミックロードバランシングの設定に対応しました。(エリートのみ)
- LAMMPSキーワード設定ウィンドウにおいて、特定グループの温度制御に対応しました。(エリートのみ)
- LAMMPSにおいて、異常終了したジョブを継続するためのバッチファイルを出力するようにしました。
- LAMMPSにおいて、異常終了したジョブを継続した際に継続前後のデータを自動で結合できるようにしました。
- 対称性に基づいて結晶構造を自動調整する機能を追加しました。([固体]-[対称性を考慮して結晶構造を調整])
- プロジェクトモードがOpenMXに対応しました。
- OpenMXキーワード設定ウィンドウにおいて設定のImport, Exportに対応しました。
- OpenMXキーワード設定ウィンドウにPreviewを追加しました。
- OpenMXキーワード設定ウィンドウにキーワードの自由入力欄を追加しました。
- OpenMXキーワード設定ウィンドウにおいて、任意の作業フォルダからの継続ジョブを実行できるようになりました。
- OpenMXキーワード設定ウィンドウにおいて、原子座標の項目を直接編集できるようにしました。
- OpenMXキーワード設定ウィンドウにおいて、KgridをSpacingパラメータで設定できるようにしました。
- OpenMXにおいて、ブラベー格子の種類から自動でバンド構造の横軸を設定できるようにしました。
- OpenMXにおいてSCFエネルギー変化の表示に対応しました。
- OpenMXにおいて、スピン分極計算のDOS, PDOS, バンド構造の描画に対応しました。
- OpenMXのアニメーション表示機能において、Fmaxのグラフ化に対応しました。
- プロジェクトモードがVASPに対応しました。(エリートのみ)
- コマンドラインからの起動でスーパーセル作成、一軸変形、分子の挿入、力場割り当てにおけるExceptionの設定に対応しました。(エリートのみ)
[不具合修正]
- Winmostarのグラフ描画機能において、一部のケースで範囲のエラーが出現する不具合を修正しました。
- OpenMXのPDOS出力機能においてf軌道が適切に算出されない不具合を修正しました。
- OpenMXの入力ファイル(mxin)を読み込んだ際に、最適化フラグ・占有率などの属性が適切に設定されない不具合を修正しました。
- 一部状況においてボリュームデータ(cubeファイル)の表示ができない不具合を修正しました。
[仕様変更]
- CIFファイル書き出し時の桁数を6桁から12桁に変更しました。
- 手動でセルを編集機能において、表示桁数を小数点以下6桁から12桁に変更しました。
- Gromacs, LAMMPSにおいて、プロジェクト表示エリアのアクション欄に、常に構造の解析に関する項目を表示するように変更しました。
- LAMMPSにおいてminimize計算実行時に、fmax, fnormをエネルギー表示機能で選択できるようにしました。
- OpenMXキーワード設定ウィンドウのレイアウトを変更しました。
- OpenMXキーワード設定ウィンドウにSCF.System.Charge, SCF.SpinOrbit.Coupling, SCF.Constraint.NC.Spin, SCF.COnstraint.NC.Spin.V, SCF.Restart, MD.Applied.Pressureの設定を追加しました。
- OpenMXにおいて設定できるVPS, PAOファイルを、CygwinWMのOPENMX_DATA_PATH環境変数で設定されたディレクトリから取得するように変更しました。
- OpenMXのバンド構造、状態密度、部分状態密度の表示機能において、PDFを生成するのではなくWinmostarのグラフ表示機能を利用するように変更しました。
- OpenMX結果解析機能に関して、メインメニューの並び順を変更しました。
- OpenMXにおいてEigenvalueSolver=Clusterの場合にAtoms.UnitVectorsを出力しないように変更しました。
- OpenMXにおいてlevel.of.fileoutのデフォルト値を1から0に変更しました。
- FDMNESキーワード設定起動時に、シミュレーションセルが作成されていない場合はシミュレーションセルを自動で生成するように変更しました。
[パフォーマンス向上]
[その他]
- Samplesフォルダにna.cif, butane.xyz, h2o.xyz, o2.xyz, c100h202.xyzを追加しました。
Version 11.9.5 2024/12/02
[不具合修正]
- 大規模なCIFファイルの読み込みに失敗する不具合を修正しました。
- V11.6.0以降において、サイズの大きいログファイルを含むGaussianの作業フォルダが存在する場合にフリーズする不具合を修正しました。
- 結合を描画する際の最大長の設定が有効にならない不具合を修正しました。
- 溶媒を配置/セルを構築機能において、水が含まれる際に密度が0.00001 g/cm3程度ずれる不具合を修正しました。
- Gromacsワークフロー設定において、Ensemble=NPT+Rescale Cellの際に温度と圧力を入力できない不具合を修正しました。
- Gromacsのエネルギー変化機能において、Reloadをクリックした際にedrファイルを選び直す不具合を修正しました。
- QE6.7以降のCPMDのアニメーション読み込みに失敗する不具合を修正しました。
- VASPのリモートジョブにおけるTest Connection機能が常に失敗する不具合を修正しました。
[仕様変更]
- CygwinWMのインストールテストにおいて表示されるメッセージの内容を修正しました。
Version 11.9.4 2024/11/01
[不具合修正]
- プロジェクトモードにおいて、Quantum ESPRESSOのフォノン状態密度表示時にK pointに不要なコロンが出現する不具合を修正しました。
Version 11.9.3 2024/10/04
[不具合修正]
- Winmostarのグラフ描画機能において、一部のケースで範囲のエラーが出現する不具合を修正しました。
- OpenMXのPDOS出力機能においてf軌道が適切に算出されない不具合を修正しました。
Version 11.9.2 2024/09/02
[不具合修正]
- Gromacsのテンプレートスクリプトのバージョン確認の不具合を修正しました。(V11.9.0以降)
- プロジェクト名に半角括弧があるときに、本来ABORTと判定されるべきジョブの状態がEND(正常終了)と判定される不具合を修正しました。
- LAMMPSでlibrary.meamのポテンシャルファイルのみで計算する場合にエラーになる不具合を修正 しました。
[仕様変更]
Version 11.9.1 2024/08/01
[新機能]
- MOLまたはSDFファイル出力時に、原子数・結合数の間に必ずスペースが入るようにする設定を追加しました。
[不具合修正]
- Quantum ESPRESSOの擬ポテンシャルフォルダが適切に設定されないことがある不具合を修正しました。
[仕様変更]
- MOLまたはSDFファイル出力時に、原子数・結合数が1000以上だったらエラーを出すように変更しました。
- GAMESS及びNWChemのログ抜粋機能において、出力される情報を追加しました。
Version 11.9.0 2024/07/01
[新機能]
- LAMMPSの結果解析に速度相関関数を追加しました。
- Gromacsの計算時にメインウィンドウにおける最適化フラグを用いて座標を拘束できるようにしました。([Gromacsキーワード設定][Restraint][Set freezegrps to constrained atoms])
- 構造/パラメータスキャン計算結果表示機能において、Quantum ESPRESSOのtotal magnetizationのプロットに対応しました。
- VASPキーワード設定ウィンドウにPMASS, LANGEVIN_GAMMA, LANGEVIN_GAMMA_Lを追加しました。
- Towheeのエネルギー変化機能において、表示項目の保存と各項目のエネルギー表示に対応しました。
- Towheeのアニメーション表示機能において、リロードに対応しました。
[不具合修正]
- 一部機能におけるメモリリークを修正しました。
- LAMMPS, Gromacs, Towheeのエネルギー変化機能において、Reload時に項目が保存されない不具合を修正しました。
[仕様変更]
- molファイルをインポートした際に水素付加・結合長の自動修正を行うように変更しました。
- wmm形式のアニメーションを開いている際にファイルをインポートしたら、アニメーションを閉じずに現在のフレームに読み込むよう変更しました。
- 結合を描画する際の最大長を[ツール][環境設定][表示]において設定できるようにしました。
- 結合を描画する際の最大長のデフォルト値を10 Aから5 Aに変更しました。
- Fit curve機能にマクスウェルボルツマン分布を追加しました。
- [環境設定][計算][力場割り当て時に残基名を保持]を[力場割り当て時に残基名と原子名を保持]に変更しました。
- 力場補完機能において、原子名が設定されていなかったら自動で原子名を割り当てるように変更しました。
- 電荷割り当て後のメッセージを修正しました。
- LAMMPSのアニメーションをanimated groファイルに変換する際にdtとstep intervalをユーザが入力しなくて済むように変更しました。
- Gromacsの力場割り当て機能においてtopファイルの読み込みを指定した場合、元素の情報を読み込むか設定できるように変更しました。([ツール][環境設定][計算])
- Gromacsのキーワード設定ウィンドウのレイアウトを変更しました。
- Gromacsのファイルモードでジョブを実行する際に、groファイルと同名のmdpファイルを自動生成するようにしました。
Version 11.8.6 2024/09/02
[不具合修正]
- 手動でセルを編集機能において、直方体セル以外の時にLattice ConstantsとLAMMPS Tilt Factorsが表示されない不具合を修正しました。
- LAMMPSでlibrary.meamのポテンシャルファイルのみで計算する場合にエラーになる不具合を修正 しました。
- Quantum ESPRESSOのテンプレートスクリプトのバージョン確認の不具合を修正しました。(V11.8.0以降)
- プロジェクト名に半角括弧などのバッチファイルで特殊な振る舞いをする文字が入っているときに、作業フォルダのRecheck Status機能で常に状態を正常終了と判定する不具合を修正しました。
- プロジェクト名に半角括弧があるときに、本来ABORTと判定されるべきジョブの状態がEND(正常終了)と判定される不具合を修正しました。
Version 11.8.5 2024/08/01
[不具合修正]
- 一部状況においてプロジェクト表示エリアの表示が崩れる不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOの擬ポテンシャルフォルダが適切に設定されないことがある不具合を修正しました。
Version 11.8.4 2024/07/01
[不具合修正]
- 座標表示エリアで、内部的にZMatrixが生成されていない状況で電荷、元素、座標を編集できない不具合を修正しました。
- GaussianのRESP電荷割り当て機能において、ZMatrixが自動生成されない不具合を修正しました。
- GromacsリモートジョブでMPI/OpenMPハイブリッド並列実行時に、デフォルトテンプレートを利用するとOpenMPスレッド並列数が適切に設定されない不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定ウィンドウでResetをクリックした際に、Pseudopotentialのmassが更新されない不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOのpwoutファイル読み込み時に、フレーム数が1の場合は最適化フラグが読み込まれない不具合を修正しました。
Version 11.8.3 2024/06/03
[新機能]
- 平均二乗変位/自己拡散係数計算機能において、解析対象とする方向を切り替えられるようにしました。(プロフェッショナル版エリートのみ)
[不具合修正]
- 最近使ったプロジェクトと作業フォルダ表示エリアの高さが0になると戻せない不具合を修正しました。
- MOPAC version 22で実行したIRC計算結果が表示できない不具合を修正しました。
- データ数の異なる複数のラインを含むグラフでcsv出力したらアクセス違反が発生する不具合を修正しました。
- 力場編集ウィンドウにおいて係数を直接入力するとフリーズする不具合を修正しました。
- LAMMPSのReaxFF使用時にDistance Restraintを設定すると計算が流れない不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定ウィンドウにおいて、一部の入力欄へ入力した直後にPreviewに内容が反映されない不具合を修正しました。
- OpenMXのアニメーション表示時にセルが読み込まれない不具合を修正しました。
- 選択原子がない状態で環境設定を変更するとEnter valid value for Atom Colorというエラーが出ることがある不具合を修正しました。
- プロジェクトモードで短時間のうちにジョブマネージャでたくさんのジョブを実行しようとするといくつか実行されない事がある不具合を修正しました。
[仕様変更]
- 起動直後の画面にインストールテストのボタンを追加しました。
- 最近使ったプロジェクトと作業フォルダ表示エリアの高さが一定値以下にならないようにしました。
- Quantum ESPRESSOのキーワード設定ウィンドウにおいてPropertiesにSTM Imagesを追加しました。
- SSH接続用のライブラリlibssh2について1.8.2と1.10.0のバージョンを選択できるようにしました。
- プロジェクトモードでリモートジョブのジョブ名にローカルユーザ名を追加するようにしました。
Version 11.8.2 2024/05/01
[新機能]
- GAMESSを用いたRESP電荷の自動計算時に使われるキーワードを編集できるようにしました。([ツール]-[環境設定]-[計算])
- 力場割り当てのException機能において、全分子にUFF/Dreidingパラメータを自動で割り当てる機能を追加しました。(プロフェッショナル版エリートのみ)
- 力場編集ウィンドウにおいてitpファイルの出力に対応しました。(プロフェッショナル版エリートのみ)
- LAMMPSのpair_styleとPotential fileを自動入力できるようにしました。(プロフェッショナル版エリートのみ)
[不具合修正]
- [選択]-[マークした原子を含む残基をグループ選択]で選択原子がない場合にエラーになる不具合を修正しました。
- プロジェクトモードのリモートジョブで作業フォルダが消えることがある不具合を修正しました。
- V11.8.0で追加されたVASPキーワードの設定がINCARファイルに反映されない不具合を修正しました。
Version 11.8.1 2024/04/05
[不具合修正]
- Gaussianのジョブを含むプロジェクトを開いている時にメモリリークが発生する不具合を修正しました。(V11.6.0以降)
Version 11.8.0 2024/04/03
[新機能]
- スキャン結果表示機能において、複数種類の物性をcsvに出力する機能を追加しました。(プロフェッショナル版エリートのみ)
- LAMMPSにおいて、SLLOD法による粘度算出に対応しました。(プロフェッショナル版エリートのみ)
- LAMMPSのMultiple-tau correlatorから粘度を算出する機能において、自己相関関数の長時間成分を安定的に積分するアルゴリズムを実装しました。(プロフェッショナル版エリートのみ)
- LAMMPSにおいて、速度スケーリング法による温度制御に対応しました。
- LAMMPSにおいて、系内に含まれる各分子種についてのmoleculeファイルの生成に対応しました。(プロフェッショナル版エリートのみ)
- LAMMPSのアニメーション読み込みにおいて、原子数が変化するdumpファイルの読み込みに対応しました。
- 六方晶の結晶構造を等価な直方体セルに変換する機能を追加しました。([固体]-[格子を等価な直方体セルに変換])
- Quantum ESPRESSOのスキャン結果表示において、CPU Time、バンドギャップのプロットに対応しました。(プロフェッショナル版エリートのみ)
- Quantum ESPRESSOのNEB計算機能において、INTERMEDIATE_IMAGEの設定に対応しました。
- VASPキーワード設定ウィンドウに次のキーワードを追加しました。NBANDS, ISYM, NELECT, TIME, NSIM, GGA, LHFCALC, HFSCREEN, PRECFOCK, LSORBIT, SAXIS, NWRITE, LPARD, IBAND, EINT, LORBIT, LORBMOM, LVTOT, LVHAR, LELF, EMIN, EMAX, NEDOS, LEPSILON(プロフェッショナル版エリートのみ)
- ボロノイ多面体体積の計算機能を追加しました。([ツール]-[ボロノイ多面体体積])(プロフェッショナル版エリートのみ)
- 各種アニメーション表示機能において、各分子種の分子数変化のプロットに対応しました。(アニメーション操作エリアで[Options]-[Tools]-[Change in Number of Molecules for Each Molecular Species])
[不具合修正]
- Quantum ESPRESSOプロジェクトモードにおいて、連続・継続ジョブで座標が正確に更新されない不具合を修正しました(QE7.1以降向け)。
[仕様変更]
- 複数のdataブロックを持つCIFファイルのGEMMIでの読み込みに対応しました。
- xyzファイルの読み込み時に、元素名が認識できない場合は元素名Lpとして読み込むように変更しました。
- LAMMPS, Gromacsワークフロー設定ウィンドウにおいて、スナップショットの出力間隔を表示するように変更しました。
- LAMMPSのエネルギー変化表示機能において、複数のrun、minimizeコマンドが実行されているログを読み込んだ際にエラーを返すのではなく、最後に実行されたrun/minimizeコマンドのログを表示するように変更しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定ウィンドウのPropertiesタブにおいて、projwfcのlsymオプションの設定欄を追加しました。
- Quantum ESPRESSOのパラメータスキャン機能において、nbnd, nstepのパラメータスキャンができない不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOのログを要約機能で表示される行を拡充しました。
- Quantum ESPRESSOの入力ファイルにおけるrestart_modeを明示的に設定できるようにしました。
- Quantum ESPRESSOのプロジェクトモードにおいて、デフォルト設定では、BOMDのジョブからBOMDのジョブを継続するときのみrestart_mode=restartに設定するように変更しました。また、その他の状況でrestart_mode=restartで計算したい場合には、キーワード設定ウィンドウでrestart_modeをrestartで選択するように変更しました。
- Phonopyのスーパーセル作成機能において、スーパーセルサイズの入力ダイアログのレイアウトを変更しました。
- VASPキーワード設定ウィンドウにおいてSpinタブを新設し、Spinタブにスピン関係の設定を移設しました。
- リモートジョブのテンプレートスクリプトの冒頭に“ls *“を追加しました。
- リモートジョブ投入コマンドのオプションのデフォルト値を変更しました。
- ジョブマネージャでステータスを再チェックする機能を追加しました。
- 配座探索機能においてOptionsを編集できるようにしました。
- インストールテストのテストデータ用フォルダにデバッグ用のログファイルをコピーするように変化しました。
[パフォーマンス向上]
- Dihedralが多い際の力場割り当て機能の処理速度を向上しました。
Version 11.7.6 2024/06/03
[不具合修正]
- 最近使ったプロジェクトと作業フォルダ表示エリアの高さが0になると戻せない不具合を修正しました。
- MOPAC version 22で実行したIRC計算結果が表示できない不具合を修正しました。
- データ数の異なる複数のラインを含むグラフでcsv出力したらアクセス違反が発生する不具合を修正しました。
- LAMMPSのReaxFF使用時にDistance Restraintを設定すると計算が流れない不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定ウィンドウにおいて、一部の入力欄へ入力した直後にPreviewに内容が反映されない不具合を修正しました。
- OpenMXのアニメーション表示時にセルが読み込まれない不具合を修正しました。
- プロジェクトモードで短時間のうちにジョブマネージャでたくさんのジョブを実行しようとするといくつか実行されない事がある不具合を修正しました。
[仕様変更]
- 最近使ったプロジェクトと作業フォルダ表示エリアの高さが一定値以下にならないようにしました。
Version 11.7.5 2024/05/01
[不具合修正]
- [選択]-[マークした原子を含む残基をグループ選択]で選択原子がない場合にエラーになる不具合を修正しました。
- プロジェクトモードのリモートジョブで作業フォルダが消えることがある不具合を修正しました。
- プロジェクトモードでJM(Windows)のリモートジョブがエラーになる不具合を修正しました。
- NWChemキーワード設定ウィンドウにおいてException機能が動作しない不具合を修正しました。(V11.5.0以降)
- NWChemキーワード設定ウィンドウにおいて、Exception機能とNEB関連機能の設定がPreviewに反映されない不具合を修正しました。
- 自動で電荷を割り当て機能において、RESP電荷を割り当てる時にセルが存在していると不要な警告が表示される不具合を修正しました。
- MDの結果解析ウィンドウにおいて、グループの設定ができない解析項目においてもEdit Group機能が表示されていた不具合を修正しました。
- Phonopyを用いたフォノンバンド表示時に、k点の座標に負号が含まれると処理が進まない不具合を修正しました。
- V11.8.0で追加されたVASPキーワードの設定がINCARファイルに反映されない不具合を修正しました。
Version 11.7.4 2024/04/05
[不具合修正]
- Gaussianのジョブを含むプロジェクトを開いている時にメモリリークが発生する不具合を修正しました。(V11.6.0以降)
Version 11.7.3 2024/04/03
[不具合修正]
- 一部の状況でZ-Matrixの拘束があると誤判定される不具合を修正しました。(pwinファイル読み込み時など)
- アニメーションのリロード時にDynamic Bondのチェックが外れる不具合を修正しました。
- GaussianのRESP電荷算出時に[ツール]-[環境設定]-[計算]-[MD]-[AmberToolsで計算する電荷を自動調整]が有効にならない不具合を修正しました。
- MD計算のエネルギー変化表示機能において、Reloadボタンをクリックすると一部情報がリセットされる不具合を修正しました。
- リモートジョブのTest Connection機能において、ローカルマシンにQuantum ESPRESSOがインストールされていない場合に警告なしにテストに失敗する不具合を修正しました。
[仕様変更]
- CygwinWM 3/28/2023以前を利用していたら警告を表示するように変更しました。
- ポリマーセルビルダで出力されるセルサイズの小数点以下の桁数を2桁増やしました。
- Samplesフォルダにファイルを追加しました。
Version 11.7.2 2024/03/01
[不具合修正]
- グループ選択で水素を付加したときに一部の原子にしか水素が付加されない不具合を修正しました。
- 力場およびPhonopyの情報が、フレームを移動すると消失する不具合を修正しました。
- Phonopyでバンド構造を表示する際に、FCC以外でエラーメッセージが表示される不具合を修正しました。
- LAMMPSの粘度表示機能において、粘度を取得する時間の推奨値がシミュレーション時間を超えることがある不具合を修正しました。
[仕様変更]
- パッケージに含まれるxtee.exeがアンチマルウェアソフトに誤検出されにくくなるようにしました。
- Phonopyでバンド構造を表示する際に、格子の種類に応じてk点パスを自動で設定するようにしました。
Version 11.7.1 2024/02/01
[新機能]
- マークした原子から指定距離内の分子または原子をグループ選択する機能を追加しました。(プロフェッショナル版エリートのみ)
- Fit Curve機能においてProny級数を用いたexp, KWW関数によるフィッティング機能を追加しました。(プロフェッショナル版エリートのみ)
- Fit Curve機能において一部の関数で積分値を表示するようにしました。(プロフェッショナル版エリートのみ)
- LAMMPSのave/correlate/long機能で粘度、熱伝導率を算出できるようにしました。(プロフェッショナル版エリートのみ)
- Quantum ESPRESSOで波動関数の3次元可視化に対応しました。
[不具合修正]
- 各種のエネルギー変化機能において、データの種類ごとにグラフに分けてプロットした際に、グラフ左に下に数値が表示されない不具合を修正しました。
- 各種のエネルギー変化機能において、データの種類ごとにグラフに分けてプロットした際に、ウィンドウのリサイズにグラフのサイズが追従しない不具合を修正しました。
- 各種グラフ表示機能において、Y軸の最小値が負、Autoscaleの状態で、Logarithmを有効にすると、最小値が適切に自動設定されない不具合を修正しました。
- 各種グラフ表示機能において、対数プロット時に範囲が適切でないとエラーが表示される不具合を修正しました。
- Towheeにおいて、同じ係数のBond, Angle, Dihedral typeが別のtypeとして扱われ巨大な分子を含む系の計算が流せない不具合を修正しました。
[仕様変更]
- Fit Curve機能において表示の調整を行いました。
- LAMMPSにおいて、同じ係数のBond, Angle, Dihedral typeを別のtypeとして扱うか同一のtypeとして扱うか切り替えられるようにしました。
- LAMMPSにおいて、デフォルトでは同じ係数のBond, Angle, Dihedral typeを同一のtypeとして扱うようにしました。
- Gromacsのエネルギー変化機能において、チェックした項目を保存できるようにしました。
[パフォーマンス向上]
- acpypeを用いた力場割り当て処理(GAFF、GAFF2、OPLS-AA/L+GAFF)を最大で10倍程度高速化しました。
Version 11.7.0 2024/01/15
[新機能]
- xsdおよびmsiフォーマットの読み込みに対応しました。(プロフェッショナル版エリートのみ)
- グループを軸回転機能において数値の指定に対応しました。
- 全ての結合を削除する機能を追加しました。([編集]-[原子/結合の自動調整]-[すべての結合を削除])
- 座標表示エリアでの電荷の編集に対応しました。
- 各種グラフ表示機能において、グラフの数値積分に対応しました。(プロフェッショナル版エリートのみ)
- 各種グラフ表示機能において、データ間の平均に対応しました。(プロフェッショナル版エリートのみ)
- 各種グラフ表示機能において、最初または最後のデータからの差分の表示に対応しました。(プロフェッショナル版エリートのみ)
- 各種のエネルギー変化機能において、データの種類ごとにグラフに分けてプロットする機能を追加しました。
- LAMMPSのdumpファイルへの速度の書き込みに対応しました。
- LAMMPSにおいてMultiple-tau correlatorを用いた長時間の応力・熱・誘電応答の計算に対応しました。(プロフェッショナル版エリートのみ)
- LAMMPSのエネルギー変化において拡張ハミルトニアンの可視化に対応しました。
- VASPで最適化フラグを考慮した部分構造最適化計算に対応しました。
- VASPキーワード設定ウィンドウで設定できる項目を拡充しました。(MAGMOM, NELMIN, INIWAV, IVDW, VOSKOWN, LWAVE, LCHARG, ML_IWEIGHT, ML_WTIFOR, ML_WTSIF, ML_WTOTEN, ML_CTIFOR)
[不具合修正]
- 原子を削除する際にポリマーのバックボーンの情報が適切に設定されない不具合を修正しました。
- 力場編集ウィンドウにおいて、funct=-1となっているDihedralが、2-3番目の原子が共通する他の有効なDihedralがある時に正常なDihedralとして認識される不具合を修正しました。
- 力場編集ウィンドウのDuplicate selected item, Add Undefined Dihedral Complement around selected item, Add unused dihedral terms機能において、表に直接入力した項目が反映されない不具合を修正しました。
- LAMMPSおよびGromacsにおいて構造スキャン計算を実行できない不具合を修正しました。
[仕様変更]
- [編集]-[グループ編集]-[グループを軸回転(選択2原子)]の表記を[グループを軸回転(選択2原子,マウス操作)]に変更しました。
- GAMESS Keyword Setupウィンドウにおいて、$DFTの変数を追加しました。
- 力場編集ウィンドウのレイアウトを変更し、ボタンで提供されていた機能をFileおよびActionメニューから提供するように変更しました。
- 力場編集ウィンドウのLabelのName(原子タイプ)の表記をTypeに変更しました。
- 力場編集ウィンドウのLabelにName(原子名)を追加しました。
- LAMMPS, Gromacsのワークフロー設定のPresetにFluid/Amorphous NPT Equilibration for NVTを追加しました。
- acpypeによる電荷割り当てまたは力場割り当て処理においてGromacs形式以外のファイル出力を行わないようにしました。
- [MD]-[LAMMPS]-[結果解析]-[各種自己相関関数]の表記を[各種自己相関関数(ave/correlate)]に変更しました。
- LAMMPSの入力ファイルのバージョンを切り替えられるようにしました。
- LAMMPSのエネルギー変化機能において、チェックした項目を保存できるようにしました。
Version 11.6.7 2024/04/05
[不具合修正]
- Gaussianのジョブを含むプロジェクトを開いている時にメモリリークが発生する不具合を修正しました。(V11.6.0以降)
Version 11.6.6 2024/03/01
[不具合修正]
- グループ選択で水素を付加したときに一部の原子にしか水素が付加されない不具合を修正しました。
Version 11.6.5 2024/02/01
[不具合修正]
- コマンドラインからwinmostarを起動する際の第一引数のファイルを開けない不具合を修正しました。
- winmostar.exeのアイコンにファイルをドラッグアンドドロップしてもファイルを開けない不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOワークフロー設定ウィンドウにおいて、Pressureを入力できない不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定ウィンドウにおいて、calculation=vc-relaxの時にpressを入力できない不具合を修正しました。
- CygwinWM2023/4/23バージョン以降でAkaiKKRのバンド構造取得ができない不具合を修正しました。
Version 11.6.4 2024/01/15
[新機能]
- 各種グラフ表示機能において、最初または最後のデータからの差分の表示に対応しました。(プロフェッショナル版エリートのみ)
[不具合修正]
- 一つの分子に含まれる同じ原子の数が1000以上のときにPDB保存に失敗することがある不具合を修正しました。
- MOL2ファイルの電荷が正しく読込まれないことがある不具合を修正しました。
- [編集]-[グループ編集]-[グループを複製]の実行後に原子名、残基名、残基番号が失われる不具合を修正しました。
- 各種グラフ表示機能において、一部の状況でエラーが発生する不具合を修正しました。
- GAMESSプロジェクトモードの連続ジョブにおいて、2nd job以降の個別基底関数の情報が反映されない不具合を修正しました。
- Gaussianの結果のチェックで誤判定されることがある不具合を修正しました。
- NWChem Keyword Setupウィンドウにおいて、NEB/StringのXYZ_Pathの設定が正常に反映されない不具合を修正しました。
- Gromacsキーワード設定の[Options]-[Rerun from xtc]が動作しない不具合を修正しました。(V11.1.0以降)
- GROファイル保存で原子名が長すぎる場合に不正なフォーマットになる不具合を修正しました。
- [ツール]-[構造スキャン]において、Variableを変更しても単位が変わらない不具合を修正しました。
[仕様変更]
- 各種グラフ表示機能のCalculate First DifferencesとCalculate First Differences (Absolute)を統合しました。
- [ツール]-[構造スキャン]において、Variableのデフォルト値をNormal strainに変更しました。
Version 11.6.3 2023/12/04
[新機能]
- パラメータ・構造スキャン結果表示ウィンドウにおいて、X軸に物性を選択できるようにしました。
- パラメータ・構造スキャン結果表示ウィンドウにおいて、Quantum ESPRESSOの体積、k点数、k spacingの表示に対応しました。
[不具合修正]
- プロジェクトモードにおいて、scf=xqc設定をしたGaussianのジョブ状態が正常に判定されない不具合を修正しました。
- 同じ組成式を持つ分子種が複数ある場合に、一部のMDの解析機能で問題が起こることがある不具合を修正しました。
- 力場編集ウィンドウでImport top fileを実行し、atomtypesが同一だがパラメータが厳密には一致しない[atomtypes]の行が含まれるケースで、不正なtopファイルが生成され計算を実行できない不具合を修正しました。
- リモートジョブのQueueにPJMを選択できない不具合を修正しました。
- リモートジョブのRecheck Statusでリモートホストに接続できないときも正常終了する不具合を修正しました。
- NWChem NEBチュートリアルのリンクを修正しました。
[仕様変更]
- IRスペクトル表示で、ピークのリストやグラフの波長の単位を変えられるようにしました。
- VASPのCONTCARファイルを直接開ける様に変更しました。
- CygwinWMのパスが設定されていない時に、起動直後の画面に警告を表示する様に変更しました。
- Winmostar Unit Converterにおいて圧力の単位にRy/A^3を追加しました。
- 各種グラフのフィッティング機能において、Type=Birch-Murnaghanの内容を修正しました。
- パラメータ・構造スキャン結果表示ウィンドウのレイアウトを変更しました。
- パラメータ・構造スキャン結果表示ウィンドウのPropertyをY Axisに変更しました。
Version 11.6.2 2023/11/06
[新機能]
- 各種グラフ表示機能において、任意の関数にフィッティングできるようにしました。(プロフェッショナル版エリートのみ)
- 結合情報を既存のファイルから読み込んで上書きする機能を追加しました。([編集]-[原子/結合の自動調整]-[結合をファイルから読み込む])
- マークした原子を含む残基をグループ選択できるようにしました。([選択]-[マークした原子を含む残基をグループ選択])
[不具合修正]
- タイトル行が空のmol2とmolファイルのAcpypeの電荷割付でエラーになる不具合を修正しました。
[仕様変更]
- システムロケールがUTF-8の場合に出力されるファイルがBOM付きUTF-8になる問題を起こりづらくしました。
- [ツール]-[リモートジョブ投入]機能において、接続テストが自動で実行される際にはダイアログを開かないようにしました。
- 空間群検出時にスピン密度が設定されていたらダイアログを表示するように変更しました。
Version 11.6.1 2023/10/02
[新機能]
- 新規プロジェクト保存時に、保存場所にUsers\publicフォルダを選択できるようにしました。
- スキャン結果表示機能において、Quantum ESPRESSOのtotal energy/atomの表示に対応しました。
- スキャン結果表示機能において、作業フォルダの複数選択に対応しました。
- 各種グラフ表示機能において前方差分および後方差分に対応しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定ウィンドウにおいて、la2F, electron_phonon, el_ph_sigma, el_ph_nsigmaを追加しました。
- コマンドラインから起動する際に、慣性半径を算出できるようにしました。
[不具合修正]
- 各種グラフ表示機能において、軸の数字のフォーマットが適切に設定されない不具合を修正しました。
- キーワード設定またはワークフロー設定ウィンドウの設定ファイルを読み込む際に、対応していないキーワードの設定を読み込むと大量のエラーメッセージが表示される不具合を修正しました。
- VASPキーワード設定ウィンドウの設定項目の表示に関する不具合を修正しました。
- ローカルジョブのパラメータスキャン計算で高頻度でジョブの状態がABORTと誤判定される不具合を修正しました。
[仕様変更]
- 一部の警告メッセージに関して「次回から表示しない」にチェックを入れても状態が保存されない不具合を修正しました。
- IR、NMR、UV-VisウィンドウのExportメニューにおいて、Open Excelの表記をExport csv & Open Excelに変更し、csv出力用のメニュー(Export csv)を追加しました。
- IR, UV-VisウィンドウのExportメニューにおいて、Export csv機能を離散スペクトル向け(Discrete)とブロードニングしたスペクトル向け(Broadened)に分割しました。
- Quantum ESPRESSOのプロジェクトモードにおける継続ジョブ時に、a2Fsaveファイルを引き継ぐように変更しました。
- Towheeワークフロー設定ウィンドウにおいて、 For equilibrationの設定を変更しました。(ユーザマニュアルに詳細を記載)
- 慣性半径算出機能で出力するファイルのファイル名を[ツール]-[環境設定]から変更できるようにしました。
Version 11.6.0 2023/10/02
[新機能]
- プロフェッショナル版エリートをリリースしました。
- POSCARの最適化フラグ読み込みに対応しました。
- 残基名、残基番号、原子名の変更に対応しました。
- 各種グラフ描画機能において、ヒストグラムの表示に対応しました。(プロフェッショナル版エリートのみ)
- GaussianにおいてONIOM計算を設定できるようにしました。
- 溶媒を配置/セルを構築機能において、乱数違いの構造を連続で生成できるようにしました。(プロフェッショナル版エリートのみ)
- 界面ビルダにおいてcif, mol2以外のフォーマットのファイル読み込みに対応しました。
- LAMMPS, Gromacsの結果解析ウィンドウにおいて、インデックスファイル(ndxファイル)の選び直しに対応しました。(プロフェッショナル版エリートのみ)
- LAMMPSでfix addforceコマンドによる圧力の印加に対応しました。(プロフェッショナル版エリートのみ)
- LAMMPSでfix deformコマンドによる密度の強制変化に対応しました。(プロフェッショナル版エリートのみ)
- LAMMPSにおいて静電相互作用計算のスキップに対応しました。
- LAMMPSにおいて、Kremer-Gresetモデルの粗視化MD計算に対応しました。(プロフェッショナル版エリートのみ)
- Quantum ESPRESSOでBader電荷の算出に対応しました。(プロフェッショナル版エリートのみ)
- Quantum ESPRESSOを用いたNMRおよびEFG計算に対応しました。(プロフェッショナル版エリートのみ)
- VASPの実行に対応しました。(プロフェッショナル版エリートのみ)
- VASPを用いたon-the-fly機械学習力場分子動力学計算に対応しました。(プロフェッショナル版エリートのみ)
- Towheeによるモンテカルロ法実行に対応しました。(プロフェッショナル版エリートのみ)
- コマンドプロンプトから起動してスラブを生成できるようにしました。(プロフェッショナル版エリートのみ)
[不具合修正]
- Selective dynamicsのPOSCARファイルを読み込めない不具合を修正しました。
- 無料トライアルにおいて、AkaiKKRの出力ファイルを開けない不具合を修正しました。
- [編集]-[セルを作成/編集]-[セルを変形]においてせん断ひずみの定義が2倍異なるのを修正しました。
- 一部環境で[MD]-[水をイオンに置換]が動作しない不具合を修正しました。
- acpypeを用いた力場の割り当てに失敗した際に、適切なダミーパラメータが割り当てられない不具合を修正しました。
[仕様変更]
- バックグラウンドで別プログラムを起動する処理において、処理中であることを示すダイアログを表示するようにしました。
- CIFファイルの読み込み方法にGemmiライブラリを追加しました。
- 簡易構造最適化の処理に失敗したときに、処理を途中で抜けるように変更しました。
- アニメーションの再度読み込み時に、リロード前のフレーム位置を維持するように変更しました。
- アニメーション操作エリアの[Options]-[Tools]-[Distance/Angle Change]を廃止し、Custom Plot機能に統合しました。
- ワークフロー設定において、Detailsが変更されたジョブの後にジョブを追加する際に、追加されるジョブのSame Conditions asのチェックを自動で外すようにしました。
- プロジェクトモードでログファイルが空または見つからずに状態がABORTと判定された際のエラーメッセージを変更しました。
- Gaussianのハミルトニアンの選択肢にUFFを追加しました。
- GAMESS, Gaussian, NWChemのリモートジョブ用テンプレートスクリプトで、ソルバの標準出力をリダイレクトではなくteeにパイプするように変更しました。
- MDの力場割り当て機能において、「タンパク質/イオン」の表記を「タンパク質」に変更し、イオンの力場は「一般」で選択するようにしました。
- 力場割り当て時に残基情報を保存するようにしました。
- 力場割り当てウィンドウにおいて検出された分子の一覧を表示するようにしました。
- 力場割り当て時の前処理の取り消しに対応しました。
- 分子種ごとにソートされていなくても力場割り当てを実行できるようにしました。
- Gromacs, Modylas, Quantum ESPRESSOキーワード設定ウィンドウのタブ表記を微修正しました。
- LAMMPS, Gromacsの結果解析ウィンドウにおいて、Create GroupボタンをEdit Groupボタン内のCreate Group (by Element)に移設しました。
- LAMMPSで継続計算に使用するdataファイルを出力する方法を変更しました。
- spglibを用いて空間群を検出する最大原子数の設定を10000から1000に変更しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定ウィンドウにおいて、cell_dofreeの選択肢を拡充しました。
- リモートサーバのTest Connection機能において、ダイアログを簡素化しました。
[パフォーマンス向上]
- マルチフレームのwmm形式など一部ファイルの読み込みを高速化しました。
- CIFファイルの読み込みを大幅に高速化しました。(Gemmiライブラリ使用時のみ)
Version 11.5.8 2023/12/04
[不具合修正]
- プロジェクトモードにおいてGaussianのリモートジョブを実行する際に、Gaussianのプログラムパスがg98に設定されているとジョブを実行できない不具合を修正しました。
- プロジェクトモードにおいて、scf=xqc設定をしたGaussianのジョブ状態が正常に判定されない不具合を修正しました。
- リモートジョブのQueueにPJMを選択できない不具合を修正しました。
- リモートジョブのRecheck Statusでリモートホストに接続できないときも正常終了する不具合を修正しました。
- NWChem NEBチュートリアルのリンクを修正しました。
Version 11.5.7 2023/11/06
[不具合修正]
- [選択]-[現在のグループに隣接する原子/分子をグループ選択]が、セルが存在しないときに正常動作しない不具合を修正しました。
Version 11.5.6 2023/10/02
[不具合修正]
- 一部のmol2ファイルを読み込んだ際にセルの情報が読み込まれない不具合を修正しました。
- Gaussianのログファイルを読み込み後、キーワード表示エリアに座標のエイリアスが出力されず、適切な入力ファイルを出力できない不具合を修正しました。
- 力場編集ウィンドウのImport top file機能で、Winmostarが自動的に割り当てるものとは異なる分子名が設定されたtopファイルを読み込むとエラーが起きる不具合を修正しました。
- ポリマーセルビルダのログファイルが一部正しく出力されない不具合を修正しました。
- ワークフロー設定において、Detailsが変更されたジョブの後に追加したジョブの計算条件を変更できない不具合を修正しました。
- プロジェクトモードで作業フォルダ名やジョブ名が重複することがある不具合を修正しました。
- プロジェクト名に.wmpjdataが含まれる場合に計算が正しく実行されない不具合を修正しました。
[仕様変更]
- バックグラウンドで別プログラムを起動する処理において、処理中であることを示すダイアログを表示するようにしました。
- ワークフロー設定において、Detailsが変更されたジョブの後にジョブを追加する際に、追加されるジョブのSame Conditions asのチェックを自動で外すようにしました。
Version 11.5.5 2023/09/01
[新機能]
- プロジェクトモードにおいて、ジョブの設定ウィンドウからMOPAC, GAMESSの実行バイナリを切り替えられるようにしました。
- アニメーション操作エリアのCustom Plot機能において、グラフ描画の対象とするフレームの範囲を設定できるようにしました。
[不具合修正]
- Gromacs BAR法結果表示機能においてグラフを表示できない不具合を修正しました。
[仕様変更]
- 64bit版のポリマー作成プログラムを追加しました。
Version 11.5.4 2023/08/04
[新機能]
- LAMMPS, Gromacsの双極子モーメント計算機能において、双極子モーメントの時系列変化のプロットに対応しました。
- LAMMPS, Gromacsの密度分布計算機能において、数密度、電荷密度の算出に対応しました。
- スキャン結果表示においてLAMMPS, Gromacsの拡散係数表示に対応しました。
- 構造スキャン機能においてせん断ひずみのスキャンに対応しました。
[不具合修正]
- 分子情報に奥行き表現がかかる不具合を修正しました。
- CygwinWM 2023/3/28バージョン以降を利用している場合に、CIFファイル読み込み処理のエラーがログに残らない不具合を修正しました。
- Gaussianプロジェクトモードのエネルギー計算において、作業フォルダ名がOTHERSになる場合がある不具合を修正しました。
- LAMMPSアニメーション、Gromacsログファイル、Quantum ESPRESSOログファイル読み込み時に、ファイルサイズが概ね1GBを超える際にInteger Overflowエラーが発生する不具合を修正しました。
- DCDFTBMDの入力ファイルに不要な改行が入る不具合を修正しました。(V11.0.0以降で発生)
[仕様変更]
- GAMESSプロジェクトモードにおいて、溶媒効果にSMD法を追加しました。
- GAMESSのFOCUSリモートジョブにおいて、より効率的に並列実行できるよう設定内容を変更しました。
- NMR, UV-Vis表示ウィンドウにおいて、Captionにプロジェクト名と作業フォルダ名を表示するようにしました。
- MOPAC, CNDO/S, Gaussian, NWChemの入力ファイル生成時に、座標のエイリアス文字がキーワードに含まれていない場合はエラーを返すように変更しました。
- LAMMPSのアニメーション表示時にアニメーション操作エリアにステップ数を表示するように変更しました。
- DPDセルビルダおよび繰り返し単位割り付け機能のやり直しに対応しました。
- 繰り返し単位割り付け機能において、mol2ファイルを保存せずに処理を進められるようにしました。
- セキュリティレベルが高くSSH接続できない一部のリモートサーバに接続できるようにしました。
- 接続が不安定なリモートサーバでジョブマネージャの安定に動作するように変更しました。
Version 11.5.3 2023/07/02
[不具合修正]
- プロジェクトモードでプロジェクトツリーのコンテキストメニューから実行した場合に、連続ジョブで前のデータを引き継がない不具合を修正しました。
- プロジェクトモードでWinmostarと違うドライブ以外に保存したときにspglibの実行に失敗する不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOのHUBBARDカード出力時に、一部の元素で主量子数が適切に設定されず計算が流れない不具合を修正しました(QE7.1以降向け)。
- リモートジョブの接続テストでOptionに%WM_PREFIX%が指定されていると失敗する不具合を修正しました。
[仕様変更]
- アニメーション画面で大規模ファイルのXYZファイルのエクスポートに対応しました。
- Winmostar ViewerでRound表示のgifファイルをエクスポートできるようにしました。
- 界面ビルダで残基情報を保存するようにしました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定ウィンドウおよび環境設定ウィンドウの[使用するQEのバージョン]の設定箇所で、Quantum ESPRESSOのパスを確認できるようにしました。
- ジョブの設定ウィンドウにおいてローカルのプログラムパスを確認できるようにしました。
- インストールテストにおいてテストしたプログラムのパスを表示するようにしました。
- プログラムパスが%APPDIR%を含む場合にWinmostarのインストールフォルダを参照するようにしました。
Version 11.5.2 2023/06/01
[新機能]
- リモートジョブのテスト機能でNWChemの実行に対応しました。
- LAMMPS、Gromacsの距離分布計算機能において分布関数の範囲設定に対応しました。
- Queue=PJMのジョブの実行に対応しました。
[不具合修正]
- Windowsネイティブのpythonをインストールしている際にERmod関連機能、Phonopy関連機能、gnuplot関連機能、FragmentER関連機能が動作しない不具合を修正しました。
- WindowsネイティブのOpenBabelをインストールしている際に構造式のインポート、水素付加機能、SMILESインポート・エクスポート機能が動作しない不具合を修正しました。
- プロジェクトモードでQueue=Runのジョブを複数立て続けに実行すると、ジョブの状態取得がストップする不具合を修正しました。
[仕様変更]
- グループを複製機能において結合の再生成処理が行われないようにしました。
- GAMESS, Gaussianのデフォルトパスを変更しました。
- NWChemのテンプレートスクリプトを更新しました。
- [溶媒を配置/セルを構築]で残基情報を保存するように変更しました。
- LAMMPSのテンプレートスクリプトにおけるOPT_LAMMPS_CONV_RESTARTのデフォルト選択肢を変更しました。
Version 11.5.1 2023/05/04
[新機能]
- インストールテストにおいて並列実行のテストを追加しました。
- 簡易構造最適化機能でOpenBabelの利用により対応原子数が増加し、パラメータの調整が可能となりました。
- 各種ポリマービルダで分子量の表示に対応しました。
- LAMMPS結果解析機能に慣性半径を追加しました。
[不具合修正]
- ホウ素を含む分子のUFF割当に失敗する不具合を修正しました。
- 10万残基以上のGroファイルの保存に対応しました。
- ジョブマネージャでStopをしたときの動作を修正しました。
[仕様変更]
- プロジェクトモードにおいて、各種ソルバのキーワード読み込み機能を利用できないように変更しました。
- 各種ポリマービルダ、ポリマー設定ウィンドウにおいてwmo, wpoフォルダを開けるようにしました。
- 各種ポリマービルダの処理においてコンソールウィンドウを非表示にしました。
- 各種ポリマービルダの処理において電荷がゼロの原子が検出されたら警告を表示するようにしました。
- Gromacsワークフロー設定において、rlistをPrecisionと連動させるように変更しました。
- Gromacsの力場ファイル読み込み時に、インデックスの並び順が逆のDihedralを別のDihedralとして処理するように変更しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定ウィンドウにおいてMOLフォルダを開けるようにしました。
- リモートジョブでQueueがJM(Windows)のときの接続テストでの動作を変更しました。
- GaussianのプロジェクトモードでリモートジョブのQueue=JM(Windows)に対応しました。
- GromacsのプロジェクトモードでリモートジョブのQueue=JM(Windows)に対応しました。
- GaussianのファイルモードでリモートジョブのQueue=JM(Windows)のときの動作を変更しました。
- リモートジョブでQueue=JM(Windows)のときListJobsで表示される内容を変更しました。
- リモートジョブでQueue=JM(Windows)のときDeleteJobに対応しました。
- BOM付きUTFファイル読み込みに一部対応しました。
[パフォーマンス向上]
- OPLS-AA、Dreiding、UFFを利用しかつ分子サイズが大きい時の力場割り当て処理を高速化しました。
Version 11.5.0 2023/04/11
[新機能]
- CygwinWMにNWChem 7.0.2、LAMMPS 29Sep2021、Quantum ESPRESSO 7.1を追加し、NWChem、LAMMPS、Quantum ESPRESSOをローカルマシン上で別途インストールする必要がなくなりました。(NWChem用のMPICHは別途インストール必要)
- 全原子の最適化フラグを解除できるようにしました。([編集]-[原子/結合の自動調整]-[全ての最適化フラグを解除])
- 結合の色を原子の色で着色できるようにしました。([ツール]-[環境設定]-[表示]-[結合を原子の色で着色])
- 結合の太さを調整できるようにしました。([ツール]-[環境設定]-[表示]-[結合の太さ])
- 分子の表現形式にスティックモデルを追加しました。
- プロジェクトモードにおいてNWChemに対応しました。
- NWChemのログ抜粋を表示機能を追加しました。
- NWChemのローカルジョブにおいてMPIのコマンドを編集できるようにしました。([ツール]-[環境設定]-[計算]-[mpiexec (NWChem)])
- Gromacsにおいて、計算中のアニメーション表示に対応しました。
- Gromacsのアニメーション表示においてReloadに対応しました。
- LAMMPSキーワード設定ウィンドウにおいてberendsen法による温度・圧力制御に対応しました。
- Quantum ESPRESSO 7.1以降のHubbard Uの設定に対応しました。([ツール]-[環境設定]-[計算]-[使用するQEのバージョン])
- アニメーション表示中に分子表示エリアにフレーム数を表示するようにしました。
- アニメーション操作エリアからマルチフレームのxyzファイルを出力できるようにしました。
[不具合修正]
- 作業ディレクトリ表示エリアでコラム幅を0で保存するとWinmostarを起動できない不具合を修正しました。
- NWChemのUV-Visスペクトルウィンドウにおいて、三重項励起状態の出力ファイルが正常に読めない不具合を修正しました。
- LAMMPSのバイナリ名がlmp.exeの時にLAMMPSを実行できない不具合を修正しました。
- LAMMPSのバイナリ名がlmp_serial.exe以外の時に[MD]-[ポリマー]-[繰り返し単位割り付け]が動作しない不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOの入力ファイルを読み込んだ際に、noncolin, lspinorbキーワードの内容がキーワード設定ウィンドウに反映されない不具合を修正しました。
- include文でGromacsのシステム内に登録されていないファイルを呼び出しているtopファイルを用いてジョブを実行できない不具合を修正しました。
- コマンドラインから起動した際にGaussianの入力ファイルを生成できない不具合を修正しました。
[仕様変更]
- NWChem、LAMMPS、Quantum ESPRESSOの推奨バージョンをそれぞれNWChem 7.0.2、LAMMPS 29Sep2021、Quantum ESPRESSO 7.1に変更しました。
- CygwinWMへのNWChem、LAMMPS、Quantum ESPERSSO同梱に伴い、NWChem, LAMMPS, Quantum ESPRESSOのプログラムパス、MPI設定のデフォルト値を変更しました。
- 「次回からこのメッセージを表示しない」というダイアログを開く回数を減らしました。
- 作業ディレクトリ表示エリアでコラム幅を10以下に変更できないようにしました。
- プロジェクト表示エリア、座標表示エリアの幅が一定値を下回ったら初期値に戻すようにしました。
- 10 Åを超える結合は表示しないようにしました。
- ワークフロー設定ウィンドウのExport機能のデフォルト保存先を変更しました。
- GAMESSを用いたRESP電荷自動算出機能において、GAMESSの並列数を環境設定で明示的に設定できるようにしました。
- NWChem Keyword Setupウィンドウにおいて、Basis及びAdvancedタブの選択項目、Solvent及びTDDFTタブを追加しました。
- NWChem Keyword Setupウィンドウにおいて、元素ごとにECPを設定できるよう変更しました。
- NWChem EasySetupウィンドウにおいて、Charge、Multiplicity、Solventの選択項目を追加しました。
- Gromacsのtopファイルを読み込む際に、include文を展開後するようにしました。
- LAMMPSのポテンシャルフォルダを環境設定において明示的に設定できるようにしました。
- LAMMPSキーワード設定ウィンドウにログ出力時の標準出力のflushの設定を追加しました。([Flush log])
- LAMMPSのログ出力時にデフォルトで標準出力をflushするようにしました。
- CygwinWMのバージョンアップに伴い、スラブを作成機能において利用するpymatgenのバージョンを変更しました。一部の構造において、スラブの構造が180度回転しているなど、以前のバージョンと出力結果が異なる場合があります。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定ウィンドウで出力するフォーマットのバージョンを変更できるようにしました。([Options]-[QE Version])
- Quantum ESPRESSOキーワード設定ウィンドウの[Use RISM-Enabled QE]を[QE Version]に統合しました。
- Quantum ESPRESSOログ抜粋機能の表示内容を変更しました。
- Submit Remote Jobウィンドウでqstat -aを実行した際に、全ユーザの情報を出すように変更しました。
- Submit Remote Jobウィンドウでqstat -aを実行する際に、全ユーザの情報を出すか選択できるようにしました。([Options]-[Hide Other Users’ Info])
- アニメーション操作エリアの[Options]-[Export]-[CSV]の表記を[CSV (Values)]に変更しました。
- Winmostar Viewerのウィンドウのキャプション表記を変更しました。
- メッセージダイアログで選択肢を選ぶ機能をコマンドラインから起動した際に、常にOKまたはYesを選ぶのではなくデフォルト選択肢を選ぶように変更しました。
Version 11.4.9 2023/09/01
[不具合修正]
- Gromacs BAR法結果表示機能においてグラフを表示できない不具合を修正しました。
Version 11.4.8 2023/08/04
[不具合修正]
- 分子情報に奥行き表現がかかる不具合を修正しました。
- 一部環境でアニメーション操作エリアが正確に描画されない不具合を修正しました。
- グループをペースト機能をキーボードショートカット(Ctrl+V)から利用した際に、Enterキーで処理を確定できない場合がある不具合を修正しました。
- Gaussianプロジェクトモードのエネルギー計算において、作業フォルダ名がOTHERSになる場合がある不具合を修正しました。
- Gromacs, LAMMPS, OpenMX, DCDFTMDのファイルモードのリモートジョブにおいて、ファイル名に拡張子以外のピリオドが入っているとログファイルに関する操作に失敗する不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOのNEB計算機能において、ローカルジョブでMPIが利用されない不具合を修正しました。
- ジョブの設定ウィンドウにおいてConfigボタンをクリックしCancelボタンをクリックすると、ジョブの設定ウィンドウの項目に不正な値が上書きされる不具合を修正しました。
[仕様変更]
- GAMESSのFOCUSリモートジョブにおいて、より効率的に並列実行できるよう設定内容を変更しました。
- CygwinWMテスト機能において、CIFファイルの読み込みのテストを追加しました。
Version 11.4.7 2023/07/02
[不具合修正]
- プロジェクトモードでWinmostarと違うドライブ以外に保存したときにspglibの実行に失敗する不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOでatomic_position=crystalに設定している際に正常な座標が出力されない不具合を修正しました。
- リモートジョブの接続テストでOptionに%WM_PREFIX%が指定されていると失敗する不具合を修正しました。
Version 11.4.6 2023/06/07
[不具合修正]
- 作業ディレクトリ表示エリアでコラム幅を0で保存するとWinmostarを起動できない不具合を修正しました。
Version 11.4.5 2023/06/01
[不具合修正]
- Gromacsのプロジェクトモードにおいてsteep計算が収束しなかった際にエラーメッセージが取得されない不具合を修正しました。
- プロジェクトモードでQueue=Runのジョブを複数立て続けに実行すると、ジョブの状態取得がストップする不具合を修正しました。
- プロジェクトモードでメニューからエネルギー変化を選択した際にファイル名が表示されない不具合を修正しました。
Version 11.4.4 2023/05/04
[不具合修正]
- ホウ素を含む分子のUFF割当に失敗する不具合を修正しました。
- 10万残基以上のGroファイルの保存に対応しました。
- Gromacsワークフロー設定において、Precision=LowかつFree boundary conditionが有効の場合に計算が流れない不具合を修正しました。
- コマンドプロンプトからの起動時に、LAMMPSの並列数が変更できない不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOワークフロー設定において、RISM計算時にMOLファイルのパスが正常に設定されているにもかかわらず警告メッセージが出現する不具合を修正しました。
Version 11.4.3 2023/04/11
[不具合修正]
- 同名の作業ディレクトリがあるプロジェクトファイルを読み込んだときにエラーになる不具合を修正しました。
- 一部機能がWinmostarのインストールパスによっては動かない不具合を修正しました。(spglibによる空間群検出、分子軌道描画、簡易構造最適化、puttyによる通信、分子表面積・体積計算)
- Gaussian入力ファイルを読み込んでキーワード設定ボタンを押さずに保存・実行した場合、座標の後に空行が2行入る不具合を修正しました。
- IR/ラマンスペクトルウィンドウのExport Imageの保存画像領域がずれる不具合を修正しました。
- LAMMPSのリモートジョブにおいてDPD計算を流せない不具合を修正しました。
Version 11.4.2 2023/03/01
[新機能]
- [MD]-[溶媒を配置/セルを構築]機能において、kg/m3での密度指定、座標固定された分子に対するToleranceの設定、原点をセル中心へシフトするかの設定に対応しました。
- [MD]-[分子を挿入]機能において、複数分子種の挿入、SMILESの入力、水分子の挿入、各種オプションの設定に対応しました。
- Quantum ESPRESSOのフォノン 計算においてlpermの設定に対応しました。
[不具合修正]
- Gaussianの出力ファイルの読み込みでファイルロックされたファイルを読み込めないことがある不具合を修正しました。
- 質量、分子量、密度、構造式の計算時に占有率が考慮されない不具合を修正しました。
- アニメーション操作エリアの[Options]-[Tools]-[Extract Trajectory for Selected Group…]で出力されるgroファイルを開くと結合が正常に判定されない不具合を修正しました。
- Winmostar本体からフレーム数が多いGIFアニメーションをエクスポートする時にエラーが発生する不具合を修正しました。
- ジョブ実行中にコンソールウィンドウ上でログが間欠的に表示される不具合を修正しました。(V11.1.0以降)
[仕様変更]
- Winmostar本体からGIFアニメーションをエクスポートする際にCygwinWMを利用するように変更しました。
- 1000フレーム以上のアニメーションの再生時にグラフを更新しないように変更しました。
- アニメーション操作エリアの[Options]-[Tools]-[Extract Trajectory for Selected Group…]において、番号でソートした上でgroファイルを生成するように変更しました。
- リモートジョブで出力ファイルの状態を取得するときに、処理過程をファイルとしてログに残すようにしました。
[パフォーマンス向上]
- フレーム数が多いアニメーションの読み込みを高速化しました。
- LAMMPSのアニメーション読み込みを高速化しました。
- Quantum ESPRESSOのログファイル読み込みを高速化しました。
Version 11.4.1 2023/02/06
[新機能]
- ジョブの設定ウィンドウにおいてジョブの説明を追記できるようにしました。
- LAMMPSキーワード設定ウィンドウにおいて、コマンドを自由入力できる設定欄を追加しました。(Additional Commands)
- DPDポテンシャル編集機能において、摩擦係数gammaを設定できるようにしました。
- 複数フレーム持つXYZ, SDF, MOL2, WMMファイルの反転に対応しました。
[不具合修正]
- Quantum ESPRESSOのキーワード設定ウィンドウにおいて擬ポテンシャルフォルダとMOLフォルダの設定が保存されない不具合を修正しました。
- MPI並列リモートジョブでローカルのMPICHインストールをチェックして実行できない不具合を修正しました。
- リモートジョブの接続テストでリモートサーバのデフォルトシェルがbashでない場合にテストが実行できない不具合を修正しました。
[仕様変更]
- 空間群の検出処理をSpglibのPython APIからC APIに変更しました。
- [Spglib実行前に警告を表示する最低原子数]の設定のデフォルト値を100から10000に変更しました。
- 奥行き表現の強さを、[奥行き表現を有効にする最小原子数]の原子数からその2倍の原子数に掛けて徐々に大きくするように変更しました。
- Gaussianキーワード設定ウィンドウにおいて、低精度の構造最適化計算の選択肢を追加しました。
- 密度のcubeファイルの差分の等値面の描画で正負両方の等値面を表示するように変更しました。
- 溶媒を配置/セルを構築機能において、[Set Density]にチェックが入っている状態で出力される格子定数の桁数を小数点4桁から6桁に変更しました。
[パフォーマンス向上]
- スラブを作成機能において、Supercellの値が大きい時の処理を高速化しました。
- 空間群の検出処理を高速化しました。
- 粒子数が大きい時のアニメーション表示を高速化しました。
- Gaussianの出力ファイルの読み込みを高速化しました。
- Gaussianの大規模なfchkファイルを読み込めるようにしました。(64bit版のみ)
Version 11.4.0 2023/01/10
[新機能]
- POSCAR形式でのファイル出力に対応しました。
- 分子表示エリアにおいて最適化フラグを可視化できるようにしました。
- Gaussianのパラメータ・構造スキャン計算に対応しました。
- Gaussian, NWChemキーワード設定ウィンドウにPreview機能を追加しました。
- LAMMPS, MODYLAS, NAMD, Quantum ESPRESSO(CPMD), DCDFTBMDのエネルギー変化機能において、Calc Aveで計算する範囲を指定できるようにしました。
- LAMMPS, Gromacsの密度分布計算機能において、任意の軸上の密度分布の算出に対応しました。
- LAMMPSの実行中のジョブのアニメーションの表示に対応しました。
- LAMMPSのプロジェクトモードにおいて、状態がEND以外の時もアニメーションを表示できるようにしました。
- LAMMPSのアニメーションのReloadに対応しました。
- LAMMPSのローカルジョブにおいてMPIのコマンドを編集できるようにしました。([ツール]-[環境設定]-[計算]-[mpiexec (LAMMPS)])
- リモートジョブのQueue=SGEとRun(ジョブスケジューラなし)のジョブ実行テストを追加しました。
- リモートジョブのTest Connection機能の実行中にキャンセルできるようにしました。
[不具合修正]
- GaussianのKeyword設定ウィンドウでgeom=checkを選択して計算実行した場合、計算途中で止まる不具合を修正しました。
[仕様変更]
- Gaussianキーワード設定ウィンドウのUIを微修正しました。
- NWChemキーワード設定ウィンドウのStart/Restartの設定をStart-up modeとして選択するようにしました。
- MDの力場割り当て時のアミノ酸か否かの判定において、残基名の最初の3文字の一致ではなく完全一致とするように変更しました。
- SP2ホウ素と芳香族酸素のDreiding力場の割り当てに対応しました。
- Quantum ESPRESSO NEB計算のログを表示するメニューを追加しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定ウィンドウにdiago_david_ndimの設定を追加しました。
- プロジェクトモードでリモートサーバへのファイルの送信に失敗した場合に、数回再試行するようにしました。
- プロジェクトモードでリモートサーバへのファイルの送信に失敗した場合に、エラー内容を参照できるようにようにしました。
Version 11.3.5 2023/03/01
[不具合修正]
- 一部処理において、他のアプリで開かれているファイルを選択できない不具合を修正しました。
- 座標表示エリアで原子を選択した際に、NMRウィンドウで自動選択される原子の番号がずれている不具合を修正しました。
- アニメーション再生時にメモリリークが発生する不具合を修正しました。
- アニメーション再生中にファイルを開いた時にInternal Errorが表示される不具合を修正しました。
- プロジェクトモードにおいて、Gaussianのリモートジョブ実行時にテンプレートスクリプトがDefaultの時にジョブが流れない不具合を修正しました。
- Gromacsのtopファイルのセクション名に大文字が含まれるときに正常に読み込まれない不具合を修正しました。
[仕様変更]
- [MD]-[溶媒を配置/セルを構築]機能において、Set Margin from Soluteが負の時でも処理を継続できるようにしました。
Version 11.3.4 2023/02/06
[不具合修正]
- 時間の掛かる処理の実行後ウィンドウの順序が変わり操作できなくなる不具合を修正しました。
- 無料トライアル使用時に不要なダイアログが表示される不具合を修正しました。
- MOPAC, CNDO/S、Gaussian、FDMNESのファイルモードにおいて、入力ファイルのパスにスペースが含まれるとジョブを実行できない不具合を修正しました。
- ローカルマシンにGAMESSがインストールされていない状態でGAMESSのリモートジョブを実行できない不具合を修正しました。
- GromacsのプロジェクトモードにおいてMPIの設定を有効にできない不具合を修正しました。
- DCDFTMDのdciファイルを読み込んだ際に最適化フラグが適切に設定されない不具合を修正しました。
- MPI並列リモートジョブでローカルのMPICHインストールをチェックして実行できない不具合を修正しました。
- リモートジョブの接続テストでリモートサーバのデフォルトシェルがbashでない場合にテストが実行できない不具合を修正しました。
[パフォーマンス向上]
- グループを複製機能、結合の自動生成を伴うファイル読み込み機能を高速化しました。
Version 11.3.3 2023/01/10
[不具合修正]
- パラメータ・構造スキャン結果表示機能において、スキャン計算以外の計算を同一プロジェクト内で実行している場合にExport Animationを実行するとAccess Violationが発生する不具合を修正しました。
- 分子構造を可視化できるサブウィンウを使う機能(セルを作成、セルを変形、界面ビルダ、スーパーセルを作成など)で原子数が多いとき(概ね10万原子以上)に処理が進まない不具合を修正しました。
- 原子数が0の構造ファイルを読み込むとカメラがズームアウトする不具合を修正しました。
- MOPAC, Gaussianのプロジェクトモードにおいて、スキャン計算時に不要な警告が出る不具合を修正しました。
- Gaussian, GAMESSのリモートジョブのテスト機能において、ローカルマシン上でプログラムパスが通っていないとテストが成功しない不具合を修正しました。
- GaussianのプロジェクトモードのPotential Energy Scan Setupウィンドウにおいて、画面で選んだ自由度が処理対象にならない不具合を修正しました。
- Gaussianのプロジェクトモードでトポロジを考慮したRESP電荷を算出できない不具合を修正しました。
- Gaussianプロジェクトモードにおいて、Keyword設定ウィンドウのFreq、TD、NMRを直接変更した場合、アクション欄に適切な結果解析が表示されないことがある不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定ウィンドウのRISM(1)タブのSOLVENTSのDensityを正常に入力できない不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOのプロジェクトモードにおいて、計算対象の全元素に共通する擬ポテンシャルファイルがない時に処理を進められない不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSO 6.X系列で継続ジョブを使用する際に最適化フラグが引き継がれない不具合を修正しました。
- リモートジョブ投入ウィンドウで一部のソルバにおいてGet Log File&Openで適切なファイルが取得されない不具合を修正しました。
- リモートジョブのプロファイルをDuplicateする際にCancelしても処理が中断されない不具合を修正しました。
[仕様変更]
- 無料トライアルにおいてアドオンの機能を利用できるようにしました。
- プロジェクトモードでファイルを開く際に、ファイルをインポートする選択肢を表示するようにしました。
- メインウィンドウのタイトルに現在のモード(ファイルモードまたはプロジェクトモード)を表示するようにしました。
- 2原子しかない状態で原子を削除する際に警告を表示しないようにしました。
- 分子構造を可視化できるサブウィンウを使う機能で、原子数が多いときに分子の表現形式を自動でワイヤーに切り替えるように変更しました。
- Gaussianのプロジェクトモードのスキャン計算において、Z-Matrixを自動修正するようにしました。
[その他]
- EISコンソーシアム用のFOCUS向けQuantum ESPRESSOのテンプレートを更新しました。
Version 11.3.2 2022/12/07
[新機能]
- 特定原子間の距離を指定する形でグループを並進移動する機能を追加しました。([編集]-[グループ編集]-[グループを並進移動(数値)])
- プロジェクトモードにおいてGaussianに対応しました。
- Gaussianのログ抜粋を表示機能を追加しました。
[不具合修正]
- [QM]-[MOPAC]-[Potential Energy Surface Scan]機能においてIntervalとfinal valueを入力できない不具合を修正しました。
- LAMMPS, Gromacsワークフロー設定ウィンドウにおいて、Detailsを設定した後に内容が変更されていない項目が表示上変更されてしまう不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOワークフロー設定およびキーワード設定機能の起動時に一部の結晶系で処理が進められない不具合を修正しました。ジョブの設定ウィンドウでプロファイルを変更した際にテンプレートスクリプトの選択肢が更新されない不具合を修正しました。
[仕様変更]
- [ファイル]-[プロジェクト]-[スキャン結果表示]の表示名を[パラメータ/構造スキャン結果表示]に変更しました。
- 各種ワークフロー設定のEnable scan calculationの表示名をEnable parameter/structure scanに変更しました。
- [編集]-[グループ編集]-[グループを並進移動(数値)]機能の「Relative coordinate」を「Relative coordinate from original position」に変更しました。
- [編集]-[グループ編集]-[グループを並進移動(数値)]機能において、デフォルトで移動前の数値を設定するようにしました。
- [編集]-[グループ編集]-[グループを固定/固定解除]でXYZ座標に関する最適化フラグだけを設定するようにし、Z-Matrixに関する最適化フラグについて設定する[グループを固定/固定解除(Z-Matrix)]を新設しました。
- 各種キーワード設定およびワークフロー設定で[OK]または[Run]をクリックした際の計算条件のチェック時に、最初に見つかった警告だけでなく全ての警告を表示するように変更しました。
- Gaussianキーワード設定ウィンドウにfchkの設定項目を追加しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定ウィンドウにおいて、誘電関数計算時(epsilon.x)のshiftを調整できるように変更しました。
[その他]
- Gaussianのテンプレートスクリプトを更新しました。
- FOCUSスパコン向けのGaussian, Gromacsのプロファイルを更新しました。
Version 11.3.1 2022/10/17
[新機能]
- ワークフロー設定ウィンドウにおいて任意のジョブの削除、ジョブの挿入に対応しました。
- プロジェクトモードで既存のgro, topファイルを用いてGromacsの計算を実行できるようにしました。
- パラメータ・構造スキャンアドオンでGromacsの結果表示に対応しました。
[不具合修正]
- Chem3Dが出力したPDBファイルを読み込めない不具合を修正しました。
- Gromacsのプロジェクトモードのリモートジョブにおいて、V11.2.X以前に生成したテンプレートスクリプトを使用しても警告がでない不具合を修正しました。
- Gromacsのテンプレートスクリプト使用時にプロジェクトモードのジョブおよびTest Connection機能が失敗する不具合を修正しました。
[仕様変更]
- Gromacsのテンプレートスクリプトを更新しました。
- Gromacs Workflow SetupにおいてPrecision=Mediumで設定するtcouplをberendsenからnose-hooverに変更しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定ウィンドウおよびワークフロー設定ウィンドウを開く際に、現在の構造がconventional cellでない場合も格子を自動で変換できるようにしました。
Version 11.3.0 2022/10/01
[新機能]
- ユーザが指定したパラメータについて複数の値を用いて計算を実行する機能を追加しました。(パラメータ・構造スキャンアドオン)
- 複数構造に対して一括で計算する機能を追加しました。(パラメータ・構造スキャンアドオン)
- mktopによるOPLS-AA力場割り当て機能を追加しました。(力場拡張アドオン)
- 力場の補完機能を追加しました。(力場拡張アドオン)
- 無機化合物へのUFF力場自動割り当ての機能(力場拡張アドオン)
- 量子化学計算による平衡長・平衡角の調整機能を追加しました。(力場拡張アドオン)
- プロジェクトモードにおいてMOPAC, CNDO/S, Gromacsに対応しました。
- ファイルモードにおいてQuantum ESPRESSOのNEB計算に対応しました。
- プロジェクト表示エリアから各作業フォルダのワークフロー設定を再確認できるようにしました。(右クリック→[Show Workflow Setup])
- グラフ表示機能において積算平均の表示に対応しました。([Options]-[Add Cumulative Average])
- LAMMPS Workflow SetupウィンドウにおいてPresetに12step compression, 21step compression-decompressionを追加しました。
- Quantum ESPERSSOのPropertiesにポテンシャルの3次元分布計算機能を追加しました。([固体]-[Quantum ESPRESSO]-[キーワード設定]-[Properties]-[Potential Energy])
- Quantum ESPRESSOキーワード設定ウィンドウにおいてnqx1/2/3の設定に対応しました。
- Quantum ESPRESSOのNEB計算時のエネルギー変化の推移とエラーの推移をプロットできるようにしました。([固体]-[Quantum ESPRESSO]-[Nudged Elastic Band]-[NEBエラー変化], [エネルギー分布])
- Quantum ESPRESSOのローカルジョブにおいてMPIのコマンドを編集できるようにしました。([ツール]-[環境設定]-[計算]-[mpiexec (QE)])
- 複数フレームのsdf, mol2, wmmファイルの作成/編集機能を追加しました。([ツール]-[アニメーション])
- アニメーション画面からMOPACの自動実行ができない不具合を修正しました。
[不具合修正]
- 複数フレームのwmmファイルを閉じる際に、現在のフレームの内容が保存されない不具合を修正しました。
- wmmファイルをインポートした際に、ファイル名が上書きされてしまう不具合を修正しました。
- Z-Matrixが生成されていない状況で[編集]-[グループを固定/固定解除]を実行すると範囲チェックエラーが発生する不具合を修正しました。
- プロジェクトモードのリモートジョブをQueue=Runの際に実行できない不具合を修正しました。
- ジョブの設定ウィンドウにおいてテンプレートスクリプトを変更してもTest Connectionの際に反映されない不具合を修正しました。
- 力場補完ウィンドウにおいてtopを読み込んだ際にdataファイル生成に失敗する不具合を修正しました。
- ポリマーセルビルダにおいて、Use Specific Random Seedの値をウィンドウ立ち上げ直後に変更できない不具合を修正しました。
- 力場割り当て時に分子種ごとに番号がソートされていない場合に適切に力場が割り当てられない不具合を修正しました。(V11.2.0以降)
- Quantum ESPRESSO バージョン7系列でバンド構造の表示が崩れる不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOの擬ポテンシャルフォルダの設定がすぐに反映されない不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSO バージョン6以降で継続ジョブ実行時に原子の拘束フラグがない場合にアドレス違反が発生する不具合を修正しました。
- 学生版においてQuantum ESPRESSOのNEB計算の入力ファイルを開けない不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOのNEB計算をリモートジョブで実行する際に、入力ファイルの改行コードがCRLFとなり一部環境で計算が実行できない不具合を修正しました。
- AkaiKKRエネルギー変化機能において、SCF計算の最中に警告メッセージが表示される場合にグラフが中断される不具合を修正しました。
- 構造スキャン機能においてChange Atomic Position with keeping fractional coordinatesが正常に動作しない不具合を修正しました。
- アニメーションのCustom Plot機能において、リストに値が含まれない場合にY軸が適切に表示されない不具合を修正しました。
[仕様変更]
- 起動画面の表記を修正しました。
- 分子表示エリアにおけるラベル/電荷の表示において枠の表示を切り替えられるようにしました。
- [ファイル]-[インポート]-[SMILES]のレイアウトを微修正しました。
- MOPAC, GAMESS, Gaussian, NWChem, Smashのアニメーション読み込み時に電荷、ダイポールをクリアするようにしました。
- 力場割り当て時に使用するイオン、アミノ酸残基のリストをUserPrefに保存するようにしました。
- LAMMPSのdataファイル保存時にMasses, Pair Coeffsを番号順にソートするようにしました。
- groファイルを開いている状態でGromacsを実行する際の力場設定の挙動を微修正しました。
- Gromacsのエネルギー変化機能の[Calc Ave]において結果を倍精度で出力するようにしました。
- Quantum ESPRESSOのログを抜粋機能において、抜粋する行を変更しました。
- Quantum ESPRESSO NEB計算のアニメーション表示機能のメニュー名を変更しました([遷移状態]→[アニメーション])。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定において、バージョン7に対応したdiagonalizationの選択肢を追加しました。
- リモートジョブのTest Connection機能のデフォルト最大待ち時間を変更しました。
- リモートジョブ投入ウィンドウにおいてリモートサーバのジョブ一覧を表示する際に全ユーザのジョブを表示するのではなく、リモートサーバ上のユーザのジョブだけを表示するようにしました。
- Winmostar Viewerの[File]メニュー以下の表示名を変更しました。
- Winmostar ViewerのAnimation Control PanelからJPEG, GIFのチェックボックスを廃止し、[File]メニューの[Export JPEG(Sequence)], [Export GIF(Animation)]から連番JPEG、GIFアニメーションを出力できるようにしました。
[パフォーマンス向上]
Version 11.2.5 2022/12/07
[不具合修正]
- コマンドラインからの起動ができない不具合を修正しました。(V11.2.2以降)
- 結晶ビルダ機能においてSpace Groupを選んだ後にCrystal Systemを選ぶと適切な空間群が選択されない不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOのバンド構造の表示機能において一部のギリシャ文字が表示できない不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOのプロジェクトモードにおいて、SCFが収束していないジョブに対する継続ジョブが流せない不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSO 7.1利用時に一部機能が動作しない不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOの一部の結果解析機能がジョブの実行中は動作しない不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOの擬ポテンシャルをSelectに設定した際に、一部処理で擬ポテンシャルファイルが読み込まれない不具合を修正しました。
[仕様変更]
- 環境設定ウィンドウでMACアドレスを表示するようにしました。
Version 11.2.4 2022/10/17
[新機能]
- BoltzTraPをプロジェクトモードで利用できるようにしました。
[不具合修正]
- 編集メニュー以下のサブウィンドウがメインウィンドウの背面に隠れることがある不具合を修正しました。
- グループを回転(数値を指定)機能において、回転操作の中心が適切に設定されない不具合を修正しました。
- MOPAC、CNDO/Sのインストールテストが失敗する不具合を修正しました。
- 環境変数OMP_NUM_THREADSのデフォルト値が1以外に設定されている環境で、CygwinWM診断機能およびGromacsのインストールテストが失敗する不具合を修正しました。
- アニメーション操作エリアのOpen Viewer機能でアニメーションが動かない不具合を修正しました。
[仕様変更]
- Quantum ESPRESSOのアニメーション表示時にスピン密度の情報を破棄するようにしました。
- BoltzTraP結果表示ウィンドウのレイアウトを修正しました。
Version 11.2.3 2022/10/01
[不具合修正]
- 複数フレームのwmmファイルを閉じる際に、現在のフレームの内容が保存されない不具合を修正しました。
- wmmファイルをインポートした際に、ファイル名が上書きされてしまう不具合を修正しました。
- プロジェクトモードのリモートジョブをQueue=Runの際に実行できない不具合を修正しました。
- ジョブの設定ウィンドウにおいてテンプレートスクリプトを変更してもTest Connectionの際に反映されない不具合を修正しました。
- 力場割り当て時に分子種ごとに番号がソートされていない場合に適切に力場が割り当てられない不具合を修正しました。(V11.2.0以降)
- ポリマーセルビルダにおいて、Use Specific Random Seedの値をウィンドウ立ち上げ直後に変更できない不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOの擬ポテンシャルフォルダの設定がすぐに反映されない不具合を修正しました。
- 学生版においてQuantum ESPRESSOのNEB計算の入力ファイルを開けない不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSO バージョン6以降で継続ジョブ実行時に原子の拘束フラグがない場合にアドレス違反が発生する不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOのNEB計算をリモートジョブで実行する際に、入力ファイルの改行コードがCRLFとなり一部環境で計算が実行できない不具合を修正しました。
- AkaiKKRエネルギー変化機能において、SCF計算の最中に警告メッセージが表示される場合にグラフが中断される不具合を修正しました。
- 構造スキャン機能においてChange Atomic Position with keeping fractional coordinatesが正常に動作しない不具合を修正しました。
- アニメーションのCustom Plot機能において、リストに値が含まれない場合にY軸が適切に表示されない不具合を修正しました。
[仕様変更]
- 起動画面の表記を修正しました。
- Quantum ESPRESSOのログを抜粋機能において、抜粋する行を変更しました。
- リモートジョブのTest Connection機能のデフォルト最大待ち時間を変更しました。
- リモートジョブ投入ウィンドウにおいてリモートサーバのジョブ一覧を表示する際に全ユーザのジョブを表示するのではなく、リモートサーバ上のユーザのジョブだけを表示するようにしました。
Version 11.2.2 2022/09/01
[不具合修正]
- 処理の終了待ち中に開くダイアログが閉じた際に操作が効かなくなることがある不具合を修正しました。
- アニメーションのCustom Plot機能において、リストに値が含まれない場合に範囲チェックエラーが起こる不具合を修正しました。
- LAMMPSのリモートジョブ動作テストに失敗した際に、LAMMPSキーワード設定ウィンドウの内容が失われる不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOのSCFエネルギー変化機能において、nspin=1のログを読み込ませた際にtotal magnetizationまたはabsolute magnetizationを選択すると範囲チェックエラーが起こる不具合を修正しました。
- V10以前のqesetファイルを読み込ませた際に警告が出る不具合を修正しました。
- アニメーションのMOL2/SDFのエクスポートで座標が変わらない不具合を修正しました。
[仕様変更]
- 分子構造が表示されるサブウィンドウにおいてセルが表示する際のカメラ設定を変更しました。
- アニメーションのCustom Plot機能でVolumeのプロットに対応しました。
- MOPAC, CNDO/Sの実行直後に入力ファイルをメインウィンドウで開くようにしました。
- CNDO/Sの出力ファイルにおいて、励起配置出力数を最大10励起に変更しました。
- LAMMPS 24 Mar 2022バージョンの出力ファイルのエネルギー読み込みに対応しました。
- LAMMPSワークフロー設定ウィンドウにおいてEnsemble=NPH(z)を追加しました。
- LAMMPSのテンプレートスクリプトの内容を一部修正しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定ウィンドウでinput_dftを設定した際に、vdwとrvv10を含む場合のみvdw kernel tableを生成するように変更しました。
- Quantum ESPRESSOのログ抜粋機能で抜粋する行を追加しました。
- Quantum ESPRESSOのSCFエネルギー変化機能で、Hybrid汎関数の時は "est. ecxhange err (dexx)"の値をEstimated accuracyとして取得するように変更しました。
Version 11.2.1 2022/07/27
[新機能]
- リモートジョブのTest Connection機能において、GAMESS、LAMMPS、Quantum ESPRESSOのジョブ実行テストを実行できるようにしました。
- Quantum ESPRESSOのSCFエネルギー変化機能において、total energy、total magnetization、absolute magnetizationのプロットに対応しました。
- Quantum ESPRESSOの結果解析にスピン密度の可視化を追加しました。
- GAMESSのプロジェクトモードでJM(Windows)のリモート実行に対応しました。
[不具合修正]
- Gdを含むCIFファイルの読み込みに失敗する不具合を修正しました。
- プロジェクトモードでリモートジョブ投入ウィンドウから一部の結果解析ウィンドウを開いた際にウィンドウが背面に隠れて操作できなくなる不具合を修正しました。
- GAMESSのインストールフォルダに入力ファイルを保存した場合に実行できない不具合を修正しました。
- GAMESSのログファイル読み込み時に、無条件でダイポールと電荷がクリアされる不具合を修正しました。
- リモートジョブのTest Connection機能実行時にウィンドウが背面に隠れる不具合を修正しました。
[仕様変更]
- 一部のアドオンの表示を変更しました。
- xyz, mol2, wmm, sdf, axsf形式のアニメーション表示時にCustom Plot機能を使えるようにしました。
- [ファイル]-[エクスポート]-[VRML]をSurface Setupウィンドウの[File]-[Export VRML]に移設しました。
- [表示]-[外部ビューワ]-[VRML]をSurface Setupウィンドウの[File]-[Open VRML Viewer]に移設しました。
- Surface Setupウィンドウの[File]-[Export VRML]のキャプションを[Export VRML & Open VRML Viewer]に変更しました。
- QM計算のログファイルを開いてから[表示]-[Winmostar Viewer]をクリックした時に、ボリュームデータを表示せずに分子構造だけを表示するように変更しました。
- Surface SetupウィンドウからWinmostar Viewerを起動しボリュームデータを表示できるようにしました。([File]-[Open Winmostar Viewer])
- プロジェクトモードのリモートジョブ実行時に、リモートサーバ上に同名のプロジェクトの作業フォルダがあった場合はリモートサーバ上で削除してから処理を開始するようにしました。
- ローカルジョブの実行時にプロジェクトファイルをロックしないように変更しました。
- IRスペクトル、LAMMPS、Gromacs、Quantum ESPRESSOの結果解析ウィンドウを複数立ち上げられるようにしました。
- GAMESSワークフロー設定ウィンドウで、Preset=Optimize+RESP Chargeを追加しました。
- GAMESS、GaussianのRESP電荷算出時に、トポロジを考慮して処理に失敗した場合は、自動的にトポロジを考慮せず計算しメッセージを表示するようにしました。
- GAMESS、GaussianのRESP電荷算出時に、プロジェクトモードではespまたはpunファイルを開くようにしました。
- GAMESSのプロジェクトモードのリモートジョブ実行時に、プロジェクト表示エリアにおいてReceive All Output Files機能を使えるようにしました。
- GAMESS、Quantum ESPRESSOのプロジェクトモードにおいて、収束しなかった構造最適化のジョブに対し継続ジョブを実行できるようにしました。
- Energy Plotウィンドウへのファイルのドラッグアンドドロップを廃止しました。
- MDの結果解析ウィンドウのCreate Group機能で、新しいグループ名はCreateボタンをクリックした後にダイアログで入力するように変更しました。
- V11.1.0において廃止したQuantum ESPRESSO NEB機能のVisualize Initial Path機能を復活させました。
- Quantum ESPRESSOチュートリアルの並び順を変更しました。
- リモートジョブ投入ウィンドウにおいて、一部のコマンドを実行するパスを変更しました。
- リモートジョブのTest Connection機能において、ジョブをサブミットするテストの待ち時間を30秒から1秒に変更しました。
- リモートジョブのTest Connection機能において、ファイル転送に失敗したら自動でリトライするようにしました。
Version 11.2.0 2022/07/15
[新機能]
- 座標表示エリアでのスピン密度の表示に対応しました。
- LAMMPSのエネルギー変化機能のCalc Ave機能において、標準偏差およびドリフト量の表示に対応しました。
- [ツール]-[分子の重ね合わせ表示]において、RMSフィッティング機能を追加しました。
- [ツール]-[分子の重ね合わせ表示]において、2構造間のRMSの表示に対応しました。
- SLURMでのジョブ投入テスト機能を追加しました。
- メインウィンドウのプロジェクト→作業フォルダ→右クリックでリモートジョブを終了できるようにしました。
[不具合修正]
- プロジェクト表示エリアでReceive All Remote Output Filesのメニュー・ボタンが一部条件で表示されない不具合を修正しました。
- プロジェクト表示エリアから作業フォルダのキーワード設定を開く際に、Quantum ESPRESSOの擬ポテンシャルの情報が適切に表示されない不具合を修正しました。
- マルチフレームのwmm, sdf, xyz, mol2ファイルを開いている際に、フレームのスキップができない不具合を修正しました。
- マルチフレームのwmmファイルを開いた際に2フレーム目以降でファイル名が空白になる不具合を修正しました。
- マルチフレームのwmmファイルを開いた際に、キーワードが空白のモデルを含む場合に範囲チェックエラーが起こる不具合を修正しました。
- 原子数の行にスペースが入っているxyzファイルを読み込めない不具合を修正しました。
- 20列以上の要素を含むxyzファイルを読み込めない不具合を修正しました。
- 各種ワークフロー設定ウィンドウのDetailsボタンでキーワード設定ウィンドウを立ち上げる際に、構造を修正する機能が立ち上がる不具合を修正しました。
- プロジェクトモードで継続元作業フォルダを選択する際に、一部条件で先に進めなくなる不具合を修正しました。
- GAMESSのプロジェクトモードにおいて、継続元作業フォルダにopt-geom、hess-dataの両ファイルがないと継続ジョブを実行できない不具合を修正しました。
- 力場割り当て機能において、同一組成で結合様式および異なる分子が同一分子に認識される不具合を修正しました。
- LAMMPS、Gromacsのアニメーション読み込みおよび最終構造読み込み処理後、ファイル名が適切に設定されない不具合を修正しました。
- LAMMPSのプロジェクトモードの継続ジョブを実行する際に、一部条件で「元ジョブの作業フォルダが見つかりません」と表示され処理が中断する不具合を修正しました。
- Gromacs, OpenMXのファイルモードのジョブが実行されない不具合を修正しました。
- OpenMXのmdファイルを開いた際にセルが読み込まれない不具合を修正しました。
- ジョブマネージャでwmpjファイルが更新されないことがある不具合を修正しました。
[仕様変更]
- プロジェクトを開いた際に、構造ファイルが見つからない時は自動で一時ファイルを開くようにしました。
- リモートジョブの際に、プロジェクト表示エリアでReceive All Remote Output Filesのメニュー・ボタンを常に表示するようにしました。
- マルチフレームxyz, wmm, axsf, mol2ファイルのReloadに対応しました。
- マルチフレームのwmmファイルを開いた際に、キーワード欄の文字列をアニメーション操作エリア内のリストに読み込むようにしました。
- アニメーションを読み込んだ際に、フレームを変えても構造の変更フラグとマークを維持するようにしました。
- アニメーション再生中に各種処理を実行した際に、アニメーションを中断してから処理を実行するようにしました。
- アニメーションを破棄し現在のフレームだけを残す機能を追加しました。([アニメーション]-[Options]-[Discard Animation])
- 各種ワークフロー設定ウィンドウのDetailsボタンでキーワード設定ウィンドウを立ち上げた際に、Importボタンを使えないようにしました。
- Energy Level Diagramウィンドウのデフォルト単位をHartreeからeVに変更しました。
- [ファイル]-[ファイルを開く]からのGAMESSのDRC計算のログファイルの読み込みを廃止しました。([QM]-[GAMESS]-[アニメーション]からは実行可能)
- [ファイル]-[上書き保存]または[名前をつけて保存]からマルチフレームのwmmファイルを保存できるようにしました。
- プロジェクトモードのローカルジョブ実行時に、Execフォルダの下にエラーのログを出力するようにしました。
- プロジェクトモードの継続元作業フォルダを選択する際に、正常終了していない作業フォルダも選択できるようにしました。
- 力場を割り当て機能のDump Now機能を利用した際に、出力したファイルを自動で開かないようにしました。
- LAMMPSワークフロー設定ウィンドウでTask=NPT(z)を追加しました。
- LAMMPSのエネルギー変化機能のCalc Ave機能において、厳密に変化しない値については標準誤差を0として出力するようにしました。
- LAMMPSのテンプレートスクリプトにおいて、最終構造のdataファイルの生成に失敗したら処理を中断するようにしました。
- 速度情報付きのgroファイルを読み込んでからLAMMPSのジョブを実行する際に、groファイルの速度を引き継ぐようにしました。
- Gromacsのテンプレートスクリプトを修正しました。
- Gromacsのgroファイルを開く際に、対応するtopファイルが存在したらtopファイルも開くようにしました。
- Gromacsのアニメーション読み込みまたは最終構造読み込み時に、力場情報を更新するようにしました。
- Quantum ESPRESSOの設定ファイル(qesetファイル)に原子種ごとの情報を保存するようにしました。
- [ツール]-[分子の重ね合わせ表示]のレイアウトを変更しました。
- リモートジョブ投入ウィンドウにおいて、過去に成功したテストと同じ設定情報の場合には自動で接続テストを実行しないようにしました。
- プロジェクトモードのリモートジョブ投入機能でSLURM,、Run、SGEのスケジューリングシステムに対応しました。
- プロジェクモードの連続ジョブのリモートジョブで何らかの理由でRECVに失敗した場合、残りのジョブも受信するようにしました。
- ジョブマネージャでコンソールウィンドウのサイズを変更できるようにしました。
[パフォーマンス向上]
- アニメーションの各種Export機能を高速化しました。
- 各種編集操作の共通前処理を高速化しました。
Version 11.1.7 2022/09/01
[不具合修正]
- ジョブの設定ウィンドウにおいてテンプレートスクリプトのNewをクリックした直後にEditボタンが有効にならない不具合を修正しました。
- プロジェクトモードにおいて界面ビルダ使用後にファイル名が空白になる不具合を修正しました。
- 力場割り当てウィンドウにおいてExceptionを2回以上実行した際にエラーが発生する不具合を修正しました。
- LAMMPSのプロジェクトモードで継続ジョブを実行できないことがある不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定ウィンドウにおいて、Propertiesのリストの値を変更した時に、一度リストからフォーカスを外さないとK_POINTSの入力欄が有効にならない不具合を修正しました。
- Quantum ESPERSSOキーワード設定ウィンドウにおいて、最初に立ち上げた際にPropertiesの値が空白になりポスト処理が適切に実行されない不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOワークフロー設定ウィンドウまたはキーワード設定ウィンドウの立ち上げ時に、擬ポテンシャルファイルの設定がリセットさせることがある不具合を修正しました。
[仕様変更]
- 起動直後のウィンドウにおいて[ファイル]-[エクスプローラで表示]を使えるようにしました。
Version 11.1.6 2022/07/27
[不具合修正]
- 64ビット版において、molファイルを読み込むか内部処理でmolファイルを介する場合に、セルがあると結合が正常に認識されない不具合を修正しました。
- プロジェクトモードで一時ファイルを開いてもプロジェクト表示エリアの表示が切り替わらない不具合を修正しました。
- a, b軸の外積とc軸の内積が負となるセルにおいて体積が正確に計算されずに一部機能が動作しない不具合を修正しました。
- Gdを含むCIFファイルの読み込みに失敗する不具合を修正しました。
- GAMESSのインストールフォルダに入力ファイルを保存した場合に実行できない不具合を修正しました。
- AkaiKKR、Phonopyを実行できない不具合を修正しました。
[仕様変更]
- 一部のアドオンの表示を変更しました。
- ローカルジョブの実行時にプロジェクトファイルをロックしないように変更しました。
Version 11.1.5 2022/07/15
[不具合修正]
- プロジェクトモードでwmpjファイルの読み書きの競合により範囲チェックエラーが発生する不具合を修正しました。
- プロジェクト表示エリアで作業フォルダを切り替えた際に、分子表示エリア上のタイトルの色が変化しない不具合を修正しました。
- 分子表示エリアのコンテキストメニューの[原子を選んで元素を変更]が正常に動作しない不具合を修正しました。
- 各種グラフ表示機能において、軸上の数値が線形の際に小数点以下の桁数が揃わない不具合を修正しました。
- 編集不可なフォーマットのファイルを開いている際に、座標表示エリアでの直接編集が反映されない不具合を修正しました。
- BoltzTraPを実行できない不具合を修正しました。(V11.1.0以降)
- 配座探索機能のRMSDでのクラスタリング時に、後半4原子が考慮されない不具合を修正しました。
- FOCUSスパコン向けのLAMMPSのテンプレートスクリプトで最終構造のdataファイルが生成されない不具合を修正しました。
- ジョブマネージャでジョブを右クリックからStopとすると、プロセス自体は終了するがWinmostarのメインウィンドウ上でRUNのままになることがある不具合を修正しました。
- ジョブマネージャでIntel版GAMESSでの終了判定が失敗することがある不具合を修正しました。
[仕様変更]
- 各種グラフ表示機能において、軸上の数値の桁数を自動調整するようにしました。
- 各種ワークフロー設定ウィンドウにおいてPresetのmodifiedフラグが適切に表示されない不具合を修正しました。
- ローカル環境にGAMESSがインストールされていない環境でも、GAMESSのリモートジョブを実行できるようにしました。
- Quantum ESPRESSOのプロジェクトモードにおいて、継続ジョブを実行する際に「系や実行環境に依存する項目を読み込みますか?」と表示される不具合を修正しました。
- プロジェクトモードのリモートジョブでジョブマネージャから右クリックでStopで強制終了させるとABORTにするようにしました。
Version 11.1.4 2022/06/17
[新機能]
- 分子表示エリアを右クリックして占有率を変更できるようにしました。
- GaussianのRESP電荷算出機能で、トポロジーを考慮せず電荷を算出する設定を追加しました。
- リモートジョブ投入機能において、[Delete Remote *.chk Before Getting Files]機能を追加しました。
- [ヘルプ]-[インストールテスト]にCNDO/Sの動作テストを追加しました。
[不具合修正]
- 一部操作において、開く、保存ダイアログが前面に出ず操作できなくなる不具合を修正しました。
- 計算キーワードで行頭に「%」を含む場合に無条件でGaussianのファイルと判定される不具合を修正しました。
- マーク原子がない状態で占有率を変更するとアドレス違反が発生する不具合を修正しました。
- プロフェッショナル版エコノミーおよび学生版において、GAMESS、LAMMPS、Quantum ESPRESSOの計算が実行できない不具合を修正しました。(V11.1.3のみ)
- 各種ワークフロー設定ウィンドウにおいて、Add Presetをクリックした際に、現在のプリセットには含まれていないがファイルとしては存在するプリセットを追加できない不具合を修正しました。
- 占有率を変更した際にマークが消える不具合を修正しました。
- [編集]-[構造をリセット]機能でファイル名が空白になる不具合を修正しました。
- 速度情報を含むgroファイルを開いている時にGromacsの力場情報が読み込まれない不具合を修正しました。
- Gromacsの力場割当でタンパク質2量体の力場割当に失敗する場合がある不具合を修正しました。
- LAMMPSの力場割当ウィンドウのDump Nowボタンでファイルが保存されない不具合を修正しました。
- ジョブマネージャでMaxCoresを超えるリモートジョブ実行中にローカルジョブが実行されない不具合を修正しました。
- LAMMPSワークフローのPresetの追加でエラーになる不具合を修正しました。
[仕様変更]
- CNDO/S実行時にbatファイルを出力しbatファイル経由でジョブを実行するように変更しました。
- Gaussianのファイルモードのリモートジョブにおいて、並列数に関する内部変数を更新するタイミングを変更しました。
- Gaussianの並列数をWinmostar内部で記憶するようにしました。
- LAMMPSワークフロー設定ウィンドウのDPD向けPresetのTimeを変更しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定ウィンドウにおいて、lspinorbの設定をAdvancedタブからSpinタブに移設しました。
- Quantum ESPRESSOのNEB計算時に出力されるbatファイルの内容を修正しました。
- Quantum ESPRESSOのプロジェクトモードにおいて、ワークフロー設定ウィンドウのDetailsボタンで詳細設定をした直後に並列数、擬ポテンシャルフォルダ、MOLファイルフォルダの情報を更新しないようにしました。
- リモートジョブ投入の[Generate fchk File Before Getting Files]機能において、fchkファイル作成後にchkファイルを維持するよう変更しました。
Version 11.1.3 2022/05/31
[新機能]
- マークした原子から指定した距離にダミー原子を追加する機能を追加しました。([編集]-[原子を追加]-[ダミー原子を指定距離に追加])
- [編集]-[グループ編集]-[グループを回転(配向を指定)]で慣性主軸を指定できるようにしました。
- 指定した分子種を他の分子に置換する機能を追加しました。([MD]-[分子を置換])
- LAMMPSのプロジェクトモードでDPD計算に対応しました。
- Quantum ESPRESSOを用いて同元素の原子に異なる初期スピン密度を設定できるようにし、反強磁性体の計算に対応しました。(Use Spin Density as starting_magnetizationオプション)
- [ヘルプ]-[インストールテスト]にMOPACとGaussianの動作テストを追加しました。
[不具合修正]
- プロジェクトを削除した際に「ファイルが見つかりません」と表示されることがある不具合を修正しました。
- [編集]-[座標軸の取り直し]-[慣性主軸に設定]、力場編集ツール、分子構造表示サブウィンドウにおいて、一部分子構造でエラーが出る不具合を修正しました。
- プロジェクトモードにおいて、ジョブ実行時にwmpjファイルがロックされていると処理が中断する不具合を修正しました。
- fchkファイルを読み込んだ後分子軌道の表示ができない不具合を修正しました。
- 界面ビルダのOutermost atomsの座標表示の不具合を修正しました。
- 界面ビルダでファイルを選んだ後にOperation for atoms outside each cellを変更してもその設定が反映されない不具合を修正しました。
- ファイルモードでLAMMPSのジョブを開始する際に出現する保存ダイアログをCancelすると、アクティブウィンドウが背面に隠れて操作できなくなる不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOのMOLファイル作成機能において、MOLファイル用フォルダを保存先に指定するとファイルが出力されない不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOワークフロー設定ウィンドウで、前に使った設定を読み込んだ直後にPseudo fileの選択肢が適切に設定されない不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOのファイルモードにおいて、pwinファイルがロックされているとプロジェクト表示エリアが更新されない不具合を修正しました。
- Control Remote Job/ServerウィンドウとSubmit Remote Jobウィンドウで、Quantum ESPRESSOの結果解析機能を選んだ時にウィンドウが背面に隠れて操作できなくなる不具合を修正しました。
- リモートジョブ投入時に、Delete Remote *.chk Before Sending Filesを有効にしてファイルを送信すると、ワーキングディレクトリではなくホームディレクトリのファイルが削除される不具合を修正しました。
- [ヘルプ]-[インストールテスト]でGAMESSの動作テストが正常に動作しない不具合を修正しました。
[仕様変更]
- プロジェクトモードで、登録グループをプロジェクト内に自動保存するようにしました。
- プロジェクトモードの連続ジョブ実行時に、各ジョブの間にwaitを入れないようにしました。
- LAMMPSキーワード設定の[Rescale box size]を[Rescale cell size]に変更しました。
- LAMMPSワークフロー設定でTemperatureの設定がRescale temperatureにも反映されるようにしました。
- LAMMPSワークフロー設定のPresetを追加しました。
- Quantum ESPRESSOのpwinファイルを開いた際に、starting_magnetizationをSpinDensityとして読み込むようにしました。
- Quantum ESPRESSOのログを要約機能で、highest occupied, lowest unoccupied levelの情報とRISM計算の情報も出力するようにしました。
- Quantum ESPRESSOのMOLファイル作成機能において、MOLファイルを生成後に自動でMOLファイルを開かないように変更しました。
- Quantum ESPRESSOの溶媒原子間相関関数、溶媒密度/エネルギー表示機能において、Uncheck Allボタンを追加しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定ウィンドウのEnter Relative Potential機能で、fcp_muの値をeV ,Rydの両方の単位で表示するようにしました。
- Quantum ESPRESSOワークフロー設定ウィンドウに汎関数の種類を表示するようにしました。
- Quantum ESPRESSOワークフロー設定ウィンドウのSpinのPolarized(ferro)をPolarized(Manual)に変更し、Polarizedを追加しました。
- Quantum ESPRESSOキーワードおよびワークフロー設定ウィンドウでK_POINTSのシフトを自動設定できるようにしました。
- Quantum ESPRESSOの作業フォルダのアクション欄でepsilon.xのログを表示できるようにしました。
- リモートジョブのプロファイルpbs_exampleのオプションにwalltimeの設定を追記しました。
- チュートリアルメニュー以下のジャンプ先のURLを一部変更しました。
Version 11.1.2 2022/05/09
[新機能]
- アニメーション操作エリアからマルチフレームのwmmファイルをエクスポートできるようにしました。
- GAMESS、LAMMPS、Quantum ESPRESSOの動作確認テスト機能を追加しました。
[不具合修正]
- 初回起動時に一部の警告ダイアログが表示されない不具合を修正しました。
- 起動時のウィンドウサイズの調整の不具合を修正しました。
- 一部状況でファイルを開いた際に範囲チェックエラーが発生する不具合を修正しました。
- アニメーション操作エリアからマルチフレームのsdf、mol2ファイルをエクスポートできない不具合を修正しました。
- プロジェクトモードでアニメーション表示中に分子構造を編集した際に、適切に処理が実行されない不具合を修正しました。
- [ファイル]-[プロジェクト]-[一時ファイルを開く]をクリックした際に、プロジェクト表示エリアが表示されない不具合を修正しました。
- 一部の編集操作でファイルフォーマットのチェックが働かない不具合を修正しました。
- IntelコンパイラのGAMESSでジョブマネージャが正しく終了判定できていない不具合を終了しました。
- ファイルモードにおいて、Quantum ESPRESSOのバンド構造表示機能で自動でラベル取得のための入力ファイルが設定されない不具合を修正しました。
- 対称性検出中にエラーが起きたQuantum ESPRESSOの出力ファイルを開いた際に、範囲チェックエラーが発生しないようにしました。
- Quantum ESPRESSOのリモートジョブの「ジョブの設定」画面で「ジョブ終了後の自動処理」を選べるようにしました。
- Remote Server ProfilesウィンドウでProfile Nameを変更した際に、プロファイルの情報が消える不具合を修正しました。
[仕様変更]
- アニメーションのReload機能でカメラアングルを変更しないようにしました。
- プロジェクトモードにおいて、LAMMPS、Quantum ESPRESSOの作業フォルダのアクションの並び順を変更しました。
- 結晶ビルダでCrystal Systemを変更した際に、Space Groupの更新が不要な場合は更新しないようにしました。
- Quantum ESPRESSOの結果解析メニュー以下の項目の並び順を変更しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定のデフォルト値を変更しました。
- Quantum ESPRESSOワークフロー設定におけるPrecisionの設定内容(tr2_ph)を変更しました。
- Quantum ESPRESSOワークフロー設定でPreset=Optimize(Atom)の際にK Points=Monkhorst-Packとするようにしました。
- ジョブマネージャのステータスをメインウィンドウと同じ色で表示するようにしました。
Version 11.1.1 2022/04/28
[新機能]
- cubeファイルを開く際に、VESTAなどの外部アプリケーションを指定できるようにしました([ツール]-[環境設定])。
[不具合修正]
- [編集]メニュー以下を操作している時に選択フラグメントが空白になる不具合を修正しました。
- 一部の編集操作で現在開いているファイルのフォーマットに適合した操作か否か判定されない不具合を修正しました。
- [編集]-[フラグメントを選択]でフラグメントを変更できない不具合を修正しました。
- プロジェクトモードにて手動で継続ジョブを作成する際に、親ジョブの出力ファイルが残る不具合を修正しました。
- GaussianのEasy SetupでOptimizeとNMRを選択して計算実行した場合、計算途中で止まる不具合を修正しました。
- Cu, F, Br, Iの単原子イオンを含む場合に力場を割り当てられない不具合を修正しました。
- ポリマーセルビルダ使用後にカメラ位置が適切に変化しない不具合を修正しました。
- LAMMPSのプロジェクトモードで、計算の正常終了前に「Coordinate (Final)」がアクションに表示される不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOのDOS、PDOS表示ウィンドウにおいて、nspin=1の時も縦軸がstate/spin/eVとなる不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOのNEB計算が流れない不具合を修正しました。
- [チュートリアル]メニューからV11のチュートリアルを閲覧できない不具合を修正しました。
[仕様変更]
- プロジェクトモードのジョブ開始時にカメラアングルを変更しないようにしました。
- [編集]-[原子を追加]-[ダミー原子をグループの幾何中心に追加]を、1原子しかグループ選択されていない場合も動作するように変更しました。
- Energy Level Diagramウィンドウの表示単位の一つをa.u.からHartreeに変更しました。
- MD計算の力場割り当て時に単原子イオンの残基名の判定に使われるファイルを変更しました。
- DPDセルビルダ、ブロックポリマービルダ、ランダムポリマービルダ、ポリマーセルビルダで、モノマー、繰り返し単位、ポリマーの数を入力する欄を廃止し、ダイアログで入力するようにしました。
- Quantum ESPRESSOのプロジェクトモードで、アクションに表示されるESM-RISM関連のボタン名を変更しました。
- Quantum ESPRESSOのプロジェクトモードで、アクションにRISM計算の1D RMSと3D RMSを追加しました。
- Quantum ESPRESSOのリモートジョブでtailを実行する際の表示行数を変更しました。
- Quantum ESPRESSOのNEBのメニューの構成を構成を変更しました。
- FOCUS向けのテンプレートスクリプトを刷新しました。
[その他]
Version 11.1.0 2022/04/15
[新機能]
- 計算の進捗およびファイルを一括管理するモード(プロジェクトモード)に対応しました。プロジェクトモードでは、複数ジョブの連続実行、入力ファイルの一括保存と任意タイミングでの実行、ローカルジョブに近い形でのリモートジョブ実行、計算エラーの検出、ワンクリックでの作業フォルダ切り替えと結果表示が可能になります。また、従来の操作方法をファイルモードとし、両者を選択できるようにしました。
- GAMESS、LAMMPS、Quantum ESPRESSOにおいて、プロジェクトモードに対応しました。
- ツールバーに[ファイル]-[ファイルをインポート]、[ファイルをエクスポート]、[編集]-[原子を移動]-[並進移動(水素付き)]のボタンを追加しました。
- 分子表示エリアでコンテキストメニューによる編集操作に対応しました。
- アニメーション表示エリアでマルチフレームのmol2ファイルを出力できるようにしました。
- アニメーション表示エリアに1つ前、1つ後のフレームに移動するボタンを追加しました。
- アニメーション表示エリアの[Options]から自己拡散係数、平均二乗変位、選択原子の変位を算出できるようにしました。
- 一部のテキスト編集ウィンドウにスクロールバーとExport機能を追加しました。
- [ファイル]-[最近使ったファイルをインポート]を追加しました。
- Samplesフォルダ内のファイルをワンクリックでインポートできるようにしました。([ファイル]-[インポート]-[Samplesファイル])
- 現在の構造に一切の変更を加えず構造をファイル出力する機能を追加しました。([ファイル]-[ファイルをエクスポート])
- 分子構造に関するロスレスの独自フォーマット(wmm)での保存・読み込み機能を追加しました。
- axsfファイルの読み込みに対応しました。
- [ファイル]-[情報を見る]において、分子構造の持つ付加情報(力場設定など)を確認できるようにしました。
- フラグメントの一覧の並び順を編集できるようにしました。(UserPref\fragment_list.txtファイル)
- 各種リモートジョブ関連機能の[Test Connection]機能において、ジョブスケジューラの動作テストを実行できるようにしました。
- QMのキーワード設定ウィンドウで設定のExport、Importに対応しました。
- QMのアニメーション表示時の、アニメーションの反転、スキップ、並進移動に対応しました。
- GAMESS、LAMMPS、Quantum ESPRESSOのログ縮約表示に対応しました。
- GAMESS、Quantum ESPRESSOキーワード設定ウィンドウにおいて、出力予定のキーワードを確認できるようにしました。([Preview]タブ)
- GAMESS, Gaussianの溶媒効果にSMDを追加しました。
- GAMESSキーワード設定ウィンドウにMP2の設定項目を追加しました。
- GAMESSキーワード設定ウィンドウに溶媒効果のIEFを追加しました。
- [MD]-[溶媒を配置/セルを構築]機能において、SMILESの入力とmol2以外のファイルの指定に対応しました。
- [MD]-[溶媒を配置/セルを構築]においてmol/Lで密度を指定できるようにしました。
- ポリマーセルビルダにおいて、初期配置でポリマーをねじるか否か設定できるようにしました。
- LAMMPSキーワード設定において、CH4状の分子が含まれている際に自動でSHAKE法を無効にするオプションを追加しました。
- LAMMPSキーワード設定において、電荷が含まれない際に自動でPPPM法を無効にするオプションを追加しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定ウィンドウにおいて、擬ポテンシャルと汎関数の種類を選択して擬ポテンシャルファイルの候補を絞れるようにしました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定ウィンドウにおいて、K_POINTSを逆空間の密度パラメータで自動設定できるようにしました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定ウィンドウにおいて、nbndを自動で設定できるようにしました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定ウィンドウにおいて、ecutrhoとecutwfcの比を設定できるようにしました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定ウィンドウにおいて、ecutwfcの推奨値を表示するようにしました。
- AkaiKKR GUIをリリースしました。
- リモートジョブ投入時に実行されたサブミット用のコマンドを確認できるようにしました。(submit_command.txt)
- [ツール]-[配座探索(Balloon)]において、候補構造のクラスタリングアルゴリズムを改良しました(二面角を使用)。
- 各種処理のログファイルをリアルタイムで可視化する機能を追加しました。([ツール]-[ログビューワ])
- ジョブマネージャを大幅に変更し、プロジェクトモードでは自動でリモートサーバにファイルの送信、取得などができるようにしました。
- ジョブマネージャの設定をリセットする機能を追加しました([ヘルプ]-[デバッグモード]を有効にした後[ヘルプ]-[ジョブマネージャをリセット]をクリック)。
- 力場編集ツールにおいてOPLS-AA電荷を計算できるようにしました。
[仕様変更]
- 一部の処理で操作対象のファイルパスにマルチバイト文字が含まれていたら警告を表示するようにしました。
- 色・半径の設定ファイル(wm_system\wmx\atoms_*.wmx)のファイル名を変更しました。atoms_new.wmx→atoms_v10.wmx、atoms_old.wmx→atoms_v4.wmx
- 共有結合半径、van der Waals半径、原子量を更新しました。
- 物理定数の値をCODATA 2018に統一しました。
- 作業ディレクトリの呼称を作業フォルダに変更しました。
- メインウィンドウのタイトルに表示するファイルパスの長さを増やしました。
- デフォルトのウィンドウサイズを変更しました。
- 各ウィンドウのキャプションを変更しました。
- ヒント(ツールチップ)の表示時間とフォントサイズを可変にしました。([ツール]-[環境設定])
- ツールバーの[CH3]、[C2H3]、[C6H5]ボタンをデフォルトで非表示にしました。
- 分子表示エリアでのフラグメント置換操作をCtrl+Shift+右クリックでもできるようにしました。
- 分子表示エリアに表示する数値の桁数を増やしました。
- 分子表示エリア内にカーソルがあるときのみホイールでズームイン/アウトするように変更しました。
- アニメーションウィンドウをメインウィンドウ内に統合しました。
- アニメーション表示エリアのグラフ内に、選択したフレームの値(エネルギーなど)を表示するようにしました。
- アニメーション表示エリアのDynamics Bondの設定をOptionsメニューの下に移設しました。
- アニメーションの再生時に変更フラグを立てないように変更しました。
- アニメーション再生中に座標表示エリアを更新するか否か設定できるようにしました。([ツール]-[環境設定])
- 第二キーワードエリアを第一キーワードエリアに統合しました。
- キーワードエリア内で、座標を記載する場所をエイリアス文字(%WM_COORD%、%WM_XYZ%、%WM_ZMAT%)で表現するようにしました。
- 座標表示エリアのデザインを変更しました。
- 座標表示エリアの幅をアプリ終了時も保存するようにしました。
- 座標表示エリアにおける座標編集時の桁数を増やしました。
- 各種グラフ表示機能の[Save csv]を[Export csv]に変更しました。
- 各種グラフ表示機能でオプション設定の表示・非表示を切り替えられるようにしました。
- デフォルトのファイルフォーマットをwmm形式に変更しました。
- 拡張子mdのファイルをxyz形式として認識するようにしました。
- 座標出力・表示形式のデフォルト値をXYZにしました。
- 保存できない形式のファイル(ログファイルなど)を編集した際に、ファイルフォーマットをwmm形式に切り替えるようにしました。
- 新規ファイル作成時にキーワードを空白とするようにしました。
- [ファイル]-[追加読み込み]を[ファイル]-[ファイルをインポート]に変更しました。
- SMILESのインポートに使うプログラムのデフォルト設定をOpenBabelからBalloonに変更しました。
- [ファイル]-[座標出力形式を切り替え]を各ソルバのキーワード設定ウィンドウに統合し、表示の切り替えは[表示]-[座標表示形式を切り替え]で行うように変更しました。
- 分子表示エリア左上に表示されていたTitleの情報を[ファイル]-[情報を見る]で表示・編集するように変更しました。
- フラグメントのリストの並び順を変更しました。
- 各種編集機能におけるセル作成機能で、[Set distance]の表記を[Set margin]に変更しました。
- [編集]-[属性を変更]を[原子の属性を変更]に変更しました。
- [編集]-[ダミー原子を追加]を[原子を追加]に統合しました。
- [編集]-[座標系の取り直し]を[座標軸の取り直し]に変更しました。
- [編集]-[セルを作成/編集]-[手動でセルを編集]の[Box Vectors]を[Lattice Vectors]に変更しました。
- [編集]-[セルを作成/編集]-[手動でセルを編集]において表示桁数を小数点以下4桁から6桁に変更しました。
- [編集]-[セルを作成/編集]-[セルを変形]において、[Move with keeping fractional coordinate]をデフォルトでTrueとするよう変更しました。
- [編集]-[密度を変更]を[編集]-[セルを作成/編集]-[セルを変形]に統合しました。
- [表示]-[回転]-[表示を回転]を[視線周りで回転]に変更しました。
- 各種ソルバのキーワード設定ウィンドウのキャプションを修正しました。
- 各種ソルバのキーワード設定ウィンドウの[Save], [Load]ボタンを[Export], [Import]に変更しました。
- 各種ソルバのキーワード設定ウィンドウの[Extending Simulation]を[Continue simulation]に変更しました。
- リモートジョブ実行時に自動で生成される内部ファイルの名称を変更しました。(winmos.o→remotejob_stdout.txt、winmos.e→remotejob_stderr.txt、winmos.x→submit_stdout.txt)
- リモートジョブのテンプレートスクリプトのヘッダにおいて、各ジョブスケジューラの並列数を指定するオプションを削除しました。
- 各種リモートジョブ関連機能の[Test Connection]機能において、エラー内容を詳細に表示するようにしました。
- [半経験QM]メニューと[QM]メニューを統合しました。
- QMの各種結果表示ウィンドウのタイトルを変更しました。
- QMの各種結果表示機能のメニューを項目ごとに分離しました。
- IRスペクトル表示ウィンドウの[Save Image]を[Export Image]に変更しました。
- MO Plotウィンドウの名称をSurface Setupウィンドウに変更しました。
- Surface Setupウィンドウにおいて、Draw StyleとTransparencyのデフォルト設定を変更しました。
- Surface Setupウィンドウの[Save VRML]を[Export VRML]に変更しました。
- IRCのアニメーションの結合機能を、アニメーション表示エリアの[Tools]-[Append Trajectory]に移設しました。
- QMのログファイル読み込み時に、双極子モーメントの値を分子表示エリア内に表示するようにしました。
- GAMESS、FDMNESのデフォルトプログラムパスを変更しました。
- GAMESS, Gaussian, NWChemのログファイルを開いた際に、SCF、Opt計算が収束していない場合はMO、電荷、Dipoleを表示しないようにしました。
- GAMESS, Gaussian, NWChemのEasy Setupウィンドウを開く際に、Keywords Setupウィンドウの内容を反映するようにしました。
- MOPACのデフォルトのキーワードをUserPrefフォルダのinit.datではなくmopac_default.wmxで設定するように変更しました。
- [QM]-[GAMESS]-[punchファイルから読み込み]-[$VECを読み込み]、[$HESSを読み込み]をそれぞれGAMESSキーワード設定ウィンドウの[Import $VEC]、[Import $HESS]に移設しました。
- GAMESSキーワード設定ウィンドウにおいて、デフォルト設定からNPUNCH=0, DAMPを削除しました。
- GAMESSキーワード設定ウィンドウにおいて、単分子かつ6原子以上の場合、$CONTRLのNZVAR、$ZMATのDLC及びAUTOを設定するよう変更しました。
- GAMESSキーワード設定ウィンドウにおいて、$BASISのothers欄、$FORCE欄、$PCMのICAV及びTABS欄を追加しました。
- Gaussianキーワード設定ウィンドウにおいて、SCF及びNMR欄を追加しました。
- Gaussianキーワード設定ウィンドウにおいて、各種キーワード項目の配置を変更しました。
- GAMESSキーワード設定ウィンドウにおいて、IRCの点数のデフォルト値を40から20に変更しました。
- GAMESSのリモートジョブ実行時に設定ファイル(conf.sh)を生成・転送するようにしました。
- NWChemEasy Setup設定ウィンドウにおいて、TDDFT選択時の設定キーワードからcisを削除しました。
- 複数種類の電荷を持つ構造でMD計算を実行した際に参照される電荷の優先順位を、User>NBO>Mulliken>Lowdin>ESPに変更しました。
- Gromacsのツールを使用する結果解析機能において、単精度/倍精度の切り替えをGromacsキーワード設定ウィンドウではなく[ツール]-[環境設定]で行うように変更しました。
- [MD]-[溶媒を配置/セルを構築]機能において、[Add mol2 file]を[Add file]に統合しました。
- [MD]-[手動で電荷を割り当て]の[acpypeを使用]、[GAMESSを使用]をそれぞれ[AM1-BCC電荷]、[RESP電荷]に変更しました。また、[Gasteiger電荷]を追加しました。
- ポリマー関連機能のモノマー(Monomer)という表記を繰り返し単位(Repeat unit)に変更しました。
- 各種ポリマービルダのレイアウトを変更しました。
- 各種ポリマービルダの[Display]ボタンをクリックした際に、メインウィンドウではなく別ウィンドウに構造を表示するように変更しました。
- ポリマーセルビルダと[MD]-[溶媒を配置/セルを構築]機能のレイアウトを統一しました。
- ポリマーセルビルダの実行時にmol2ファイルを保存させないようにし、処理のやり直しをできるようにしました。
- ランダムポリマービルダ、ポリマーセルビルダにおいて、デフォルトで乱数のシードを固定するようにしました。
- [MD]-[ポリマー]-[繰り返し単位登録]で、繰り返し単位の名前をOKボタンを押した後に入力するように変更しました。
- Gromacs, MODYLAS, Amber, OpenMXの標準出力ファイルの拡張子をstdoutに変更しました。
- Gromacs, LAMMPSキーワード設定ウィンドウでプリセットを拡充し、デフォルトで選択されるプリセットを変更しました。
- LAMMPSのdataファイルの中に力場の種類をコメントで記載するようにしました。
- LAMMPSの最終構造のdataファイルの作成方法を変更しました(Atomsセクション以前を開始構造のdataファイルからコピーする)。
- ローカルジョブで使用するLAMMPSのバイナリが見つからない場合は、lmp_serialに加えlmp_mpiも検索して使用するようにしました。
- DPDセルビルダの[Save], [Load]を[Export], [Import]に変更しました。
- [固体]-[結晶ビルダ]のデザインを変更しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定ウィンドウにesm_w、alpha_mix、cell_dynamics=damp-wを追加しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定ウィンドウのPhononタブにおいて、項目のキャプションを実際のキーワードにしました。
- Quantum ESPRESSOにおけるMOLファイル、擬ポテンシャルファイルのフォルダの設定を、[ツール]-[環境設定]でも設定できるようにしました。
- Quantum ESPRESSOのNEB実行機能のレイアウト、ファイル構成を変更しました。(旧形式の利用を希望の方にはV10のライセンスを発行します)
- Quantum ESPRESSOのNEB機能のファイル読み込み時のライセンスチェックをその他のQuantum ESPRESSO関連機能に合わせました。
- Quantum ESPRESSOのion_dynamics=dampのログから取得する最終構造を、End final coordinatesの後の構造とするようにしました。
- [ツール]-[環境設定]のレイアウトを変更しました。
- [ツール]-[環境設定]-[計算]-[AmberToolsで計算する電荷を自動調整]のデフォルトをTrueに変更しました。
- [ツール]-[構造式を入力]を[ファイル]-[インポート]-[構造式]でも実行できるようにしました。
- [ツール]-[配座探索(Balloon)]において、探索後の構造を別ウィンドウで選択するようにしました。
- [ツール]-[配座探索(Balloon)]の実行時に、座標以外の情報を変更しないようにしました。
- [ツール]-[分子表面積、体積]、[アスペクト比]、[慣性半径]において、解析結果をダイアログで表示するようにしました。
- [ツール]-[分子の重ね合わせ表示]の[Save SDF]を[Export SDF]に変更しました。
- リモートジョブ投入ウィンドウのEdit Profileウィンドウのレイアウトを変更しました。
- リモートジョブ投入ウィンドウでリモートサーバ上のジョブ一覧を表示する際に、ユーザ名を含む行以外も表示するようにしました。
- リモートジョブ投入ウィンドウのgrep機能で対象とするジョブのログファイルだけを処理するように変更しました。
- リモートジョブ投入ウィンドウの[Job]-[Get Remote File and…]機能で、ファイルの転送前にリモートサーバ上のファイル有無の確認と、ローカルマシン上の同名のファイルを削除を実行するようにしました。
- ファイルモードのリモートジョブ実行時にwinmos_ftp.txtを出力しないようにしました。
- コマンドラインから実行した際に、選択肢のあるダイアログが出現したら自動的に最初の選択肢を選んで先に進むように変更しました。
- コマンドラインから実行してgjf形式で保存する際に、座標出力形式(XYZまたはZ-Matrix)は表示形式に従うように変更しました。
- コマンドラインから実行して分子体積・表面積、アスペクト比、慣性半径を計算した際に、コンソール上に計算結果を表示するようにしました。
- Winmostar Job Managerのレイアウトを変更しました。
- Winmostar Viewerのデフォルト背景色を白に変更しました。
- Winmostar Viewer起動時に、呼び出し元のWinmostarの遠近法設定を引き継ぐように変更しました。
- Winmostar ViewerのRepresentationsウィンドウのデザインを変更しました。
- Winmostar Unitsの圧力の単位にkbarを追加しました。
- Samples\water_liquid.dataのデータを再作成しました。
[不具合修正]
- 出力途中のQuantum ESPRESSOのBOMDの出力ファイルを読み込んだ際に範囲チェックエラーが発生することがある不具合を修正しました。
[廃止された機能]
- p2n形式の対応を廃止しました。
- [ファイル]-[テキストエディタで開く]での内製エディタによるテキスト編集機能を廃止しました。
- 各種ソルバのキーワード設定ウィンドウの[Make a backup of working directory]の設定を廃止し、常にTrueとなるようにしました。
- MOPACのrm1.rm1ファイルの自動配置機能を廃止しました。
- GAMESSキーワード設定ウィンドウにおいて、NODES(Firefly)欄を廃止しました。
- GAMESSのFMO関連機能を廃止しました。(将来再対応予定)
- MOSF関連機能を廃止しました。
- プロフェッショナル版エコノミーにおいてUFF力場、GAFF2力場、ポリマービルダの対応を廃止しました。
- [MD]-[手動で電荷を割り当て]-[マニュアル入力]を廃止しました。([編集]-[属性を変更]-[電荷/スピンを変更]、[編集]-[電荷を編集]に統合)
- 旧仕様の界面ビルダを廃止しました。
- LAMMPSキーワード設定ウィンドウの[Save as default]を廃止しました。
- LAMMPSキーワード設定ウィンドウの[Calculate as rigid body]を廃止しました。(将来再対応予定)
- Amberのサポートを廃止しました。(将来再対応予定、デバッグモードでは使用可能)
- エコノミーまたは学生版ライセンスでFDMNESの対応を廃止しました。
- 旧仕様のスーパーセル作成機能を廃止しました。
- [固体]-[表面を切り出し]を廃止しました。([固体]-[スラブを作成]に統合、デバッグモードでは使用可)
- [固体]-[真空層を挿入]を廃止しました。([編集]-[セルを作成/編集]-[セルを変形]および[固体]-[スラブを作成]に統合、デバッグモードでは使用可)
- CONFLEX関連機能を廃止しました。
- puttyを使用したリモートジョブ接続機能を廃止しました
- リモートジョブ投入機能においてt2sub、llsubmit、Sharetask、NSUB、Rescaleの対応を廃止しました。(将来再対応予定です)
- [ツール]-[batファイル連続実行]を廃止しました。
Winmostar V10
Version 10.8.4 2022/10/01
[不具合修正]
- Quantum ESPRESSOのNEB計算をリモートジョブで実行する際に、入力ファイルの改行コードがCRLFとなり一部環境で計算が実行できない不具合を修正しました
Version 10.8.3 2022/05/31
[不具合修正]
- Cu, F, Br, Iの単原子イオンを含む場合に力場を割り当てられない不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOのDOS、PDOS表示ウィンドウにおいて、nspin=1の時も縦軸がstate/spin/eVとなる不具合を修正しました。
- リモートジョブ投入時に、Delete Remote *.chk Before Sending Filesを有効にしてファイルを送信すると、ワーキングディレクトリではなくホームディレクトリのファイルが削除される不具合を修正しました。
[仕様変更]
- MD計算の力場割り当て時に単原子イオンの残基名の判定に使われるファイルを変更しました。
Version 10.8.2 2022/04/08
[不具合修正]
- コマンドプロンプトから-lammpsオプションを使用する際に、一部ファイル形式を読み込めない不具合を修正しました。
- コマンドプロンプトから-lammpsオプションを使用する際に、設定ファイル(lmpsetファイル)を読み込めない不具合を修正しました。
- コマンドプロンプトから-lammpsオプションを使用する際に、存在しない設定ファイルを指定したらPreset=Minimize(fast)で計算が流れる不具合を修正しました。
- コマンドプロンプトから起動して力場を割り当てる際に、単原子イオンを含む場合に処理が正常終了しない不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOのIRラマン振動スペクトルのベクトル表示時にセルおよび結合が適切に描画されない不具合を修正しました。
[仕様変更]
- [ファイル]-[エクスポート]-[SMILES]において、水素の補完をする・しないを選べるようにしました。
- コマンドプロンプトから起動する際に、情報ダイアログを表示しないようにしました。
- NWChemのNEBのリモートジョブ実行の後の出力ファイルの取得でxyzファイルとepathファイルも取得するようにしました。
Version 10.8.1 2022/02/21
[不具合修正]
- 一部のウィンドウの表示時に“... is not a valid component name.“というエラーが表示される不具合を修正しました。
- JM(Windows)を使用したLAMMPSのリモートジョブ実行で実行できないことがある不具合を修正しました。
[仕様変更]
- Cygwinを使う処理においてマルチバイト文字を含むパスが処理対象の場合に警告を出すようにしました。
- 計算用のbatファイルをダブルクリックで実行したときに、実際に実行するか確認するようにしました。
Version 10.8.0 2022/01/04
[不具合修正]
- [編集]-[周期境界条件に基づき原子を再配置]-[原子単位で再配置された構造を元に戻す]で周期的に結合されている分子は変更しないようにしました
- 分子軌道表示において、軌道の境界近くの表示が乱れる不具合を修正しました(V10.6.4以降)。
- 占有率と対象操作が同時に記述されているCIFファイル読み込み時に、最初に出現する非対称要素の分のみ占有率が考慮されない不具合を修正しました。
- フォルダを選択する各種ダイアログにおいて、デフォルトで選択されているフォルダまでスクロールされない不具合を修正しました。
[仕様変更]
- CIFファイル読み込みにpymatgenを使用するように変更しました。
- 対象操作が記述されていないCIFファイルの読み込み時に、空間群の情報から対象操作を推測するように変更しました。
- アニメーションウィンドウ使用中の座標表示エリア更新有無設定について、全てのソルバで共通化するように変更しました。
Version 10.7.5 2022/04/08
[不具合修正]
- コマンドプロンプトから-lammpsオプションを使用する際に、一部ファイル形式を読み込めない不具合を修正しました。
- コマンドプロンプトから-lammpsオプションを使用する際に、設定ファイル(lmpsetファイル)を読み込めない不具合を修正しました。
- コマンドプロンプトから-lammpsオプションを使用する際に、存在しない設定ファイルを指定したらPreset=Minimize(fast)で計算が流れる不具合を修正しました。
[仕様変更]
- [ファイル]-[エクスポート]-[SMILES]において、水素の補完をする・しないを選べるようにしました。
- コマンドプロンプトから起動する際に、情報ダイアログを表示しないようにしました。
Version 10.7.4 2022/02/21
[不具合修正]
- 一部のウィンドウ内のリストで項目が二重に表示される不具合を修正しました。
- グラフ表示機能の[Options]-[Calc Average]を複数回実行した際に、不要なデータが出現する不具合を修正しました。
- グラフ表示機能において、全てのポイントがx方向にソートされてから描画される不具合を修正しました。
- アニメーションのCustom Plot機能において、X軸の設定が適切に切り替わらない不具合を修正しました。
- LAMMPSキーワード設定のReset positions of restrained atoms after runが有効に働かない不具合を修正しました。(リモートジョブのテンプレートスクリプトを使用している場合はテンプレートスクリプトの再作成が必要です。)
- LAMMPSを一部環境で並列実行できない不具合を修正しました。(リモートジョブのテンプレートスクリプトを使用している場合はテンプレートスクリプトの再作成が必要です。)
- JM(Windows)を使用したLAMMPSのリモートジョブ実行で実行できないことがある不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOの状態密度機能において、Shift origin to EfermiがチェックされているとRangeが不適切となる不具合を修正しました。
[仕様変更]
- LAMMPS実行時にLAMMPS本体に入力ファイルを標準入力ではなく-inオプションで与えるように変更しました。
Version 10.7.3 2022/01/04
[不具合修正]
- 6文字以上の残基名を含む状態においてgro形式で保存すると、不正なフォーマットとなる不具合を修正しました。
- 力場編集ツールにおいて、2種類目以降の分子種に対し[Export top file]ボタンをクリックするとアドレス違反が発生する不具合を修正しました。
- 界面ビルダで電荷が保存されないことがある不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOのConstraint MDの出力ファイルの読み込みに失敗することがある不具合を修正しました。
[仕様変更]
- 6文字以上の残基名を含む状態においてgro形式で保存すると、残基名を自動的に修正するようにしました。
Version 10.7.2 2021/12/01
[不具合修正]
- Quantum ESPRESSOキーワード設定ウィンドウのPropertiesタブにおいて、Valuesに加えた変更のうち最後に入力したもの以外が反映されない不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOの各種結果解析ウィンドウで、解析条件を変更しても再解析されない不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOのDOS表示ウィンドウで、表示範囲を調整できない不具合を修正しました。
[仕様変更]
- Gromacsのローカルでの並列計算で、Thread-MPIとOpenMPの並列度を個別に設定できるようにしました。
- Quantum ESPRESSOのPhonon Band, Phonon DOS表示ウィンドウで、計算済みのファイルから設定を読み込むようにしました。
Version 10.7.1 2021/11/10
[新機能]
- xyz形式の保存時に、5列目に残基番号を出力するオプションを環境設定に追加しました。
- 分子ごとに異なる残基番号を割り当てる機能を追加しました。([編集]-[原子/結合の自動調整]-[分子毎に異なる残基番号を割り当て])
[不具合修正]
- グループ選択時にメインウィンドウの描画が重くなる不具合を修正しました。
- NWChemキーワード設定ウィンドウでECPが指定されていた場合、Cubeファイルが作成できない不具合を修正しました。
- ESP(Population Charge)/Surfaceのcubeファイルが作成できない場合がある不具合を修正しました(V10.6.1以降)。
- アニメーション再生が遅くなる不具合を修正しました(V10.6.0以降)。
- アニメーション終了後座標表示エリアが更新されない不具合を修正しました。
[仕様変更]
- XYZ形式の読み込み時に、5列目の値を残基番号として認識するようにしました。
- DPD計算時に座標表示エリアにおいて元素名を簡略化して表示するようにしました。
Version 10.7.0 2021/10/1
[新機能]
- Gromacsキーワード設定ウィンドウにおいて、topファイルを開く機能を追加しました。([Options]-[Open top file])
- LAMMPSキーワード設定ウィンドウでログの表示桁数を増やす設定を追加しました。([Output]-[Print log in high precision])
- Quantum ESPRESSOキーワード表示ウィンドウにおいて、選択した擬ポテンシャルファイルの汎関数、擬ポテンシャルタイプ、相対論の表示に対応しました。
- Winmostar Unit Converterに項目を追加しました。
[不具合修正]
- GAMESS使用時に、同時に同じファイル名のジョブを流せない不具合を修正しました。
- NWChemキーワード設定ウィンドウにおいて、Basis Exception設定が反映されない不具合を修正しました。
- NWChemキーワード設定ウィンドウのBasisにExceptionもしくはSphericalが指定されていた場合、Cubeファイルが作成できない不具合を修正しました。
- [溶媒を配置/セルを構築]機能で4サイト、5サイト水モデルを配置できない不具合を修正しました。
- Dreiding割り当て時に、dihedralがないがimproperがある分子においてimproperが出力されない不具合を修正しました。
- GromacsでDreiding、UFFを選択した際に1-4相互作用が計算されない不具合を修正しました。(高分子などの計算において特に影響があります)
[仕様変更]
- フラグメント登録する際に保存されるwmyファイルの書式を変更しました。
- OpenSCADのプログラムパスを環境設定ウィンドウで設定するように変更しました。
- UPF以外の拡張子のQuantum ESPRESSOの擬ポテンシャルファイルを読み込まないように仕様変更しました。
- ランダムポリマービルダで予め異なるモノマー配列のポリマーを複数作成し、ポリマーセルビルダーではランダムにそれらの中からポリマーを選択するようにしました。
- Gromacsのエネルギー変化機能におけるエネルギーの表示桁数を増やしました。
- GromacsでUFFのimproperの計算が初期座標に依存しないようにjkl粒子の順番を自動調整するようにしました。
- LAMMPSのローカルジョブ実行時におけるLAMMPSバイナリの取得方法を変更しました。
- [ツール]-[環境設定]-[計算]-[AmberToolsで計算する電荷を自動調整]のデフォルト設定をONに変更しました。
- コマンドラインから起動してアスペクト比計算機能を利用する際に、コンソール上に計算結果を表示するようにしました。
[パフォーマンス向上]
- GaussianのFchkファイル読み込みを高速化しました。(V10.0.0比で5~10倍程度)
- 力場割り当て処理の高速化しました。(3~4秒程度短縮)
Version 10.6.4 2021/11/10
[不具合修正]
- 一部のダイアログが閉じた後にアプリケーション全体のフォーカスが失われる不具合を修正しました。
- [選択]-[登録グループをndxファイルに書き出し]において、登録グループがない場合にも処理が完了してしまう不具合を修正しました。
- NWChemキーワード設定ウィンドウでECPが指定されていた場合、Cubeファイルが作成できない不具合を修正しました。
- ESP(Population Charge)/Surfaceのcubeファイルが作成できない場合がある不具合を修正しました(V10.6.1以降)。
- 一部のウィンドウがメインウィンドウの[ウィンドウ]メニューで適切に選択できない不具合を修正しました。
Version 10.6.3 2021/10/1
[不具合修正]
- NWChemキーワード設定ウィンドウにおいて、Basis Exception設定が反映されない不具合を修正しました。
- NWChemキーワード設定ウィンドウのBasisにExceptionもしくはSphericalが指定されていた場合、Cubeファイルが作成できない不具合を修正しました。
- [溶媒を配置/セルを構築]機能で4サイト、5サイト水モデルを配置できない不具合を修正しました。
Version 10.6.2 2021/9/1
[不具合修正]
- X原子(ダミー原子)を含むフラグメントで置換するとZ原子になる不具合を修正しました
- [編集]-[周期境界条件に基づき原子を再配置]において、自動で結合情報を再生成しないようにしました。
- ポリマービルダでHead to Tail/Head to Headのチェックボックスが反映されない不具合を修正しました(V10.6.0以降)
Version 10.6.1 2021/8/3
[新機能]
- XYZアニメーションファイルの読み込みに対応しました。
[不具合修正]
- GAMESSの構造最適化計算が1サイクルで終了したログファイルを読み込むと、電荷及び双極子モーメントが表示されない不具合を修正しました。
- Gromacs, LAMMPSの力場を割り当て機能において重水素の確認が不十分である不具合を修正しました。
- GaussianのEasy Setupウィンドウにおいて、ハミルトニアンでB3LYP-D3、計算方法でOptimize及び(IR/Raman、TDDFT、NMR)を選択した場合、後半の計算がエラーで止まる不具合を修正しました。
- [MD]-[Gromacs]-[最終構造を読み込み]で、水分子などの結合がなくなる不具合を修正しました。
- [固体]-[真空層の挿入]で境界付近に原子がある場合の不具合を修正しました。
[仕様変更]
- 「*(アスタリスク)」が含まれたSMILESを読み込んだ際にアスタリスクを水素に変換するようにしました。
- パフォーマンス向上
- MO PlotウィンドウのMO表示を約2.5倍高速化しました。
Version 10.6.0 2021/7/1
[新機能]
- 各種グラフにおいて、ポインタ位置の座標を表示できるようにしました。
- [選択]-[選択記述言語によるグループ選択]で、座標範囲の指定によるグループ選択に対応しました。
- 原子の分率座標を変更を変更する機能を追加しました。([編集]-[原子を移動]-[分率座標を変更])
- マークした原子を水素原子ごと並進移動する機能を追加しました。([編集]-[原子を移動]-[並進移動(水素付き)]、Alt+ドラッグ)
- 選択グループの電荷を平均化する機能を追加しました。([編集]-[グループ編集]-[グループの電荷を平均化])
- グループ内の隣接原子間で結合を生成する機能を追加しました。([編集]-[グループ編集]-[グループ内の隣接原子間に結合を生成])
- [編集]-[フラグメントで置換]において、グループ選択された各原子に対する一括操作に対応しました。
- [編集]-[電荷の編集]メニューで全電荷を表示、調整できるようにしました。
- ミラー指数で視線の方向を指定する機能を追加しました。([表示]-[表示方向を変更]-[ミラー指数を入力])
- 視線を反転する機能を追加しました。([表示]-[表示方向を変更]-[反転])
- a, b, c軸方向に視線を変更する機能を追加しました。([表示]-[表示方向を変更]-[a/b/c軸])
- 数値を指定して視線周りに視野を回転する機能を追加しました。([表示]-[回転]-[表示を回転(数値を指定)])
- LAMMPSキーワード設定において、Spring potentialによる位置拘束に対応しました。(プロフェッショナル版プレミアムのみ)
- [ツール]-[単位を変換]に表面張力を追加しました。
- コマンドラインからの起動でAM1-BCC電荷の割り当てに対応しました。(-am1bcc)(プロフェッショナル版プレミアムのみ)
- コマンドラインからの起動でSMILESの読み込みに対応しました。(-smiles, -smilesbabel, -smilesballoon)(プロフェッショナル版プレミアムのみ)
- コマンドラインからの起動でGromacsおよびLAMMPSの入力ファイルの作成に対応しました。(-gromacsfile, -lammpsfile)(プロフェッショナル版プレミアムのみ)
[不具合修正]
- [QM]-[GAMESS]-[結果解析]-[RESP電荷]において、「分子構造的に等価な原子に同じ電荷を割り当てますか?」と聞かれた際に「いいえ」を選んだ場合、計算に使用した入力ファイルをメインウィンドウで開いていないと正常に電荷が割り当てられない不具合を修正しました。
- GAFF, GAFF2, OPLS-AA/L+GAFFで力場を割り当てる際に、割り当て前の電荷の最終桁が変更される不具合を修正しました。
- LAMMPSキーワード設定ウィンドウのManual Entryを編集しOKまたはRunボタンをクリックした後、再度ウィンドウを立ち上げるとManual Entryの内容がリセットされる不具合を修正しました。
[仕様変更]
- 分子表示エリアでの電荷などの表示で文字の背景を白抜きにするようにしました。
- 規格外のPDBファイルを開いた際の元素名(13-16文字目)の識別方法を変更しました。
- MOLファイル読み込み後の、結合長の調整と水素原子補完の自動実行のON/OFFを切り替えられるようにしました。([ツール]-[環境設定]-[基本]-[ChemDrawのMOL形式を読み込み後結合長と水素を自動調整])
- 出力される一部のファイルの中に、Winmostarのバージョンを記載するようにしました。
- グループ選択時に[編集]-[原子を移動]-[並進移動]を使用した際に、グループ全体を並進移動するようにしました。
- 単原子イオンに力場を割り当てる際の、単原子イオンの残基名を変更しました。
- LAMMPSキーワード設定ウィンドウにおいて、メタン状の分子が含まれている際に自動でSHAKE法を無効にするオプションを追加しました。
- LAMMPSキーワード設定ウィンドウにおいて、系が電荷を含まない際にPPPM法を無効にするオプションを追加しました。
- 力場を割り当て機能のExceptionで指定したグループに結合がある場合は、係数0でbondポテンシャルの情報を出力するようにしました。
- 力場割り当て時の一時フォルダの名前を変更しました。
- ポリマービルダで作成するポリマーは常に二面角180度で作成するようにしました。また、ポリマーセルビルダでポリマーを挿入する際にモノマー間の二面角をランダムに変更するようにしました。
- [ツール]-[配座探索]において、RMSDではなくDihedralを用いて構造をクラスタリングするようにしました。
- リモートジョブのテンプレートスクリプトの冒頭部にdateコマンドを追加しました。
- コマンドラインからの起動でRESP電荷を割り当てる際に、電荷の値を引数で与えるようにしました。
Version 10.5.5 2021/9/1
[不具合修正]
- X原子(ダミー原子)を含むフラグメントで置換するとZ原子になる不具合を修正しました。
- MOPAC Easy Setup機能のScan設定において、一部条件下でエラーが発生する不具合を修正しました。
- 原子数100000以上のgroファイルを保存するとフォーマットが不正になる不具合を修正しました。
- LAMMPSの距離/角度/二面角分布が動作しない不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOのNudged Elastic Bandキーワード設定において、[Optimize first & last configurations]の設定が無視されていたため、廃止しました。
- FOCUSスパコン用のリモートジョブプロファイルでsqueuesを実行できない不具合を修正しました。
Version 10.5.4 2021/8/3
[不具合修正]
- [ファイル]-[インポート]-[SMILES]で[Use Balloon]にチェックを入れた際に、処理に失敗しても正常した旨のメッセージが表示され分子構造が更新されない不具合を修正しました。
- GAMESSの構造最適化計算が1サイクルで終了したログファイルを読み込むと、電荷及び双極子モーメントが表示されない不具合を修正しました。
- GaussianのEasy Setupウィンドウにおいて、ハミルトニアンでB3LYP-D3、計算方法でOptimize及び(IR/Raman、TDDFT、NMR)を選択した場合、後半の計算がエラーで止まる不具合を修正しました。
- [MD]-[Gromacs]-[最終構造を読み込み]で、水分子などの結合がなくなる不具合を修正しました。
- [固体]-[真空層の挿入]で境界付近に原子がある場合の不具合を修正しました。
Version 10.5.3 2021/7/1
[新機能]
- Energy Level Diagramウィンドウにおいて、HOMO及びLUMOエネルギー表示を追加しました。
- UV-Visスペクトルウィンドウにおいて、選択したピークの励起配置の表示を追加しました。
[不具合修正]
- セルを変形、周期境界条件に基づき原子を再配置、密度を変更、グループを並進移動(数値を指定)、グループを回転(数値を指定)、界面ビルダ、スラブを作成、スーパーセルを作成、格子を変換機能において、Z-Matrixが更新されない不具合を修正しました。
- GAMESSのEasy Setupウィンドウにおいて、cc-pV*Z系基底関数の指定がSetupウィンドウのキーワードに反映されない不具合を修正しました。
- GAMESSのSetup及びEasy Setupウィンドウにおいて、基底関数の選択肢でECPを選択した後、再度選択肢からECP以外を選択した場合、SetupウィンドウにECPキーワード設定が残る不具合を修正しました。
- OPLS-AA/L+GAFF力場でLAMMPSの実行に失敗する不具合を修正しました。(V10.5.0以降)
- 一部のmol2ファイルを読み込んだ状態でGAFF, GAFF2, OPLS-AA/L+GAFFの割り当てができない不具合を修正しました。
- ポリマービルダ使用後GAFF, GAFF2, OPLS-AA/L+GAFFの割り当てができない不具合を修正しました。(V10.5.0以降)
[その他]
- FOCUSスパコン用LAMMPS, GAMESSのテンプレートを更新しました。
Version 10.5.2 2021/6/1
[不具合修正]
- 1万原子以上のファイルの読込中にマウス操作するとフリーズする場合がある不具合を修正しました。
- GAMESSキーワード設定ウィンドウにおいて、$PCMのSOLVNTを変更するとエラーメッセージが出る不具合を修正しました。
- Gaussianキーワード設定ウィンドウにおいて、[Save As Default]-[Clear Default Setting]をクリックすると、GAMESSのデフォルト設定が上書きされてしまう不具合を修正しました。
- Gaussianのアニメーション表示機能において、V10.1.4以降でIRC及びADMP計算結果が表示されない不具合を修正しました。
- MOPAC, GAMESS, NWChem, Gaussianのアニメーションウィンドウが開いた状態でジョブを開始すると、開いているアニメーションファイルが出力された際のジョブが再度実行されてしまう不具合を修正しました。
[仕様変更]
- MOPAC, GAMESS, NWChem, Gaussianのアニメーションウィンドウが開いた状態でジョブを開始する際に、保存ダイアログを開く前にアニメーションウィンドウを自動で閉じるように変更しました。
[その他]
- FOCUSスパコン用Quantum ESPRESSOのテンプレートを更新しました。
Version 10.5.1 2021/5/10
[不具合修正]
- 一部のグラフの表示範囲が不適切となる不具合を修正しました。
- [MD]-[分子を挿入]機能が起動しない不具合を修正しました。
- [MD]-[自動で電荷を割り当て]および[手動で電荷を割り当て]-[マニュアル入力]においてやり直しができない不具合を修正しました。
- Gromacs結果解析の距離/角度/二面角分布機能において、ndxファイルに同じ名前のグループが複数登場する際に処理が中断する不具合を修正しました。
- 単原子の場合、アスペクト比が正しく計算されない不具合を修正しました。
[仕様変更]
- [編集]-[座標系の取り直し]-[x/y/z軸を反転]をの仕様を変更し、[編集]-[座標を反転/キラリティ]-[x/y/z軸方向に座標を反転]と[編集]-[座標を反転/キラリティ]-[a/b/c軸方向に座標を反転]にしました。
- サブウィンドウにおける分子表示エリアで、Shift+ドラッグでの視線平行移動に対応しました。
- [編集]-[セルを作成/編集]-[セルを変形]において、初期状態でのカメラ方向を修正しました。
- [選択]-[グループを登録]において、デフォルトのグループ名を組成名にしました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定ウィンドウのレイアウトを微修正しました。
- FDMNESのXANESスペクトル表示機能において、グラフのデフォルトの表示範囲を修正しました。
- [ツール]-[構造式を入力]機能において、JSMEからMOL形式を使わずSMILES形式で分子構造を生成するようにしました。
- [ツール]-[構造式を入力]機能において、分子構造の生成にOpenBabelかBalloonを選べるようにしました。
Version 10.5.0 2021/4/1
[新機能]
- 重水素を含む分子のmol2ファイルの読み込みと保存に対応しました。
- 各種グラフ表示機能にcsvファイルを保存する機能を追加しました。([Options]-[Save csv])
- 選択した原子の置かれたサイトの占有率を変更する機能を追加しました。([編集]-[属性を変更]-[占有率を変更])
- 選択した原子の電荷・スピン密度を等倍する機能を追加しました。([編集]-[属性を変更]-[電荷/スピンを変更]-[Scale])
- 複数の登録グループを結合して天地する機能を追加しました。([選択]-[グループを結合して転置])
- [選択]-[選択記述言語によるグループ選択]において、%演算子(mod)に対応しました。
- [表示]-[表示項目]-[両端に複製されたセル境界上の原子]から、セル境界上の原子の表示方法を切り替えられるようにしました。
- 重水素を含む分子のDreiding力場の割当に対応しました。
- Gromacsのトラジェクトリファイル(xtc)の各構造に対しエネルギーのみを再計算する機能を追加しました。([MD]-[Gromacs]-[キーワード設定]-[Options]-[Rerun from xtc…])
- [MD]-[Gromacs]-[結果解析]-[距離/角度/二面角分布]において、任意のangle typeの角度、二面角の分布を算出できるようにしました。
- [MD]-[Gromacs]-[結果解析]-[距離/角度/二面角分布]において、二面角のChandler相関関数を算出できるようにしました。
[不具合修正]
- [ファイル]-[インポート]-[SMILES]においてOpenBabelにチェックを入れた際に、生成された構造に対してAcpypeを利用した電荷を割り当てられない不具合を修正しました。
- 一部条件で[力場を割り当て]ウィンドウが表示されない不具合を修正しました。
- [MD]-[Gromacs]-[結果解析]-[距離/角度/二面角分布]において、同一分子内の原子が結合していない配置の場合に、適切に距離、角度または二面角が計算されない不具合を修正しました。
- Gromacsキーワード設定ウィンドウで[Enable double precision]にチェックを入れている際に、結果解析機能のRMSD、慣性半径計算機能が作動しない不具合を修正しました。
- Gromacsの結果解析機能において、一部条件で各分子種ごとのグループを選択できない不具合を修正しました。
- Winmostar JM(Job Manager)が起動後最初に実行したbatファイルが置かれたフォルダをロックする不具合を修正しました。
[仕様変更]
- 各種グラフ表示機能において、小数点より上に3桁おきにコンマを表示しないようにしました。
- [編集]-[電荷を編集]ウィンドウをリサイズできるようにしました。
- [選択]-[グループを登録]を実行した際に、プログラム内部で原子のインデックスをソートするように変更しました。
- MOPAC EasySetupウィンドウにおいてScanを選択した際に、マークした原子のインデックスが降順になるようにインデックスを並べ替えるようにしました。
- ポリマービルダ機能で作成するmol2ファイルにおいて、原子名とサブストラクチャにモノマーとポリマーの名前が代入されるように変更しました。
- ポリマービルダの[Polymerization Degree]の表記を[Degree of Polymerization]に変更しました。
- Gromacsのジョブ実行時に、デフォルトではworking directory内にバックアップファイルを作成しないようにしました。
- Gromacsのジョブ実行時にworking directory内にバックアップファイルを作成するか設定できるようにしました。([MD]-[Gromacs]-[キーワード設定]-[Options]-[Overwrites any output file without making a backup in working directory])
- Gromacsのトポロジファイル読み込み時の構文チェックを従来より厳しくしました。
- Gromacsの継続ジョブ時に、インデックス(ndx)ファイルを上書きしないようにしました。
- LAMMPSのエネルギー変化機能の[Calc Ave]において比熱、等温圧縮率(Cvm, Cvp, Betat)の値を積算平均値の平均ではなく、積算平均値自身を表示するようにしました。
- [MD]-[Gromacs]-[結果解析]-[動径分布関数]において、グラフに単位を追加しました。
- [MD]-[Gromacs]-[結果解析]-[距離/角度/二面角分布]において、[User target group]の表記を[Calculate for target group]に変更しました。
- [MD]-[Gromacs]-[結果解析]-[距離/角度/二面角分布]において、距離、角度または二面角を算出する前にtrjconvを使用して周期境界を考慮した原子の再配置を実行するようにしました。
- [ツール]-[環境設定]-[表示]の[セル境界の原子を両端に表示]を[表示項目]-[両端に複製されたセル境界上の原子]メニューに移設しました。
Version 10.4.5 2021/6/1
[不具合修正]
- 1万原子以上のファイルの読込中にマウス操作するとフリーズする不具合を修正しました。
- GAMESSキーワード設定ウィンドウにおいて、$PCMのSOLVNTを変更するとエラーメッセージが出る不具合を修正しました。
- Gaussianキーワード設定ウィンドウにおいて、[Save As Default]-[Clear Default Setting]をクリックすると、GAMESSのデフォルト設定が上書きされてしまう不具合を修正しました。
- Gaussianのアニメーション表示機能において、V10.1.4以降でIRC及びADMP計算結果が表示されない不具合を修正しました。
- MOPAC, GAMESS, NWChem, Gaussianのアニメーションウィンドウが開いた状態でジョブを開始すると、開いているアニメーションファイルが出力された際のジョブが再度実行されてしまう不具合を修正しました。
[仕様変更]
- MOPAC, GAMESS, NWChem, Gaussianのアニメーションウィンドウが開いた状態でジョブを開始する際に、保存ダイアログを開く前にアニメーションウィンドウを自動で閉じるように変更しました。
[その他]
- FOCUSスパコン用Quantum ESPRESSOのテンプレートを更新しました。
Version 10.4.4 2021/5/10
[不具合修正]
- 一部のグラフの表示範囲が不適切となる不具合を修正しました。
- [MD]-[分子を挿入]機能が起動しない不具合を修正しました。
- Gromacs結果解析の距離/角度/二面角分布機能において、ndxファイルに同じ名前のグループが複数登場する際に処理が中断する不具合を修正しました。
- 単原子の場合、アスペクト比が正しく計算されない不具合を修正しました。
[仕様変更]
- Quantum ESPRESSOキーワード設定ウィンドウのレイアウトを微修正しました。
- FDMNESのXANESスペクトル表示機能において、グラフのデフォルトの表示範囲を修正しました。
- [ツール]-[構造式を入力]機能において、JSMEからMOL形式を使わずSMILES形式で分子構造を生成するようにしました。
- [ツール]-[構造式を入力]機能において、分子構造の生成にOpenBabelかBalloonを選べるようにしました。
Version 10.4.3 2021/4/1
[不具合修正]
- [ファイル]-[インポート]-[SMILES]において、一部の文字コードのバックスラッシュ(円マーク)を認識せず処理できない不具合を修正しました。
- GaussianのIR/ラマンスペクトルの振動モード及び双極子/遷移双極子モーメントの表示において、分子に対称性がある場合、V10.2.0以降で座標系がずれる不具合を修正しました。
- [固体]-[スーパーセルを作成]において、リピート数がクリアされない不具合を修正しました。
- OpenMXのバンド構造算出機能において、以下のK点の座標が不適切である不具合を修正しました。
BCC H点
BCT2 Y点
ORC Z点
MCL M2点
MCLC3, MCLC4 F1点
- アニメーションウィンドウでエネルギープロットの点を選択したときにメインウィンドウに表示される分子が変更されないことがある不具合を修正しました。
- 一部の環境でリモートジョブ投入でリモートホストとの接続に失敗することがある不具合を修正しました。
[仕様変更]
- [QM]-[Gaussian]-[結果解析]-[Archive]を削除しました。
- アドオン「ESM-RISM計算モジュール」を廃止し、同等機能をプロフェッショナル版プレミアムに組み込みました。
Version 10.4.2 2021/3/1
[不具合修正]
- Gaussianのfchkファイル読込でエラーになることがある不具合を修正しました。
[仕様変更]
- 分子を表示する際、酸素-酸素二重結合と窒素-窒素三重結合を自動的に表示するようにしました。
- 界面ビルダで結合を再生成しないようにしました。
- タブ文字を含むXYZファイルの読み込みに対応しました。
Version 10.4.1 2021/2/2
[不具合修正]
- GaussianのESP電荷が表示されない不具合を修正しました。
- 界面ビルダで不要な結合が生成されることがある不具合を修正しました。
[仕様変更]
- Gromacs, LAMMPSの自己拡散係数計算機能において、自己拡散係数の絶対値が小さい時に指数表示するようにしました。
- 一部機能において作業ディレクトリの名前を微修正しました。
- LAMMPSのdataファイルに出力時のエラーメッセージの表示内容を一部変更しました。
Version 10.4.0 2021/1/4
[新機能]
- Voronoi分割を利用して選択グループに隣接する原子または分子をグループ選択する機能を追加しました。([選択]-[現在のグループに隣接する原子/分子をグループ選択])
- 周期境界セル直上の原子を、セルの両端に描画できるようにしました。([ツール]-[環境設定]-[表示]-[セル境界上の原子を両端に表示])
- [MD]-[溶媒を配置/セルを構築]機能において、2つの格子定数を固定した上で密度を指定する機能を追加しました。
- acpype、AmberToolsを利用したAM1/BCC、Gasteiger、RESP電荷の算出時に、分子全体の電荷を厳密に整数値にする設定を追加しました。([ツール]-[環境設定]-[計算]-[AmberToolsで計算する電荷を自動調整])
- DPDセルビルダにおいて、ポリマー定義ファイルの書き出し、読み込みに対応しました。
- LAMMPS、Gromacsの力場割り当て機能において、acpypeを用いたGAFF2の割り当てに対応しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定ウィンドウにおいて、ダイポール補正のキーワードを追加しました。(Dipole Corrタブ)
[不具合修正]
- LAMMPS実行時に、tiltのあるセルの座標がdataファイル上でずれる不具合を修正しました。
[仕様変更]
- 一部処理の作業ディレクトリの名前を変更しました。
- 分子表示エリア下部に、電荷のRMSを表示するようにしました。
- Gaussianキーワード設定ウィンドウのCalc Typeに「opt=tight」を追加しました。
- LAMMPSの入力スクリプトにread_restartコマンドをコメントアウトして追記しました。
- LAMMPSの入力スクリプトにrestartコマンドを追記しました。
- LAMMPSの入力スクリプトのrunコマンドの引数にuptoを追加しました。
- LAMMPSのローカルジョブ用のbatファイルを微修正しました。
- LAMMPSのDPD計算機能において、DPD粒子種数の上限を6から20に変更しました。
- FDMNES結果表示ウィンドウにおいてWinmostar共通のグラフ表示機能を利用するように変更しました。
Version 10.3.5 2021/3/1
[不具合修正]
- [ファイル]-[インポート]-[SMILES]においてOpenBabelを選択して分子をインポートした際に、acpype(GAFF、GAFF2、OPLS-AA/L+GAFFの場合)で力場を割り当てに失敗する不具合を修正しました。
- Gaussianのfchkファイル読込でエラーになることがある不具合を修正しました。
[仕様変更]
- 分子を表示する際、酸素-酸素二重結合と窒素-窒素三重結合を自動的に表示するようにしました。
Version 10.3.4 2021/2/2
[不具合修正]
- GaussianのESP電荷が表示されない不具合を修正しました。
- LAMMPS実行時に出力されるndxファイルと、[選択]-[選択グループをndxファイルに書き出し]機能で出力されるndxにおいて、改行時に原子が欠損する不具合を修正しました。
[仕様変更]
- LAMMPSのdataファイルに出力時のエラーメッセージの表示内容を一部変更しました
Version 10.3.3 2021/1/4
[不具合修正]
- bcコマンドがないサーバ(FOCUSなど)において、Gromacsのリモートジョブが失敗する不具合を修正しました。
- tiltのあるボックスのLAMMPSのdataファイルの読み込みで座標がずれることがある不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定ウィンドウのSave, Load機能において、チェックボックスで設定する項目が適切に変更されない不具合を修正しました。
- DCDFTBMDのデフォルトのテンプレートスクリプトを使用してジョブを流せない不具合を修正しました。
[その他]
- FOCUSスパコン用のリモートジョブのテンプレートスクリプトを更新しました。
Version 10.3.2 2020/12/1
[新機能]
- GAMESSキーワード設定のEasy Setupにおいて、基底関数の選択肢にECPを追加しました。
- Gaussianキーワード設定において、電荷の選択肢にNBO電荷を追加しました。
- LAMMPSのキーワード設定において、外部電場(sin波、固定値)の設定に対応しました。([Non-equilibrium (1)]-[Electric Field])
- コマンドプロンプトからの起動オプションで、溶媒を配置/セルを構築機能と、LAMMPSの実行機能を追加しました。
[不具合修正]
- Animationウィンドウで[File]-[Export SDF File]を実行したときに、現在開いているファイルがSDFファイル以外の場合にSDFファイルが正常に出力されない不具合を修正しました。
- コマンドプロンプトから起動する際に、出力ファイルのパスによっては処理が異常終了する不具合を修正しました。
[仕様変更]
- コマンドプロンプトから起動する際に、各種メッセージをコンソール上に表示するようにしました。
Version 10.3.1 2020/11/4
[新機能]
- [編集]-[セルを作成/編集]-[セルを変形]において、格子定数のalpha, beta, gammaを直接変更する機能を追加しました。
[不具合修正]
- 不正なSDFファイルを読み込んだときの動作を修正しました。
- [編集]-[セルを作成/編集]-[セルを変形]において、特定軸方向の変形が実験室座標(x, y, z)上での変形となり、直方セル以外の時に正常に変形できない不具合を修正しました。
- GAMESSキーワード設定のEasy Setupにおいて二重項以上のスピン状態が選択されると、GAMESS Setupウィンドウの開殻系のキーワードが設定されるように変更しました。
- Gaussian09及び16でクロロホルム溶媒計算が実行できない不具合を修正しました。
- 水分子がある時にUFF力場を使うとエラーが発生し処理が進まない不具合を修正しました。
- Gromacs連続実行機能において、出力ファイルサイズが2GBを超える可能性がある場合に処理が中断される不具合を修正しました。
- LAMMPSのエネルギー変化機能において、2017年以降のLAMMPSを使った場合に、variableコマンドで定義された変数(比熱など)の単位が表示されない不具合を修正しました。
- LAMMPSのエネルギー変化機能において、界面張力(GamNsurf)の単位が表示されない不具合を修正しました。
- mdp、topファイルを用いるLAMMPSの結果処理が、一部のケースにおいて途中で中断する不具合を修正しました。
- [ツール]-[複数ファイルをSDF形式に集約]で、対象ファイルのパスによって読み込めないことがある不具合を修正しました。
- リモートジョブ投入で2GB以上の大規模ファイルの転送に対応しました。
- [ヘルプ]-[CygwinWM診断]において、32コア以上の環境でGromacsのテストが失敗する不具合を修正しました。
[仕様変更]
- [ファイル]-[新規]をクリックした後に操作のアンドゥをできないようにしました。
- [編集]-[フラグメントを選択]メニューの下にフラグメントの登録・削除メニューを追加しました。
- 出力されるGAMESS入力ファイルの$DATAの次の行に出力される内容をV9以前の内容に戻しました。
- LAMMPS実行時に結果処理用で生成されるmdpファイルのカットオフ半径を、セルサイズが小さい時は0.1 nm小さくしました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定の立ち上げ時に、Spglibによる対称性の検知処理をスキップする最小原子数を設定できるようにしました([ツール]-[環境設定])。
- [ツール]-[複数ファイルをSDF形式に集約]において、SDFファイルの入力にも対応しました。
- [ツール]-[複数ファイルをSDF形式に集約]において、出力される各構造の1~3行目の情報を変更しました。
[その他]
- 表面切り出し、真空層挿入チュートリアルをスラブ作成チュートリアルに統合しました。
Version 10.3.0 2020/10/5
[新機能]
- セルに任意の引張ひずみ、圧縮ひずみ、せん断ひずみを与える機能を追加しました。([編集]-[セルを作成/編集]-[セルを変形])
- セルの作成/編集機能において、リアルタイムに構造を可視化できるようにしました。([編集]-[セルを作成/編集]-[セルを作成]、[編集]-[セルを作成/編集]-[セルを変形])
- セルの内側に原子単位で折りたたまれた構造を、分子単位に戻す機能を追加しました。([編集]-[周期境界条件に基づき原子を再配置]-[原子単位で再配置された構造を元に戻す])
- Gromacsにおいて低精度な座標ファイルではなく高精度なトラジェクトリファイルから継続ジョブを開始するオプションを追加しました。([MD]-[Gromacs]-[キーワード設定]-[Advanced]-[Extend simulation from full-precision trajectory])
- Gromacsにおいて基準振動解析の結果読み込みに対応しました。([MD]-[Gromacs]-[結果解析]-[基準振動解析])
- Gromacsキーワード設定のPresetに基準振動解析の設定を追加しました。(Minimize (NMA), NMA)
[不具合修正]
- GAMESSのリモートジョブ実行時に、同時に複数のジョブを流せない不具合を修正しました。テンプレートを使用している方はテンプレートを再作成する必要があります。
- LAMMPSのキーワード設定ウィンドウで設定をSaveする際に、現在の状態が保存されない不具合を修正しました。
- LAMMPSのエネルギー変化表示機能において、ログファイルの途中にOSやMPIのメッセージが挿入されているとログファイルの途中までしか情報が読み込まれない不具合を修正しました。
- Spglibによる空間群の検出処理に失敗した際にアクセス違反を起こす不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOのキーワード設定ウィンドウで設定をSaveする際に、nspin、press_conv_thrが保存されない不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOのキーワード設定ウィンドウで設定をSaveする際に、nq2, nq3にnp1の値が保存される不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOのキーワード設定ウィンドウで、擬ポテンシャル・MOL(溶媒)ファイルフォルダの設定が保存されない場合がある不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOのキーワード設定ウィンドウを起動する際に、メインウィンドウのpress_conv_thr, tstress, tprnforの状態を読み込めない不具合を修正しました。
- スーパーセル作成機能を使用すると、セルの外の原子がセルの内側に強制的に折りたたまれる不具合を修正しました。
- ジョブマネージャが、起動時に最初に起動したbatファイルが置かれているフォルダをロックする不具合を修正しました。
- Winmostarが複数立ち上がり、一時フォルダ(wm_system\wm_tmp*)の数が上限に達した際に、segmentation faultが発生する不具合を修正しました。
[仕様変更]
- ファイルを開くダイアログにおいて、対応する全ての拡張子のファイルをデフォルトで表示するようにしました。
- SMILESをエクスポートする機能において、コマンドを編集するウィンドウを表示しないようにしました。
- [編集]-[セルを作成/編集]を[編集]-[セルを作成/編集]-[手動でセルを編集]に移設しました。
- 視野のズーム・回転時にワイヤー表示に自動で切り替える最小限指数を環境設定で変更できるようにしました。
- 通常時にワイヤー表示に自動で切り替える最小限指数を環境設定で変更できるようにしました。
- 赤外ラマンスペクトル表示で、X軸の縮尺を実測スペクトル集と同じ縮尺にできるようにしました。
- NMRスペクトル表示で、コンポーネントの名前と大きさを調整、X軸の目盛を変更できるようにしました。
- S軌道の等値面表示が灰色になることがあるので、DensityまたはSurfaceの時だけ灰色になるようにしました。
- [MD]-[溶媒を配置/セルを作成]メニューで溶質分子(原点)が中央になるようにセルを配置するように変更しました。
- [MD]-[Gromacs]-[ER法結果読み込み]のデザインを変更しました。
- 各種ポリマービルダでポリマー生成をする際の二面角を設定できるようにしました。
- ポリマーセルビルダで生成したモデルのキラリティをチェックしてログに出力するようにしました。
- ポリマーセルビルダで非結合原子間の許容距離を設定できるようにしました。
- 界面ビルダ、スラブを作成機能において密度を表示するようにしました。
- スーパーセル作成機能のデザインを変更しました。
- スーパーセル作成機能において、元のセルの情報ではなくスーパーセルの情報を文字で表示するようにしました。
[パフォーマンス向上]
- マウスホイールで視野を拡大・縮小する際に、ワイヤー表示に切り替えることで描画を高速化しました。
- MDのエネルギー変化表示を高速化しました。
- Quantum ESPRESSOの実行時などに、Spglibを用いた空間群の解析を余分に行わないようにしました。
Version 10.2.5 2020/12/1
[不具合修正]
- [ファイル]-[開く]において拡張子logを選択できない不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOのバンド構造、フォノンバンド出力機能においてcsvを出力する際に、x軸(エネルギー)が0.5倍になる不具合を修正しました。
Version 10.2.5 2020/11/4
[不具合修正]
- Gaussianのlogファイルのアニメーションで、途中から構造が反映されないことがある不具合を修正しました。
- 水分子がある時にUFF力場を使うとエラーが発生し処理が進まない不具合を修正しました。
- LAMMPSのエネルギー変化機能において、2017年以降のLAMMPSを使った場合に、variableコマンドで定義された変数(比熱など)の単位が表示されない不具合を修正しました。
- LAMMPSのエネルギー変化機能において、界面張力(GamNsurf)の単位が表示されない不具合を修正しました。
- mdp、topファイルを用いるLAMMPSの結果処理が、一部のケースにおいて途中で中断する不具合を修正しました。
- [ヘルプ]-[CygwinWM診断]において、32コア以上の環境でGromacsのテストが失敗する不具合を修正しました。
[仕様変更]
- [ファイル]-[新規]をクリックした後に操作のアンドゥをできないようにしました。
- LAMMPS実行時に結果処理用で生成されるmdpファイルのカットオフ半径を、セルサイズが小さい時は0.1 nm小さくしました。
Version 10.2.4 2020/10/5
[不具合修正]
- [編集]-[ダミー原子を追加]-[選択2原子に沿って追加]メニューで正しい位置に原子が追加されないことがある不具合を修正しました。
- ポリマーセルビルダで環構造を結合が通ってないかのチェックする際にエラーになることがある不具合を修正しました。
Version 10.2.3 2020/8/22
[不具合修正]
- Gromacsキーワード設定ウィンドウで、MPIのプロセス数を変更できない不具合を修正しました。
Version 10.2.2 2020/8/11
[不具合修正]
- 遠近法を使用しない場合、奥行き表現で手前にある原子の方が奥にあるように見えることがある不具合を修正しました。
- ピーク数が5,000以上のGaussian、GAMESSのUV-Visスペクトルの読み込みにおいて処理が失敗する不具合を修正しました。
- セルが存在しないときに不適切なabc軸が分子表示エリアに出現する不具合を修正しました。
[仕様変更]
- 遠近法及び奥行き表現の見え方を変更しました。
- 表示プリセットのWinmostar Cover Artで遠近法を使用するようにしました。
- BoltzTraP結果表示ウィンドウのレイアウトを変更しました。
- [ツール]-[構造式を入力]においてウィンドウ乗りサイズに対応しました。
Version 10.2.1 2020/7/23
[新機能]
- Gromacsキーワード設定ウィンドウにおいて、計算に必要な一連のファイルを出力する機能を追加しました。([Options]タブ-[Dump All Files for Remote])
[不具合修正]
- 末端原子の元素を変更で、原子間距離が共有結合半径の合計値にならないことがある不具合を修正しました。
- [ツール]-[配座探索(Balloon)]が動作しない不具合を修正しました。(V10.2.0以降)
- spglibを用いた空間群の解析機能が動作しない不具合を修正しました。(V10.2.0以降)
- [ヘルプ]-[CygwinWM診断]の実行時に、メインウィンドウのモデルが破棄される不具合を修正しました。
[仕様変更]
- [ファイル]-[インポート]-[SMILES]において、デフォルトで入力欄が空白となるようにしました。
- Quantum ESPRESSOのポテンシャルエネルギー分布機能において、ポテンシャルエネルギーの最大値ではなく指定した座標におけるポテンシャルエネルギーを真空の参照値とするようにしました。
- [編集]-[ダミー原子を追加]-[グループの重心に追加]を[編集]-[ダミー原子を追加]-[グループの幾何中心に追加]に変更しました。
- [固体]-[スラブを作成]の挙動を一部変更しました。
- [ツール]-[配座探索(Balloon)]の実行時に開く保存ダイアログで、デフォルトの拡張子をmolに変更しました。
Version 10.2.0 2020/7/14
[新機能]
- V3000形式のMOLファイルを読み込めるようにしました。
- xyz形式の保存時に、Latticeレコードでセルのサイズを出力できるようにしました。
- Extended XYZ形式の読み込みに対応しました。
- PDB形式の書き込み・読み込み時に、周期境界セル(CRYST1レコード)を考慮するようにしました。
- CIFファイル中の重水素など、ファイル読み込み時に元素を自動判定できなかった原子をまとめて水素に変更する機能を追加しました。([編集]-[原子/結合の自動調整]-[不明な元素を水素に変更])
- [編集]-[座標系の取り直し]-[X/Y/Z軸を反転]において、直方体以外のセルに対応しました。
- 編集グループの重心位置の絶対座標を入力できるようにしました。([編集]-[グループ編集]-[グループを並進移動(数値を指定)])
- 任意のベクトルに沿って選択グループを並進移動させる機能を追加しました。([編集]-[グループ編集]-[グループを並進移動(数値を指定)])
- セルの断面積を表示できるようにしました。([編集]-[セルを作成/編集]-[Lattice Constants])
- 分子表示エリアでの原子の光沢表現に対応しました。
- 分子表示エリアのラベル/電荷の表示位置とフォントサイズを調整できるようにしました。
- 分子表示エリアのラベルで番号のみ、元素名のみを表示できるようにしました。
- セルが直方体以外の場合に、分子表示エリアにabc軸の座標軸を表示できるようにしました。
- 表示の設定を一括で変更・保存できるようにしました。([表示]-[表示プリセット])
- GaussianのログファイルからNBO電荷を取得・表示できるようにしました。
- MD計算においてUniversal Force Field(UFF)に対応し、計算できる元素・分子の種類が大幅に増加しました。
- [MD]-[自動で電荷を割り当て]機能において、RESP電荷を選択できるようにしました。
- 直接GAMESSの計算を制御することなくRESP電荷を算出できる機能を追加しました。([MD]-[手動で電荷を割り当て])
- Gromacs, LAMMPSの各種結果解析機能において、トラジェクトリの読み込み範囲の終点を指定できるようにしました。
- LAMMPSにおいて、目標圧力を線形に時間変化させる設定を追加しました。
- [MD]-[界面ビルダ]において、パラメータを変更する際にリアルタイムに構造を表示できるようにしました。
- [MD]-[界面ビルダ]において、界面水平方向のセルサイズを細かく制御できるようにしました。
- [MD]-[界面ビルダ]において、セル間の距離を細かく制御できるようにしました。
- [MD]-[界面ビルダ]において、メインウィンドウに表示されている構造を読み込めるようにしました。
- [MD]-[界面ビルダ]において、セルの外にある原子を自動で再配置する機能を追加しました。
- CIFファイルの占有率に応じたスーパーセルを作成する機能を作成しました。
- pymatgenを利用して結晶の表面切り出し、真空層の挿入、スーパーセルの作成を同時に行い、スラブモデルを作成できる機能を追加しました。([固体]-[スラブを作成])
- 構造式を直接描画して分子をモデリングする機能を追加しました。([ツール]-[構造式を入力])
- [ツール]-[Balloon(配座探索)]において、簡易的な構造のクラスタリングを行い、Conformerの数を削減するようにしました。
- 環構造をグループ選択した際に、環構造に沿った面に垂直なベクトルを算出する機能を追加しました([ツール]-[環構造の法線ベクトル])
- Animationウィンドウにおいて、SDFファイルを開いた時以外も[Automation]メニューの機能を利用できるようにしました。
- Animationウィンドウから複数フレームのSDFファイルを出力できるようにしました。([File]-[Export SDF File])
- Animationウィンドウから各フレームを個別のファイルとして出力できるようにしました。対応しているフォーマットはXYZ, CIF, PDF, MOL, MOL2, MOPAC, CNDO/S, Gaussian, GAMESS, NWChem形式です。
[不具合修正]
- Winmostarから出力した1フレームのみ含まれるSDFファイルを、Winmostarで開けない不具合を修正しました。
- mol,sdfファイルからの構造が簡易構造最適化できないことがある不具合を修正しました。
- 一部の結晶において、スラブモデルの表面切り出しに失敗する不具合を修正しました。([固体]-[スラブを作成]を使用してください)
- 一部の結晶において、スラブモデルの真空層挿入に失敗する不具合を修正しました。([固体]-[スラブを作成]を使用してください)
- 一部の結晶において、プリミティブセルへの変換が失敗する不具合を修正しました。
- グループ選択した状態でプリミティブセルへの変換を行うと範囲チェックエラーが発生する不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOのNEBをリモートで実行する際に、テンプレートスクリプトを使用できない不具合を修正しました。
[仕様変更]
- [編集操作向けの元素を選択]にBqを追加しました。
- MDの[力場を割り当て]ウィンドウで力場の割り当てをスキップできるようにしました。
- プリミティブセルに変換した後、検出された空間群を表示するようにしました。
- 空間群を検出する際の許容誤差を環境設定で指定できるようにしました。
- プリミティブセルへ変換する際に、Spglibを使用するようにしました。([固体]-[格子を変換]など)
- プリミティブセルに変換した後、確認用のダイアログを表示するようにしました。
- Quantum ESPRESSOの擬ポテンシャルのPriority Listの解釈を微修正しました。
- Quantum ESPRESSOの擬ポテンシャルのPriority Listにpbe-rrkjusを追加しました。
- シミュレーションセルがないとOpenMXを実行できないようにしました。
- cygwin_wmの名称をCygwinWMに変更しました。
- ジョブマネージャで自動シャットダウン時に、シャットダウン前にカウントダウンしてキャンセルできるようにしました。
- [ヘルプ]-[CygwinWMを診断]において診断項目を増やしました。
- Animationウィンドウの[File]-[Save Ligand inp File…]、[Automation]-[Saving Gaussian gfj File]、[Change Only Current Frame]、[Execute for Current Frame]、[Export SDF File]、[Saving SDF File]を廃止しました。
- Animationウィンドウの[Automation]-[Check All], [Uncheck All]で[Running MOPAC]に影響を及ぼさないように変更しました。
[パフォーマンス向上]
- [編集]-[座標系の取り直し]-[慣性主軸に設定]を高速化しました。
- Acpypeを用いた力場割付(GAFF, OPLS-AA+GAFF)を高速化しました。(CygwinWM 2020/07/02バージョン)
Version 10.1.6 2020/8/22
[不具合修正]
- Gromacsキーワード設定ウィンドウで、MPIのプロセス数を変更できない不具合を修正しました。
Version 10.1.5 2020/7/14
[不具合修正]
- 一部OSでインストーラが文字化けすることがある不具合を修正しました。
- mol2ファイルの保存で原子タイプが正しくないことがある不具合を修正しました。
- 奥行き表現がすぐに反映されないことがある不具合を修正しました。
- [SMILESを入力]機能でOpenBabelを使用する際に、不適切な構造が生成される不具合を修正しました。
- GAMESSのリモートジョブ実行の際、Shell ScriptにDefaultを選択しているとpun, trj, efpファイルが生成されない不具合を修正しました。
- Gaussianの入力ファイルを読み込み後、編集して保存しても変更が反映されないことがある不具合を修正しました。
- MDの各種ソルバのエネルギー変化ウィンドウの[Calc Ave]で、算出値が若干ずれる不具合を修正しました。
- Acpypeの電荷割当で分子種でソートした後に結合情報が間違っている不具合を修正しました。
- 点群解析でC1をCsと判定することがある不具合を修正しました。
[仕様変更]
- Gromacs、LAMMPSのシミュレーションセル作成チュートリアルのリンク先を変更しました。
- 最新のFOCUSスパコン向けLAMMPS、Quantum ESPRESSO用テンプレートスクリプトを追加しました。アップデートする方はShell Scriptにlammps.focus200706.txtおよびquantumespresso.focus200706.txtを選択してください。
- [SMILESを入力]機能でOpenBabelを使用する際に、--gen3Dオプションではなく--gen2Dオプションを使うようにしました。
- BoltzTraP結果表示ウィンドウにおいて、他の機能と同等のグラフ表示機能を使用するようにしました。
Version 10.1.4 2020/6/8
[不具合修正]
- Gaussianのリモートジョブ実行でのリモートでのfchk生成が反映されないことがある不具合修正をしました。
- 分子ごとに番号がソートされていない状態で[MD]-[自動で電荷を割り当て]を実行した際に、電荷の割り当てが異常終了する不具合を修正しました。
- Gromacs実行時に、結合距離が長めの分子が含めると処理が中断することがある不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOのスピン分極計算の実行中に、ジョブのログファイルを読み込めない不具合を修正しました。
- OpenMXキーワード設定において、OpenMP、MPIの設定が保存されない不具合を修正しました。
- [ツール]-[配座探索(Balloon)]の実行する際、保存するファイル形式に挙動が依存する不具合を修正しました。
[仕様変更]
- DCDFTBMDのキーワード設定のExecutableに最新のDCDFTBMDの実行バイナリを追加しました。
Version 10.1.3 2020/5/6
[不具合修正]
- 保存したGAMESSの並列数が次回起動時に反映されない不具合を修正しました。
[仕様変更]
- V10.1.1で変更したグループ選択した原子に対する水素付加の仕様の変更を元に戻しました。
- [編集]-[水素を付加]以下の[すべての原子に付加]、[選択原子に付加(1原子)]、[選択原子に付加(2原子)]、[選択原子に付加(3原子)]をグループ選択した原子に対してできるようにしました。
Version 10.1.2 2020/5/3
[不具合修正]
- ジョブマネージャで大量のジョブが入っているときにエラーメッセージが表示される不具合を修正しました。
Version 10.1.1 2020/5/1
[新機能]
- [ファイル]-[インポート]-[SMILES]において、OpenBabelを用いたSMILESの読み込み機能を追加しました。
- 界面ビルダにおいて、シミュレーションセル直上の原子を界面の両側に配置する機能を追加しました。
[不具合修正]
- 大規模系などで水素付加の際にZ-Matrixが生成されてない場合は、Z-Matrixの作成を促すメッセージを表示するようにしました。
- 双極子モーメントの矢印の先の数値の位置が変わらない不具合を修正しました。
- MOPACキーワード設定ウィンドウにおいて、Resetボタンを押しても表示される内容が更新されない不具合を修正しました。
- PDB形式やQuantum ESPRESSOのMOL形式など、一部のフォーマットのファイルを読み込んだ後、[MD]-[手動で電荷を割り当て]を使用して電荷を割り当てられない不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOのNEB計算をリモートジョブで実行する際に、テンプレートスクリプトを使用できない不具合を修正しました。
- 英語版のWindowsでジョブマネージャがエラーになる場合がある不具合を修正しました。
- ジョブマネージャで一番古いジョブの内容を編集できない不具合を修正しました。
[仕様変更]
- 水素を付加関連の仕様を変更しました。
- 水素を付加でシリコン原子に対応しました。
- 遷移モーメントを両矢印で表示するように変更しました。
- GAMESSのデフォルトパスを変更しました。
[パフォーマンス向上]
[その他]
- Phonopy、BoltzTraPチュートリアルをQuantum ESPRESSOチュートリアルの一部として再編成しました。
Version 10.1.0 2020/4/6
[新機能]
- Gromacs, LAMMPSの誘電率計算機能において、双極子モーメントのヒストグラムと自己相関関数の算出に対応しました。
- Gromacs、LAMMPSの結果解析機能に、選択原子間の距離・角度・二面角の分布を算出する機能を追加しました([MD]-[Gromacs]/[LAMMPS]-[結果解析]-[距離/角度/二面角分布])。
- Gromacsのリモートジョブ実行時に、xtcファイルだけをリモートサーバからローカルマシンに転送する機能を追加しました。([Submit Remote Job]ウィンドウの[Job]-[Get Remote File and…]-[Save XTC])
- GAMESSのRESP電荷算出機能において、分子構造的に等価な原子に同じ電荷を割り当てるか否か選択できるようにしました。大きな分子の場合に処理が成功しやすくなります。
- OpenMX3.9でBoltzTraPを使用できるようにしました。
- ジョブマネージャで同時に処理できるジョブ数を設定できるようにしました。([ツール]-[環境設定]-[計算]-[最大ジョブ数])
- 共通のグラフ表示機能において、指定範囲の平均値を表示できるようにしました。
[不具合修正]
- 一部の編集操作において、Access violationが発生する不具合を修正しました。
- 英語環境のWindowsでジョブマネージャでエラーになることがある不具合を修正しました。
- リモートジョブ投入で「Timed out waiting on socket」というエラーが出ることがある不具合を修正しました。
- リモートジョブ投入でQueueがJM(Windows)のときにジョブを削除できない不具合を修正しました。
[仕様変更]
- 分子が初期構造(CH)の状態でキーワード設定ウィンドウを立ち上げた時に、分子をCH4に変更するかユーザに尋ねるようにしました。
- [MD]-[Gromacs]/[LAMMPS]-[結果解析]-[比誘電率]メニューの名前を[比誘電率/双極子モーメント]に変更しました。
- [ファイル]-[インポート]-[SMILES]および[ツール]-[配座探索(Balloon)]機能を実行した際に、作業ディレクトリを作成してから一時ファイルを生成するように変更しました。
- [ファイル]-[インポート]-[SMILES]および[ツール]-[配座探索(Balloon)]機能を実行後、ファイル名が無題となるように変更しました。
- [MD]-[Gromacs]/[LAMMPS]-[力場を割り当て]を選択した際に、必要に応じて[MD]-[自動で電荷を割り当て]を呼び出すようにしました。
[その他]
- グラファイトのcifファイルをSamplesフォルダに追加しました。
Version 10.0.8 2020/6/8
[不具合修正]
- Gaussianのリモートジョブ実行でのリモートでのfchk生成が反映されないことがある不具合修正をしました。
- Quantum ESPRESSOのスピン分極計算の実行中に、ジョブのログファイルを読み込めない不具合を修正しました。
- OpenMXキーワード設定において、OpenMP、MPIの設定が保存されない不具合を修正しました。
Version 10.0.7 2020/5/6
[不具合修正]
- 保存したGAMESSの並列数が次回起動時に反映されない不具合を修正しました。
[仕様変更]
- V10.0.6で変更したグループ選択した原子に対する水素付加の仕様の変更を元に戻しました。
- [編集]-[水素を付加]以下の[すべての原子に付加]、[選択原子に付加(1原子)]、[選択原子に付加(2原子)]、[選択原子に付加(3原子)]をグループ選択した原子に対してできるようにしました。
Version 10.0.6 2020/5/1
[不具合修正]
- 大規模系などで水素付加の際にZ-Matrixが生成されてない場合は、Z-Matrixの作成を促すメッセージを表示するようにしました。
- 双極子モーメントの矢印の先の数値の位置が変わらない不具合を修正しました。
- MOPACキーワード設定ウィンドウにおいて、Resetボタンを押しても表示される内容が更新されない不具合を修正しました。
- PDB形式やQuantum ESPRESSOのMOL形式など、一部のフォーマットのファイルを読み込んだ後、[MD]-[手動で電荷を割り当て]を使用して電荷を割り当てられない不具合を修正しました。
[仕様変更]
- 水素付加の仕様を変更しました。
- 水素付加でシリコン原子に対応しました。
- GAMESSのデフォルトパスを変更しました。
[パフォーマンス向上]
[その他]
- Phonopy、BoltzTraPチュートリアルをQuantum ESPRESSOチュートリアルの一部として再編成しました。
Version 10.0.5 2020/4/6
[不具合修正]
- [選択]-[分子種によるグループ選択]、[分子によるグループ選択]、[元素によるグループ選択]、[選択記述言語によるグループ選択]をクリックした際に、適切なUIが表示されない不具合を修正しました。
- 新規作成の状態で各種ソルバのキーワードを設定し、ファイルを別名で保存すると、デフォルトで選択されるファイルの種類がMOPACとなる不具合を修正しました。
- 一部の操作の後や、一部のフォーマットのファイルを読み込んだ後にMOPACキーワード設定ウィンドウを立ち上げると、デフォルトで適切なキーワードが選ばれない不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOのキーワード設定ウィンドウにおいて、一部の擬ポテンシャルファイルの価電子数を自動で取得できない不具合を修正しました。
- 英語環境のWindowsでジョブマネージャでエラーになることがある不具合を修正しました。
- リモートジョブ投入で「Timed out waiting on socket」というエラーが出ることがある不具合を修正しました。
- リモートジョブ投入でQueueがJM(Windows)のときにジョブを削除できない不具合を修正しました。
[仕様変更]
- 各種キーワード設定ウィンドウの[Advance]タブの名前を[Advanced]に変更しました。
- [MOPAC]-[結果解析]-[振動スペクトル]の名前を[IRスペクトル]に変更しました。
- [MD]-[Gromacs]-[エネルギー変化]において、[Energy Terms]の順番を変更しました。
[その他]
- MOPAC二面角スキャンチュートリアルを追加しました。
Version 10.0.4 2020/3/19
[不具合修正]
- Gaussianキーワード設定のEasy Setupにおいて、Enter Scanning Conditionで設定した一部の内容がGaussian Setupウィンドウに反映されない不具合を修正しました
- SMILESをインポートする際に、ファイルパスがWinmostarのインストールフォルダ以下に移動することがある不具合を修正しました。
Version 10.0.3 2020/3/2
[不具合修正]
- インストーラで一旦上書きインストールをキャンセルした後にインストール完了したときにエラーの表示になる不具合を修正しました。
- 一部の[開く]ダイアログにおいてファイルを指定できない不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOのログファイル(pwoutファイル)を開いた状態で、Quantum EPSRESSOキーワード設定ウィンドウでの[Output Directory]をContinueに設定すると発生するエラーを修正しました。
[仕様変更]
- LAMMPSキーワード設定ウィンドウで[Save]、[Load]ボタンを押した際に、保存されるファイルのデフォルトの拡張子をlmp_setからlmpsetに変更しました。従来のバージョンで保存したファイルを読み込むことは可能です。
Version 10.0.2 2020/2/10
[不具合修正]
- 不正なライセンスの場合のエラーメッセージが他のメッセージとかぶって見えづらい不具合を修正しました。
- マウス操作で拡大している最中にたまに縮小してぶれてしまうことがある不具合を修正しました。
- ブロックポリマービルダで末端のモノマーを指定しないとエラーになる不具合を修正しました。
- 力場の設定に失敗したときアクセス違反でことがある落ちる不具合を修正しました。
- [MD]-[Gromacs]-[最終構造を読み込み]において、デフォルトで提案されるファイルが最終構造ではなく始構造となる不具合を修正しました。
- Gromacs, LAMMPSにおいて、新規ジョブ実行後、ファイル名を変更せずもう一度新規ジョブを実行すると出現するエラーを修正しました。
- LAMMPSキーワード設定において、Save as Default機能を使用すると、その後キーワード設定ウィンドウを正常に立ち上げられない不具合を修正しました。
- 大規模ポリマーのLAMMPSのdataファイル作成でエラーになることがある不具合を修正しました。
- スーパーセルの作成で電荷が保存されない不具合を修正しました。
- GAMESSのリモートジョブ実行のデフォルトスクリプトでNWChemを実行している不具合を修正しました。
- CONFLEXをローカルPCで起動が出来ないことがある不具合を修正しました。
- [ツール]-[配座探索(Balloon)]実行時に、デフォルトのファイル名で保存すると生じるエラーを修正しました。
- リモートジョブ投入ウィンドウのソルバー選択コンボボックスに空白の選択肢が入る不具合を修正しました。
- リモートジョブ投入機能において、テンプレートスクリプト仕様時に、Queue=Runでジョブが実行されない不具合を修正しました。
- 分子の重ね合わせ画面で棒球表示にして原子を3箇所クリックするとエラーになる不具合を修正しました。
- [ヘルプ]-[オンラインマニュアル]メニューのURLを修正しました。
[仕様変更]
- 各種ウィンドウがメインウィンドウの後ろに隠れないようにしました。
- MO Plotウィンドウの「ESP(Mulliken)」を「ESP(Population Charge)」に名称変更しました。
- Dreiding力場の割付で三角形的な結合ではDihedralを出力しないようにしました。
- Gromacsのテンプレートスクリプトを使用したリモートジョブ実行時に、テンプレートスクリプトを修正することなく倍精度・単精度
- の切り替えを行えるようにしました。
- V10.0.1以前に生成したGromacsのリモートジョブ用テンプレートスクリプトを受け付けないようにしました。
[パフォーマンス向上]
- 大規模ポリマーのLAMMPSのdataファイル作成及び読み込みを高速化しました。
- Dreiding力場の割付を高速化しました。
Version 10.0.1 2020/1/20
[不具合修正]
Version 10.0.0 2020/1/14
[新機能]
- Economyライセンスを追加しました。
- メインウィンドウの奥行き表現に対応しました。([表示]-[奥行き表現を使用])
- 3D表示で許出願用表示できるようにしました。
- 3D表示で階調なしに対応しました。
- グループ選択の登録と選択に対応しました。([選択]-[グループを登録], [登録グループを選択])
- Animationウィンドウに、全フレームの原子を並進移動する機能を追加しました。([Animation]ウィンドウ-[Tools]-[Translate All Atoms])
- QMの各種ソルバのSetup、EasySetupにDFT汎関数及び分散力補正を複数追加しました。
- Gaussianを利用してRESP電荷を算出する機能を追加しました。
- MD計算実行前に、複数分子に対し電荷を自動で割り振る機能を追加しました。([MD]-[自動で電荷を割り当て])
- LAMMPS実行時に出力されるdumpファイルの各行を、idに対しソートする設定を追加しました。([MD]-[LAMMPS]-[キーワード設定]-[Output]-[Sort dump file by id])
- LAMMPS実行の際に、登録されたグループをndxファイルを出力し、後で選択できるようにしました。
- Gromacs, LAMMPSキーワード設定ウィンドウにおいて、システムサイズの半分を超えないようにカットオフ半径を設定する機能を追加しました。([Interaction]タブの[Modify cutoff radii not to exceed L/2])
[不具合修正]
- [固体]-[クラスタを作成]メニューでエラーになることがある不具合を修正しました。
[仕様変更]
- 初期状態でのファイル名は無題にするようにしました。
- コマンドライン実行での仕様を変更しました。
- Altキーを用いたショートカットキーを一部変更しました。
- [ファイル]-[上書き保存]及び[名前を付けて保存]において、xyzファイル保存する際のフォーマットを変更しました。
1行目:原子数
2行目:コメント
3行目以降:原子座標
- SMILESインポートウィンドウにおいて、[Convert]ボタンの名称を[Import]に変更しました。
- ツールバーの[編集操作で適用される元素を選択]の名称を[編集操作向けの元素を選択]に変更しました。
- ツールバーに[プロジェクトを開く]、[最近開いたプロジェクトを開く]、[プロジェクトブラウザ]ボタンを追加しました。(experimental, Quantum ESPRESSOのNEB計算向けのみ)
- メインウィンドウにおいて、左右同時ドラッグでもズームイン・アウトするようにしました。
- 4つのマーカー原子の番号が重複しないようしました。
- 各種ソルバの結果解析機能について、メインメニューにおいてサブメニューにまとめました。
- 複数のエネルギー変化、アニメーション機能を持つソルバに関して、ツールバーの[エネルギー変化]、[アニメーション]ボタンをプルダウンできるようにしました。
- [編集]メニュー以下に[フラグメントの選択]と[編集操作向けの元素の選択]を追加しました。
- セルの周期境界のデフォルト属性を、NoneからPeriodicに変更しました。
- Winmostarインストールフォルダのsamples, manualフォルダをSamples, Manualに変更しました。
- 各種ファイル保存時に出現する、上書き確認ダイアログのデフォルトの選択肢をNoに変更しました。
- Animationウィンドウから呼び出される[Custom Plot]ウィンドウにおいて、[Series]の表記を[Y Axis]に変更しました。
- Animationウィンドウにおいて、[Excel]ボタンを廃止し、[File]-[Export CSV]メニューを追加しました。
- MO Plotウィンドウにおける[ESP2]の名称を[ESP2(Mulliken)]に変更しました。
- [半経験QM]および[QM]の各種Easy Setup機能において、[OK]ボタンを押すまでは変更が反映されないようにしました。
- [半経験QM]および[QM]の各種Easy Setup機能において、[Reset before applying changes]のチェックをデフォルトでは外すようにしました。
- [半経験QM]および[QM]の作業ディレクトリに、ソルバごとに異なった名前を設定するようにしました。
- QMの計算方法のデフォルトをHF/STO-3GからB3LYP/6-31G*へ変更しました。
- GAMESSの[Basic]の[COORD]のデフォルト値をZMTMPCからUNIQUEに変更しました。
- NWChemのリモートジョブのスクリプトにおいて、デフォルトでmpiexecではなくmpirunを使用するように変更しました。
- [MD]-[溶媒を配置/セルを構築]機能の[Import]ボタンの名称を[Same as main window]に変更しました。
- [MD]-[溶媒を配置/系を構築]および[固体]-[結晶ビルダ]において、機能の実行後にファイル名を無名とするようにしました。
- Gromacs, LAMMPSキーワード設定からForce Fieldタブを廃止し、同等機能を[MD]-[Gromacs/LAMMPS]-[力場を割り当て]メニューに分離しました。
- Gromacs, LAMMPSキーワード設定時に、力場の設定機能を自動で開くようにしました。
- Gromacsキーワード設定において、[constraints]の設定を[Advance]タブに移設しました。
- Gromacsキーワード設定における、デフォルトのパラメータを以下のように変更しました。
- Gromacsのアニメーション機能において、topファイルがある場合は自動で電荷と力場の情報を読み込むようにしました。
「(fast)」が付くPresetのshake-tol: 1e-4 → 1e-5
「(fast)」が付くPresetのconstraints: hbonds → all-bonds
- LAMMPSキーワード設定において、[Random Seed]、[Tdamp]、[Pdamp]の設定を[Basic]タブに移設しました。
- LAMMPSキーワード設定において、[Constrain hydrogen atoms]の設定を[Advance]タブに移設しました。
- LAMMPSキーワード設定の[Force Field/Potential File]において、汎用力場の種類を選択できるようにしました。
- LAMMPSキーワード設定の[Pulled atoms]、[Restrained atoms]を、登録グループから設定するように変更しました。
- LAMMPSキーワード設定のレイアウトを変更し、inファイルの表示・編集欄をManual entryタブに移設しました。
- LAMMPSキーワード設定における、デフォルトのパラメータを以下のように変更しました。
「(fast)」が付くPresetのShake tolerance: 1e-4 → 1e-5
- DPD計算時に生成されるdataファイルに、使用したポテンシャルファイルの名前をコメントで残すように変更しました。
- [固体]-[Phonopy], [BoltzTraP]メニューを[固体]-[Quantum ESPRESSO]以下に移設しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定のvdw-corrの選択肢にgrimme-d3を追加しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定における、デフォルトのパラメータを以下のように変更しました。
degauss: 0.05 → 0.01
- Quantum ESPRESSOのNudged Elastic Bandキーワード設定における、デフォルトのパラメータを以下のように変更しました。
# of Ionic & Electronic Steps: 100 → 250
Optimization Scheme: quick-min → broyden
Elastic Constant: 0.1~0.1 → 0.4~0.6
- Quantum ESPRESSOのバンド構造表示時に、E=Efermiの線を出力しないようにしました。
- ジョブマネージャのUIを大幅に変更しました。
- リモートサーバに作成されるフォルダ構成を「~/(Windowsユーザ名)/(ソルバ名)/(ジョブ名)」から「~/wm_(Windowsユーザ名)/(ソルバ名)/(ジョブ名)」に変更しました。
- リモートジョブのテンプレートスクリプトに、そのファイルを生成した際のWinmostarのバージョンをコメントとして入れるようにしました。
- リモートジョブ実行でデフォルトではPuttyを使用しないようにしました。
- リモートジョブ実行画面でログ表示テキストボックスにUNIXコマンドを入力して実行できるようにしました。
- Winmostar Viewerの[View]-[Copy Image]のショートカットキーを変更しました。
[廃止された機能]
- [MD]-[溶媒を配置/セルを構築]機能において、Packmolを使用しないV8以前の機能を廃止しました。
- V9以前で作成したプロジェクトファイルへの対応を廃止しました。
- V8でのリモートジョブ画面を使用できないようにしました。
- 2D表示は使用できないようにしました。
Winmostar V9
Version 9.4.12 2022/3/15
[不具合修正]
- MDの力場を設定する時にエラーになる場合がある不具合を修正しました。
Version 9.4.11 2021/5/18
[不具合修正]
Version 9.4.10 2021/1/4
[不具合修正]
- Gromacsキーワード設定ウィンドウで、MPIのプロセス数を変更できない不具合を修正しました。
Version 9.4.9 2020/7/14
[不具合修正]
- Gaussianの入力ファイルを読み込み後、編集して保存しても変更が反映されないことがある不具合を修正しました。
- 点群解析でC1をCsと判定することがある不具合を修正しました。
Version 9.4.8 2020/5/6
[不具合修正]
- 保存したGAMESSの並列数が次回起動時に反映されない不具合を修正しました。
[仕様変更]
- V9.4.6で変更したグループ選択した原子に対する水素付加の仕様の変更を元に戻しました。
- [編集]-[水素を付加]以下の[すべての原子に付加]、[選択原子に付加(1原子)]、[選択原子に付加(2原子)]、[選択原子に付加(3原子)]をグループ選択した原子に対してできるようにしました。
Version 9.4.7 2020/5/3
[不具合修正]
- ジョブマネージャで大量のジョブが入っているときにエラーメッセージが表示される不具合を修正しました。
Version 9.4.6 2020/5/1
[パフォーマンス向上]
Version 9.4.5 2020/4/6
[不具合修正]
- Quantum ESPRESSOの入力ファイル(pwinファイル)を開いてからキーワード設定ウィンドウを開いた際に、solute_epsilon、solute_sigmaキーワードの値が更新されない不具合を修正しました。
Version 9.4.4 2020/3/2
[不具合修正]
- 力場の設定に失敗したときアクセス違反でことがある落ちる不具合を修正しました。
Version 9.4.3 2020/1/20
[不具合修正]
- コマンドライン実行でエラーになることがある不具合を修正しました。
- GAMESSのRESP電荷算出時に、一部の分子構造において共有結合が表示されない不具合を修正しました。
- [固体]-[クラスタを作成]メニューでエラーになることがある不具合を修正しました。
Version 9.4.2 2019/12/3
[新機能]
- Winmostar Viewerにおいて、自動回転する機能(Automatic Rotation)を追加しました。
- [溶媒を追加/セルを作成]メニューでPackmol使用時に乱数のシードを設定できるようにしました。
- Quantum ESPRESSOの3D-RISMおよびLaue-RISMのRMSの可視化機能を追加しました([固体]-[Quantum ESPRESSO]-[3D/Laue-RISM RMS変化])
- Quantum ESPRESSOの各種RISMのRMS変化について、リモートジョブウィンドウから直接表示できるようにしました。([Get & Plot...]機能)
[不具合修正]
- [ファイル]-[エクスポート]-[画像]メニューでエラーになる不具合を修正しました。
- Winmostar Viewerのキャプチャ画像がずれる不具合を修正しました。
- 原点を大きくはずれたセルを持つ系で結合が表示されない不具合を修正しました。
- Gaussianのfchk読込のCubegenウィンドウで、Selected MOを変更すると[Cube]ボタンが消える不具合を修正しました。(V9.1.2以降)
- GaussianのFranck-Condon計算で、ピーク数が多いと読めないことがある不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOで日本語を含むファイル名の電子状態の読み込みができない不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOのバージョン6を使用した継続計算でエラーになることがある不具合を修正しました。
- Puttyを使用しない設定のとき、リモートジョブで大きなファイルの転送に失敗することがある不具合を修正しました。
- リモートジョブのファイルの転送中にプログレスバーが固まることがある不具合を修正しました。
[仕様変更]
- GAMESS Easy SetupウィンドウにおいてTDDFTを選んだ際のNSTATEを5から10に変更しました。(V9.2.3以前の仕様)
Version 9.4.1 2019/11/5
[新機能]
- 座標軸を入れ替える機能を追加しました。([編集]-[座標系の取り直し]-[座標軸を交換])
- 座標軸を反転させる機能を追加しました。([編集]-[座標系の取り直し]-[X/Y/Z軸を反転])
- オイラー角を入力してグループを回転する機能を追加しました。([編集]-[グループ編集]-[グループを回転(数値を指定)])
- アニメーションの表示中に、現在表示されているフレームのみをファイル出力する機能を追加しました。(Animationウィンドウ-[File]-[Export Current Frame])
[不具合修正]
- LAMMPSのOPLS力場生成でOPLSに対応していない原子タイプがある際に適切なエラーメッセージにならない不具合を修正しました。
- Animationウィンドウが出ている状態で[ファイル]-[名前をつけて保存]を実行した際に、Animationウィンドウが隠れる不具合を修正しました。
[仕様変更]
- OpenMXキーワード設定画面のヒントが出るようにしました。
Version 9.4.0 2019/10/7
[新機能]
- Gromacsの慣性半径算出機能において、慣性主軸に沿った慣性半径を算出できるようにしました。
- Gromacs、LAMMPSの密度分布算出機能において、ヒストグラムのサイズを変更できるようにしました。
- Gromacs、LAMMPSの密度分布算出ウィンドウ内で、グループを作成できるようにしました。(Create Groupボタン)
- Gromacs、LAMMPSの結果解析ウィンドウにおいて、結果処理プログラムのログを表示するボタンを追加しました。
- Quantum ESPRESSOのESM-RISM計算における1D-RISM計算のRMS変化のグラフ化機能を追加しました。
- DCDFTBMDキーワード設定ウィンドウにおいて、THIRDDIAG、DAMPXHZETAを設定できるようにしました。
- 各種のグラフ表示機能において、特定のカラムのテキストデータをコピーする機能を追加しました。([Options…]-[Copy Columns])
[パフォーマンス向上]
- プログレスバーの表示を高速化しました。
- OpenMX、DCDFTBMDのアニメーション読み込みにおいて、メモリ消費量を削減し、約2倍のデータを読み込めるようにしました。
[不具合修正]
- 一部の処理において、前面に出ていたサブウィンドウが背面に隠れる不具合を修正しました。
- CNDO/SのUV-Vis表示ウィンドウにおいて、画像のコピー範囲がずれる不具合を修正しました。
- Gromacsキーワード設定ウィンドウを閉じる際に、一部の条件下で閉じない不具合を修正しました。
- Gromacsのトラジェクトリ編集機能において、animated groファイルを読み込んだ際に処理が失敗する不具合を修正しました。
[仕様変更]
- 複数のライセンスキーを同時に設定できるようにしました。
- Quantum ESPRESSOのキーワード設定ウィンドウにおいてvdw_corrを自由に入力できるようにしました。
- Quantum ESPRESSOのバージョン6に対応しました。(推奨バージョンは5.2.1のままです。)
- グラフのCopy機能において、外枠のエンボスを表示しないようにしました。
- リモートジョブで転送時にプログレスバーを表示するようにしました。
- Hansen SP値計算機能において、溶解度パラメータの単位をcsvに出力するようにしました。
- [ツール]-[単位を変換]機能をスタンドアロンのアプリケーションにしました。
Version 9.3.5 2019/12/4
[不具合修正]
- [ファイル]-[エクスポート]-[画像]メニューでエラーになる不具合を修正しました。
- Winmostar Viewerのキャプチャ画像がずれる不具合を修正しました。
- 原点を大きくはずれたセルを持つ系で結合が表示されない不具合を修正しました。
- Gaussianのfchk読込のCubegenウィンドウで、Selected MOを変更すると[Cube]ボタンが消える不具合を修正しました。(V9.1.2以降)
- GaussianのFranck-Condon計算で、ピーク数が多いと読めないことがある不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOで日本語を含むファイル名の電子状態の読み込みができない不具合を修正しました。
[仕様変更]
- GAMESS Easy SetupウィンドウにおいてTDDFTを選んだ際のNSTATEを5から10に変更しました。(V9.2.3以前の仕様)
Version 9.3.4 2019/11/5
[不具合修正]
- LAMMPSのOPLS力場生成でOPLSに対応していない原子タイプがある際に適切なエラーメッセージにならない不具合を修正しました。
Version 9.3.3 2019/10/7
[不具合修正]
- GAMESSの基底関数を原子ごとに指定した入力ファイルの読み込みで、diffuse関数があるとLpとして読む不具合を修正しました。
- MODYLASで力場の結合パラメータが正しくないことがある不具合を修正しました。
- 表面切り出しで一部原子が表示されない不具合を修正しました。
- フラグメント登録ではじめからあるファイル名で保存すると、Winmostarが応答しなくなる不具合を修正しました。
Version 9.3.2 2019/9/3
[新機能]
- UV-Visウィンドウに遷移軌道番号を表示するようにしました。
[不具合修正]
- 一部の保存ダイアログにおいて、ピリオドを含むファイル名の際に適切に拡張子が設定されない不具合を修正しました。
- [電荷を編集]メニューでUserChargeを削除できない不具合を修正しました。
- 各種キーワード設定ウィンドウ内の一部のプルダウンメニューが表示されなくなる不具合を修正しました。
- MOPACデータの3行目が空行の時に、1原子を読み落とすことがある不具合を修正しました。
- Gaussian、MOPACのIRC計算のAnimation表示において、[Tools]-[Invert Trajectory]を実行した後にWinmostar Viewerで表示すると、結合の組み換えが発生しない不具合を修正しました。
- LAMMPSキーワード設定ウィンドウのレイアウトが崩れる不具合を修正しました。
- Winmostarを起動後、リモートジョブ投入ウィンドウを一回も開いていない状況でLAMMPS、Quantum ESPRESSOキーワード設定ウィンドウのDump All Filesボタンを押すとアドレス違反が起こる不具合を修正しました。(V9.3.0以降)
[仕様変更]
- [電荷を編集]メニューで電荷を原子ごとに設定できるようにしました。
- UV-Visウィンドウの縦軸をオートスケーリングするようにしました。
- IR Spectrumウィンドウの振動モードの番号を表示するようにしました。
- [MD]-[界面ビルダ]の保存ダイアログにおいて、[ファイルの種類]で選んだ拡張子が[ファイル名]に直接入力した拡張子よりも優先されるように変更しました。
Version 9.3.1 2019/8/5
[新機能]
- Gromacs, LAMMPSの結果解析に自由体積計算機能を追加しました。
- Gromacsの慣性半径算出機能において、慣性主軸における慣性半径を算出できるようにしました。
- リモートジョブ投入機能を用いて、Phonopyによって生成されたスーパーセルを、Quantum EPSRESSOで連続計算できるようにしました。
[パフォーマンス向上]
[不具合修正]
- xyz/txyファイル保存でフォーマットが正しくないことがある不具合を修正しました。
- 一部環境で原子選択できなくなることがある不具合を修正しました。
- 溶媒を配置/系を構築機能を使用して単原子イオンを配置した際に、力場にGAFFまたはOPLS-AA/L+GAFFを選択するとトポロジファイルを作成できない不具合を修正しました。
- GromacsのER法の設定において、ecdminの値に小数値を入力すると値が適切に設定されない不具合を修正しました。
- 2019/4/2のバージョンのcygwin_wmでacpypeの実行に問題がある不具合を修正しました。
- 2019/3/20以降のバージョンのcygwin_wmでERmodが極端に遅くなることがある不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOのMOLファイル作成機能において、作業フォルダがwm_system\wm_tmp_1に移動する不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSO実行時に、選択されていないMOLファイルもworking directoryにコピーされる不具合を修正しました。(以前のバージョンでも計算結果に影響ありません)
- Animationウィンドウで不正なSDFファイルが保存される不具合を修正しました。
- フラグメント登録で描画が更新されない不具合を修正しました。
[仕様変更]
- xyz読み込みでZ-Matrixの生成は小分子のみ行うようにしました。
- ウィンドウサイズを変えたときにツールボタンが隠れないようにしました。
- 結合再生成と描画でプログレスバーに進捗を表示するようにしました。
- GAMESSのOptimize/PCM計算でもRESP電荷を算出できるようにしました。
- 溶媒を配置/系を構築機能において、残基名が空白の場合はUNKに自動で変更するようにしました。
- MD、固体メニュー以下のグラフ表示機能において、グラフの画像の周囲にエンボスを表示しないようにしました。
- 界面ビルダにおいて、周期境界の直上に原子が置かれている場合は、原子の再配置機能の適用について尋ねないようにしました。
- GromacsのER法の設定において、eccoreを設定できるようにしました。
- Quantum ESPRESSOの溶媒原子間配置関数機能において、デフォルトのX軸の表示範囲を変更しました。
- Quantum ESPRESSOのMOLファイル作成機能において、生成されたMOLファイルを自動でメインウィンドウに読み込むようにしました。
- リモートジョブ実行でサーバのシェルがcshでQueueがRunの場合に実行できるようにしました。
- リモートジョブ実行で「Send Local Fchk」等の設定を保存するようにしました。
- リモートジョブ実行でPuttyを使用しない接続の場合に、公開鍵の設定なしで秘密鍵のみで接続できるようにしました。
- リモートジョブ実行でPuttyを使用しない接続の場合に、ポートフォワードで多段SSH接続できるようにしました。
[その他]
- OpenMX分子動力学計算のチュートリアルを追加しました。
Version 9.3.0 2019/7/7
[新機能]
- ツールバーに10種のツールボタンを追加しました。
- 座標軸と原点位置を可視化する機能を追加しました。
- Amber、MODYLAS、Quantum ESPRESSO、OpenMX、DCDFTBMD使用時に、Animationウィンドウにおいて動径分布関数を算出できるようになりました。([Tools]-[Radial Distribution Function])
- OpenMX、DCDFTBMD使用時に、Animationウィンドウにおいて平均二乗変位、自己拡散係数を算出できるようになりました。([Tools]-[Mean Square Displacement / Diffusion Constant])
- Animationウィンドウにおいて、フレームを間引く機能を実装しました。([Tools]-[Skip Frames...])
- ESM-RISM対応Quantum ESPRESSOの使用時に、1D-RISM計算のみを実行するモードを追加しました。([固体]-[Quantum ESPRESSO]-[キーワード設定]-[RISM(2)]-[Run only 1D-RISM])
- ESM-RISM対応Quantum ESPRESSOの溶媒(MOL)ファイルを自動生成する機能を追加しました。([固体]-[Quantum ESPRESSO]-[MOLファイルを作成])
- ESM-RISM対応Quantum ESPRESSO使用時に、溶媒間の化学ポテンシャルのテーブルを作成する機能を追加しました([固体]-[Quantum ESPRESSO]-[溶媒原子間相関関数]-[Obtain Chemical Potentials...])
- 真空層を挿入メニューにてダングリングボンドを水素でキャップする機能を追加しました。
- DCDFTBMD関連機能を一新しました。
- Phonopy GUIを追加しました。
- コマンドラインオプションでハンセン溶解度パラメータを計算できるようにしました。
- 溶解度パラメータ計算モジュールにて表面張力と熱伝導率の出力が可能になりました。
- リモートジョブ投入で[Connection]-[Do Not Use Putty for Connection]をチェックすると、Puttyを使用せずにリモートサーバにSSH接続できるようにしました。(experimental)
- リモートジョブ使用時に、処理が中断されたジョブのworking directoryを強制的に作成し[Get All Files]ボタンを使えるようにする機能を作成しました。([ツール]-[リモートジョブ投入]-[Job]-[Force Job Finalization])
- 原子・分子系に特化した単位変換ツールを追加しました。([ツール]-[単位を変換])
[パフォーマンス向上]
- 起動時間が短くなるようにしました。
- Quantum ESPRESSOのアニメーション表示機能を最大30倍程度高速化しました。
[仕様変更]
- 原子を追加でCtrl+クリックで座標指定した場合は編集状態を解除しないようにしました。
- Deleteキーで原子削除、またはグループ削除をするようにしました。
- 水素付加をグループ選択に対してできるようにしました。
- ツールバーを移動できないようにしました。
- Animationウィンドウのタイトルに現在表示しているフレームと総フレーム数を表示するようにしました。
- Groamcs, LAMMPSのトラジェクトリ読み込みで途中経過のプログレスバー表示するようにしました。
- [MD]-[溶媒を配置/系を構築]および[分子を挿入]において、作成されたセルの境界条件をNoneではなくPeriodicとするように変更しました。
- [MD]-[界面ビルダ]において、セルの外に原子があるファイルを選択した際に、周期境界を考慮して原子を再配置できるようにしました。
- Gromacs, LAMMPS, MODYLASのキーワード設定時に、系の電荷の総和が0ではない可能性がある場合は警告を表示するようにしました。
- リモートジョブ使用時に、ファイルをSendするタイミングでリモートサーバ上の*_after.zipを削除するようにしました。
- リモートジョブ使用時に、ファイルをGetするタイミングでローカルマシン上の*_after.zipを削除するようにしました。
[その他]
- Gaussian IRC+MEP計算チュートリアルを追加しました。
Version 9.2.6 2019/9/3
[不具合修正]
- [電荷を編集]メニューが起動しない不具合を修正しました。
- MOPACデータの3行目が空行の時に、1原子を読み落とすことがある不具合を修正しました。
Version 9.2.5 2019/8/5
[不具合修正]
- xyz/txyファイル保存でフォーマットが正しくないことがある不具合を修正しました。
- 一部環境で原子選択できなくなることがある不具合を修正しました。
- 2019/4/2のバージョンのcygwin_wmでacpypeの実行に問題がある不具合を修正しました。
- 2019/3/20以降のバージョンのcygwin_wmでERmodが極端に遅くなることがある不具合を修正しました。
- Animationウィンドウで不正なSDFファイルが保存される不具合を修正しました。
- フラグメント登録で描画が更新されない不具合を修正しました。
[仕様変更]
- xyz読み込みでZ-Matrixの生成は小分子のみ行うようにしました。
Version 9.2.4 2019/7/7
[不具合修正]
- カルボニル基を含むmol2ファイルの保存で不正な原子タイプになる不具合を修正しました。
- 複数モデルのあるmol2の読み込みでエラーになる不具合を修正しました。
- 原子リストで元素を変更した後にMOPAC等を実行すると、保存ダイアログが表示されない不具合を修正しました。
- Animationウィンドウで複数モデルをもつmol2を読み込んだ後にCustom Plotを押すとエラーになる不具合を修正しました。
- 分子表示エリアの文字色変更が3Dビューで反映されない不具合を修正しました。
- GAMESSのRESP電荷算出機能において、分子全体の電荷が負の場合に正として誤認識される不具合を修正しました。
- GAMESSのRESP電荷算出機能において、04/02/2019版以降のcygwin_wmを使用し、かつ一部の元素が含まれている場合に、処理が正常終了しない不具合を修正しました。
- リモートジョブのプロファイルpbs_gamessにおいて、GAMESSのキーワード設定ウィンドウで指定した並列数が反映されない不具合を修正しました。
- GaussianのTDDFT計算出力の読込で、複数のステップのスペクトルが重なって表示される不具合を修正しました。
- [MD]-[溶媒を配置/系を構築]および[分子を挿入]において、packmolを使用時に、32bit環境において処理が異常終了する不具合を修正しました。(V9.2.0以降)
- [MD]-[溶媒を配置/系を構築]および[分子を挿入]において、セルの外側の原子の配置が適切に考慮されない不具合を修正しました。
- [MD]-[溶媒を配置/系を構築]において、[Import]ボタンを押した際に[Density]等の値が更新されない不具合を修正しました。
- LAMMPSの固体壁を含む系の計算においてgroおよびndxファイルの生成に失敗する不具合を修正しました。
- スーパーセルを作成、真空層を挿入などの機能でモデルの変更情報が更新されない不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOのキーワード設定ウィンドウが、一部の格子の種類の際に立ち上がらない不具合を修正しました。
- OpenMXキーワード設定ウィンドウにおいて、[MD]-[Type]-[NVT-NH]または[NVT_VS]を選んだ際に、TempControlに設定されるキーワードの数が適当でない不具合を修正しました。
[仕様変更]
- GAMESSキーワード設定のDFTタブで、NSTATEのコンボボックスに「1」を追加しました。
Version 9.2.3 2019/6/7
[新機能]
- 電荷を削除、またはユーザ電荷に設定する機能を追加しました。
- Gaussianのキーワード設定で、HamiltonianにAPF,APFDを追加しました。
[不具合修正]
- カルボニル基を含むmol2ファイルの保存で不正な原子タイプになる不具合を修正しました。
- GAMESSのPIO計算ができないことがある不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOのファイル(pwinおよびpwoutファイル)を読み込んだ際にメインウィンドウに最適化フラグが読み込まれない不具合を修正しました。(V9.1.0以降で発生)
- Quantum ESPRESSOキーワード設定ウィンドウにおいて、アスタリスク付きのPseudo Potentialを選択した際に、分子表示エリアのモデルが更新されると原子種のリストが適切に設定されないことがある不具合を修正しました。
- FOCUS向けのESM-RISM計算用テンプレート(focus_qe_eis)を使うとpprismが実行されない不具合を修正しました。
- 2019年4月9日以降、FOCUS向けの各種テンプレートを用いて計算を流せない不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOのconstant-mu計算実行時に、キーワード設定ウィンドウを開きなおすたびにfcp_muの値が増加し続ける不具合を修正しました。
- AnimationウィンドウのCustom Plot機能において、リストに表示される項目がリセットされない不具合を修正しました。
[仕様変更]
- samples/al_slab.cifの格子定数を変更しました。
- UV/Vis、IR/Raman、NMRスペクトルウィンドウのタイトルバーにファイル名を表示するようにしました。
- リモートジョブ実行のJM(Windows)選択時に、サーバ側のユーザが管理者でなくても実行できるようにしました。
Version 9.2.2 2019/5/13
[不具合修正]
- [表示]-[周期境界条件の表現形式]の絵が正確でない不具合を修正しました。
- [編集]-[周期境界条件に基づき原子を再配置]の絵が正確でない不具合を修正しました。
- QM, 半経験QMでキーワード変更時に変更情報がタイトルバーに反映されない不具合を修正しました。
- MOPAC2016 Version19以降の出力読込で、キーワード行に&があるとエラーになる不具合を修正しました。
- MOPAC2016 Version19以降の振動解析出力の読込でエラーになる不具合を修正しました。
- セルの作成/編集後に表示にすぐに反映されないことがある不具合を修正しました。
- イオンを含む系を一旦mol2に保存してからMDを実行するとエラーになる不具合を修正しました。
- Dreiding力場を使用したときに、ffnonbondedのinclude文が2行出力される不具合を修正しました。
- Dreiding力場のときはイオンと水はamber03に固定なので、他に設定できないようにしました。
- 真空層を挿入でスラブをbaseの最大値の位置に置こうとすると、スライダの微妙な加減でz=Lz付近の原子層が消える不具合を修正しました。
- 電荷が持つモデルがメインウィンドウに表示された状態で真空層挿入や表面切り出し等を使ってモデルを作成すると、電荷を持っていると誤認識される不具合を修正しました。
- 格子を変換機能を使って、XY平面にA,B軸が平行でないセルが作成された場合に、スーパーセルを作成を使用すると軸と原子座標がずれる不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOの入力ファイルを読み込んだ際に、最適化フラグが読み込まれない不具合を修正しました。(V9.1.0以降)
- AnimationウィンドウのCustom Plot機能を複数回呼び出した際に、UIがリセットされない不具合を修正しました。
[仕様変更]
- 保存するファイル名に半角英数、アンダースコア、ピリオド以外が含まれている場合は、警告を出すようにしました。
- XYZ形式の原子リストで残基名が切れないようにしました。
- mol2の読み書きで残基情報等も含めるように変更しました。
- 動径分布関数のCreate Groupで[Current Group]を選択すると、 そのグループに属している原子のみ表示されるようにしました。
- LAMMPS 2019Febで最終dataファイルが生成されない問題を修正しました。
- 溶媒を配置/セルを構築メニューでPackMolを使用する場合、dodecahedron,octahedronは選択できないようにしました。
- リモートジョブ実行でSubmitした時にsubmissionコマンドの内容をオプション付きで表示するようにしました。
- リモートジョブ実行でOpenSSHサーバとジョブマネージャを利用してWindowsサーバを使用できるようにしました。
- リモートジョブ実行で最後に選択されたプロファイルが再起動時に選択されるようにしました。
Version 9.2.1 2019/4/23
[仕様変更]
- 底⼼単斜格子のコンベンショナル・プリミティブセル相互変換に対応しました。
Version 9.2.0 2019/4/9
[新機能]
- 元素の選択を周期表から選べるようにしました。
- グループ選択された構造の電荷の合計値を、入力値にシフトさせる機能を追加しました。([編集]-[グループ編集]-[グループの電荷をシフト]メニュー)
- [選択]-[原子選択言語による選択]において、電荷の値を使用して原子を選択できるようにしました。(例:charge 1.00)
- MOPACのEasy Setup機能を追加しました。
- MOPACのスキャン計算の入力支援機能を追加しました。([半経験QM]-[MOPAC]-[キーワード設定]-[Easy Setup])
- Gaussianのスキャン、IRC計算の入力支援機能を追加しました。([QM]-[Gaussian]-[キーワード設定]-[Easy Setup])
- [MD]-[溶媒を配置/セルを構築]および[分子を挿入]機能において、packmolを用いることにより、従来よりも高密度または大分子数での分子の配置の成功確率が向上するようになりました。([ツール]-[環境設定]-[編集]-[MD-溶媒を配置/セルを構築]にてPackmolを使用])
- Gromacs、LAMMPSのリモートジョブ実行時に、ログファイルまたはエネルギーの表示のみを行う機能を追加しました([Get & Open Log]および[Get & Plot Energy]ボタン)
- LAMMPSのキーワード設定において、ReaxFF用のプリセットを追加しました。
- LAMMPSの結果解析機能に、密度分布、誘電率を追加しました。
- LAMMPSを用いた、Green-Kubo式による粘度計算機能を追加しました。
- LAMMPSを用いた、比熱、等温圧縮率計算機能を追加しました。([MD]-[LAMMPS]-[キーワード設定]-[Output]-[Calc Fluctuation Properties])
- LAMMPSを用いた熱伝導率計算時に、熱輸送の自己相関関数をグラフ化する機能を追加しました。([MD]-[LAMMPS]-[各種自己相関関数]メニュー)
- LAMMPSの計算で、Position Restaraintを指定している場合に、拘束されていない原子のみの温度を表示できるようになりました。(Energy TermsでTempFreeを選択)
- Animationウィンドウにおいて、原子間距離・角度・格子定数などを横軸にエネルギーをプロットする機能を追加しました。([Cutsom Plot]ボタン)
- Animationウィンドウにおいて、MOPAC、Gaussianのトラジェクトリを反転させる機能を追加しました。([Tools]-[Invert Trajectory])
- 溶解度計算モジュールで予測できる物性値(融点、沸点、粘度、標準エンタルピー、標準ギブス自由エネルギー)の数を増やしました。
- リモートジョブ投入ウィンドウにおいて、リモートジョブの設定を任意のタイミングで保存できるようにしました。([File]-[Save Setting File]メニュー)
- リモートジョブ投入実行時に、リモートサーバ上の標準出力(winmos.o)と標準エラー(winmos.e)のみを取得できる機能を追加しました。([Job]-[Get Remote File and...]-[Open stdout]、[Open stderr]メニュー)
[不具合修正]
- 原子数が大きい時に原子の追加ができない不具合を修正しました。
- 新しいGromacs(少なくともGromacs2018.3で確認)において、継続ジョブの実行に失敗する不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOのCar-Parrinello計算のキーワードがメインウィンドウに出現している状態でキーワード設定ウィンドウを開くと、「更新されたキーワードを読み込みますか?」と必ず表示される不具合を修正しました。
- [ツール]-[環境設定]-[計算]-[GAMESS計算後に強制的にスリープ]の設定が保存されない不具合を修正しました。
[仕様変更]
- 無償版のcifファイル読み込みで結合が正しく生成されるようにしました。
- グループをコピー、グループを貼り付けで電荷等の情報をコピーできるようにしました。
- [表示]-[周期境界条件の表現形式]をフォームから選択するようにしました。
- ポリマービルダでランダムに配置できる機能を追加しました。
- groファイルを開く際に結合を自動生成する最大原子数を指定できるようにしました([ツール]-[環境設定]-[編集]-[ボンドを自動生成する最大原子数])
- LAMMPSのdataファイルの読み込みを高速化しました。
- LAMMPSの熱伝導率計算時に出力される、熱輸送の自己相関関数のファイル名を、hextflux.dからautocurr_heatflux.dに変更しました。
- LAMMPS計算時に、対応するmdpおよびtopファイルを出力するようにしました。
- 大規模なスーパーセルの作成を高速化しました。
- Quantum ESPRESSOのバンド構造および、フォノンバンドを表示する際に、K点パスを自動で取得するようにしました。
- Quantum ESPRESSOのキーワード設定ウィンドウにおいて、nr1b, nr2b, nr3bを直接変更できるようにしました。
- AnimationウィンドウにおいてSDFファイルを保存するメニューを作成しました。([Automation]-[Saveing SDF File])
- リモートジョブの各種処理の実行時に、自動で実行されるサーバへの接続テストが失敗した際には、処理を中断するようにしました。
- リモートジョブウィンドウの[File]-[Import Setting File]において、UserPrefフォルダ以下のファイルを選択した際に、テンプレートファイルを複製しないようにしました。
- 溶解度計算モジュールで出力されたCSVの行と列を交換しました。
- Winmostar用cygwinパッケージ(cygwin_wm)のAmberToolsのバージョンを14から18に変更しました。
- [ヘルプ]-[cygwin_wmを診断]でcygwin_wmのバージョンを確認できるようにしました。
- 分子の重ね合わせ表示で複数モデルを選択できるようにしました。
- 分子の重ね合わせ表示で全部チェックを入れる/外すボタンを追加しました。
- 分子の重ね合わせ表示でAlignはチェックした分子のみ行うようにしました。
- ウィンドウサイズを変えたときにツールメニューのツールバーが二行にならないようにしました。
Version 9.1.5 2019/6/7
[不具合修正]
- Quantum ESPRESSOのファイル(pwinおよびpwoutファイル)を読み込んだ際にメインウィンドウに最適化フラグが読み込まれない不具合を修正しました。(V9.1.0以降で発生)
- Quantum ESPRESSOキーワード設定ウィンドウにおいて、アスタリスク付きのPseudo Potentialを選択した際に、分子表示エリアのモデルが更新されると原子種のリストが適切に設定されないことがある不具合を修正しました。
- FOCUS向けのESM-RISM計算用テンプレート(focus_qe_eis)を使うとpprismが実行されない不具合を修正しました。
- 2019年4月9日以降、FOCUS向けの各種テンプレートを用いて計算を流せない不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOのconstant-mu計算実行時に、キーワード設定ウィンドウを開きなおすたびにfcp_muの値が増加し続ける不具合を修正しました。
- AnimationウィンドウのCustom Plot機能において、リストに表示される項目がリセットされない不具合を修正しました。
[仕様変更]
- samples/al_slab.cifの格子定数を変更しました。
- UV/Vis、IR/Raman、NMRスペクトルウィンドウのタイトルバーにファイル名を表示するようにしました。
Version 9.1.4 2019/5/13
[不具合修正]
- [編集]-[周期境界条件に基づき原子を再配置]の絵が正確でない不具合を修正しました。
- セルの作成/編集後に表示にすぐに反映されないことがある不具合を修正しました。
- MOPAC2016 Version19以降の出力読込で、キーワード行に&があるとエラーになる不具合を修正しました。
- MOPAC2016 Version19以降の振動解析出力の読込でエラーになる不具合を修正しました。
- QM, 半経験QMでキーワード変更時に変更情報がタイトルバーに反映されない不具合を修正しました。
- Dreiding力場を使用したときに、ffnonbondedのinclude文が2行出力される不具合を修正しました。
- Dreiding力場のときはイオンと水はamber03に固定なので、他に設定できないようにしました。
- 真空層を挿入でスラブをbaseの最大値の位置に置こうとすると、スライダの微妙な加減でz=Lz付近の原子層が消える不具合を修正しました。
- 電荷が持つモデルがメインウィンドウに表示された状態で真空層挿入や表面切り出し等を使ってモデルを作成すると、電荷を持っていると誤認識される不具合を修正しました。
- 格子を変換機能を使って、XY平面にA,B軸が平行でないセルが作成された場合に、スーパーセルを作成を使用すると軸と原子座標がずれる不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOの入力ファイルを読み込んだ際に、最適化フラグが読み込まれない不具合を修正しました。(V9.1.0以降)
Version 9.1.3 2019/4/23
[仕様変更]
- 底⼼単斜格子のコンベンショナル・プリミティブセル相互変換に対応しました。
Version 9.1.2 2019/4/9
[不具合修正]
- CNDO/Sの計算結果にエラーがある時に、分子構造がおかしくなる不具合を修正しました。
- GAMESSのSetupに$PCMCAVを追加して、$PCMCAVのキーワードが$PCMに混同される不具合を修正しました。
- Gaussianの振動解析出力の読込で、固定原子があるとエラーになる不具合を修正しました。
- NWChemのキーワード設定ウィンドウのOtherSettingでsetキーワードを設定した後に、もう一度ウィンドウを開くと設定されていない不具合を修正しました。
- MO Plotウィンドウで、使用できない[Draw(2D)]ボタンが出現することがある不具合を修正しました。
- LAMMPSのdataファイル読み込みで不正なZ-Matrixが生成される不具合を修正しました。
- LAMMPSのdata読み込みでxlo,ylo,zloがセルの原点に反映されない不具合を修正しました。
- ermodが実行できなくなる不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOのCar-Parrinello計算のキーワードがメインウィンドウに出現している状態でキーワード設定ウィンドウを開くと、「更新されたキーワードを読み込みますか?」と必ず表示される不具合を修正しました。
- [表面切り出し]、[真空層挿入]、[クラスタ作成]で結合が表示されない不具合を修正しました。
- ブラベ格子に変換したときに選択原子がなくなることがある不具合を修正しました。
- 表示設定の背景(3D)が機能しない不具合を修正しました。
[仕様変更]
- ESM-RISM版Quantum ESPRESSOのMOLファイルを開く際に、原子名と電荷も読み込むようにしました。
- ESM-RISM版Quantum ESPRESSOのMOLファイルを開く際に、XMLフォーマットに準拠していない場合は処理を中断するようにしました。
Version 9.1.1 2019/3/3
[不具合修正]
- 学生版でNWChemを使用できない不具合を修正しました。
- リモートジョブ投入ウィンドウが開いた状態でWinmostarを終了すると、リモートジョブ投入ウィンドウで加えられた変更が保存されない不具合を修正しました。
[仕様変更]
- 読み込めるmol2ファイルの原子タイプを拡充しました。
- 各種キーワード設定ウィンドウでRunボタンを押した後にキャンセルをしたらウィンドウを閉じないようにしました。
- DPDセルビルダにおいて、系の作成後にズームを自動調整するようにしました。
- ライセンス設定時のメッセージを変更しました。
Version 9.1.0 2019/2/12
[新機能]
- ハンセン溶解度パラメータ(Hansen SP値)チュートリアルを追加しました。
- GAMESSの実行直後に強制的にスリープする機能を追加しました。([ツール]-[環境設定]-[計算])
[不具合修正]
- MOPAC7(mop7w70)で、COSMO計算ができない不具合を修正しました。
- GaussianのEasySetupで、tddftの時にb3lypが設定できないことがある不具合を修正しました。
- DPDセルビルダ使用後、[表示]-[周期境界条件の表現形式]などの一部機能が使えない不具合を修正しました。
[仕様変更]
- [ファイル]-[エクスポート]-[画像]メニューでPNGの出力に対応しました。
- ファイル上書き保存時はファイルの読み直しはしないようにしました。
- 最適化フラグをZ-MatrixとXYZで別にするようにしました。
- セルが定義されていない場合にグレーアウトして実行できなかった一部メニューを、常に実行できるようにしました。
- Gromacs, LAMMPS, MODYLASの継続ジョブ実行後、モデルの変更フラグが立たないようにしました。
- [MD]-[溶媒を配置/セルを作成]において、Displayed MoleculeまたはWaterを複数行リストに生成しないようにしました。
Version 9.0.3 2019/3/3
[不具合修正]
- 学生版でNWChemを使用できない不具合を修正しました。
- リモートジョブ投入ウィンドウが開いた状態でWinmostarを終了すると、リモートジョブ投入ウィンドウで加えられた変更が保存されない不具合を修正しました。
[仕様変更]
- DPDセルビルダにおいて、系の作成後にズームを自動調整するようにしました。
Version 9.0.2 2019/2/12
[不具合修正]
- GromacsのχパラメータおよびDPDパラメータ算出機能において、それらの値が本来の値の1/2となる不具合を修正しました。
- OpenMXキーワード設定ウィンドウで、タブオーダーを修正しました。
- OpenMXキーワード設定時、scf.ElectronicTemperatureの綴りが異なる不具合を修正しました。
- OpenMXキーワード設定時、scf.ProExpn.VNAが設定できない不具合を修正しました。
- Gromacs, ERmod, LAMMPS, QE, OpenMXのリモートジョブにおいて、%WM_NUM_PROC%, %WM_NUM_THREAD%, %WM_NUM_PARALLEL%が反映されない不具合を修正しました。
Version 9.0.1 2019/1/28
[不具合修正]
- C-S結合を含む一部の分子で結合次数が不正になることがある不具合を修正しました。
- ベンゼン環を含む一部の分子に対する[編集]-[水素を付加]-[すべての原子に付加]メニューで水素が多く付加されることがある不具合を修正しました。
- Ctrlキーを押しながら画面の原子をクリックしてグループ選択したときに、分子リストのハイライトが変更されない不具合を修正しました。
- 計算中のログファイルなど、不完全なテキストデータをグラフ化する際にエラーが出て描画できない不具合を修正しました。
- コマンドライン引数によるGAMESSの入力ファイルの保存でエラーになることがある不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定のupscaleキーワードに実数値を入力できない不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOのフェルミ面の表示でエラーになることがある不具合を修正しました。
- トライアル版でリモートジョブ投入できない不具合を修正しました。
- コマンドライン引数によるアスペクト比の計算でエラーになることがある不具合を修正しました。
Version 9.0.0 2019/1/15
[新機能]
- 分子表示エリアにグループ選択した原子の個数と組成を表示するようにしました。
- マウスのホイールによる分子表示エリアの拡大・縮小の速度を変更できるようにし、デフォルトで滑らかに拡大・縮小するようにしました。
- グラフ描画エンジンの変更により、描画速度が高速化し、またリサイズに対応するようになりました。
- ツールバーに11個のよく使う機能に関するボタンを追加しました。
- マーカーの付いた原子にカメラの注視点を合わせる機能を追加しました。([表示]-[選択原子を注視]メニュー)
- グループ選択した原子を透明表示する機能を追加しました。([表示]-[透明化]メニュー)
- セルの端を座標の原点に取り直す機能を追加しました。([編集]-[座標系の取り直し]-[セルの下限の端を原点に設定]メニュー)
- セルサイズを直接指定した立方体状セルの作成が可能になりました。([編集]-[セルを作成/編集]メニューの[Create]機能において、デフォルトで立方体のセルを作成するようにしました。)
- [編集]-[周期境界条件に基づき原子を再配置]にて直方セル以外にも対応しました。
- [選択]メニューを設置し、分子・原子の柔軟な選択に対応しました。
- メインウィンドウでグループ選択した原子をインデックス(ndx)ファイルに追加し、MD計算の結果解析時に(動径分布関数など)Groupとして指定できるようにしました。([選択]-[グループをndxファイルに追加]メニュー)
- 各種キーワード設定画面にRunボタンを追加しました。
- GAMESSキーワード設定ウィンドウにおいて、全キーワードの説明がポインタを重ねた際に表示されるようにしました。
- メインウィンドウに表示された分子を並べて液相を作成する機能を追加しました。([MD]-[溶媒を配置/系を構築]メニューの[Add Displayed Molecule]ボタン)
- Quantum ESPRESSOキーワード設定ウィンドウにupscale, max_seconds, laue_buffer_left, laue_buffer_right, rism3d_maxstep, rism1d_maxstep, solute_epsilon, solute_sigmaの設定欄を追加しました。
- Quantum ESPRESSOのリモートジョブの実行中に、エネルギー変化、アニメーション、ログファイルの表示のみを可視化できるようにしました。(リモートジョブ投入ウィンドウの[Get & Open...]ボタン)
- ESM-RISM用のMOLファイルの読込に対応しました。
- Animationウィンドウにおいて、グループ選択した原子のトラジェクトリのみを抽出し新しいトラジェクトリファイルを作成できるようにしました。([Tools]-[Extract Trajectory for Selected Atoms]メニュー)
- リモートジョブ投入ウィンドウにおいて、すでに存在する設定ファイルから追加で設定を読み込めるようにしました。
- リモートジョブ投入でスケジューラを使用せず、スクリプトを実行するだけの機能を追加しました。
- FOCUSスパコンへのLAMMPSとQuantum ESPRESSOのジョブを投入するプロファイルを追加しました。(focus_lammps, focus_qe)
- ウィンドウメニューを追加し、現在開かれているウィンドウ一覧の表示や結果解析ウィンドウの再表示に対応しました。
- マニュアルを一新し、HTML版とPDF版の両方を公開しました。(Sphinxを使用)
[不具合修正]
- リモートジョブ投入機能において旧sendsubボタンを押した際に、キャンセルボタンなどにより処理を中断しても正常に処理が中断されない不具合を修正しました。
[仕様変更]
- バージョン番号にミドルバージョンをつけるようにしました。
- wm_systemディレクトリを追加し、ユーザが直接編集することのないファイルをまとめました。
- 一部形式でファイルを保存する際に、その直後にそのファイルをメインウィンドウで読み込み直すようにしました。
- samplesフォルダ以下のファイルを開いた際に、Winmostarイントールフォルダ以下のUserDataフォルダを自動的にカレントディレクトリに設定するようにしました。
- メイン画面及び結晶ビルダにステータスバーを追加し、メッセージを表示できるようにしました。
- ステータスバー上にズーム機能を移動しました。
- ツールバーにツールボタンを追加し、メニューに合わせた再配列を行いました
- chgボタンをツールボタンにしました。
- 対応するツールボタンのアイコンをメニューに表示するように変更しました。
- 各種メニュー・ウィンドウのレイアウトとUIパーツの名称を変更しました。(詳細はユーザマニュアルを参照)
- 各種ウィンドウをEscキーで閉じられるようにしました。
- モデル変更時にタイトルバーのファイル名にアスタリスクをつけるようにしました。
- 学生版と無償版の背景色を製品版と同じものに統一しました。
- 原子リストのXYZとZ-Matrixの表示切り替えをタブにしました。
- [表示]-[拡大・縮小]-[ウィンドウに合わせる]メニューは拡大率100%を上限にしないようにしました。
- Winmostar 3DをWinmostar Viewerと名称変更しました。
- [編集]-[グループ編集]-[グループをペースト](旧[部分ペースト])の際に、ペーストした原子に原子を移動する設定を追加し、デフォルトでそれが有効となるようにしました。
- [編集]-[セルを作成/編集]メニューの[Create]機能において、デフォルトで立方体のセルを作成するようにしました。
- [編集]-[周期境界条件に基づき原子を再配置]メニューをフォームから実行するようにしました。
- 各種ソルバ実行時の、ファイル保存、処理開始確認の流れを統一しました。
- 各種結果表示ウィンドウ(IR、Animationなど)のGIFアニメーションやCSV出力機能を[Export]ボタンに集約しました。
- 半経験QM、QMのキーワード設定ウィンドウの[Load], [Save], [Reset]ボタンを、それぞれ[Reset], [Save as Default], [Clear Default Settings]に名称変更しました。
- MOPACのデフォルトで設定されるキーワードにVECTORSを追加しました。
- QMのキーワード設定ウィンドウの[with Reset]チェックボックスをEasySetupウィンドウ内に移し、[Reset before applying changes]に名称変更しました。
- GAMESS, NWChemの並列数の設定場所をメインメニューおよび環境設定ウィンドウからキーワード設定ウィンドウに移しました。
- GAMESSキーワード設定ウィンドウの構成を変更しました。
- GAMESSのローカルジョブ実行時も拡張子gmsを使えるようにしました。
- MD, Solidのキーワード設定の際に、メインウィンドウでセルが定義されていない場合はセルを自動で作成するようにしました。
- MDのキーワードを設定後、キーワード表示エリアにキーワードが設定された旨を表示し、その表示がある状態でないとソルバが実行されないようにしました。
- [MD]-[溶媒を配置/系を構築]において、[Put the molecule on the main window]チェックボックスの機能を[Add Displayed Molecule]ボタンの機能に統合しました。
- LAMMPSの熱伝導率(K)計算機能において、各成分の熱伝導率(Kx, Ky, Kz)の定義をK = Kx + Ky + Kzではなく、K = (Kx + Ky + Kz) / 3に変更しました。
- LAMMPS実行時に、groファイルとndxファイルを新規ジョブ開始時のみ生成するように変更しました。
- 結晶ビルダにOK, Cancelボタンを配置し、OKボタンでメイン画面へのデータ移動ができるようにしました。
- 結晶ビルダの[File]-[Close]メニューは削除しました。
- 結晶ビルダの[Edit]-[Lattice]機能はウィンドウの右側に常に表示するように変更しました。
- 結晶ビルダの[Edit]-[Repeat]機能はスーパーセルを作成機能としてメイン画面から呼び出せるように変更しました。
- 結晶ビルダをモーダルウィンドウとして表示するように変更しました。
- 結晶ビルダの表示画面と非対称要素リストをそれぞれクリックした際の相互参照ができるようにしました。
- 結晶ビルダの非対称要素の行を一回クリックしたときは選択状態とし、選択状態からもう一度クリックしたときに編集できるように変更しました。
- 表面切り出し、真空層挿入などの機能をメイン画面から直接呼び出せるようにしました。
- 学生版では[固体]-[クラスタを作成]メニューを使用不可にしました。
- Solidのキーワード設定時に、メインウィンドウの構造がprimitive cellに変換可能である場合は自動で変換するか尋ねるようにしました。
- Quantum ESPRESSO実行時に、ローカルジョブにおいてもESPRESSO_PSEUDOをoutdirと同じにするよう変更しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定ウィンドウの構成を変更しました。
- Quantum ESPRESSOにおいて、Output Directory=Continueの状態で保存されるpwinファイルのoutdirキーワードを、ファイル保存時に開かれているファイルのoutdirから、キーワード設定時に開かれていたファイルのoutdirへ変更しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定において、[Automatically convert to primitive cell]の名称を[Set ibrav and celldm]に変更し、プリセットが[SCF+Band+DOS]と[SCF+Bands(Fermi surf)]の時はチェックを入れ、それ以外の時はチェックを外すようにしました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定において、プリセットが[SCF+Band+DOS]の時はPDOSも計算するようにしました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定において、プリセットが[SCF+Band(Fermi surf)]の時はoccupations=smearingと設定するようにしました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定において、以下のキーワードのデフォルト値を変更しました。
atomic_position unit: angstrom
ecutwfc: 25
ecutrcho: 225
mixing_beta: 0.3
- Quantum ESPRESSOの[SCFエネルギー変化]機能において、Estimated Accuracyのみをプロットするように変更しました。
- QuantumESPRESSOキーワード設定のRISMタブにOpen MOL Filesを追加しました。
- FDMNESのログファイル名をfdmnes.logから入力ファイル名の拡張子をlogにしたものに変更しました。
- 学生版ではBoltzTraP GUIを使用不可にしました。
- プログラムパスでV8以前では%WINMOSTARDIR%in'と表記するところを'%BINDIR%'に変更しました。
- リモートジョブ投入をツールメニューに移動しました。
- リモートジョブ投入の設定ファイル(iniファイル)名をwinmos_profile.iniに変更して、フォーマットも変更しました。
- リモートジョブ投入のリモートディレクトリの指定方法を変更しました。
- リモートジョブ投入のスクリプトファイル名を「ソルバ名.***.txt」に統一しました。
- リモートジョブ投入のスクリプトで使えるエイリアスを変更しました。
- 各種リモートジョブのテンプレートスクリプトの冒頭にexport LANG=Cを追加しました。
- TSUBAME2用およびその他一部のリモートジョブ用のプロファイルを削除しました。
- samplesフォルダにau.cifをに加えました。
Winmostar V8
Version 8.039 2019/11/13
[不具合修正]
- カルボニル基を含むmol2ファイルの保存で不正な原子タイプになる不具合を修正しました。
Version 8.038 2019/5/13
[不具合修正]
- mol2の読み書きで残基情報等も含めるように変更しました。
- イオンを含む系を一旦mol2に保存してからMDを実行するとエラーになる不具合を修正しました。
- Dreiding力場を使用したときに、ffnonbondedのinclude文が2行出力される不具合を修正しました。
- Dreiding力場のときはイオンと水はamber03に固定なので、他に設定できないようにしました。
Version 8.037 2019/2/12
[不具合修正]
- GromacsのχパラメータおよびDPDパラメータ算出機能において、それらの値が本来の値の1/2となる不具合を修正しました。
- OpenMXキーワード設定ウィンドウで、タブオーダーを修正しました。
- OpenMXキーワード設定時、scf.ElectronicTemperatureの綴りが異なる不具合を修正しました。
- OpenMXキーワード設定時、scf.ProExpn.VNAが設定できない不具合を修正しました。
Version 8.036 2019/1/28
[不具合修正]
- Quantum ESPRESSOのフェルミ面の表示でエラーになることがある不具合を修正しました。
Version 8.035 2019/1/15
[不具合修正]
- Winmostarのアイコンにファイルをドラッグ&ドロップして起動すると2D表示になり、ズームイン・アウトができなくなる不具合を修正しました。
- [MD]-[溶媒を配置/セルを構築]でFixedでmol2を入れるとエラーになることがある不具合を修正しました。
- [MD]-[分子を挿入]でエラーになることがある不具合を修正しました。
- 大規模系のLAMMPSのdataファイルを読み込んだ後に部分移動でエラーになる不具合を修正しました。
- ERmodのOptionsにおいてecdminを変更した際に、solnとrefsで異なる値が設定され計算できない不具合を修正しました。
- _atom_site_aniso_のキーがあるcifファイルを読み込めない不具合を修正しました。
- リモートジョブ投入機能において、Quantum ESPRESSOのpwoutファイルがメインウィンドウで開かれている状態でgetできない不具合を修正しました。
[仕様変更]
- [ファイル]-[新規]を実行した際に、[表示]-[センタリング]にチェックを入れるようにしました。
Version 8.034 2018/12/25
[不具合修正]
- 原子の並び替え、分子種のソートで結合の表示が不正になることがある不具合を修正しました。
- 大規模系の[分子種でソート]でエラーになる不具合を修正しました。
- GAMESSキーワード設定で$HESS等の情報が消える不具合を修正しました。
- MDセルビルダーで溶質のみの系を作ろうとするとエラーになる不具合を修正しました。
- Groamcsキーワード設定でMPI(for Remote Job)をチェックしたときローカルでもmpiで起動する不具合を修正しました。
- FragmentERでフラグメントのアタッチがずれることがある不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOの入力ファイルを読み込む際に、丸括弧を含む行が正常に読み込まれない不具合を修正しました(V.8.033以降)
- 特定のdatファイルフォーマットから読み込んだ構造からHSP計算ができない不具合を修正しました。
[仕様変更]
- 分子表示エリアで3D表示(デフォルト)を使用している際の、選択原子間の角度の表示桁数を、3D表示を使用していない状態の桁数と同じにしました。
- GAMESSのEasy Setupを使用する際に、$DATAインプットグループの2行目が強制的にリセットされる仕様を廃止しました。
- 環境設定画面で原子リストの表示とZ-Matrix自動生成の原子数制限を設定できるようにしました。
Version 8.033 2018/12/5
[新機能]
- Windowsネイティブ版のESM-RISM対応Quantum ESPRESSOのローカルジョブ実行に対応しました。
- Quantum ESPRESSOのアニメーション読み込みにおいて、Fermi Energyの変化もプロットできるようにしました。
- リモートジョブ投入で、NQSIIに対応しました。
[不具合修正]
- キーワード設定欄が空のとき、PDBの保存に失敗する不具合を修正しました。
- [ファイル]-[追加読み込み]、[編集]-[水素付加]-[OpenBabelを使用]、[MD]-[界面ビルダ]などのいくつかの機能において、[編集]-[元に戻す]を使用できない不具合を修正しました。
- グループ選択された状態で[ファイル]-[追加読み込み]を実行した際に範囲チェックエラーが発生する不具合を修正しました。
- 部分削除後にPDBで保存すると、残基情報などが失われる不具合を修正しました。
- User Chargeが読み込まれている場合に、分子表示エリアにMulliken Chargeと表示される不具合を修正しました。
- CNDO/Sでパラメータがない元素がある場合も計算して異常な結果を出すことがある不具合を修正しました。
- トライアル版でNWChemが使えない不具合を修正しました。
- リモートジョブ実行時に、大きいサイズ(数百MB~)のzipファイルをgetした後解凍に失敗する不具合を修正しました。
- [MD]-[溶媒を配置/セルを構築]メニューでPDBの残基情報が抜けることがある不具合を修正しました。
- [MD]-[溶媒を配置/セルを構築]メニューで、4サイトまたは5サイトの水分子を配置した際に、原子配置が崩れる不具合を修正しました。(V8.030以降)
- 行末にコンマがなく、値が1文字の行を含むQuantum ESPRESSOの入力ファイルを読み込めない不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOのキーワード設定において、solute_ljをuff以外に設定した後、メインウィンドウ上でキーワードを変更していないにも関わらず「メインウィンドウで更新されたキーワードを読み込みますか?」と表示される不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOにおいて、原子座標を全て固定してrelax計算を実行した場合に、出力ファイルを読み込むと座標が正常に読み込まれない不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOのFCP計算時に、dampを使用するとアニメーション表示でChargeの変化がプロットできない不具合を修正しました。
- Quantum ESREPSSOのNEB計算において、1ステップで構造最適化が収束したpwoutファイルを指定した際に範囲チェックエラーが発生する不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOインプットファイルの読み込み時にcelldmと括弧の間に半角スペースが含まれると正常に読み込まれない不具合を修正しました。
[仕様変更]
- [ファイル]-[追加読み込み]を実行した際に、追加された構造をグループ選択するようにしました。
- メインウィンドウでファイルを開く際に、自動でカメラをセンタリングするようにしました。
- 環境設定において、ファイルを開いた後カメラをセンタリングするか否か選択できるようにしました。
- CubegenでScaleを設定できるようにしました。
- 結晶ビルダで原子が選択されていない状態でRemoveを押した際に、警告メッセージを表示するように変更しました。
- Quantum ESPRESSOのローカルジョブ実行時に、outdirをESPRESSO_PSEUDOに設定するようにしました。
- Quantum ESPRESSOのローカルジョブ実行時に、pw.exeと同じ階層にmpiexec.exeが存在する場合は、そのmpiexec.exeを使用するようにしました。
- FragmentERのデフォルトのパラメータファイルのパスを変更しました。
- FragmentERで付加したフラグメントに近接原子がある場合になるエラーを回避するようにしました。
- FragmentERでCheckを実行する前にCHECKフォルダを空にするようにしました。
Version 8.031 2018/11/12
[仕様変更]
- Quantum ESPRESSOのmdiis1d_stepとmdiis3d_stepのデフォルト値を、ESM-RISM対応Quantum ESPRESSOの実装に揃えました。
Version 8.030 2018/11/8
[新機能]
- GAMESSとFireflyとNWChemの遷移双極子モーメントの表示に対応しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定ウィンドウにおいて、RISM(2)タブを追加し、新規に7種類のRISM関連キーワードを設定できるようにしました。
- DCDFTBMDインターフェースの学生版での利用が可能になりました。
[不具合修正]
- [ファイル]-[インポート]-[SMILES]機能において、メインウィンドウに表示された構造が更新されていると処理が中断する不具合を修正しました。
- 部分削除で電荷情報がなくなる不具合を修正しました。
- 双極子モーメントの3D表示でWire表示の時にベクトル表示がおかしくなる不具合を修正しました。
- 遷移モーメントを表示した状態で[表示]-[3D]でWinmostar 3Dを起動したときに、双極子モーメントが表示される不具合を修正しました。
- Cube Plot時にEnergLevel画面が表示される不具合を修正しました。
- GaussianとGAMESSの出力読込で、初回起動時にMO表示できないことがある不具合を修正しました。
- Gaussian03で遷移双極子モーメントが表示できない不具合を修正しました。
- Gaussian logファイルのEigenvaluesが"**********"の時に、MO表示でOpenCubegenに失敗する不具合を修正しました。
- Gaussian logファイルのEigenvaluesが"**********"の時に、PIO計算ができない不具合を修正しました。
- Gaussianキーワード設定でtdの設定がTdコンボボックスに反映されない不具合を修正しました。
- Gaussianキーワード設定のコンボボックスの数値がEasySetupのコンボボックスに反映されないことがある不具合を修正しました。
- Gaussianのfchk読込みでSave Cubeチェックボックスが表示されない不具合を修正しました。
- Animationウィンドウのgif,jpegチェックボックスが機能しない不具合を修正しました。
- [溶媒を配置/セルを構築]で結合が不正になることがある不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOのESM法を使用する際に、Lz/2の付近に粒子があった場合に警告を表示する処理において、セルの原点の位置が無条件で(0,0,0)として処理される不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOのESM-RISM計算時に、Lz/2 < z < Lzの位置に粒子があると計算が流れない不具合を修正しました。
- Quautum ESPRESSOのジョブ開始後やpwinファイル読み込み後、原子位置だけを変更してジョブを開始またはpwinファイルを保存すると、ATOMIC_SPECIESカードが2重に出力されて計算できない不具合を修正しました。(V8.029以降)
- Quantum ESPRESSOにおいて、RISMを使用した計算を開始した後にキーワード設定ウィンドウを開くと、メインウィンドウ上でキーワードを変更していないにも関わらず、キーワードが変更された旨を知らせるダイアログが開く不具合を修正しました。
- Quantum ESPERSSOのNEB計算の実行時に、「Duplicates not allowed」と表示される不具合を修正しました。
- BoltzTraP結果読み込みにて、Seebek coefficentの単位をV/Kに修正しました。
- DCDFTBMDのエネルギー変化をクリックした際にデフォルトのファイル名が登録されていない不具合を修正しました。
- DCDFTBMDのエネルギー変化を二回開くと、エラーになる不具合を修正しました。
[仕様変更]
- mol2ファイルでの保存で電荷の桁数を増やしました。
- [編集]-[部分編集]-[部分移動(スライダー)]において、テキストボックスに値を入力した場合の制御の精度を向上させました。
- Winmostar3DでWindows10のゲームバー(キャプチャツール)を使用できるようにしました。
- MOPAC Setupの[Reset]ボタンでキーワードMMOKを追加しました。
- 桁溢れしたgroファイルを読み込めるようにしました。
- RISM対応版Quantum ESPRESSOを用いてFCP計算を実行する際に、ion_dynamicsと同じ値でfcp_dynamicsを出力するようにしました。
- Quantum ESPRESSOのリモートジョブ投入のカスタムスクリプト内で$0,$1が置換されるようにしました。
- Animation, 点群解析およびリモートジョブ投入ウィンドウを常に最前面に出さないようにしました。
- DC-DFTBの名称をDCDFTBMDに変更しました。
Version 8.029 2018/10/2
[新機能]
- Quantum ESPRESSOの擬ポテンシャルのプライオリティリスト(qe_pseudo_priority_list.d)で、ワイルドカード(*)の使用に対応しました。
[不具合修正]
- [編集]-[セルを作成/編集]において、数値入力欄でEnterキーを押した際に、変更が保存されない不具合を修正しました。
- 電荷のグラフィカル表示が前後逆に表示されることがある不具合を修正しました。
- dos2unixがインストールされていないリモートサーバにおいて、リモートジョブが異常終了する不具合を修正しました。
- CNDOSのUV-Visスペクトル(*.lst)読込で、初回起動時にMO表示できないことがある不具合を修正しました。
- CNDOSのUV-Visスペクトル(*.lst)読込で、BasisがSPDの時にMO表示できないことがある不具合修正を修正しました。
- 3D表示時にfchkファイルを読み込んだ時に、[cube]ボタンが表示されない不具合を修正しました。
- 振動スペクトルのアニメーション表示で原子位置がずれることがある不具合を修正しました。
- MD計算の力場にGAFF, OPLS-AA/Lを設定した場合に、水分子以外がすべてUNKというグループにまとめられてしまう不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOの計算でcp.xを用いる際に、ion_dynamics=noneを選ぶとion_dynamicsキーワードが出力されず、イオンが動いてしまう不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定ウィンドウのSOLVETSの設定が、Resetボタンを押しても表示がリセットされない不具合を修正しました。
- 3D表示状態で点群解析のSymmetrizeボタンを押したときに、表示がおかしくなる不具合を修正しました。
- 3D表示状態で点群解析をした際、回反軸が回転軸に隠れてしまう不具合を修正しました。
- 3D表示状態で点群解析をした際、対称点の色が設定されない不具合を修正されました。
[仕様変更]
- Winmostarのインストールパスがスペースまたはマルチバイト文字を含む場合は、警告を表示するようにしました。
- ファイルの保存時に、ファイル名がスペースまたはマルチバイト文字を含む場合は、警告を表示するようにしました。
- リモートジョブ投入ウィンドウのMethod欄のプルダウンメニューに履歴を残すようにしました。
- [編集]-[分子種単位で選択]において、複数の分子種を選択する場合は、各行をCtrl+クリックするように変更しました。
- MOPAC計算時に、選択したバイナリが対応していないハミルトニアンを選択した場合は警告を表示するようにしました。
- GAMESSのPDB編集機能の仕様を変更しました。
- UVVisスペクトル画面の吸収ピークのリスト表示をリストボックスに変更して選択可能にしました。
- ポリマーセルビルダにおけるシステムサイズ設定方法を、[溶媒を追加/系を構築]機能と同じ方式に変更しました。
- Gromacsの結果解析機能において、トラジェクトリファイルにanimated groファイルを選択した場合はトポロジファイルの選択を省略できるようにしました。
- LAMMPSのキーワード生成において、kspace_*コマンドをread_dataコマンドの後ろに出力するように変更しました。
- メインウィンドウのキーワード表示エリアの内容を、Quantum ESPRESSOキーワード設定ウィンドウに取り込むように変更しました。
- Quantum ESPRESSOの入力ファイル(*.pwin)を読み込んだ際に、ATOMIC_SPECIESカードをキーワード表示エリアに表示するように変更しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定ウィンドウにおいて、tprnfor、tstressキーワードを明示的に指定できるようにしました。
- Quantum ESPRESSOの擬ポテンシャルのプライオリティリスト(qe_pseudo_priority_list.d)の中で、大文字・小文字を区別しないようにしました。
- Quantum ESPRESSOの擬ポテンシャルのプライオリティリストにGBRVの擬ポテンシャル用の設定を追加しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定ウィンドウのReload pseudo filesボタンを押した際に、擬ポテンシャルのプライオリティリストも読み込むようにしました。
- Quantum ESPRESSOのキーワード保存ファイル(*.qeset)の中で、キーワードが出力される順番を変更しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定ウィンドウのOtherに記入したキーワードが、Otherタブ以外のタブで設定されたキーワードよりも優先されるようにしました。
- 表面切り出しにおいて、自動探索された格子候補の中に左手系の並進ベクトルの組み合わせのものが含まれないようにしました。
- リモートジョブ投入で使用しているPutty0.60をPutty0.70に変更しました。
- アニメーション、リモートジョブ投入画面がメイン画面よりも前面に表示されるように変更しました。
- 環境設定ウィンドウにUserPrefフォルダを開くボタンを追加しました。
- 各種のグラフ表示時に生成されるxmgrace向けファイルのフォーマットを変更しました。
- 分子の重ね合わせで複数分子のあるMOL2ファイル、SDFファイルに対応しました。
- 一部UIにヒントメッセージを追加しました。
Version 8.027 2018/8/21
[不具合修正]
- 3D表示の時、POV-Rayがエラーになる不具合を修正しました。
- [表示]-[拡大・縮小]-[ウィンドウサイズに合わせる]の結果が3Dと2Dで異なることがある不具合を修正しました。
- 3D表示時に[ファイル]-[エクスポート]-[画像]で保存すると、少し前の画像になる不具合を修正しました。
- アニメーション画面でファイル名とプログラム名がかぶることがある不具合を修正しました。
- GAMESSのPDB編集で編集後に原子リストが更新されない不具合を修正しました。
- 芳香環に窒素原子を含む系でGROMACSのtopファイル作成に失敗する不具合を修正しました。
- LAMMPSのdataファイル作成時に直方体セルの場合にtilt factorが0にならない不具合を修正しました。
- ガラス転移チュートリアルのモノマーの電荷を計算した直後に電荷がすぐに表示されないことがある不具合を修正しました。
- 結晶ビルダで大きな単位格子をもつ構造を保存した際、周期境界に接近した原子が不正に削除される不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOの入力ファイル生成時に、calculation=md以外でion_dynamicsキーワードが出力されない不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOでion_dynamics=dampの時にアニメーションを表示できない不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSO使用時に、異なる接尾辞の擬ポテンシャルファイルを混在させた計算を実行した後またはpwinファイルを読み込ませた後にキーワード設定ウィンドウを開くと範囲チェックエラーが起きる不具合を修正しました。
- RISM対応版Quantum ESPRESSOでFCP(constant-mu)計算のアニメーション表示時にchargeが読み込まれない不具合を修正しました。
[仕様変更]
- メインウィンドウの分子表示エリアの体積の表示に単位を追加しました。
- CNDO/Sキーワード設定ウィンドウの表示を修正しました。
- NMRスペクトル表示ウィンドウの参照スペクトル一覧にHF/STO-3Gのデータを追加しました。
Version 8.026 2018/8/1
[不具合修正]
- 水素付加が失敗することがあるの不具合を修正しました。
- [編集]-[Z-Matrix]-[原子追加]メニューが失敗することがある不具合を修正しました。
- [編集]-[部分編集]-[部分削除]メニューでCancelしても、原子のハイライトが元に戻らない不具合を修正しました。
- [環境設定]-[表示]-[標準色]を変更して[OK]を押してもすぐに背景色が反映されない不具合を修正しました。
- 直方のセル以外でLAMMPS dataファイルを作成する際、tilt factorsが設定されない不具合を修正しました。
- 散逸粒子動力学のチュートリアルで「backbone atoms are not set」と出ることがある不具合を修正しました。
- cif読み込み時や結晶ビルダで構造を作成した際、大きなセルで分率座標が近接する場合に、片方の原子が削除される不具合を修正しました。
Version 8.025 2018/7/24
[新機能]
- メインウィンドウに系全体の電荷・スピン密度を表示できるようにしました。
- 選択した原子の電荷とスピン密度を入力できるようにしました。([編集]-[原子]-[電荷/スピン変更])
- メインウィンドウで電荷を表示する際に、半径を対数的に表示できるようにしました。([環境設定]-[表示]-[電荷表示スケール]-[対数])
- Quantum ESPRESSOのNudged Elastic Band (NEB)法のGUIとチュートリアルを追加しました。([固体]-[Quantum ESPRESSO]-[NEB設定])
- Quantum ESPRESSOのログファイルからSCF計算中のエネルギー変化をプロットできるようにしました。([固体]-[Quantum ESPRESSO]-[SCFエネルギー変化(pwout)])
- Quantum ESPRESSOの部分状態密度表示機能において、プロットする原子を選択できるようにしました。
- Quantum ESPRESSOのスピン分極計算の出力(pwout)ファイルの読み込み時に、磁気モーメントを読み込むようにしました。
- Quantum ESPRESSOのキーワード設定においてinput_dftの設定とvdW_kernel_tableの自動生成に対応しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定において、EISライセンス使用時にdiagonalization=rmmの選択肢を追加しました
- Quantum ESPRESSOのバンド構造の描画時に、縦軸幅を指定可能にしました。
- OpenMXインターフェースにてmxout読み込み時にMulliken chargeとSpin densityの読込に対応しました。
- BoltzTraPインターフェースを正式リリースしました。
- BoltzTraPインターフェースのチュートリアルを公開しました。
- チュートリアルメニューに、MOPAC基礎編、MEP・IRC編、CNDO/S基礎編、NWChem基礎編、Quantum ESPRESSO BOMD編、リモートジョブのチュートリアルを追加しました。
[不具合修正]
- 電荷の種類を表示した場合に起動時にエラーになることがある不具合を修正しました。
- Gaussian16の振動解析結果のMO表示ができないことがある不具合を修正しました。
- Gaussian16でGPUを使った(%gpucpu)計算結果の出力を読むと、キーワードを取得できない不具合を修正しました。
- GaussianSetupの%nprocsharedのプルダウンメニューをTSUBAME3.0のコア数に合わせました。
- [MD]-[分子を挿入]メニューでセルサイズがかわってしまうことがある不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOのpwin保存時あるいは格子変換にてMonoclinicのb, cセッティングを逆に判定してしまう不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOのBOMDのアニメーション読み込みにおいて、継続ジョブのpwoutファイルを認識しない不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOの継続ジョブ実行時に、リモートジョブが実行されない不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOの継続ジョブ実行時に、メインウィンドウでpwinファイル以外が開かれていると処理できない不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOの継続ジョブ実行時に出力されるpwinファイルに、座標が正しく出力されない不具合を修正しまいた。(計算結果には影響ありません)
- Quantum ESPRESSOのバンド構造の描画時に、gS1などの3文字のラベルに対応しました。
- Quantum ESPRESSOのバンド構造の描画時に、パスが途中で途切れている場合、ラベル位置がずれたり空白領域が生じる不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOのバンド構造の描画時に、band.datに書かれる値が8文字になると表示が崩れる不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOのバンド構造の描画時に、バンド図書くときの縦軸のラベルを、Efermiにシフトするとき(E-E(fermi))、しないとき(E)と表記を変えるように変更しました。
- 最新のFDMNESを使用した際にEdge Energyを取得できない不具合を修正しました。
- リモートジョブ投入にてダブルクオーテーション記号"を含むパスワードに対応しました。
[仕様変更]
- GLD, MLDファイルの読み込み時、結合の種類を読み込めるように変更しました。
- 分子の重ね合わせ表示機能を[ファイル]メニューから[ツール]メニューへ移動し、仕様を大幅に変更しました。
- 大規模な系での部分削除を高速化しました。
- 編集メニューの操作の一部メッセージを修正しました。
- 3D表示がデフォルトになるように変更しました。
- 各種表示機能を3Dで使えるようにしました。
- 遠近法、空間充填モデル、ウィンドウサイズなどの設定を保存するようにしました。
- メインウィンドウに表示される体積と密度の表示桁数を変更しました。
- NWChemのキーワード設定画面でStart/Restartを設定できるようにしました。
- NWChemのNEB機能は学生版では使用できないようになりました。
- NWChemのデフォルトのメモリ使用量を200 MBから400 MBに変更しました。
- Gromacsのgroファイルの読込を高速化しました。
- 古いフォーマットのLAMMPSのリモートジョブ用ひな形スクリプト(lammps.txt)を削除しました。
- 結晶ビルダのビュー画面を3D描画するようにしました。
- Quantum ESPRESSOでkpath_default.txtをibravではなくlatticeで指定するように変更しました。
- Quantum ESPRESSOでkpath_default.txtにlattice=BCT, RHL, ORCF, MCLC, TRI (それぞれibrav=5, 7, 10, 13, 14に相当)のパスを追加しました。
- Quantum ESPRESSOのpwin保存時あるいは格子変換メニューにて、ibrav=9, Orthorhombic C Centered(ORCC)に対応しました。
- Quantum ESPRESSOの入力ファイルを読み込んだ際に、Mass, PseudoFile, starting_magnetization, Hubbard_U, Hubbard_alphaをキーワードウィンドウに読み込むようにしました。
- Quantum ESPRESSOの入力ファイルの読み込みにおいて、原子名に数字が含まれていても認識できるようにしました。
- Quantum ESPRESSOの入力ファイルの読み込みにおいて、ATOMIC_POSITIONSなどの単位が丸括弧で囲まれていても認識できるようにしました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定において、Preset設定時にPropetiesが設定されたとき、Propetiesタブの一番上の項目が表示されているように変更しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定において、trism=.True.または[Use RISM-enabled QE]にチェックが入っていた場合、Constant-mu(FCP)の設定をRISM対応QEの書式に合わせて出力するように変更しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定において、RISMのSOLVENTSのMoleculeを変更した際に、Labelも自動で変更するようにしました。
- Quantum ESPRESSOの継続ジョブ実行時に出力されるpwinファイルに、ATOMIC_POSITIONSのif_posフラグも出力されるようにしました。
- OpenMXのキーワードがメインウィンドウに設定されていない状態でOpenMXの入力ファイルを保存する場合に、キーワード設定ウィンドウを表示するようにしました。
- OpenMXのキーワードをSetした際に、メインウィンドウ右下のキーワード欄をクリアするようにしました。
- OpenMXインターフェースにてmxinのα、βスピンの有効桁数を小数点以下6桁まで拡張しました。
- BoltzTraPインターフェースにてcygwin_wmに対応しました。
- BoltzTraPでのグラフ表示はGnuplot限定としました。
Version 8.024 2018/7/10
[新機能]
- リモートジョブ投入で、SSH接続を共有する(Share SSH connections)ボタンを追加しました。
[不具合修正]
- PDB保存で結合の情報が正しくないことがある不具合を修正しました。
- 電荷のグラフ表示をしたときに、電荷の数値が隠れてしまう不具合を修正しました。
- Z-MatrixのないモデルをMOPACのdatファイルにXYZ形式で保存するとエラーになる不具合を修正しました。
- MOPACの電荷読込でエラーになることがある不具合を修正しました。
- GaussianのEasySetupで、不要な%chk=tempが入ることがある不具合を修正しました。
- PIOのLummox用データ作成で、結合情報の不具合を修正しました。
- RISM計算に対応したQuantum ESPRESSOを用いる時にfcp計算が流れない不具合を修正しました。
- OpenMXキーワード設定において、MixingStarPulayとcriterionの位置が逆転している不具合を修正しました。
[仕様変更]
- 大規模な系のmol2ファイルの読み込みを高速化しました。
- CONFLEXのWindows版バイナリがない場合でもCONFLEX設定画面を開けるようにしました。
- CONFLEX設定画面でローカルジョブとリモートジョブを切り替えられるようにしました。
- CONFLEX設定画面で計算の実行時にinファイルを保存するようにしました。
Version 8.023 2018/6/18
[不具合修正]
- 結晶ビルダで結晶構造を作成、またはCIFファイルを読み込んだ際に全ての対称要素が再生されない不具合を修正しました。
Version 8.022 2018/5/31
[新機能]
- GAMESS/Gaussian基礎編チュートリアルを追加しました。
- Quantum ESPRESSOの溶媒密度/エネルギー分布機能において、密度の積算機能と単位変更機能を追加しました。
- FDMNES実行時に入力ファイルのファイル名を指定できるようにしました。
- 結晶ビルダでP1以外のCIFの保存に対応しました。
[不具合修正]
- Winsmostar 3DのMOのコンター表示でカラーバーの赤と青が逆になる不具合を修正しました。
- Gromacs実行時に、水やタンパク質を含む系で警告が出現する不具合を修正しました。
- LAMMPSの実行時に、OPLS-AA/L+GAFFを選択した際に、improper_styleがcvffでなくumbrellaとなり計算できない不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定の[RISM]タブのSOLVENT、rism1d_conv_thr、rism1d_conv_thrを変更できない不具合を修正しました。
- Windowsの環境設定の"Use Unicode UTF-8 for worldwide language support"にチェックを入れた状態で、FDMNESを実行できない不具合を修正しました。
[仕様変更]
- [溶媒を配置/セルを構築]でセルパラメータの誤差が出にくいように変更しました。
- 界面ビルダでセルパラメータの許容誤差を大きくしました。
- Quantum EPSRESSO実行時に、「(原子名)_」から始まる擬ポテンシャルファイルを選択できるようにしました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定において、esm_bc=bc1の時にlfcpoptにチェックを入れられるようにしました。
- FDMNES実行時に、メインウィンドウのキーワード欄から入力ファイルを作成するようにしました。
- アスペクト比の出力に軸ベクトルの情報を追加しました。
Version 8.021 2018/5/10
[新機能]
- スライダーで部分構造を並進移動できる機能を追加しました。([編集]-[部分編集]-[部分移動(スライダー)])
- [溶媒を配置/セルを構築]機能で単原子イオンを追加した際にGAFFで力場をアサインできるようにしました。
- LAMMPS実行前に生成されるndxファイルに分子の組成の情報を追加し、結果解析時にグループを組成で選べるようにしました。
- Quantum ESPRESSOのキーワード設定において、lspinorb, noncolinキーワードを追加しました。
- Quantum ESPRESSOのキーワード設定において、キーワードを自由入力できるOtherタブを追加しました。
- OpenMXのチュートリアルメニューを追加しました。
- OpenMXのoutファイル(及びこのバージョンからのmxoutファイル)の読込に対応しました。
- OpenMXキーワード設定にMD.type=RFC5の設定を行うRelax(variable cell)を追加しました。
- OpenMXのMD.Fixed.XYZキーワードの設定と読み込みに対応しました。
- kpath_default.txtにibrav=1, 4, 6, 8, 9, 11, 12, 14を追加しました。
[不具合修正]
- GAMESSキーワード設定ウィンドウのOtherボタンを押した際に一部のレイアウトが崩れる不具合を修正しました。
- LAMMPSのdataファイルを生成する際に、GAFFのImproper dihedralが適切に設定されない不具合を修正しました。
- 最新のFDMNESを実行する際に、存在しないパラメータファイルのコピーに失敗する不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOの入力ファイルを読み込ませた際に、CELL_PARAMETERS, ATOMIC_POSITIONSの単位がalatの時、celldm, aで与えられた格子定数がbohrではなくangstromとして解釈される不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定において、tot_magnetizationが-1のときにwarningメッセージが出る不具合を修正しました。
- 結晶ビルダの表面切り出しで、Filter=Orthoの時、格子選択の候補がリストアップされない場合がある不具合を修正しました。
- アスペクト比算出機能で正しい値が出力されないことがある不具合を修正しました。
[仕様変更]
- CIF保存時にdata_キーワードを追記するように変更しました。
- [溶媒を配置/セルを構築]機能で単原子イオンを追加した際にresidue nameをUNKから原子名に設定するようにしました。
- LAMMPSキーワード設定において、groとndxファイルを毎かい生成するか否か選べるようにしました。
- LAMMPS実行時に、ndxファイルをジョブ実行時ではなくジョブ実行前に生成するようにし、リモートジョブ実行時にGromacsのインストールを不要としました。
- Quantum ESPRESSOにおいてESM法を用いて計算する際に、Lz/2付近に原子が存在したら警告を出すようにしました。
- Quantum ESPRESSOのtrismキーワードを指定した際に、lfcpoptをlfcpに変更し、fcp_muの単位をRydからeVに変更しました。
- OpenMXのひな形スクリプトを変更しました(旧バージョンでひな形スクリプトを作成していたユーザは本バージョン以降で再生成する必要があります)。
- OpenMXキーワード設定のPresetのOptをRelaxと表記しました。
- OpenMXの計算結果のpdfを生成するタイミングを、ジョブ実行時ではなく、各種結果解析メニューを選択する時に変更しました。
- OpenMX実行時のシェルスクリプトの標準出力の拡張子をoutからlogに変更しました。
- OpenMX実行後保存されるmxoutファイルを、stdファイルではなくoutファイルをコピーして生成するように変更しました。
- OpenMXの入出力ファイルの拡張子の選択肢を変更しました。
- kpath_default.txtの参考文献をQuantum ESPRESSOの参考文献に変更しました。
- ibrav=2のデフォルトのk点のパスを変更しました。
- 結晶ビルダの表面切り出しの格子選択時、Filter=Orthoをデフォルトに変更しました。
Version 8.018 2018/4/12
[不具合修正]
- CIF保存時にdata_キーワードを追記するように変更しました。
- [溶媒を配置/セルを構築]機能で単原子イオンを追加した際にresidue nameをUNKから原子名に設定するようにしました。
- LAMMPSキーワード設定において、groとndxファイルを毎かい生成するか否か選べるようにしました。
- LAMMPS実行時に、ndxファイルをジョブ実行時ではなくジョブ実行前に生成するようにし、リモートジョブ実行時にGromacsのインストールを不要としました。
- Quantum ESPRESSOにおいてESM法を用いて計算する際に、Lz/2付近に原子が存在したら警告を出すようにしました。
- Quantum ESPRESSOのtrismキーワードを指定した際に、lfcpoptをlfcpに変更し、fcp_muの単位をRydからeVに変更しました。
- OpenMXキーワード設定のPresetのOptをRelaxと表記しました。
- OpenMXの計算結果のpdfを生成するタイミングを、ジョブ実行時ではなく、各種結果解析メニューを選択する時に変更しました。
- OpenMX実行時のシェルスクリプトの標準出力の拡張子をoutからlogに変更しました。
- OpenMX実行後保存されるmxoutファイルを、stdファイルではなくoutファイルをコピーして生成するように変更しました。
- OpenMXの入出力ファイルの拡張子の選択肢を変更しました。
- kpath_default.txtの参考文献をQuantum ESPRESSOの参考文献に変更しました。
- 結晶ビルダの表面切り出しの格子選択時、Filter=Orthoをデフォルトに変更しました。
Version 8.019 2018/4/16
[新機能]
- Quantum ESPRESSOで擬ポテンシャルファイルダウンロードする機能を追加しました。
[不具合修正]
- 一部の系でDreiding力場が正しく設定されないことがある不具合を修正しました。
- MOPAC実行を選択した後に、デフォルトでOpenMX形式でファイルを保存しようとする不具合を修正しました。(V.8/017以降)
- メインウィンドウのキーワードからソルバの種類を自動判別できない不具合を修正しました。(V.8/017以降)
Version 8.018 2018/4/12
[不具合修正]
- 一部の古いノードロックライセンスが動作しない不具合を修正しました。
- Forceを含まないQuantum ESPRESSOのpwoutファイルの読み込みでエラーが出る不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOのLowdin電荷読み込みでエラーになることがある不具合を修正しました。
Version 8.017 2018/4/10
[新機能]
- 「ファイルを開く」ツールボタンにファイル履歴のドロップダウンメニューを追加しました。
- 「ファイルを再度読み込み」「ファイルを名前をつけて保存」「フォルダを開く」「全画面」のツールボタンを追加しました。
- 環境設定画面で結合再生成時の例外対象を指定することができるようにしました。
- [編集]-[原子]-[最適化フラグ変更]において、各ソルバの設定を選択できるようにしました。
- [編集]-[分子種単位で選択]ウィンドウにおいて、各成分の密度を表示できるようにしました。
- MOPAC, Gaussian, GAMESS, NWChemのアニメーションをanimated gro形式で出力できるようにしました。
- LAMMPSにおいて、ローカルマシンで実行中のジョブのエネルギー変化を表示できるようにしました。
- LAMMPSの入力ファイル作成において、単原子イオンをサポートしました。
- 界面ビルダでリピート数のサジェスト機能を追加しました。
- Quantum ESPRESSOのATOMIC_POSITIONSの単位にてangstrom, crystalに対応しました。
- Quantum ESPRESSOのLSDA計算のPDOS出力に対応しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定ウィンドウに、Propertiesタブを新設し、各種結果処理をpw.x実行後に連続して実行できるようにしました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定ウィンドウに、tot_magnetization, Hubbard_U, diagonalizationキーワードを追加しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定ウィンドウに、現在選択されているpseudoファイルから計算される価電子数を表示し、nbndが価電子数を下回っていた場合はエラーを出すようにしました。
- Quantum ESPRESSOのPotential分布のcubeファイル生成・表示に対応しました。
- Quantum ESPRESSOにおいて、ibrav毎のデフォルトのk点のパスをUserPref\kpath_default.txtにおいて設定できるようにしました。
- Quantum ESPRESSOにおいて、デフォルトで選択されるpseudoファイルの優先度をUserPref\qe_pseudo_priority_list.txtで設定できるようにしました。
- Quantum ESPRESSOの結果表示ウィンドウにおいて、グラフ上で右クリックすると画像をコピーできるようにしました。
- 環境設定ウィンドウにおいて、Quantum ESPRESSOの入出力ファイルのデフォルトで設定される拡張子を変更できるようにしました。
- OpenMXキーワード設定にてPresetを追加しました。
- OpenMXキーワード設定にて、Resetボタン追加しました。
- OpenMXキーワード設定にてHubbard.U.Valuesに対応しました。
- OpenMXキーワード設定にてAU, Ang, Frac単位系のインプット作成に対応
- OpenMXキーワード設定にてMPI, OpenMPハイブリッド並列の設定を行えるようにしました。
- OpenMXキーワード設定にてDefinition.of.Atomic.Speciesキーワードの読み込みに対応しました。
- OpenMXキーワード設定にてscf.ProExpn.VNA, MD.Opt.DIIS.History, MD.Opt.StartDIIS, MD.Opt.EveryDIISキーワードに対応しました。
- OpenMXキーワード設定にてTemp.Control、scf.lapack.dste、MD.NH.Mass.HeatBathキーワードの読込に対応しました。
- OpenMXキーワード設定にてOrderN.HoppingRanges、OrderN.KrylovH.order、OrderN.KrylovS.order、OrderN.Exact.Inverse.S、OrderN.Recalc.Buffer、OrderN.Expand.Coreキーワードの読込に対応しました。
- OpenMXインプット読込時、Hubbardキーワードの読込に対応しました。
- OpenMXインプット読込時、Atoms.SpeciesAndCoordinates.Unit(frac/Ang/AU)の読み込みに対応しました。
- OpenMXインプット読込時、Atoms.UnitVectors.Unit(Ang|AU)の読み込みに対応しました。
- OpenMXキーワード設定時、キーワード間にスペースを入れて整形するようにしました。
- OpenMXのPDOSのポスト計算・表示に対応しました。
- 拡張子dat, in, mxin#, dat#のOpenMXの入力ファイル読み込みに対応しました。
- 環境設定ウィンドウにおいて、OpenMXの入出力ファイルのデフォルトで設定される拡張子を変更できるようにしました。
- BoltzTraPインターフェースを追加しました。"(WSL限定, experimental)
- 表面切り出しの格子点の取りなおし画面にて、縦・横・高さを指定できるようにしました
- 表面切り出しの格子点の取りなおし画面にて、新しい格子を候補リストから選べるようにしました。
- 環境設定ウィンドウにおいて、各種結果表示ウィンドウにおけるグラフ描画エンジンにGnuplotを選択できるようにしました。(experimental、一部未対応)
[不具合修正]
- 一部の処理において、空ファイルを読み込んだ際にエラーが出る不具合を修正しました。
- Winmostar3Dで視点を平行移動してもcontour mapのカラーバーが動かないようにしました。
- [編集]-[原子]-[最適化フラグ変更]において、初期状態で適切にフラグが表示されない不具合を修正しました。
- CNDO/SでUVVISの結果を表示するフォームが出ない不具合を修正しました。
- MDライセンスがないときにGaussianおよびGAMESSのリモートジョブを投入できない不具合を修正しました。
- SP3酸素原子を含む系でDreiding力場が正しく設定されないことがある不具合を修正しました。
- アニメーションウィンドウからのGIF出力がインストールフォルダに作成される不具合を修正しました。
- WSLでLAMMPS, Gromacsのエネルギーグラフの描画が失敗する不具合を修正しました。
- WSLでLAMMPSの動系分布関数でGroupの追加でエラーになる不具合を修正しました。
- WSLでLEaPを実行できない不具合を修正しました。
- WSLでsanderを実行できない不具合を修正しました。
- Windows 10 Fall Creators Update以降のWSLで関連するプログラムが実行できない不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOの入力ファイル作成時、Monoclinic, Orthorhombic, Rhombohedral, Triclinic(内部処理におけるibrav=14)と判定された構造でcelldmが正しく設定されない不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOの入力ファイル作成において、一度Primitive cellに自動変換されたインプットファイルを読み込んだ後に、Output Directory=CreateかつAutomatically convert to primitive cellがEnableでキーワードを設定し、インプットファイルを作成すると構造が崩れる不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOの各種結果処理のファイル選択ダイアログにおいて、デフォルトで適切なファイルが選択されない不具合を修正しました。
- Quantum EPSRESSOのconstant-mu計算のアニメーション表示の際に、ローカルマシンで実行中のoutファイルを開くと範囲チェックエラーが出る不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOの入力ファイルを開く際に、a, b, c, cosAB, cosAC, cosBCキーワードが適切に読み込まれない不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOの入力ファイルを開く際に、celldm, a, b, cキーワードが大文字の場合に読み込まれない不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOのバンド構造描画において、表示桁数が小さくグラフがずれる問題を修正しました。
- OpenMXの入力ファイルで複数の改行コードが共存するときに読み込みができない不具合を修正しました。
- PBS用リモートジョブのひな形スクリプトのbashをデフォルトシェルに変更し、Cシェル系がデフォルトの一部環境で動作しない不具合を修正しました。
[仕様変更]
- [編集]-[分子種単位で選択]ウィンドウのリサイズに対応しました。
- Animationウィンドウから出力するAnimated groファイルに各ステップの時間を入れるようにしました。
- Animationウィンドウにメニューバーを設置しました。
- LAMMPSのキーワードを設定せずにLAMMPS実行を選んだ場合に、キーワード設定ウィンドウを自動で開くようにしました。
- 界面ビルダでAdjustチェックボックスを使用せず、常にセルのサイズを調整するようにしました。
- Quantum ESPRESSOの実行時にPrimitiveセルに変換する際、rhombohedral格子をtriclinicではなくrhombohedralとして内部処理するようにしました。
- Quantum ESPRESSOの入力ファイルでATOMIC_POSITIONSの後に{}を付けないようにしました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定ウィンドウのPresetからBandsとDOSを削除しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定ウィンドウにおける入力値のチェック機構を一部変更しました。
- Quantum ESPRESSOの入力ファイルを書き出す際に、ATOMIC_POSITIONS、CELL_PARAMETERSの単位を囲む括弧を除去しました。
- Quantum ESPRESSO用リモートジョブのひな形スクリプトを変更しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定ウィンドウの初回起動時の処理を高速化しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定のBands/DOSタブの内容をPropertiesタブに移しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定において、[Set]ボタンを押す際に開いているファイルの種類に応じて編集中のファイルの拡張子を変更するようにしました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定において、calculation=mdまたはOutput Directory = Continueに設定したタイミングで自動的にAutomatically convert to primitive cellのチェックを外す仕様を廃止しました。
- Quantum ESPRESSOの各種結果処理における中間ファイルのファイル名を一部変更しました。
- OpenMXキーワード設定時VPSファイルが見つからない時にエラーを表示するようにしました。
- OpenMXキーワード設定にて、Advance settingを削除しました。
- OpenMXキーワード設定にて、タブ順序を変更しました。
- リモートジョブ投入時の、Method欄とひな形スクリプトにおいて、%WM_NUM_THREAD%, %WM_NUM_PROC%, %WM_NUM_PARALLEL%という文字列をスレッド数・プロセス数・それらの積として解釈するようにしました。
- PBS用リモートジョブのひな形スクリプトのヘッダを変更しました。
- リモートジョブ投入ウィンドウにおいてひな形スクリプトを新規作成する際のメッセージを変更しました。
Version 8.013 2018/3/9
[不具合修正]
- MO表示のSmoothSolidがSolidと同じ表示になる不具合を修正しました。
- ソルバプログラムのコンボボックスをGaussianにした時のインポートボタンが機能しない不具合を修正しました。
- 紫外可視吸収スペクトルのピークが2000個以上の時に範囲チェックエラーになる不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定ウィンドウにおいて、[Automatically convert to primitive cell]のチェックが起動時に外れる不具合を修正しました。(V.8.011以降)
- Quantum ESPRESSOキーワード設定ウィンドウを立ち上げる際に、範囲チェックエラーが発生する不具合を修正しました。
- OpenMXのキーワード設定画面で、scf.criterionとscf.MixingStarPulayの位置が逆転している不具合を修正しました。
- Studentライセンスにおいて、Gromacs, LAMMPS, Quantum ESPRESSO, OpenMXのファイル読み込みとジョブ実行ができない不具合を修正しました。(V.8.011以降)
- puttyボタンでputtyを起動するとコンソールウィンドウが表示されない不具合を修正しました。
- 64bit版でMACアドレスが一部しか取得できない不具合を修正しました。
[仕様変更]
- OpenMXでscf.criterionのデフォルト値を1.0e-6に変更しました。
- Quantum ESPRESSO関連機能において、outdir内のdata-file.xmlが他の名前で出力されていてもoutdirとして認識するように変更しました。
Version 8.011 2018/2/9
[新機能]
- OpenMXキーワード設定にscf.EigenvalueSolverにKrylovを追加しました。
- OpenMXキーワード設定にMDの温度制御と熱浴に関するパラメータを追加しました。
[不具合修正]
- Winmostar 3DでJPG保存できないことがある不具合を修正しました。
- MOPACのIRC出力読込で、一部を読み落とすことがある不具合を修正しました。
- Fireflyの出力読込で、分子軌道の表示ができないことがある不具合を修正しました。
- GaussianのFchkファイル読み込みで原子リストが更新されない不具合を修正しました。
- NWChemのrestart計算の出力ファイルの読み込みが失敗する不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定の[Save]および[Load]において、K_POINTSなど複数行のテキストが適切に設定されない不具合を修正しました。
- FDMNESの対象原子選択において、インデックスが1つずれる不具合を修正しました。
- 結晶ビルダでマウスのWheel操作でズームしない不具合を修正しました。
- 結晶ビルダを起動中にタスクバーからWinmostarのアイコンが消える不具合を修正しました。
- OpenMXキーワード設定でHoppingRangesはon/offとなっていたが、正しくは数値なので修正しました。
- OpenMXキーワード設定で2文字元素の時にパラメータが設定できない不具合を修正しました。
- OpenMXキーワード設定でキーワードの操作順序により、設定が元に戻ってしまう不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOのインプットファイルでATOMIC_POSITIONS crystalの時に座標が全て原点になってしまう不具合を修正しました。
[仕様変更]
- OpenMXキーワード設定でメイン画面上に既に設定されているキーワードを読み込めるように変更しました。
- OpenMXキーワード設定でscf.EigenvalueSolver=Krylovの時のみ、OrderNのKrylov関係の項目を表示するように変更しました。
- OpenMXキーワード設定でscf.SpinPolarization=NCのときにオイラー角などのカラムが追記されるように変更しました。
- OpenMXキーワード設定でscf.SpinPolarization=NCのとき原子座標の一番右のカラムにonをいれ、それ以外はoffになるように変更しました。
- OpenMXキーワード設定でomxprm.txtのデフォルト値をOpenMXViewerのデフォルト値に変更しました。
- 言語設定を英語にしても日本語になる一部のエラーメッセージの英語化しました。
Version 8.007 2018/1/10
[新機能]
- [表示]-[拡大・縮小]-[ウィンドウに合わせる]メニューにショートカットキー(Ctrl + 4)を追加しました。
- [環境設定]-[表示]-[表示選択]において、メイン画面における格子定数・電荷の種類の表示を設定できるようにしました。
- 選択した原子の最適化フラグの一括変換機能を追加しました。([編集]-[原子]-[最適化フラグ変更])
- 計算用ツールバーにインポートボタンを追加しました。
- 各種キーワード設定画面において、ショートカットキー(Ctrl + [、Ctrl + ])でタブ間を移動できるようにしました。
- GAMESSのEasySetupにCISとCCSDを追加しました。
- Gromacsキーワード設定のOptionsタブにmdpファイルを出力するボタン(Dump .mdp File) を追加しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定のPhononタブに、キーワードを自由に入力できる欄を追加しました。
- Quantum ESPRESSOの各自由度の最適化フラグの読み込み・出力に対応しました。
- Quantum ESPRESSOの入力または出力ファイルの拡張子がinまたはoutの場合にも読み込めるようにしました。
- Quantum ESPRESSOのキーワード設定の内容(qesetファイル)を書き出し・読み出しできるようにしました。(Load, Saveボタン)
- Quantum ESPRESSOキーワード設定において、ローカルマシンにインストールされていない擬ポテンシャルファイルを設定できるようにしました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定において、選択された擬ポテンシャルファイルをテキストエディタにて開けるようにしました。(Open pseudo Filesボタン)
- Quantum ESPRESSOにおいて、BOMDのキーワード設定、アニメーション表示、アニメーションウィンドウ下部でのエネルギー・温度のグラフ化に対応しました。
- Quantum ESPRESSOの入力ファイルの読み込みにおいて、CELL_PARAMETERS alatの形式に対応しました。
- OpenMXのキーワード設定を項目ごとのタブにしました。
- OpenMXの原子種ごとの設定(PAO,VPS,α,βスピン)を行えるようにしました。
- 結晶ビルダの[File]-[Save As]メニューにショートカットキーを追加しました。
[不具合修正]
- cif, mol, sdfファイルの読み込み時に各自由度の最適化フラグがリセットされない不具合を修正しました。
- 大規模PDBファイルで、原子リストのXYZ表示の桁がズレることがある不具合を修正しました。
- 3D表示で原子選択がうまくいかないことがある不具合を修正しました。
- scf計算を含まないQuantum ESPRESSOの出力ファイルを開けない不具合を修正しました。
- Gromacsの継続ジョブにおいて、gmx gromppとgmx mdrunの間に実行されるgmx convert-tprが流れない不具合を修正しました。
- groファイル保存時に、原子数が100,000以上の場合にフォーマットが崩れる不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOの入力ファイルを保存した後にQuantum ESPRESSOを実行できない不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOの入力ファイル読み込み時に、a, b, c, cosAB, cosAC, cosBCが適切に考慮されない不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOの入力ファイル読み込み時に、コメントアウトが一部考慮されない不具合を修正しました。
- Winmostar以外で生成したQuantum ESPRESSOのファイルを読み込む際に、デフォルトでルートディレクトリが選択される不具合を修正しました。
- リモートジョブ投入において、Conflexの設定が一部動作しない不具合を修正しました。(V.8以降)
[仕様変更]
- Windows Subsystem for Linux (Bash on Windows)ライセンスをなくし、無償版でも使用できるようにしました。(ベータ版)
- cubeファイルの表示可能最大分割数を200から600に拡張しました。
- グラフェン-水-グラフェン系のサンプルファイルを追加しました。(samples/graphene_water_graphene.mol2)
- メイン画面右上のキーワード入力部の内容からファイルの種類を判定する基準を一部変更しました。
- メイン画面のソルバ選択のプルダウンの並び順を変更しました。
- 原子数が多い状態でgroファイルを保存する際に、規定のフォーマットから逸脱する場合は警告を表示するようにしました。
- MDの力場(itp)ファイルの生成に失敗した場合に、一連の処理を中断するようにしました。
- acpypeを用いてGAFFまたはOPLS力場を割り当てる際に、自動で割り当てられなかった係数がある場合はメッセージを表示するようにしました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定ウィンドウのレイアウトを変更しました。
- Quantum ESPRESSOの入力ファイル作成において、restart_modeの設定基準を一部変更しました。
- Quantum ESPRESSOのキーワードが設定されていない状態でQuantum ESPRESSO形式で保存する際に、キーワード設定ウィンドウを表示するようにしました。
- Quantum ESPRESSO用のリモートジョブ投入スクリプトを一部変更しました。(カスタマイズされたスクリプトを使用している場合は、8.007を使用して再度生成することをお勧めします。)
- Quantum ESPRESSOの入力ファイルを読み込んだ際に、メイン画面右下のキーワード表示部に、ATOMIC_SPECIES、ATOMIC_POSITIONSレコードを表示しないようにしました。
- Quantum ESPRESSOの結果解析画面において、項目名のダブルクリックでチェックを入れられるようにしました。
- Quantum ESPRESSOの結果解析画面において、グラフ出力に失敗した場合の挙動を一部変更しました。
- Quantum ESPRESSOのWorking directoryに自動でキーワード設定ファイル(qeset)を出力するようにしました。
- Quantum ESPRESSOの差密度・エネルギー(.esm1)表示機能を変更し、差分だけでなく選択したesm1ファイルの密度・エネルギーも表示できるようにしました。
- OpenMXのキーワード設定時、構造に関する浮動小数点数データを書式付きで出力するようにしました。
- FOCUS向けのLAMMPS用リモートジョブ投入スクリプトのサンプルファイルの名称を変更しました。(lammps.txtfo -> lammps.txtfoc)
- 旧式のLAMMPS用リモートジョブ投入スクリプトlammps.txtを削除しました。
- リモートジョブ投入ウィンドウのレイアウトを変更しました。
- リモートジョブ投入の各種操作時に、sftp testが一回も実行されていない場合は自動でsftp testを実行するようにしました。
- 各種リモートジョブ投入スクリプトの冒頭にpwdコマンドを追加しました。
- 環境設定ウィンドウのレイアウトを変更し、[計算]タブを新設しました。
- Hansen SP値の計算で、Node.jsのインストールを不要にしました。
Version 8.006 2017/12/8
[新機能]
- エネルギーレベル画面にHOMO-LUMOギャップを表示するようにしました。
- GAMESSのSetupで、CITYPにCISを追加しました。また、CCTYPを追加しました。
- GAMESSのEasySetupに$PCMを追加しました。
- GaussianのSetupにSCRF=PCMを追加しました。
- GaussianのEasySetupにSCRF=PCMを追加しました。
- GaussianのSetupのHamiltonianにccd,ccsdを追加しました。
- TurbomoleのADC(2)計算に対応しました。
- ハンセン溶解度パラメータを計算した際に、HildebrandのSP値も表示するようにしました。
[不具合修正]
- Winmostar 3Dの画像保存で読み込んだファイルのパスに保存されない不具合を修正しました。
- Z-Matrixの結合関係が原子名で記述されている場合に、Gaussianの入力ファイルが読みこめない不具合を修正しました。
- 一部環境においてLAMMPSキーワード設定のPull Atoms, Restrained Atomsが表示されない不具合を修正しました。
- 同じ種類の分子が不連続に複数回登場する際に、LAMMPSのdataファイルが適切に生成されない不具合を修正しました。
- 格子変換後のQuantum ESPRESSOのpwinファイルを読み込み、もう一度格子変換をした際に失敗する不具合を修正しました。
- 点群Ih(C60等)が対称化できない不具合修正しました。
- 大きな分子のハンセン溶解度パラメータを計算できない不具合を修正しました。
[仕様変更]
- メイン画面の元素コンボボックスを手入力可能にしました。
- メイン画面の元素コンボボックスや分子情報ペインでダミー原子を追加/変更できるようにしました。
- GAMESSのデフォルトパスを変更しました。
- LAMMPSのdataファイル読み込み時に失敗した際の挙動を変更しました。
- LAMMPSのdataファイル読み込み時に、各種Coeffセクションが通し番号順に並んでいなくても読み込める様にしました。
- LAMMPSのエネルギー変化メニューでthermo出力が複数に分かれている場合でも読み込めるようにしました。ただし、thermo_styleは一致している必要があります。
- Quantum ESPRESSOにてATOMIC_POSITION = CRYSTALの時の読み方をCELL_PARAMETERSに則すように変更しました。
- リモートジョブ投入のRescaleの[info-c]テストで、エラーになる場合も表示されるようにしました。
- リモートジョブ投入のProgramで、プログラム名.*.txtの指定も可能にしました。
- ハンセン溶解度パラメータの算出時の中間データ形式を変更しました。
Version 8.005 2017/11/13
[不具合修正]
- ディスプレイの設定を拡大表示にしたとき、レイアウトが崩れる不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定を開くたびに擬ポテンシャルの設定がリセットされる不具合を修正しました。
[仕様変更]
- ハンセン溶解度パラメータの算出をCygwinなしで実行できるようにしました。
Version 8.004 2017/11/4
[新機能]
- 64bit Windowsでは、インストーラ実行時にWinmostarの64bit/32bitの選択ができるようにしました。
- ブラベ格子の自動判定とConventional cell / Primitive cellの相互変換を行う機能(格子変換)を追加しました。
- OpenMXキーワード設定時、結晶構造のコンベンショナルセルの並進ベクトルを自動判定し、Band.KPath.UnitCellとして設定するようにしました。
[不具合修正]
- ダイポールモーメントの矢印の形を修正しました。
- Gromacsにおいて、キーワード設定を一度も立ち上げていない状態でGromacsを実行できない不具合を修正しました。
- LAMMPSのdataファイル生成時に、原子種は同一だが電荷が異なる原子を含む原子について、最初に登場した原子の電荷が使われる不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定において、calculation=mdまたはcpで、ion_dynamics=noneを指定しているときに、pwinファイルにion_dynamicsおよびion_velocitiesキーワードが出力されない不具合を修正しました。(V.8.002以降のみ)
- QuantumESPRESSOの実行時、体心のセンタリングがない一部の結晶に対して体心格子として判定し、ibrav=3としてしまう不具合を修正しました。
[仕様変更]
- ツールバーのアイコンを修正しました。
- ライセンスがない、または不正な場合はWinmostarを起動しないようにしました。
- antechamber(AmberTools)が作成したRESP電荷を含むmol2ファイルの読み込みに対応しました。
- リモートジョブ実行時に、Gromacsがインストールされない環境でもLAMMPSのリスタートファイルが生成されるようにしました。
- HSP機能利用時に生成されるシェルスクリプトを微修正しました。
Version 8.001 2017/10/2
[新機能]
- 64bitに対応しました。
- インストーラで32bit/64bit,日本語/英語を自動判別するように変更しました。
- メイン画面の3D描画に対応しました。(β版)
- 計算ソルバ用ツールバーの追加しました。
- NWChemキーワード設定画面で基底関数ののCartesian/Sphericalの選択できるようにしました。
- NWChemキーワード設定画面で基底関数の例外を指定できるようにしました。
- NWChemキーワード設定でNudged Elastic Band (NEB)とZero Temperature Stringに対応しました。
- NWChemキーワード設定画面で使用メモリを設定できるようにしました。
- NWChemキーワード設定画面でinitial guessの精度を設定できるようにしました。
- NWChemキーワード設定画面でECPの設定をできるようにしました。
- NWChemキーワード設定画面でgeometryのnoautozを設定できるようにしました。
- 分子の慣性主軸の長軸をx軸に揃える機能を追加しました(タンパク質向け)。
- Gromacsにおいて連続ジョブ実行に対応しました。
- GromacsのRamachandranプロット作成機能を追加しました。
- Gromacsの速度相関関数・振動スペクトル算出機能を追加しました。
- Gromacsのトラジェクトリの回転・間引き機能を追加しました。
- Gromacsの空間分布関数算出機能を追加しました。
- Gromacsのリモートジョブスクリプトのカスタマイズに対応しました。
- GromacsのER法・BAR法機能において任意の分子種の溶質に対応しました。
- GromacsのBAR法のリモートジョブ実行時に、submitした一連のジョブを一括でkillできるようにしました。
- Gromacsの密度分布算出機能において複数グループの選択に対応しました。
- LAMMPSの熱伝導率計算機能を追加しました。
- LAMMPSキーワード設定においてPreset機能を追加しました。
- LAMMPSの無機物、DPD計算時の伸張・アニーリング計算に対応しました。
- LAMMPSの界面(表面)張力計算機能を追加しました。
- LAMMPSのSAXS計算機能を追加しました。
- LAMMPSのリモートジョブスクリプトのカスタマイズに対応しました。
- LAMMPSキーワード設定において平均温度・密度のスケーリング機能を追加しました。
- LAMMPSのlogファイルに工業ひずみの出力を追加しました。
- LAMMPおよびQuantum ESPRESSOキーワード設定において、リモートジョブ実行に必要なファイルを一括で保存するボタンを追加しました。
- MDのトラジェクトリ読み込み機能において、メイン画面で選択された分子についてトラジェクトリを抜き出す機能を追加しました。
- Quantum ESPRESSOのSCF、Bands、DOS計算の連続実行に対応しました。
- Quantum ESPRESSOのPhonon, 誘電率計算のリモートジョブに対応しました。
- OpenMXのローカル環境(Cygwin)での実行に対応しました。
- OpenMXのリモートジョブスクリプトのカスタマイズに対応しました。
- 結晶ビルダにてナノクラスタ作成機能を追加しました。
- DC-DFTBキーワード設定にてMD関連の項目を追加しました。
- DC-DFTBキーワード設定にてSKファイルのディレクトリを指定できるようにしました。
- DC-DFTB dcoファイル編集メニューを追加しました。
- DC-DFTB datファイル編集メニューを追加しました。
- DC-DFTBトラジェクトリ読み込みメニューを追加しました。
- DC-DFTBエネルギー変化メニューを追加しました。
- Hansen Solubility Parameterの算出に対応しました。
[仕様変更]
- Zoom,Atom,Bondのスライダーを表示用ツールバーのポップアップに移動しました。
- Plain/Normalラジオボタンを削除しました。
- アノテーションの切り替え機能をビュー用ツールバーに移動しました。
- メインメニューの項目の順番を一部入れ替えました。
- 視点の切り替えにショートカットキーを追加しました(Ctrl+1, 2, 3)。
- リモートジョブ投入画面でzipファイル解凍時に「done.」と表示するよう変更しました。
- リモートジョブのPBSキュー使用時に出力されるスクリプトを一部変更しました。
- 各種ヒント(バルーンヘルプ)の表示時間を60秒に変更しました。
- MD、Solidの各種ソルバのworking directoryの最大バックアップ数を100から1000に変更しました。
- MD、Solidの各種ソルバの並列数の設定を保存するようにしました。
- [MD]-[溶媒を配置/系を構築]においてBuildした後に視点をリセットするように変更しました。
- [MD]-[分子を挿入]において冗長なメッセージが表示されないように変更しました。
- MDの各種結果解析処理において、中間ファイルの上書き前に、以前の中間ファイルを削除するようにしました。
- Gromacs キーワード設定画面のconstraintsをBasicタブ、refcoord-scalingをAdvanceタブに移しました。
- Gromacsのリモートジョブ実行時に、継続ジョブをローカルのデータから開始するか、リモート上のデータから開始するか選べるように変更しました。
- GromacsのER法実行画面のデザインを変更しました。
- GromacsのBAR法計算のスレッド数をBAR法実行画面で設定できるように変更しました。
- Gromacsの速度・セルサイズの自動スケーリング機能において、スケーリングするタイミングをジョブ開始前からジョブ開始後に変更しました。
- GromacsのER法およびBAR法のリモートジョブ実行のデータ取得(get)時に、データを保存するローカル上のパスを都度選ぶように変更しました。
- LAMMPSキーワード設定のデフォルト設定で、PPPM法を使用し、水素原子にSHAKE法を使うように変更しました。
- LAMMPSの実行に失敗した際に、ポスト処理を実行せず即座に終了するように変更しました。
- LAMMPSキーワード設定画面のSHAKEの設定をBasicタブに移しました。
- LAMMPSのジョブ実行用batファイルを一部修正しました。
- LAMMPSおよびQuantum ESPRESSOのリモート実行時に、ローカル環境にMPIのインストール有無をチェックしないように変更しました。
- Quantum ESPRESOキーワード設定画面において、キーワード名をそのまま表示し、ヒント表示でキーワードの内容を表示するよう変更しました。
- Quantum ESPRESSOのジョブ実行用batファイルを一部修正しました。
- Quantum ESPRESSOの入力ファイルからpseudo_dirキーワードを削除し、擬ポテンシャルファイルは環境変数ESPRESSO_PSEUDOから探すように変更しました。
- Quantum ESPRESSOのepsilon.x実行時にMPIを使用しないように変更しました。
- Quantum ESPRESSOの結果表示ウィンドウのデザインを変更しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定において、一部のプルダウンメニューにおいて直接キーワードを入力できるよう変更しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定において、scf計算などにおいてもcp.xを選択できるように変更しました。
- Quantum ESPRESSOの部分状態密度表示機能において、x軸をフェルミエネルギーにシフトできるように変更しました。
- Quantum ESPRESSOの状態密度・部分状態密度のプロットファイル(xvg)の出力桁数を増やしました。
- DC-DFTBリモートジョブ実行時に作業フォルダを作成するようにしました。
Winmostar V7
Version 7.031 2017/10/2
[新機能]
- DC-DFTBキーワード設定にてMD関連の項目を追加しました。
- DC-DFTBキーワード設定にてSKファイルのディレクトリを指定できるようにしました。
- DC-DFTB dcoファイル編集メニューを追加しました。
- DC-DFTB datファイル編集メニューを追加しました。
- DC-DFTBトラジェクトリ読み込みメニューを追加しました。
- DC-DFTBエネルギー変化メニューを追加しました。
[仕様変更]
- DC-DFTBリモートジョブ実行時に作業フォルダを作成するようにしました。
[不具合修正]
- Gromacsキーワード設定のCoulomb Type, Cutoff Schemeがgmxsetファイルに保存できない問題を修正しました。
- 末尾に空行を含まないgroファイルを読み込めない不具合を修正しました。
Version 7.028 2017/9/4
[不具合修正]
- 4オングストローム未満の辺を持つセルがある場合に、共有結合の自動生成でエラーが起こる不具合を修正しました。
- LAMMPSキーワード設定のOutputタブで変更がスクリプトに反映されないことがある不具合を修正しました。
- LAMMPS実行機能において、OPLS+GAFFでdataファイルを生成できない不具合を修正しました。
- LAMMPSの結果解析画面でCreate groupに失敗する不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定において、フォノン分散の設定が保存されない不具合を修正しました(V.7.025以降)。
- アスペクト比が正しくないことがある不具合を修正しました。
[仕様変更]
- Winmostar終了時にtempフォルダを削除しないようにしました。
- GAMESS実行前にtrjファイルを削除するようにしました。
- IR/UVVis画面でリストとグラフの間のスプリッタでサイズ変更できるようにしました。
- [MD]-[分子を挿入]メニューで不必要な警告が表示されないようにしました。
- LAMMPS実行時に生成されるgroファイルにおいて、units=metalの際に系全体が同一分子となるよう変更しました。
- LAMMPSのリモートジョブ実行で並列度が$npに反映されるようにしました。
- DC-DFTBメニューをアドオンメニューに移動しました。
- Fragment ERメニューをアドオンメニューに移動しました。
- CONFLEXメニューをアドオンメニューに移動しました。
Version 7.025 2017/8/7
[新機能]
- リモートジョブ投入でOpenMPIでビルドされたGromacsに対応しました
- Fragment ERでNAMDのエネルギー変化グラフを表示できるようにしました。
- Quantum ESPRESSOのリモートジョブ実行において、リモートサーバ上のログファイルの閲覧(tail g)に対応しました。
- Quantum ESPRESSOのリモートジョブ実行において、リモートジョブ用スクリプトの編集に対応しました。
- メインメニューからcygwinコンソール画面を起動する機能を追加しました。
[不具合修正]
- LAMMPSキーワード設定において、メタン状分子が存在しSHAKEの設定をdisableにする際、手入力したキーワードがリセットされる不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOで擬ポテンシャルフォルダの一部の階層のフォルダが数字で始まる場合に正しく設定されない不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOのキーワード設定画面でキャンセルした際に、一部の設定(大きいテキストボックスを使う設定)が残る問題を修正しました。
- Quantum ESPRESSOおよびOpenMXのアニメーション表示画面において、原子座標に変更を加えると範囲チェックエラーが起きる問題を修正しました。
- Quantum ESPRESSO実行において、一度もキーワード画面を立ち上げずに既存のpwinファイルからジョブを開始する際にエラーが発生する問題を修正しました。
[仕様変更]
- GromacsからMODYLASに入力ファイルを変換するツールをwinsmostarに同梱するようにしました。
- Fragment ERで自由エネルギー計算サマリ出力、グラフ表示、CSV出力等を修正、変更しました。
- Fragment ERで溶媒を追加する際の密度指定をなくしました。
- MDおよびQuantum ESPRESSOのアニメーション表示時に、原子数が3000以下の場合はメイン画面のリストを更新するように変更しました。
- OpenMXキーワード設定においてMD.Type=RFC5を追加しました。
- リモートジョブ投入のRescaleの[info-c]テストで、エラーになる場合も表示されるようにしました。
- ヒントの表示時間を10秒に変更しました。
Version 7.022 2017/7/7
[新機能]
- LAMMPSのエネルギー変化において、単位表示に対応する項目の種類を増やしました。
- LAMMPSのエネルギー変化のCalc Aveにおいて、単位を表示するようにしました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定にResetボタンを追加しました。
[不具合修正]
- ドラッグ&ドロップによるファイル読み込みでタイトルバーのファイル名が正しく反映されない不具合を修正しました。
- LAMMPSのDreiding力場の設定に失敗することがある不具合を修正しました。
- 一部の中間ファイル生成時にファイルがロックされて処理が継続できなくなる不具合を修正しました。
- pwin, dataファイルの読み込み時に、指定したファイルが読み込まれない不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOのアニメーション読み込み(pwout)において、読み込まれたファイルがロックし続けられる不具合を修正しました。
Version 7.021 2017/7/4
[新機能]
- [ファイル]-[追加読み込み]メニューを追加しました。
- [編集]-[分子種でソート]メニューを追加しました。
- MOPACキーワード設定において、バルーンヘルプを追加しました。
- GAMESSのIRCキーワードに対応しました。
- GAMESSのHSSENDキーワードに対応しました。
- Gromacsの蒸気圧・表面張力算出チュートリアルを追加しました。
- Gromacsキーワード設定のForceFieldのtopファイル読み込み時に、topファイルに記述された電荷をメイン画面へ読み込むようにしました。
- Gromacsキーワード設定において、特定原子間距離、角度、二面角の拘束に対応しました。
- GromacsのHildebrand溶解度パラメータとChi/DPDパラメータにおいて、Excel出力と結果のコピーに対応しました。
- Gromacsのエネルギー表示のCalc Aveにおいて、対象とするデータの範囲を指定できるようにしました。
- Gromacsキーワード設定において、出力されるtrrファイルのサイズを推定する機能を追加しました。
- Gromacsのエネルギー表示画面において、ドラッグアンドドロップによるファイルの指定が可能となりました。
- LAMMPSのアニメーション表示において、結合の動的判定に対応しました。(DynBondボタン)
- MODYLASにおいて、対応するジョブスケジューラの種類を増やしました。
- MODYLASのoutファイル編集メニューを追加しました。
- [MD]-[Fragment ER]メニューを追加しました。
- MDのMSD表示画面において対数表示に対応しました。
- Quantum ESPRESSOにおいて、部分状態密度算出機能を追加しました。
- 多機能マウスの進む/戻るボタンに対応しました。
[不具合修正]
- OpenBabelを用いた水素付加において、メイン画面の座標リストが更新されない不具合を修正しました。
- [編集]-[部分編集]-[部分クリーン]で形がゆがむことがある不具合を修正しました。
- [編集]-[番号交換]メニューでZ-Matrixが正しくないことがある不具合を修正しました。
- GAMESS入力データのゴースト原子でエラーになる不具合を修正しました。
- Amberの座標ファイル読み込み時に残基番号と残基名がずれる問題を修正しました。
- bond/angle算出において、指定した原子が選択されない不具合を修正しました。
- アニメーションウィンドウにおいて、groボタンの配置がリサイズ時に崩れる不具合を修正しました。
- 一部の処理中にファイルがロックされる不具合を修正しました。
[仕様変更]
- ファイル保存時に、拡張子を自動で補う機能が、ドットを含む文字列についても動作するようにしました。
- ファイル保存時に上書きを確認するメッセージを一部変更しました。
- 結合の自動生成ルーチンを高速化しました。
- 水素付加(OpenBabel)において、処理前のセルの全情報を引き継ぐようにしました。
- MOPACキーワード設定のレイアウトを微修正しました。
- 溶媒を配置/セルを構築における警告メッセージの内容を変更しました。
- groファイル保存時に、atom nameを原子種の名前から設定するようにしました。
- Gromacs実行時に生成されるシェルスクリプトを一部変更しました。
- Gromacsの溶解度/Chi/DPDパラメータをHildebrand溶解度パラメータとChi/DPDパラメータに分離しました。
- LAMMPSでExceptionで生成する力場の原子タイプに分子番号のサフィックスを追加しました。
- LAMMPSでDreiding力場割当時にImproperに対応しました。
- LAMMPSでDreiding力場割当時にbond_types,angle_types,dihedral_types,improper_typesを使用するようにしました。
- LAMMPS実行時に出力されるgroファイルにおいて、分子名をUNKからMOLXX(XXは分子種のカウント)に変更しました。
- LAMMPSキーワード設定を閉じる際に、入力項目のチェックを行うようにしました。
- LAMMPSキーワード設定にRestrainタブを新設し、Distance RestraintとPosition RestraintをRestraintタブに、PullをNon-Equilibrium(1)タブに移しました。
- LAMMPSにおいて、dataファイルを作成する際に不要なパラメータ行を削除するよう変更しました。
- Amberのleap実行時に、作業ディレクトリ名を、その時点で開いているファイル名でなく、保存されるcrdファイルの名前から取得するようにしました。
- MDのキーワード設定のForceFieldの設定において、Exceptionに指定した原子のLJパラメータのデフォルト値を0に変更しました。
- LAMMPS, Quantum ESPRESSO, MODYLASのエネルギー変化においてcalc aveで表示される数値の絶対値が小さい項目は対数表示に切り替えるようにしました。
- OpenMXキーワード設定画面のレイアウトを微修正しました。
Version 7.020 2017/6/1
[不具合修正]
- Amberのエネルギー読み込み、Quantum ESPRESSOのpwinファイル読み込み、cp.xのアニメーション読み込み後に、ファイルがロックされる不具合を修正しました。
- Gromacsのエネルギー変化において、#を含む項目のグラフ表示ができない不具合を修正しました。
- LAMMPS実行時に、MPI使用有無に関わらず、キーワード設定画面で入力された並列数がリクエストされる不具合を修正しました。
- OpenMXのmxinファイルを開いた後に上書き保存するとエラーになる不具合を修正しました。
[仕様変更]
- 10万原子以上または1万残基以上のPDBファイルの保存をできるようしました。
- OpenMXのジョブ開始時にlogファイルのバックアップを作成するようにしました。
- リモートジョブ投入において、メイン画面のモデルの変更がなかった際に、変更を保存するか問い合わせないようにしました。
- OpenMXのリモートジョブ投入において、PBS以外のジョブスケジューラを標準サポートしました。
Version 7.019 2017/5/9
[新機能]
- リモートジョブ投入で、Rescaleに対応しました。
- DC-DFTBのインターフェースを追加しました。
- Gromacsにおいて分子内座標の拘束に対応しました。
- 分子モデリングチュートリアル(金属錯体)を追加しました。
- DC-DFTBを用いた構造最適化チュートリアルを追加しました。
[不具合修正]
- リモートジョブ投入のTest[sftp]で、SubmitJob画面が最前面に固定される不具合(V.7.017)を修正しました。
- PIO Webサイトへのリンクを修正しました。
[仕様変更]
- IR/Raman振動のベクトル表示の太さを結合の太さと連動して変更できるようにしました。
- MDのForce FieldのExceptionの設定において、分子にチェックを入れると同時にその分子を選択するように変更しました。
- MDのForce FieldでDreidingを選択した時に、途中で生成されるitpファイルの中のatomtypeに分子種のIDを付加するようにしました。
Version 7.017 2017/4/20
[新機能]
- GaussianのEasySetupで、Link1がある時はpop=full,gfprintをLink1の後に設定するようにしました。
- MODYLASキーワード設定においてmddefファイル保存ボタンを追加しました。
[不具合修正]
- 編集作業後に原子リストが更新されないことがある不具合を修正しました。
- 1番目の原子を削除したときにZ-Matrixの再生成に失敗することがある不具合を修正しました。
- GAMESS入力ファイルのZ-Matrixが読めないことがある不具合を修正しました。
- GAMESSデータ(*.gms)の読込後に、名前を付けて保存でファイルの種類がMOSFになる不具合を修正しました。
- GaussianのTDDFTの出力結果で、エネルギーが0eVの時にエラーになる不具合を修正しました。
- 一部の環境でcygwinコマンドを発行する機能(acpype電荷アサイン、pdb2gmx水素付加など)のUIが崩れる不具合を修正しました。
- MODYLASキーワード設定においてRestore Working Directoryボタンが動作しない不具合を修正しました。
- 結晶ビルダを再起動時に視点がリセットされない不具合を修正しました。
[仕様変更]
- GAMESSの入力ファイルがGAMESSのインストールフォルダにある場合は計算後に入力ファイルを削除しないように変更しました。
- GAMESSの赤外線強度の表示を(Debye/amu-Angstrom)^2単位にしました。
- リモートジョブ投入画面でsftp後にウィンドウを最前面に戻すようにしました。
- V.7.016以降でSLURM, llsubmitを用いたジョブ投入の際に出現する冗長なダイアログを出ないようにしました。
- Quantum ESPRESSOにおいて、擬ポテンシャルファイルのフォルダをマニュアル設定できるようにしました。
Version 7.016 2017/4/6
[新機能]
- [編集]-[密度を変更]を原子単位で適用できるようになりました。
- リモートジョブ投入で、NEC HPC OnLineに対応しました。
- SMASHのインプットファイル作成および読込に対応しました。
- [MD]-[溶媒を配置/セルを作成]においてmol2ファイルのドラッグアンドドロップに対応しました。
- [MD]-[界面ビルダ]でファイルのドラッグアンドドロップに対応しました。
- [MD]-[Bond/Angle算出]において、Quantum ESPRESSOのデータ読み込みに対応しました。
- Gromacsキーワード設定において、プリセット(簡易セットアップ)機能を追加しました。
- Gromacsにおいて、誘電率、粘度、界面系の密度分布算出機能を追加しました。
- Gromacsキーワード設定において、total timeの表示を追加しました。
- Gromacsのextending simulationにおいて、前の計算の平均温度またはシステムサイズに自動的にスケーリングする機能を追加しました。
- LAMMPSにおいて、水分子の結合角のSHAKEによる拘束に対応しました。
- LAMMPSにおいて、拡張ハミルトニアンの出力に対応しました(ensemble=nvtかつtchain=1のときのみ)。
- LAMMPSのリモートジョブ実行において、「tail g」ボタンによるログの中継機能に対応しました。
- [MD]メニューにMODYLASインターフェースを追加しました。(テスト版。mddef作成、結果の表示のみ可能。)
- [固体]メニューにOpenMXインターフェースを追加しました。(テスト版。入力ファイル作成()キーワード設定、リモート接続と一部の原子種のみ対応。)
- Quantum ESPRESSOにおいて、フォノン・誘電率計算機能を正式に追加しました。
- Quantum ESPRESSOにおいて、積算DOSの表示機能を追加しました。
- Quantum ESPRESSOにおいて、フェルミ面の表示機能を追加しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定、バンド構造および状態密度表示において、スピン分極計算に対応しました。
- Quantum ESPRESSOのバンド構造の表示において、特殊点のラベル設定を追加しました。
- cygwin_wmの診断機能を追加しました。
- 誘電率・粘度計算、フェルミ面、スピン分極計算チュートリアルを追加しました。
[不具合修正]
- [編集]-[密度を変更]でメイン画面右のリストが更新されない不具合を修正しました。
- PDB形式で読み込んだ分子に対し[編集]以下の機能で原子を追加した後にPDB形式で保存できない問題を修正しました。
- 一部の「開く」ダイアログで全拡張子(*.*)の選択ができない問題を修正しました。
- LAMMPSにおいて一部のdataファイルを読み込ませた際に処理が完了しない不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOにおいて、pwoutファイルのアニメーションを3D表示する際にセルが表示されない不具合を修正しました。
[仕様変更]
- 新規作成時にカメラを初期状態に戻すよう変更しました。
- 新規作成またはファイル読み込み時にAnimationウィンドウが開いていた場合に閉じるように変更しました。
- 自動で結合を生成する箇所でH2分子の結合を認識するよう変更しました。
- [編集]-[水素付加]-[pdb2gmx, openbabel]、[MD]-[水をイオンに置換]で、進捗を確認できるように変更しました。
- [編集]-[水素付加]-[pdb2gmx]、[MD]-[水をイオンに置換]において元となるpdbファイルのchainレコードを考慮するように変更しました。
- NWChemで全原子に同じ基底を使用した場合はどの基底でもMOの表示ができるように変更しました。
- [MD]-[溶媒を配置/セルを作成]の名称を[溶媒を配置/セルを構築]に変更しました。
- [MD]-[溶媒を配置/セルを作成]において、水を配置する際に水モデルの種類ではなく水のサイト数を指定するように変更しました。
- [MD]-[水をイオンに置換]において、置換された数を処理後に表示するよう変更しました。
- [MD]-[界面ビルダ]のCancelボタンのラベルをCloseに変更しました。(挙動の変化はなし)
- top形式のトポロジファイルを生成する際に、atomtypesレコードの2カラム目の内容を原子番号に変更しました。(計算結果への影響はなし)
- Gromacsキーワード設定において画面レイアウトを変更しました。
- Gromacsキーワード設定においてデフォルトでfourierspacingキーワードを選択するようにしました。
- Gromacsキーワード設定において次のキーワードの設定を追加しました。comm-mode, nstcomm, gen-seed, fourier-spacing, pcoupletype, nh-chain-length, nsttcouple, nstpcouple, vdc-modifier, coulomb-modifier, rcoulomb-switch, gen-temp。
- Gromacsにおいてmdrunが異常終了した際に、ポスト処理を実行せずに即座に終了するよう変更しました。
- LAMMPSキーワード設定においてApplyボタンの機能をOKボタンに統合しました。
- LAMMPSキーワード設定において各タブの名称を変更しました。
- LAMMPSキーワード設定において、次のキーワードの設定を追加しました。tchain, pchain, shake-tol, dump xyz。
- LAMMPSキーワード設定においてRestraintの表記をDistance Restraintに変更しました。
- LAMMPSキーワード設定においてSHAKEの最大反復回数を1000に変更しました。
- LAMMPSキーワード設定においてデフォルトで出力されるエネルギーの種類(thermo_style)を増やしました。
- LAMMPSにおいて、restartファイルからdataファイルを作成する段階でmpirunを使わないように変更しました。
- LAMMPSのリモートジョブ用スクリプトにおいて、新規・継続ジョブの処理を一部共通化しロバスト性を向上させました。
- LAMMPSのdataファイルを開いた状態で新規ジョブを開始したときに、dataファイルの再生成の是非と問うように変更しました。
- LAMMPSのdataファイルを開く際に、結合力の係数のフォーマットに依らず読み込みを行うように変更しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定において、「No Symmetry」の名称を「No Crystal Symmetry」に変更しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定において、noinv(No k=-k symmetry)の設定を追加しました。
- Quantum ESPRESSOにおいて、継続ジョブの際に「Automatically convert to primitive cell」を無効とするように変更しました。
- Quantum ESPRESSOの状態密度表示機能において、エネルギーの範囲を可変とするよう変更しました。
- Quantum ESPRESSOにおいて、ジョブ継続時に前のジョブの出力ファイルから原子配置・セル情報を取得してpwinファイルを作成するように変更しました。(実際の挙動には変化なし)
- Quantum ESPRESSOのph.x実行時に、中間ファイルの生成場所をWinmostarのインストールフォルダからworking directory以下に変更しました。
- Quantum ESPRESSOのフォノン分散表示において、k点を特殊点のラベルで入力できるように変更しました。
- Quantum ESPRESSOのフォノン分散表示の表示において、同じバンド構造を与える2点を接続して表示するように変更しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定において、各設定項目を変更してもPresetの表示を変更しないようにしました。
Version 7.014 2017/3/1
[不具合修正]
- Fireflyで計算結果が出力されないことがある不具合を修正しました。
- GaussianのESP2/Surfaceの3D描画で色がつかない不具合を修正しました。
Version 7.013 2017/3/1
[新機能]
- LAMMPSキーワード設定において、minimizeの際にPosition Restraint機能が使えるようにしました。
- LAMMPSのdataファイル生成部分を高速化しました。
[不具合修正]
- SDFファイル読込で、最終行に$$$$がない時に最後のデータが読まれない不具合を修正しました。
- グラフェンのmol2保存で原子タイプ、結合タイプが正しく保存されない不具合を修正しました。
- QMの振動計算の3Dアニメ表示、3Dベクトル表示がずれる不具合を修正しました。
- GromacsのBAR法実行において、一部ファイルが適切にコピーされず処理を実行できなかった不具合を修正しました。(V.7.000以降のみ)
- LAMMPSキーワード設定のPullおよびPosition Restraint機能において、拘束する原子数が多いときに.inファイル内に不要な改行が挿入される不具合を修正しました。
- LAMMPSにおいて、水を含む系でDreiding力場を使用した際に計算が回らない不具合を修正しました(V.7.010以降のみ)。
- 一部のバージョンのLAMMPSで継続ジョブが回らない問題を修正しました。
- LAMPPSにおいて、GAFF・OPLS力場を使用する際に、dihedralの平衡角が適切に設定されない不具合を修正しました(V.7.010以降のみ)。
[仕様変更]
- PG,PA,PBなどの原子の名前で元素記号を持たないPDBファイルの読み込みにある程度対応するようにしました。
- 結合再生成で周期境界条件を考慮するようにしました。
- Fireflyの出力経過を表示するようにしました。
- アニメーションフォームを閉じたときに、原子リストをアップデートするようにしました。
Version 7.011 2017/2/6
[新機能]
- 界面張力計算、融点計算、フォノン計算、誘電関数計算のチュートリアルを追加しました。
[不具合修正]
- CIFファイルの対称操作が大文字で書かれていると読み込めない不具合を修正しました。
- NWChemで一部出力ファイルの読み込みに失敗する不具合を修正しました。
- NWChemでNMRのピークが一つしかでない不具合を修正しました。
- NWChemでSTARTキーワードで出力ファイル名が指定されている場合にmovecsファイルを移動できない不具合を修正しました。
- LAMMPSインターフェースにおいて、ポテンシャルファイルのコピーが作業フォルダ内にコピーされない不具合を修正しました。
- Gromacs, LAMMPSインターフェースにおいてDreiding使用時にAngleポテンシャルの情報が出力されない不具合(V.7.010限定)を修正しました。
- 結晶ビルダでRepeatの数字が更新されない不具合を修正しました。
[仕様変更]
Version 7.010 2017/2/1
[新機能]
- 画面右上のZoom、Atom、Bondのエディットボックスで値を変更できるようにしました。
- [ファイル]-[再度読み込み]機能を追加しました。
- [編集]-[周期境界折り返し]において、原子単位の折り返しに対応しました。
- [MD]-[Bond/Angle算出]にTorsionの計算機能を追加しました。
- Gromacsキーワード設定においてDreiding力場を選択できるようにしました。
- LAMMPSキーワード設定においてAcpypeによる電荷の自動アサインに対応しました。
- LAMMPSキーワード設定においてGAFF, OPLS-AA/L力場を選択できるようにしました。
- LAMMPSキーワード設定においてLJパラメータのマニュアル指定(Exception)にしました。
- LAMMPSキーワード設定において絶対座標の拘束に対応しました。
- LAMMPSキーワード設定において各種水モデルを選択できるようにしました。
- LAMMPSのdataファイルの読み込みを高速化しました。
[不具合修正]
- 原子選択時に最適化フラグがコンボボックスに反映されない不具合を修正しました。
- PDBファイル読み込みにおいて、一部のケースで原子名が認識されない不具合を修正しました。
- 部分複製で増えた原子の最適化フラグが設定されない不具合を修正しました。
- 環構築後に原子リストが更新されない不具合を修正しました。
- [編集]-[周期境界折り返し]において、メイン画面右のリストが更新されない不具合を修正しました。
- 環境設定画面で結合判定係数を設定しても、次回立ち上げた時にリセットされてしまう不具合を修正しました。
- LAMMPSキーワード設定において、一部のケースで.in File (4), (5)タブのキーワードが更新されない不具合を修正しました。
- LAMMPSをWinmostar Job Managerで起動する際にリクエストするコア数が、MPI並列数に関わらず1になる不具合を修正しました。
- ポリマービルダでモノマーファイル(.wmo)の大文字、小文字の区別ができない不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOの結果処理画面において、一部UIの表示の不具合を修正しました。
- 2文字の元素名(Znなど)を点群解析するとダミー原子になる不具合を修正しました。
[仕様変更]
- メインビューのAngleを小数点3桁まで表示して、各種小数点桁数を固定するようにしました。
- OpenSCADの設定を調整しました。
- NWChemをcygwinを使用してビルドしたものからMinGWを使用してビルドしたものに変更しました。
- LAMMPSのdataファイル読み込み時に結合長から結合次数を判定するようにしました。
- LAMMPSキーワード設定において、Chargeのデフォルト値を「Use user-defined charges」から「Assign charges」に変更しました。
- LAMMPSのdataファイル読み込み時に、Pair Stylesレコードのカラム数が5の場合に処理を中断しないようにしました。
- LAMMPSのdataファイル読み込み時に、Angle Coeffsレコードがcharmm形式の場合に処理を中断しないようにしました。
- LAMMPSのdataファイル読み込み時に、原子IDをAtomレコードの並び順ではなくAtomレコードに書かれた値から取得するように変更しました。
- LAMMPSキーワード設定において、Force fieldのデフォルト値を「Dreiding」から「GAFF」に変更しました。
- LAMMPSキーワード設定において、Units = realの時のみSHAKEのfixコマンドを発行するように変更しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定において、calc=bandsの時にK Points=Automaticを指定できるようにしました。
- Quantum ESPRESSOのpwinファイル読み込み時に、ATOMIC_POSITIONS, CELL_PARAMETERSの単位が中括弧以外で囲まれている場合にも読み込めるようにしました。
- [MD]-[電荷割り当て]-[acpypeを使用]にて、実行後電荷を表示するようにしました。
- [MD]-[ポリマー]-[モノマー登録]において、点電荷が定義されていないと警告を表示するようにしました。
- ジョブマネージャで、Pauseをチェックすると停止するようにしました。
Version 7.009 2017/1/10
[新機能]
- メイン画面でのcifファイルの読み取り時、対称操作後の構造を表示できるようにしました。
- CHARMM形式の座標ファイルのエクスポート機能を追加しました。([ファイル]-[エクスポート]-[CHARMM crd File])
- 原子リストで部分選択できるようにしました。
- セルの外側にある分子をセル内に戻す機能を追加しました。([編集]-[周期境界折り返し])
- 系の密度を変更する機能を追加しました。([編集]-[密度を変更])
- 明示的にacpypeを用いて点電荷を割り当てる機能を追加しました。([MD]-[電荷を割り当て]-[acpypeを使用])
- [表示]-[リセット]メニューを追加しました。
- OpenSCADでスケールの倍率を変更できるようにしました。
- GaussianのEasySetupで電荷と多重度を設定できるようにしました。
- GAMESSのEasySetupで電荷と多重度を設定できるようにしました。
- LAMMPS, Amber, Quantum ESPRESSOのエネルギー表示画面において、各種エネルギー・熱力学量の平均値表示機能を追加しました。
- LAMMPSインターフェースにおいて、セルの自動作成機能を追加しました。
- LAMMPSキーワード設定において、Pulling機能(選択分子の等速移動)を追加しました。
- LAMMPSのトラジェクトリ読み込みからanimated groファイルを出力する機能を追加しました。(VMD等との連携が可能)
- MD計算のトラジェクトリについて、指定した原子間の結合距離・角度の時間変化とヒストグラムを算出する機能を追加しました。([MD]-[Bond/Angle算出])
- MDの解析ツールなどのタイムアウト時間を設定できるようにしました。
- Quantum ESPRESSOインターフェースに、IR・ラマンスペクトル、フォノン分散、誘電関数計算機能を追加しました。(テスト版)。
- 分子モデリングチュートリアル(有機分子、超分子)へのリンクを追加しました。
[不具合修正]
- Winmostarを上書きでダウングレードできるようにしました。
- 2番原子を削除した場合のZ-Matrixの参照原子の不具合を修正しました。
- [編集]-[水素付加]-[pdb2gmxを使用]、[MD]-[溶媒を配置/セルを作成]、[MD]-[水をイオンに置換]機能で、原子リストが更新されない不具合を修正しました。
- 半経験QM,QMのインポートメニューで入力キーワードが読み込まれない不具合を修正しました。
- Gromacsインターフェースのacpype使用部分で、2文字以上の元素名が1文字になってしまう不具合(V.7.000以降)を修正しました。
- LAMMPSのエネルギー変化表示時に生成されるxvgファイルの最終行に余分な情報が書き込まれる不具合を修正しました。
[仕様変更]
- VRMLのスケールをOpenSCADのデフォルトに合わせました。
- GaussianのIRC出力で、Animation画面のエネルギー表示順序を調整しました。
- LAMMPSキーワード設定選択時に、Cygwinのインストールを必須とするように変更しました。
- LAMMPSキーワード設定の「.data File」タブを削除し、セルの作成機能を[編集]-[セルの作成/編集]に、電荷の設定機能を[MD]-[電荷を割り当て]-[マニュアル入力]に統合しました。
- LAMMPSのdataファイル読み込み時に、セルの移動回数に関するフラグを読み込むように変更しました。
- MDのトラジェクトリのアニメーション表示で電荷をクリアしないようにしました。
- Quantum ESPRESSOの結果表示ウィンドウのレイアウトを変更しました。
Version 7.007 2016/12/7
- [編集]-[水素付加]-[pdb2gmxを使用]、[MD]-[溶媒を追加/セルを作成]、[MD]-[水をイオンに置換]の[編集]-[元に戻す]/[やり直し]に対応しました。
- Z-Matrixの最適化フラグを2桁表示できるように修正しました。
- Z-Matrix結合関係をリスト下のエディットボックスで変更できるように修正しました。
- [編集]-[Z-Matrix]-[結合関係変更]メニューでNa,Nb,Ncと原子のインデックスを同時に表示するように修正しました。
- 電荷のグラフィカル表示が周期境界折り返し表示されない不具合を修正しました。
- OpenSCADで多重結合に対応しました。
- OpenSCADで分割数を変更できるようにしました。
- OpenSCADでBlender座標系に対応できるようにしました。
- OpenSCADとVRMLの座標系が一致するようにしました。
- リモートジョブ実行のファイル転送を高速にしました。
- [MD]-[水をイオンに置換]でエラーが出る不具合を修正しました。
- DPDにおいてボンドが存在しない時にdataファイルのBondセクションを削除するよう変更しました。
- CONFLEX画面でBSOファイルが開けない場合がある不具合を修正しました。
Version 7.005 2016/11/15
- [ファイル]-[エクスポート]-[画像]において、拡張子を明示的に書いたときに保存できなくなる不具合を修正しました。
- XYZのチェックボックスと[ファイル]-[XYZで保存]が連動していないことがある不具合を修正しました。
- 部品登録で少し座標がずれることがある不具合を修正しました。
- 周期境界セルと赤い結合がある場合に描画に失敗することがある不具合を修正しました。
- MOのインポート画面を開いたまま他のファイルをインポートすると、Energy Level Diagramが更新されない不具合を修正しました。
- Gaussianキーワード読み込みでLink1以降の行に無駄な改行が入る不具合を修正しました。
- Gaussianキーワード読み込みでONIOMの読み込み、保存が正しくない不具合を修正しました。
- Gaussianのfchkインポートでエラーになることがある不具合を修正しました。
- [MD]-[Gromacs]-[ER法実行]において、分子(残基)名がSOL以外の分子を溶質と判定するのではなく、分子数が1の分子を溶質と判定するように変更しました。
- [MD]-[Gromacs]-[ER法実行]-[Options]において、ecdminの設定を追加しました。
- [MD]-[ポリマー]-[ポリマーセルビルダ]において、Cubic Cellの設定がウィンドウを閉じた際に保存されない不具合を修正しました。
- アニメーション表示ウィンドウにおいて、最終フレームで[|>]ボタンを押すと自動でrewindするように変更しました。
- 点群解析画面で分子の対称化を行い、新規作成を行った後、もう一度点群解析画面を開くと新規作成前の分子が再描画される不具合を修正しました。
Version 7.003 2016/11/1
- PDBファイルの保存/読み込み時にREMARKを使ってセルの情報を保持できるようにしました。
- [ファイル]-[ファイルエクスプローラから開く]の表示を[フォルダを開く]に変更しました。
- [編集]-[セルの作成/編集]メニューを追加して、セルを作成/編集できるようにしました。
- Z軸視点のときにZ軸回りの回転方法を指定しても回転できるようにしました。
- [表示]-[表示選択]-[セル]メニューでセルを描画するか選択できるようにしました。
- CNDO/Sキーワード設定後に、CNDO/S実行として別名保存するとエラーになる不具合を修正しました。
- Gromacsにおいて、指定した分子種の座標固定および指定した分子種の力場パラメータの手入力に対応しました。
- Gromacsにおいて、固液界面系の計算が可能になりました。
- Gromacsキーワード設定画面において、[Reset]時に[ForceField]タブの内容がリセットされない不具合を修正しました。
- Gromacsのトラジェクトリ読み込み後に作業フォルダのリストアに失敗する不具合を修正しました。
- LAMMPSにおいて、伸張計算に対応しました。
- LAMMPSにおいて、アニーリング計算に対応しました。
- LAMMPSにおいても、任意の原子間距離の拘束に対応しました。
- LAMMPSにおいて、ポテンシャルエネルギーと運動エネルギーのログへの出力を追加しました。
- LAMMPSにおいて、Dreiding力場のアサインに失敗した際に詳細を画面表示するようにしました。
- LAMMPSキーワード設定で、1-4相互作用の係数およびLJ相互作用の混合則を指定するキーワードを追加しました。
- LAMMPSにおいて、units=metalの温度・圧力制御の時定数が1/1000に設定される不具合を修正しました。
- 界面ビルダで電荷のある系の作成に失敗する不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSO実行時、Monoclinic (b setting) のibravが正しく判定されない不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定画面をモーダルに変更しました。
- 結晶ビルダで_geomキーワードを含むCIFファイルを読み込めない不具合を修正しました。
- CONFLEXメニューはQMパックで使用できるようにしました。
- 点群(S2n, O, Oh, T, Th, Td)を含むGAMESSインプットの配向がmaster frameと一致しない不具合を修正しました。
- 点群Dndで対称化できない不具合を修正しました。
- 英語版チュートリアルメニューを追加しました。
- メッセージダイアログのボタンの英語表示に対応しました。
Version 7.002 2016/10/18
- 各種UIの表示項目名・レイアウトを微修正しました。
- XYZチェック時の原子リストに残基名などのPDBの情報を追加で表示するようにしました。
- XYZチェック時に原子リスト下のエディットボックスで座標値を直接編集した時に正しく反映されない不具合を修正しました。
- 原子リスト下のエディットボックスで選択原子を変更時の動作を修正しました。
- ファイルを開いたときの前選択原子と選択原子を最初と最後の原子にするように修正しました。
- samples\nial.cifの読み込みに失敗する不具合を修正しました。
- PDB読み込み/保存時にnameの情報を保持するようにしました。
- 原子数が多すぎてmol保存できない場合はエラーにするように変更しました。
- [ファイル]-[別名で保存]にShift-Ctrl+Sのキーボードショートカットを割り当てしました。
- [ファイル]-[ファイルエクスプローラ起動]メニューを追加しました。
- [ファイル]-[XYZ形式に保存]メニューで、キーワードが大文字になる不具合を修正しました。
- [編集]-[元に戻す]メニューでエラーになることがある不具合を修正しました。
- ダミー原子のみの部分重心でエラーになる不具合を修正しました。
- 部分貼り付けのZ-Matrix生成を位置確定時にするように変更しました。
- 環構築後の選択原子を修正しました。
- 孤立原子に対して部品置換したときの不具合を修正しました。
- [配向]-[設定]メニューでセルも回転するようにしました。
- クリーンでエラーが起きることがある不具合を修正しました。
- 鏡像体生成でセルも反転するようにしました。
- 三面図の空間充填モデルで向きが違う不具合を修正しました。
- OpenSCADで結合の方向がおかしい不具合を修正しました。
- [MOPAC]-[Import]-[Force(out)]メニューでエラーになる場合がある不具合を修正しました。
- GAMESSの入力ファイルの小数点以下の桁数を6桁から10桁に増やしました。
- GAMESSのRESP電荷算出機能において、中間生成ファイルを作業ディレクトリにすべてまとめるよう変更しました。
- GAMESSメニューのFMOをPDBにして位置を変更しました。
- [MD]-[溶媒を配置/セルを作成]において、分子リストをダブルクリックすると分子数を変更できるようにしました。
- [MD]-[溶媒を配置/セルを作成]において、cubicでないセルをインポートした時の不具合を修正しました。
- [MD]-[溶媒を配置/セルを作成]において、たまたま接近した異なる分子の間に共有結合が定義される不具合を修正しました。(主に金属原子を含む場合に発生)
- Gromacsキーワード設定において、各種キーワードにマウスオーバーした際のヒントを追加しました。
- ER法設定において、solution, solvent, soluteの順にファイル・フォルダを指定しないとエラーが起きる問題を解決しました。
- LAMMPSにおいて、非等方的な圧力制御に対応しました。
- LAMMPSにおいて、log出力項目の種類を増やしました
- LAMMPSにおいて、Working directoryのバックアップ有無を選択できるようにしました。
- LAMMPSにおいて、minimizeのステップ数に「# of time steps」の値が使われるように変更しました。
- LAMMPSにおいて、シミュレーション実行を元に戻す機能(Restore Working Directory)を追加しました。
- LAMMPSキーワード設定において、現状のGromacsのキーワード設定相当の項目を追加しました。
- LAMMPSキーワード設定において、MPIの設定をOptionsタブに移しました。
- LAMMPSキーワード設定において、Ensembleの初期値を「minimize」に変更しました。
- LAMMPSキーワード設定において、Resetボタンを追加しました。
- LAMMPSのリモートジョブ実行において、metal用のポテンシャルファイルが正常に認識されない問題を修正しました。
- LAMMPS, Amber, Quantum ESPRESSOのエネルギー変化表示機能において、batch average機能を追加しました。
- [MD]-[ポリマー]-[モノマー登録]メニューのダイアログをモーダレスにして、フォーム起動後のHead-Tail原子の選択を可能にしました。
- ポリマーセルビルダにおいて、デフォルトでCubic Cellが選択されるように変更しました。
- 硫黄原子を含むモノマーでポリマーの作成に失敗する不具合を修正しました。
- インストールフォルダと違うドライブに保存したとき、ポリマーセルの作成に失敗する不具合を修正しました。
- 界面ビルダでcif保存しても中身がmol2になってしまう不具合を修正しました。
- 結晶ビルダでExchange Axis機能を追加しました。
- 結晶ビルダで読み込みファイルがロックされ続ける不具合を修正しました。
- 結晶ビルダで_space_group_symop_operation_xyzキーワードを持つCIFファイルの読み込みに対応しました。
- 表面切り出し時に格子点を選べない不具合を修正しました。
- バージョン6の設定ファイルからのFireflyのNODESの設定の引き継ぎに失敗する不具合を修正しました。
- 環境設定の表示で、標準色を選んだ場合でも背景色などを同時に設定できるようにしました。
- プログラムパスをインストールフォルダからの相対パスで設定できるようにしました。
- 点群解析時、点群Cnvに属する分子の配向がGAMESSのmaster frameと異なる不具合を修正しました。
- アニメーション再生中にウィンドウを閉じる場合とWinmostarを終了する際の不具合を修正しました。
Version 7.000 2016/10/1
- 各種アイコンを変更しました。
- ファイル名をタイトルバーに表示するようにしました。
- インストールフォルダ以下のフォルダ構成を変更しました。
- 初期状態のファイルパスをUserDataフォルダの下に変更しました。
- 表示系メニューと環境設定のツールボタンを追加しました。
- 複数選択時にDel、Chgボタンを押した場合は、複数選択原子が一括で削除、元素変更されるようにしました。
- Shiftキーを押しながらクリックで1分子を複数選択/選択解除できるようにしました。
- ビューウィンドウ、テキストエリアをマウスドラッグで伸縮できるようにしました。
- コントロールパネルのConnect, All Atoms, Markを表示メニューに移動しました。
- undoボタンを[編集]-[テキストを戻す]メニューに移動しました。
- Debugボタンを[ヘルプ]-[デバッグ]メニューに移動しました。
- Z-Matrix表示部分をXYZ表示に切り替えられるようにしました。
- [編集1],[編集2]メニューを[編集]メニューに統一しました。
- [QM1],[QM2]メニューを[半経験QM],[QM]メニューに再構成しました。
- [その他]メニューを[ツール]メニューに変更しました。
- [その他]-[SMILES入力]を[ファイル]-[インポート]-[SMILES]に移動しました。
- [ファイル]-[エクスポート]メニューでSMILESや化学構造式(SVG形式)などを出力できるようにしました。
- [編集]-[元に戻す]メニューにCtrl-Z、[編集]-[やり直し]メニューにCtrl-Yのショートカットキーを割り当てました。
- [編集]-[元に戻す]、[やり直し]メニューをより正確に再現するように変更しました。
- [編集]-[回転方法]メニューを[表示]-[回転方法]メニューに移動しました。
- [編集]-[原子]-[原子移動]などのメニューで編集中の原子についてハイライトして表示するようにしました。
- 結合関連のメニューを[編集]-[結合]のサブメニューにまとめました。
- [表示]-[芳香環]-[1-2save(mol)]は[ツール]-[環境設定]ウィンドウ内に移動しました。
- [編集]-[水素付加]-[pdb2gmxを使用]、[OpenBabelを使用]メニューを追加しました。
- 部分編集関連のメニューを[編集]-[部分編集]のサブメニューにまとめました。
- [編集]-[部分編集]-[部分配向]メニューを追加しました。
- [編集]-[部分編集]-[部分切り取り]、[部分コピー]、[部分貼り付け]メニューを追加しました。
- 部品関連のメニューを[編集]-[部品]のサブメニューにまとめました。
- [編集2]-[原点復帰]、[編集2]-[重心原点]メニューを削除して、[表示]-[センタリング]メニューで代用するようにしました。
- [編集2]-[初期配向]メニューを[編集]-[配向]メニューにして、[編集2]-[初期配向]-[配向]メニューをZ軸視点のツールボタンで代用するようにしました。
- [編集2]-[分子を選択]メニューを[編集]-[分子種単位で選択]メニューにしました。
- [表示]-[最大化]メニューを削除しました。
- [表示]-[三面図]メニューを追加しました。
- [表示]-[視点移動]メニューを追加しました。
- [表示]-[回転方法]-[X軸回転]、[Y軸回転]、[Z軸回転]の回転軸を、ビューの軸ではなく、絶対座標軸にしました。
- [表示]-[回転方法]-[視点軸回転]メニュー(これまでの[編集]-[回転方法]-[Z軸回転]と同じ動作)を追加しました。
- [表示]-[標準色]、[色変更]、[VDW半径変更]、[表示選択]-[キーワードフォントサイズ]を[ツール]-[環境設定]のウィンドウに移動しました。
- [表示]-[棒球表示]-[BS1]、[BS2]を[簡易](Plain)、[標準](Normal)に変更しました。
- [表示]-[遠近法]の表現方法を変更しました。
- [表示]-[Jmol]等のメニューを[表示]-[外部ビューア]のサブメニューにまとめました。
- POV-Ray(レイトレーシング)機能において、希薄系の表示時にシミュレーションセルが地面を貫通する問題を修正しました。
- [表示]-[クリップボードに貼り付け]メニューを[表示]-[画像をコピー]に変更しました。
- [半経験QM]、[QM]、[固体]メニューについて、各ソルバ毎にサブメニューにまとめました。
- GAMESSキーワード設定にて、点群解析の情報を引き継ぐ機能を追加しました。
- NWChemのMPI実行に対応しました。
- [MD]-[溶媒を配置/セルを作成]メニューを追加し、密度を指定したセルを作成できるようにしました。
- [MD]-[水をイオンに置換]メニューを追加し、画面に表示されている系に明示的に単原子イオンを配置できるようになりました。
- [MD]-[Gromacs]-[キーワード設定]メニューにForceFieldタブを新設し、表示されている系に対し自動的に力場を生成できるようにしました。従来の機能に加え、ポリマー・低分子混合系の計算、トポロジーファイルの自動生成または指定が可能になりました。
- [MD]-[Gromacs]-[キーワード設定]のPreprocessタブを廃止し、ForceFieldタブおよび、[編集]-[水素付加]-[pdb2gmxを使用]、[OpenBabelを使用]、[MD]-[溶媒を配置/セルを作成]、[水をイオンに置換]メニューに統合しました。
- Gromacsキーワード設定のデフォルト値を、rvdw, rcoulombは1.0に、nstxoutは100に、nstenergyは10に変更しました。
- Gromacsの計算を新規に開始する際に、groファイルとtopファイルを保存するようにしました。
- Gromacsの実行時に、シミュレーションセルが設定されていない場合に、[MD]-[Gromacs]-[キーワード設定]のForceFieldタブで設定されているシミュレーションセルのサイズで自動で作成するようにしました。
- [MD]-[Gromacs]-[溶解度/χ/DPDパラメータ]メニューを追加し、凝集エネルギーを元にしたHildebrandの溶解度パラメータ、χパラメータ、DPDのaijパラメータを算出できるようになりました。
- [MD]-[Gromacs]-[溶媒を登録]を廃止し、[MD]-[溶媒を配置/セルを作成]メニューに統合しました。それに伴い、溶媒分子はmol2形式で保存し、力場の種類は[MD]-[Gromacs]-[キーワード設定]のForceFieldタブで指定するように変更しました。
- [MD]-[LAMMPS]-[キーワード設定]にExtending Simulationの項目を追加し、速度を引き継いで継続ジョブを流せるようになりました。
- LAMMPSの計算を新規に開始する際に、mol2やcifファイルではなく、dataファイルを明示的に保存するようにしました。
- LAMMPS計算の出力ファイルを、末尾に"_lmp_tmp"が付いたフォルダに保存するようにしました。
- LAMMPS実行時に、必ずGroファイルを生成するようにしました。
- GromacsおよびLAMMPSのリモートジョブ実行時に、結果出力ファイル群をzipで圧縮・解凍するようにしました。
- [MD]-[ポリマー]-[モノマー割り付け]メニューにより、DPDの系に対し「モノマー登録」機能で登録されたモノマーを割り付け、全原子MDの座標を作成できるようになりました。
- 結晶ビルダのウィザードを廃止して、マニュアルモードにしました。
- 結晶ビルダでファイル保存時に、自動的にメイン画面に戻らないようにしました。
- Quantum ESPRESSOのcp.exeが、スペースを含む出力フォルダ(outdir)に対応しないため、実行前にに処理を中断するようにしました。
- Quantum ESPRESSOのアニメーション表示画面において、「gro」ボタンを押すとアニメーションgroファイルを出力する機能を追加しました。
- [ツール]-[環境設定]メニューを追加しました。
- 設定内容をatoms1.wmxから、UserPref\wm_set.iniに保存するように変更しました。
- Sterimolパラメータの計算時に、ある特定のカメラアングルで計算が不正終了する問題を修正しました。
- 点群解析に「対称化機能」と「非対称単位構造切り出し機能」を追加しました。
- [その他]-[検索]メニューを[ツール]-[ファイル内検索]メニューに変更しました。
- [その他]-[ジョブマネージャで実行]、[パスの設定]メニューを[ツール]-[環境設定]のウィンドウに移動しました。
- [ヘルプ]-[ホームページ]メニューを[ヘルプ]-[Winmostarウェブページ]に変更しました。
- [ヘルプ]-[Language]、[広告削除]、[ライセンス設定]メニューを[ツール]-[環境設定]のウィンドウに移動しました。
Winmostar V6
Version 6.020 2016/9/1
- [編集2]-[分子を選択]において、選択された分子の削除を行う「Delete」ボタンを追加しました。
- POV-Rayの出力において、ファイル名を指定できるようにしました。
- リモートジョブ投入画面のProfile名を変更し易くしました。
- Gromacsインターフェースのキーワード設定画面において、continuationを常に編集可能に、gen-velをエネルギー最小化計算以外のケースで編集可能にするよう変更しました。
- Gromacsインターフェースの「ER法結果読み込み」画面において、エネルギー分布関数のグラフを表示する機能を追加しました。
- LAMMPSインターフェースにおいて、unit=metalの際に、Run後に生成されるdataファイル(*_final.data)から「Pair Coeffs」の欄を削除するようにし、そのdataファイルからジョブを再スタートできるようにしました。
- LAMMPSインターフェースの「トラジェクトリ読み込み」機能において、メイン画面のファイル名が、最初に選択したmol2ファイルのパスに固定となるよう変更しました。
- ポリマービルダで4配位窒素原子を含むポリマーの作成に失敗する不具合を修正しました。
- 界面ビルダでC軸方向のcell1のリピート数を2以上にした場合の不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOインターフェースのポスト処理画面において、「Excel」ボタンによりcsvファイルを出力する機能を追加しました。
- Quantum ESPRESSOインターフェースにおいて、キーワード設定の「Options」タブに「Generate Simulation Cell」という項目を追加し、メイン画面の分子にシミュレーションセルが作成されていない場合に自動的にシミュレーションセルを作成されるようにしました。
- Quantum ESPRESSOインターフェースにおいて、既存のpwinファイル読み込み時に、キーワード内のスペースが削除される不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOインターフェースにおいて、ibrav=0以外が記述されたpwinファイルが読み込み、pwinを再度保存する際に、余分なセル情報が出力されないよう修正しました。
- 点群解析にて設定されたAccuracyが適切に使用されていなかった不具合を修正しました。
Version 6.019 2016/8/1
- 部品選択に、-PIC5H5を追加しました。
- 「表示>クリップボードに貼り付け」にキーボードショートカットを割り当てました。
- 3D表示の等値面頂点数の制限を3万から10万に拡張しました。
- 3D表示の等値面頂点の法線ベクトルの計算を高速化しました。
- 3D表示でマウスホイールでの拡大・縮小に対応しました。
- 3D表示のonce,gifをチェックしたアニメーションの終了時にgifのチェックが外れるようにしました。
- FOCUSのGAMESS実行で、ノード間並列に対応しました。
- MOPACデータをNWChemのデータと誤判定することがある不具合を修正しました。
- GAMESSとGaussianのEasySetupで、Setup画面のBasisを引き継ぐようにしました。
- GAMESSのEasySetupで、BASISにTZVを追加しました。
- NWChemのSetupで、Basisにtzv(TZ_(Dunning))を追加しました。
- Gromacsキーワード設定において、constraintsの初期設定をhbondsに変更しました。
- Gromacsキーワード設定でnstenergyがgmxsetに保存されない不具合を修正しました。
- Gromacsのアニメーション表示時に、フレームが変わるとメイン画面に表示されるファイル名がtrrファイルのファイル名に変わる不具合を修正しました。
- LAMMPSの計算をした際に、最終ステップの座標・速度のdataファイルを出力するようにしました。
- LAMMPSを「Specify data file」にチェックを入れて計算した場合も、動径分布関数と平均二乗変位を計算できるようにしました。
- LAMMPSの動径分布関数および平均二乗変位において[Create Group]が使用できるようになりました。
- MDの3Dアニメ-ションでwinmos3Dが表示される前に再度3Dを押すとエラーになる不具合を修正修正しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定画面において、pseudoフォルダの中身を再読み込みするボタンを追加しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定画面のAdvanceタブにてOccupations=Smearingのときだけ、Smearing, degaussを選択できるようにしました。
- ジョブマネージャの履歴を50->200に拡張しました。
Version 6.018 2016/7/1
- メイン画面の「Rep」「Chng」ボタンの表示名を「Repl」「Chg」に変更しました。
- OpenSCADの棒球モデルで、棒と球の半径を変更できるようにしました。
- 3Dプリンター出力のために、VRMLとOpenSCADの出力座標の位置と配向と倍率が一致するようにしました。
- GAMESSのキーワード設定で、[Load]ボタンで設定が反映されないことがある不具合を修正しました。
- LAMMPSの推奨バージョンを変更しました。
- LAMMPSキーワード設定にrigidとConstrain Hydrogenを加えました。
- LAMMPSのdataファイル読み込みで質量から元素の種類の判定する基準を緩和しました。
- LAMMPSのdataファイル読み込みでatom_style chargeの場合に対応しました。
- Quantum ESPRESSOの入力ファイル保存時に出力される座標の桁数を増やしました。
- Quantum ESPRESSOのキーワード設定をする前にQuantum ESPRESSOを実行した際に、自動的に出現したキーワード設定画面にてSetしてもジョブが開始されない不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSO実行後に、生成される入力ファイルをメイン画面上で読み込むように変更しました。
- Quantum ESPRESSOのキーワード設定画面において「Automatically Detect ibrav」という項目の表示名を「Automatically Convert to Primitive Cell」に変更しました。
- Quantum ESPRESSOにてconstant mu計算とESM法の計算結果の差電子密度と差エネルギーのグラフを表示できるようにしました。。
- 結晶ビルダに逆格子ベクトル方向の視点にリセットするボタンを加えました。
- 結晶ビルダに[View]-[Centering]メニューを加えました。
- 結晶ビルダで周期表の表示位置を修正しました。
- 結晶ビルダで特定の形式のCIFファイルの対称操作が読み取れない不具合に対応しました。
- 一部のメッセージダイアログを「×」ボタンで閉じた際の挙動を修正しました。
Version 6.016 2016/6/1
- 大規模系で部分削除した場合にエラーになる不具合修正しました。
- 3D表示のアニメーションで、結合が増えるとエラーになる不具合を修正しました。
- 3D表示のアニメーションをループで再生すると、1フレーム目が読み込まれない不具合修正しました。
- MOPACキーワード設定で、MOZYMEをチェックボックスで選択できるようにしました。
- MOの3D表示でcubeファイルのエッジを表示できるようにしました。
- Gromacsにおいて、散乱関数の算出に対応しました。
- GromacsのER法およびBAR法設定の、メインメニューの表示名を変更しました。
- Gromacsにおいて、ジョブが未完了の状態で継続する際に警告を出すようにしました。
- AmberおよびQuantum ESPRESSOの実行時に作成されるWorking Directoryを知らせるダイアログを非表示にしました。
- LAMMPSのエネルギー変化画面において、単位の表示に対応しました。
- LAMMPSのデフォルトのthermo_styleにおいて、timeを追加しました。
- リモートジョブ投入機能においてQuantum ESPRESSOを実行できるようにしました。
- Quantum ESPRESSOにてconstant mu計算およびESM法のキーワードを設定できるようにしました。
- Quantum ESPRESSOのAnimation表示において、constant mu計算時のtot_chargeの変化の表示に対応しました。
- Quantum ESPRESSOにおいて、ポテンシャルエネルギー分布および仕事関数の表示に対応しました。
- Quantum ESPRESSOにおいて、projwfc.xの実行に対応しました。
- Quantum ESPRESSOのキーワード設定において、Occupationにfixedを追加し、Electron Max StepおよびvdW Correctionの設定も追加しました。
- Quantum ESPRESSOのWorking Directoryのバックアップの有無を選べるようにしました。
- Quantum ESPRESSOのAnimation表示において、セルサイズが変更する際に不要なダイアログが立ち上がる不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOにおいて、bands.xおよびdos.xの実行のタイミングを、Band StructureおよびDensity of Statesの選択時に変更しました。
- Quantum ESPRESSOのMOの3D表示でcubeファイルのグリッドを補完するようにしました。
- Quantum ESPRESSOのブラベ格子判定の不具合を修正しました。
- カンマがないQuantum ESPRESSO入力ファイル(pwinファイル)の読み込みに失敗する不具合を修正しました。
- FDMNESキーワード設定において、LDOSのチェックをデフォルトでOFFにしました。
- 結晶ビルダに真空層挿入機能(Insert vacuum)を追加しました。
- 結晶ビルダのCIF保存時に周期境界上に複製された原子まで保存されてしまう不具合を修正しました。
- 結晶ビルダの非対称要素のウィンドウにおいてスクロール時にエディットボックスが表示され続ける不具合を修正しました。
- 結晶ビルダのリピートの上限を20x20x20に変更しました。
- 結晶ビルダの占有率をサイトごとにランダムに配置する機能追加しました。
- 結晶ビルダの三面図のカメラの方向を修正しました。
- 表面切り出しの呼び出しを結晶ビルダ起動後の[Tool]以下に変更しました。
Version 6.015 2016/5/10
- 大規模な結晶(原子数に比べて結合数の多い大規模系)を読み込めない不具合を修正しました。
- CIFファイル読み込み時に、原子名から数字を削除するよう変更しました。
- 分子を部分移動した後にmol2で保存すると、セルと分子の位置が合わない不具合を修正しました。
- リモートジョブ投入機能において、リモートサーバ上で生成される一部の一時ファイルの保存場所を/tmpからユーザ領域以下に変更しました。
- GAMESSとGaussianのEasySetupで、設定をリセットするかどうかを選択できるようにしました。
- GAMESSキーワード設定で、MPLEVLをプルダウンから選択できるようにしました。
- GAMESSキーワード設定のEasySetupにおいて、RESP電荷算出用の設定を追加しました。
- GAMESSインポートに、RESP電荷算出機能を追加しました。
- Gaussianの出力で、スピン密度を表示できるようにしました。
- Gaussian出力のアーカイブ部分の高精度座標を読めるようにしました(インポート->Archive)。
- MO表示のファイル名の最大文字数制限を40文字から80文字に拡張しました。
- MO表示でエネルギー準位の数値が欠けることがあるので、表示幅を調整しました。
- UV-Visの波長表示の数値が欠けることがあるので、表示幅を調整しました。
- IR/Ramanの波長表示の数値が欠けることがあるので、表示幅を調整しました。
- 斜方セルのcubeファイルのMO表示に対応しました。
- Gromacsのエネルギー表示において、モル体積、熱膨張係数、定圧・定積比熱、体積弾性率、エンタルピーを含む、統計量の平均値の算出機能を追加しました。
- Gromacsのエネルギー表示において、分子数でエネルギーを規格化(Normalize)する機能を追加しました。
- Gromacsキーワード設定において、nstxoutがnstepsより大きいときに警告を出すよう変更しました。
- Gromacsキーワード設定において、integratorの選択肢の順番を変更しました。
- AmberTools付属のsanderのインターフェイスを作成しました。
- Amberのキーワード設定画面を、LEaPとsanderそれぞれのキーワード設定画面に分割しました。
- Amberの実行を、LEaPとsanderそれぞれの実行に分割しました。
- Amberインターフェースにおいて、座標ファイルとトポロジファイルを明示的に指定するよう変更しました。
- Amberインターフェースにおいて、半経験レベルのQM/MM/MD計算に対応しました。
- セルから分子が大きくはみ出した構造で、界面ビルダでエラーになる不具合を修正しました。
- 結晶ビルダで三面図表示に対応しました。
- 結晶ビルダでBS1, BS2表示に対応しました。
- 結晶ビルダでウィザードの下に原子数・格子定数等を表示するログを追加しました。
- 結晶ビルダで非対称要素編集のUIを変更しました。(リストクリックで座標編集、Enterキーで確定等)
- 結晶ビルダで周期表での元素を選択できるようにしました。
- 結晶ビルダでリピートの上限を10x10x10までに設定しました。
- 結晶ビルダでファイル読み込み・結合生成の速度を高速化しました。
- 結晶ビルダでファイルのドラッグアンドドロップでの読込に対応しました。
- 表面切り出しで格子取り直し以降の操作を結晶ビルダに統合しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定画面のレイアウトを変更しました。
- Quantum ESPRESSOインターフェースにおいて、MPI並列実行に対応しました。
- Quantum ESPRESSOインターフェースにおいて、Triclinicセルに対応しました。
- Quantum ESPRESSOインターフェースにおいて、バンド構造およびDOS計算およびその可視化に対応しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定において、ジョブの継続を明示的に指定できるよう変更しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定において、Charge Density Cutoffを常に編集可能とするよう変更しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定において、擬ポテンシャルファイルの保存場所を開くボタンを追加しました。
- Quantum ESPERSSOキーワード設定において、一部のテキストボックスを空欄にできない不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定において、Cancelしても設定が保存される不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定において、K Pointsのテキストボックスの内容が自動的に改行される不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOキーワード設定において、ibravの自動判定機能を設定するチェックボックスを追加しました。
- Quantum ESPRESSOの入出力ファイル(pwin, pwout)の読み込みで、全てのibravに対応しました。
- Quantum ESPRESSOインポートにおいて、他の環境で作成された任意のprefixを持つ.saveディレクトリの自動読み込み機能を追加しました。
- Quantum ESPRESSOの出力ファイル(pwout)読み込み時に、座標の単位系がbohr以外の時に発生する不具合を修正しました。
- FDMNESインターフェースにおいて、Triclinicセルに対応しました。
- メッセージダイアログのウィンドウを直接閉じた場合に生じる不具合を修正しました。
Version 6.014 2016/4/14
- 関連付けられた入力ファイルのダブルクリック、あるいはアイコンへ入力データをドラッグ&ドロップした時にエラーが出る不具合を修正しました。
- csh系のログインシェルでリモートジョブ投入できない不具合を修正しました。
Version 6.013 2016/4/1
Version 6.012 2016/4/1
- 分子種単位での選択に対応しました。([編集2]-[分子を選択])
- PDBを読み込み時にTERレコードをスキップするよう変更しました。
- POV-Ray設定画面から直接POV-Rayを起動するよう変更しました。
- 選択原子がないと複数選択のマークが表示されない不具合を修正しました。
- タッチパネルのジェスチャーで、拡大・縮小に対応しました。
- openCubeGen(MO,Densityの表示)を高速化、スレッド並列化しました。
- 等値面作成で、立方体限定から直方体に拡張して高速化しました。
- Cubeファイル読込で、ディレクトリ移動するとエラーになることがある 不具合を修正しました。
- GAMESSキーワード設定で、$PCMの設定を画面で選択できるようにしました。
- GAMESSキーワード設定で、Dunning系基底関数をプルダウンから選択できるようにしました。
- GAMESSキーワード設定のEasySetupで、基底関数のプルダウンが足りない不具合を修正しました。
- Gaussianキーワード設定で、Dunning系基底関数をプルダウンから選択できるようにしました。
- Gromacsで計算時間が1ps未満の場合にtrrからgroファイルの生成に失敗する不具合を修正しました。
- Gromacsでリガンドを含むタンパク系の力場アサインに対応しました。
- MDのエネルギー表示で[Save as CSV]ボタンを[Excel]ボタンに変更しました。
- MDのエネルギー表示でダブルクリックによる項目選択に対応しました。
- BAR法による自由エネルギー計算のリモートジョブ投入に対応しました。
- BAR法設定画面のレイアウト変更しました。
- MOPACのarcファイルからポリマーのモノマー登録ができない不具合を修正しました。
- Quantum ESPRESSOインターフェースを追加しました。
- FDMNESによるXAFSスペクトルの計算に対応しました。
Version 6.010 2016/3/2
- LAMMPSのdataファイル読み込みでunitsがmetalやljの場合に対応しました。
Version 6.009 2016/3/1
- UV-Vis吸収スペクトルを、Excelのデータとして出力する機能を追加しました。
- GAMESSのXYZ形式のデフォルトをCOORD=CARTからCOORD=UNIQUEに変更しました。
- GAMESSのXYZデータが読めないことがある不具合を修正しました。
- レコード長が80字以上のcubeファイルが読めない不具合を修正しました。
- 3DモードのMO表示で、表面が多い時にフリーズすることがある不具合を修正しました。
- groファイル読み込み時のタンパク質のbackbone表示に対応しました。
- LAMMPSのdataファイル読み込みに対応しました。
- dashシェルを用いるリモートサーバ上での動作に対応しました。
- LAMMPSのリモートジョブ投入で独自スクリプト(lammps.txt)に対応しました。
- Winmostarを終了せずWindowsをシャットダウンする際にアラートが表示される不具合を修正しました。
Version 6.006 2016/2/1
- ファイルの履歴を削除する機能を追加しました。
- 特許出願資料用表示に対応しました。
- 無諧調表示に対応しました。
- 自由エネルギー(ER法、BAR法)表示画面のレイアウトを変更し、デフォルトの単位をkcal/molに変更しました。
- LAMMPSキーワード設定にてunit=ljに対応しました。
- 散逸粒子動力学法メニュー(DPDセルビルダ、ポテンシャル編集)を追加しました。
Version 6.005 2016/1/7
- OpenSCADのデータ作成で、カラー設定に対応しました。
- GromacsのBox sizeのデフォルト値を2.5から3.0 nmに変更しました。
- Gromacsの溶媒を最大4種類まで指定できるようにしました。
- GromacsのExtending Simulationで合計Nstepsまでしか実行されないことがある場合に、追加でNstep実行するようにしました。
- Gromacsのinsert-moleculeで、分子の挿入に失敗した場合はエラー終了するようにしました。
- 表面切り出しにおけるミラー指数の指定方法を変更しました。
- Sterimolパラメータ計算機能を追加しました。
- 点群解析における一部不具合(Sn群、Th群)を修正しました。
Version 6.004 2015/12/10
- POV-Rayで二重結合・三重結合に対応しました。
- Gromacs, LAMMPSの出力ファイルの編集メニューを追加しました。
- Gromacsでキーワード設定時に溶媒ファイルが読み込めない不具合を修正しました。
- 界面ビルダで原子タイプが正しく保存されない不具合を修正しました。
- フレーム数の多いアニメーションのgif保存ができない不具合を修正しました。
Version 6.003 2015/12/4
- Winmostar及びWinmostar 3Dの表示機能を変更しました。
- POV-Ray出力でball-stick表示、グローバルイルミネーション、無限平面の表示、被写界深度、背景色の変更、アンチエリアシングに対応しました。
- OpenSCADのデータ作成に対応しました。
- GaussianのEasySetupで、不要なLink1情報が消えないことがある不具合を修正しました。
- GAMESSのEasySetupで、MethodにEnergyを設定できるようにしました。
- Gromacsキーワード設定のセルのインポートで、単位が異なる不具合を修正しました。
- LAMMPSにおいてXTC形式での出力に対応しました。
- LAMMPS出力結果に対する動径分布関数、平均二乗変位の計算に対応しました。
- MD計算結果のグラフ表示において目盛り間隔の自動調整に対応しました。
- 表面切り出し機能を追加ました。
- チュートリアルメニューを追加しました。
Version 6.002 2015/11/6
- cifファイルで保存できるようにしました。
- 番号交換のショートカットをCtrl+Eに設定しました。
- 元に戻す、やり直しの最大数を20→50に増やしました。
- ヒントが表示されない不具合を修正しました。
- 周期境界折り返し表示で、セルのある状態で編集操作を行うと表示がおかしくなる不具合を修正しました。
- 周期境界折り返し表示での結合の描画について修正しました。
- リモートジョブ投入画面でコマンド実行後にプロンプトを表示するようにしました。
- GAMESSキーワード設定で、NZVARが正しく設定されないことがある不具合を修正しました。
- GAMESSのEasySetupで、基底関数の設定が反映されない不具合を修正しました。
- Gaussianのキーワード設定で、EasySetup(簡易設定)を追加しました。
- GaussianとNWChemのZ-Matrix保存時に配向が狂うことがある不具合を修正しました。
- Gromacsのリモート実行でMPIで実行できない不具合を修正しました。
- LAMMPSキーワード設定に圧力の設定フィールドを追加しました。
- LAMMPSでpair_styleに応じてpair_coeffを変更するようにしました。
- LAMMPSで斜方セルのトラジェクトリ読み込み時の不具合を修正しました。
- ポリマーセルビルダでMPIを使えない不具合を修正しました。
- ポリマーセルビルダのセルサイズの指定で、z方向以外も自動計算できるようにしました。
- 界面ビルダでrepeatが複数の場合、結合の再生成を行うようにしました。
- 界面ビルダの入出力でcifファイルに対応するようにしました。
Version 6.001 2015/10/6
- Gromacsの長時間MDの結果のGROファイルの表示が不自然になる不具合を修正しました。
- Gromacsのgen-vel=noのextending simulationのトラジェクトリの表示が不自然になる不具合を修正しました。
- ERmodのバージョンを0.3.1から0.3.2に更新しました。
- 自由エネルギー計算(ER法)実行時にOpenMPを利用できるように対応しました。
- LAMMPSのトラジェクトリ読み込みでセルがずれることがある不具合を修正しました。
- 点群解析が起動しない不具合を修正しました。
Version 6.000 2015/10/1
- GAMESSとNWChemのキーワード設定で、EasySetup(簡易設定)を追加しました。
- キーワード入力エリアのフォントサイズを変更できるようにしました。
- MOPACキーワード設定で、小文字→大文字変換を行うようにしました。
- MDオプションにエネルギー表示法(ERmod)およびBennett Acceptance Ratio(BAR)法を用いた『溶媒和自由エネルギー計算機能』を追加しました。
- GROMACSにて倍精度と単精度の切り替えに対応しました。
- リモートジョブ投入機能がERmodに対応しました。
- GROMACSキーワード設定において、効力を持たないキーワードを都度判別し表示に反映させる機能を追加しました。
- GROMACSキーワード設定において、verlet-buffer-toleranceの設定を追加しました。
- 金属(結晶)系のLAMMPSの実行に対応しました。
Winmostar V5
Version 5.016 2015/9/10
- UV-Visスペクトルのピーク数の制限を200->2000に拡張しました。
- C-S結合の結合次数判定を修正しました。
- ポリマービルダでN.pl3の原子タイプに対応しました。
- Gromacsキーワード設定でpcouplにMTTKを追加しました。
Version 5.015 2015/8/6
- 第4周期以降の元素の結合判定長を一部修正しました。
- MDのトラジェクトリ読み込みの3D表示でセルの大きさの変化を反映するようにしました。
- 周期境界折り返し表示を切り替えられるようにしました。
- cifファイル読み込み後に残基情報を作成して、GROファイル保存に使えるようにしました。
Version 5.014 2015/7/16
- コードサイニング認証に対応したインストーラに変更しました。
- 対称性の結晶構築メニューを追加しました。
- 電荷表示→Numericalの時に、原子番号を表示しない不具合を修正しました。
- 部品置換、元素置換のコンボボックスを編集不可にしました。
- 部分複製で複製方向が表示上のXYZになる不具合を修正しました。
- PDBデータの編集操作の元に戻す/やり直しで、残基情報が再現されるようにしました。
- Gaussianの出力読込で、第2テキストエリアがクリアされない不具合を修正しました。
- Gromacsキーワード設定で、nose-hoover & extending simulation & gen_vel = no & concatenate .edr and .trr file = yes のときにエラーになる不具合を修正しました。
- LAMMPSキーワード設定のthermoのデフォルトにdensityを追加しました。
- LAMMPSキーワード設定で、セルの直方体判定で数値誤差を考慮するように変更しました。
- LAMMPSのトラジェクトリ表示時の周期境界有無判定を修正しました。
- ポリマービルダでポリマーが自己干渉してもエラーにしないようにしました。
- ポリマービルダでアミド結合を含む分子のポリマー作成に対応しました。
Version 5.012 2015/6/16
- NMR基準物質のデータを追加しました。
- XYZ座標の重心原点で、座標移動が起きないようにしました。
- Gromacs読込で、重心原点にならない不具合(V5.010)を修正しました。
- MOPACのIRC読込の不具合(V5.009,V5.010)を修正しました。
- MOPACのoutからのマリケン電荷読込で、ダミー原子があるとエラーになる不具合を修正しました。
- MDオプションに『ポリマー作成ツール』を追加しました。
- MDオプションに『界面作成ツール』を追加しました。
- MDオプションのGromacs->動径分布関数に『分子を計算対象とする機能』と『積算配位数計算機能』を追加しました。
Version 5.010 2015/5/8
- SDF→MOPAC実行bat作成時に、arc→mol変換batも作成するようにしました。
- P=S等の結合次数判定を調整しました。
- 芳香環の1-2結合表示で、二重結合を誤判定することがある不具合を修正しました。
- 実行時引数のmolファイル読込の不具合(V5.006,V5.007)を修正しました。
- Gaussian09D.01で、マリケン電荷が読めないことがある不具合を修正しました。
- mol2ファイル読込で、1番原子が原点になることがある不具合を修正しました。
- Submit Jobにサーバ上LAMMPSとの連携機能が追加されました。
- Gromacs Setup画面に[Reset]ボタンを追加しました。
- Gromacs Setup画面MDP Run Parameterタブ内Tempetrature Couplingの各テキストフィールドのサイズを拡張しました。
- Gromacs Setup画面のmdrunタブ内maxwarnのデフォルト値を1から10に変更しました。
Version 5.009 2015/4/10
- 点群解析機能を追加しました。
- 3D表示のRainbowで、7色→9色に増やしました。
- CONFLEXを起動できるようにしました。
- 一番原子の部品置換で、座標が狂うことがある不具合を修正しました。
- MD(LAMMPS,Gromacs)計算結果のmol2保存時にセルの情報も保存するようにしました。
- セルの情報が保存されているmol2を読み込んだ時に、セルを表示するようにしました。
- LAMMPSとGromacsのキーワード設定で読み込まれているセル情報を反映させることができるようにしました。
- LAMMPSのMPI並列実行ができるようにしました。
- LAMMPSのdumpファイルとdataファイルをLAMMPS実行時に動的に設定するようにしました。
- Gromacsキーワード設定で複数のtc-grpsの設定ができない不具合を修正しました。
Version 5.007 2015/3/11
- ファンデルワールス半径を基にした分子表面を作画できるようにしました。
- 点電荷からの静電ポテンシャルを作画できるようにしました。
- 分子表面での静電ポテンシャルマップと分子軌道マップを作画できるようにしました。
- Gromacs 5.0.4に対応しました。従来の4.6.4に比べて最高で3倍以上の高速化が図れます(データ依存性あり)。
- Gromacsのリモート実行時(Linux連携)における不具合を修正しました。
- Gromacs Setup画面をアップデートしました(単位の付加など)。
- LAMMPS Setup画面の[Genarate]クリックで生成する 入力スクリプトにthermo_styleを追加しました。
- [編集]->[部分複製]を変更しました。
- ジョブマネージャの使用/不使用を選択できるようにしました。
Version 5.006 2015/2/12
- 言語を選択できるようにしました。
- 電荷の表示で、赤丸と青丸による表示ができるようにしました。
- GaussianのONIOM出力で、全エネルギーを取得できるようにしました。
- NMRの計算結果表示で、基準物質の読込ができないことがある不具合を修正しました。
- GaussianのXYZデータ読込で、1番原子の座標が狂うことがある不具合を修正しました。
- Gaussian09の出力で、マリケン電荷を読めないことがある不具合を修正しました。
- LAMMPS Setup画面に、Ensembleにnptを追加、データファイルの読み込み機能、LAMMPS入力ファイルの生成と修正機能、計算条件の保存、呼出し機能を追加しました。
- LAMMPSに「トラジェクトリ読み込み」メニューを追加しました。
- LAMMPSに「エネルギー変化」メニューを追加しました。
- Gromacs Setup画面のpre-mdrunタブに体積と密度を表示するようにしました。
- Winmostarモデリング部分の左上4行目に体積と密度を表示するようにしました。
Version 5.004 2015/1/8
- SDFファイル読み込みで、MOPACの連続実行バッチを作成できるようにしました。
- リモートジョブ投入で、NQSに対応しました。
- リモートジョブ投入で、qsub等の命令を絶対パスでも実行できるようにしました。
- Gaussian09のlogファイルからの分子軌道表示で、eigenvalueの桁数が多いと読めないことがある不具合を修正しました。
- Gaussian09のFchk読込で、軌道エネルギーを読めない不具合を修正しました。
- Gaussianのデータで、コンマ区切りがあるとエラーになることがある不具合を修正しました。
- GromacsのExtending Simulationの後処理として、実行済の結果ファイルと結合する機能を追加しました。
- Gromacsのタンパク系の解析機能としてRMSD(g_rms)と回転半径(g_gyrate)を追加しました。
- Gromacsの計算中のステップが表示され、進行状況が表示できるようにしました。
- Gromacsのトラジェクトリ読み込みでトラジェクトリファイル(.trr)を指定して読み込めるようにしました。
- Gromacsのエネルギー変化でエネルギーファイル(.edr)を指定して読み込めるようにしました。
Version 5.003 2014/12/4
- UV-Visスペクトル表示で、ガウス関数の重ね合わせ表示を追加しました。
- 配座探索のパラメータを調整して改良しました。
- VDW半径を変更できるようにしました。
- テキスト入力エリアに拡幅ボタンを追加しました。
- 元素変更と原子削除で、4原子まで指定できるようにしました。
- 部分削除で、選択原子群を残してそれ以外を削除する機能を追加しました。
- 慣性半径の計算機能を追加しました。
- ベーシックで「MDオプションの購入」広告を削除できるようにしました。
- 重ね表示のシフト値が狂うことがある不具合を修正しました。
- 3D表示で、結合数が多いとエラーになることがある不具合を修正しました。
- Gromacsで解析機能として平均二乗変異および拡散係数が計算できるようになりました。
- Gromacsで解析機能として動径分布関数が計算できるようになりました。
- Gromacsで「エネルギー変化」グラフ表示の最大、最小値を指定できるようになりました。
- Gromacsで「エネルギー変化」グラフのcvs出力機能が追加されました。
- GromacsでExtending Simulation が異常終了した場合に、ファイル構成を元に戻す機能を追加しました。
- Gromacsでユーザが作成したGromacs用ポテンシャルファイル(拡張子.itp)を利用できるようになりました。
Version 5.002 2014/10/27
- 配座探索機能を追加しました。
- SMILESによる分子構造入力機能を追加しました。
- Gaussian09のIRC出力に対応しました。
- 芳香環の結合次数を1,2で表示する時の不具合を修正しました。
Version 5.001 2014/10/3
- マニュアルを更新しました。
- GromacsのMDPオプションのカテゴリ分けを変更しました。
- Gromacsキーワード設定のデフォルト値を保存できるようにしました。
Version 5.000 2014/10/1
- 棒球モデル表示形式の切替をプルダウンメニューからも出来るようにしました。
- MOPAC2012のMO表示ができないことがある不具合を修正しました。
- Gromacsのtrr読み込みでセルサイズの変更などに対応しました。
- MOPAC2012対応で、outからの電荷読込に対応しました。
- NWChemで、TDDFT計算結果のUV-Visスペクトル表示を可能にしました。
- NWChemで、赤外ラマンスペクトル表示と振動アニメーションを可能にしました。
- リモートジョブ投入のProfileのcopyで、RemoteDirがコピーされない不具合を修正しました。
- ライセンスの形態を変更しました。
- Gromacsで1万原子以上のgroファイルはzmatrixを作らないように変更しました。
- URLを開くメニューは、規定のブラウザを使用するように変更しました。
- Gromacsのキーワード設定の内容について大幅に変更しました。
- Gromacsのエネルギー変化メニューを追加しました。
- LAMMPSメニューを追加しました。
Winmostar V4
Version 4.105 2014/7/9
- 芳香環の結合次数を1-2で表示する機能を追加しました。
- 複素環式化合物の結合次数算定法を微修正しました。
- nwchemの入力ファイルで"SYMMETYR C1"が入っている場合の読み込みの不具合を修正しました。
- Gaussian09RevD.01以降のChelp,Chelpgの出力が読めない不具合を修正しました。
- GAMESSキーワードのデフォルトを、NPUNCH=0に変更しました。
Version 4.104 2014/5/15
- リモートジョブ投入画面で、使用頻度の少ないボタンを非表示にして、Advanceチェックボタンで表示するようにしました。
- MOPACのインポート/MO(mgf)で、ディレクトリ移動時の読込の不具合を修正しました。
- 重ね書き(Supetimpose)画面の[datSave]で、座標比較のExcel表を出力するようにしました。
- MOPAC6のmgfファイル読込で、Beta軌道のMO表示ができない不具合を修正しました。
- GaussianのインポートMOで、No fileのエラーになることがある不具合を修正しました。
Version 4.103 2014/3/11
- GAMESSのインポート/$VEC from punchを上書き→追加書きに変更しました。
- GAMESSのpunchファイルから$HESSを読み取る機能を追加しました(インポート/$HESS from punch)。
- リモートジョブ投入で、SLURMに対応しました。
- リモートジョブ投入で、SSH二段接続に対応しました。
- PIO解析で、Gaussian09D.01に対応しました。
Version 4.102 2014/1/8
- Gaussian,GAMESSのSetup画面で、6-311系基底を選択可能にしました。
- GAMESS実行Scratch設定用に、scriptに$idを設定可能にしました。
- GAMESSジョブサブミット用PBSスクリプトを自動生成するようにしました。
- GAMESSのSetupで、OPTIMIZ時の$ZMAT DLC=.T. AUTO=.T.を自動的に設定するようにしました。
- GAMESSのHESSIAN計算結果outファイルのインポートで、punファイル中の$HESS部分も読み込むようにしました。
- GAMESSのpunchファイルから$VECを読み取る機能を追加しました(インポート/$VEC from punch)。
Version 4.101 2013/11/27
- NWChemのNMRスペクトル表示に対応しました。
- NWChemのShieldingチェックボックスを追加しました。
- CONFLEXのSDF読込で、範囲チェックエラーになる不具合を修正しました。
- ジョブマネージャのジョブリスト表示画面サイズを可変にしました。
Version 4.100 2013/9/30
- Sample名に全角文字を含む時にクリーンができない不具合を修正しました。
- NWChemの入力ファイルのPropertyディレクティブにOther Settingsが含まれる場合に対応しました。
Version 4.030 2013/9/6
- リモートジョブ投入機能のls用のテキストボックスとcat用のテキストボックスを分離しました。
- GromacsでAntechamberの収束条件を緩和しました。
- NWChemの複雑なBasisの設定を読めるようにしました。
Version 4.029 2013/8/23
- Gromacsのリモートジョブ投入機能がLSFに対応しました。
Version 4.028 2013/8/20
- マニュアルのレイアウトを変更しました。
- MOPACのマリケン電荷を表示できない不具合を修正しました。
- ジョブマネージャでユーザ名に半角スペースがある場合の不具合を修正しました。
Version 4.027 2013/8/13
- リモートジョブ投入の設定ファイルでパスワードを暗号化するようにしました。
- GaussianのONIOMデータの読込で、エラーになることがある不具合を修正しました。
- Gromacsで溶媒モデルをNoneにしたときの不具合を修正しました。
Version 4.026 2013/8/6
- 各種メニューの名前と位置を変更しました。
- マニュアルを現状に合うようにアップデートしました。
- Gromacsでキーワード設定画面をタブ表示にしました。
- ジョブマネージャで日本語の文字化けを修正しました。
- ジョブマネージャでジョブをリストから削除できるようにしました。
Version 4.025 2013/7/24
- NWChemの入力ファイル作成、実行、結果のインポート機能を作成しました。
- Gromacsの溶媒の作成、登録機能を作成しました
- Gromacsのeditconfでbox,anglesオプション、genboxでmaxsolオプションを指定できるようにしました。
- GromacsのKeyword Setup画面を横長にしました。
- GromacsのGROファイルの保存機能を作成しました。
- Gromacsの計算を作業フォルダを作成して行うようにしました。
- ご意見・ご感想メニューを削除しました。
- 水素結合表示を3重結合の次の結合付加に移しました。
- 双極子モーメントの表示・非表示の設定が保存されるようにしました。
- 3D表示の背景色を変更・保存できるようにしました。
- All Atomsの表示・非表示を保存できるようにしました。(デフォルトは非表示)
- MOPACのdatファイルの保存で、最適化指標が0,1,-1,T以外の場合は1になるようにしました。
- CygwinのデフォルトパスをC:\cygwin_wmに変更しました。
Version 4.024 2013/6/17
- Gromacsのextending simulation機能を修正しました。
Version 4.023 2013/6/11
- 編集後の操作(QM計算、Import、終了等)の保存警告を日本語化、Y/N後の動作を修正しました。
- Gaussian03,09の遷移双極子モーメントの表示に対応しました。
- Gromacsのextending simulationに対応しました。
Version 4.022 2013/5/9
- イオンの結合表示を一部変更しました。
- GROMACSについての機能追加と一部pdb読込機能の不具合修正をしました。
- GROMACSのAcpypeでユーザ電荷を選択できるようにしました。
Version 4.021 2013/5/1
- mol2形式データ入出力で、電荷の書き出しと読み込みに対応しました。
- mol2形式データ出力で、原子タイプを一部修正しました。
- dos2unix.exeを再構築しました(アンチウイルスソフトの誤認識対応)。
Version 4.020 2013/4/15
- GROMACSのGROファイルを読み込めるようにしました。
- GROMACSのTRRファイルの読み込み方式を変更しました。
Version 4.019 2013/3/28
- GROMACSのUNIX ServerのMPI並列,SMP並列に対応しました。
- Submit Job画面のボタンを整理しました。
Version 4.016 2013/2/13
- 開発環境をDelphi XE2からDelphi XE3に変更しました。
- Firefly(PCGAMESS)のTDDFT計算出力から、分子軌道表示ができない不具合を修正しました。
- Intel(R) HD Graphics4000GPUで、分子軌道のメッシュ表示ができない不具合を修正しました。
- 分子軌道表示のデフォルトを面表示からメッシュ表示に変更しました。
Version 4.015 2013/2/4
- WinGAMESSの2012.05版に対応しました。
- GAMESSのSetupでFirefly用のCITYPの選択ボックスを追加しました。
Version 4.014 2013/1/30
- 分子情報を分子の手前に表示するようにしました。
- 分子軌道表示のデフォルトをメッシュ表示から面表示に変更しました。
- SubmitJob画面の[Import]でファイルが存在しない場合の不具合を修正しました。
Version 4.013 2013/1/8
- gjfデータとmol2データの出力フォーマットを変更して高精度化しました。
- 巨大分子用に、縮小表示と原子選択がし易くなるように調整しました。
- PDBファイルをアイコンにドラッグ&ドロップ時の不具合を修正しました。
Version 4.012 2012/12/25
- PDBデータの読込みを高速化しました。
- Linux(UNUX)機へのジョブサブミットのRemoteDir機能を拡張しました。
- dos2unix.exeとunix2dos.exeを再構築しました(アンチウイルスソフトの誤認識対応)。
Version 4.011 2012/12/13
- 座標データの内部変数を倍精度化しました。
- mol2ファイルの書き込みに対応しました(読み込みは以前から対応済)。
- 起動オプションを拡張しました。
Version 4.010 2012/11/24
- ChemDrawのmolファイル読込時に、自動的に3次元化するようにしました。
- IRスペクトル表示で、スケールファクターを編集可能にしました。
Version 4.009 2012/11/20
- GromacsのAcpypeの設定でチャージの引数を追加しました。
- 3D表示で1000原子以上の場合について描画を簡略化して高速化しました。
- 計算マニュアルを修正しました。
- Gromacsのフランス語環境の不具合を修正しました。
Version 4.008 2012/11/06
- 芳香環結合がある時の水素付加を修正しました。
- 水素付加(全原子)で、C-C結合長が異常な場合は自動的に座標調整を行うようにしました。
Version 4.007 2012/10/29
- マウスホイールで拡大縮小できるようにしました。
- 一部の言語環境でWinmostarを起動できない不具合を修正しました。
Version 4.006 2012/10/26
- 3D表示の描画を高速化しました。
- 部分複製機能を追加しました。
- 分子式を表示するようにしました。
Version 4.005 2012/10/19
Version 4.004 2012/10/17
- 複数削除で水素原子が付加されない不具合を修正しました。
Version 4.003 2012/10/16
- 試用版でUNIX Server機能を使えるようにしました。
Version 4.002 2012/10/09
- アカウント名にマルチバイト文字を使っている場合のUNIX server機能の不具合を修正しました。
Version 4.001 2012/10/06
- GAMESS,IRCに対応しました。
- GAMESSの非調和振動計算に対応しました。
- 英語OSで起動できない不具合を修正しました。
Version 4.000 2012/09/23
Winmostar V3
Version 3.808d 2012/08/23
- 水素結合表示に対応しました。
- CNTL+矩形選択とCNTL+原子選択に操作に対応しました。
- Linux(UNUX)機へのジョブサブミット機能で、GaussianのNProcSharedとGAMESSのNCPUSを$npで指定できるようにしました。
- Linux(UNUX)機へのジョブサブミット機能で、Gaussianチェックポイントファイルを%chk=$1のように指定できるようにしました。
- GAMESSのキーワードのデフォルト値を変更できるようにしました(Setup画面の[Load],[Save],[Reset])。
- MOPAC2009以降のデータで、"*"で始まるコメント行に対応しました。
Version 3.808 2012/06/06
- 開発環境をDelphi7からDelphi XE2に変更しました。
- 64bit版をリリースしました。
Version 3.807e 2012/05/10
- Gaussianのリスタート用データで、原子数0に対応しました。
- PDBファイルの読込で、元素名を正しく読めないことがある不具合を修正しました。
- Import/Animationのグラフ表示で、エネルギー変化値を表示するようにしました。
- Linux(UNUX)機へのジョブサブミット機能で、Methodの全角文字を半角に変換するようにしました。
Version 3.807 2012/03/07
- GAMESS-FMOに対応しました(入力ファイル作成と計算結果の可視化)。
- Import/Animationで、グラフ表示に対応しました。
- MOPAC2009の新MGFファイルに対応しました。
- WinGAMESSの出力がDOS画面にも出るようにしました。
- IRとNMRのスペクトルのクリップボードへのコピー機能を追加しました。
- V3.806o,p,q,rのGaussianのImport/Animationで、構造を読み落とすことがある不具合を修正しました。
- GaussianのImport/Animationで、IRCの構造を読み落とすことがある不具合を修正しました。
- OpenCubegenをバージョンアップして、Gaussianのfchkファイル読込みの不具合を修正しました。
- Gaussianのfchkファイルで、independant functionsの読込みの不具合を修正しました。
- Gaussianのfchkファイルで、構造入力ができるようにしました。
- Gaussianのfchkファイルのドラッグ&ドロップ読込みと、最近使用したファイル読込に対応しました。
- Gaussianのfchkファイルで、OpenCubegenに対応しました。
- Gaussianの周期境界条件の出力が読めないことがある不具合を修正しました。
- PIO計算のバッチ処理機能に対応しました。
- FOCUSへのジョブサブミット機能を追加しました(Tencube/WMのみ)。
- Linux(UNUX)機へのジョブサブミット機能で、WindowsユーザーIDに空白が含まれる場合に対応しました(Tencube/WMのみ)。
- Linux(UNUX)機へのジョブサブミット機能で、Gaussianのfchkファイルの転送に対応しました。
- 部品リストの表示で、部品が複数回表示される不具合を修正しました。
- GAMESSの構造最適化の出力ファイルからのMO表示で、初期構造を使ってしまう不具合を修正しました。
- GAMESSの出力ファイルからのMO表示で、基底関数によってはエラーになることがある不具合を修正しました。
- GAMESSの入力データで、コメント行(!)があっても、コメント行にならないことがある不具合を修正しました。
- CNDO/S出力で、Eigen Valueの読込みでエラーになることがある不具合を修正しました。
Version 3.806 2011/07/15
- Gaussianのキーワードのデフォルト値を変更できるようにしました(Setup画面の[Load],[Save],[Reset])。
- Gaussianのsetupにzindoを追加しました。
- WinGAMESSの新バイナリフォーマットの32bit版と64bit版に対応しました。
- GAMESSのSURFACE MAPPING出力の読込みに対応しました。
- 水素付加の中に座標調整を追加しました。これを用いると、ChemDraw等で作成したMOL(SDF)ファイルの座標を自動的に調整した後、水素付加とクリーンで、より正しい3次元構造を作ることができます。
- 実行時パラメータに、PDB形式出力(-opdb)を追加しました。
- 実行時パラメータに、ファイル読込後の自動終了(-end)を追加しました。
- 実行時パラメータ読込時の不具合を修正しました。
- Winmostarを複数起動時に、1つのWindowで登録した部品が他のWindowの部品リストに、即時に反映されるようにしました。
- 東工大TSUBAMEへのジョブサブミット機能を追加しました(Tencube/WMのみ)。
- SDファイル読込機能を改善しました(リロード、座標調整等)。
- 水素付加で、結合情報を加味するようにしました。
- 全水素削除で、結合情報が保持されるようにしました。
- Linux(UNUX)機へのジョブサブミット機能で、漢字のWindowsユーザーIDに対応しました(Tencube/WMのみ)。
- Linux(UNUX)機へのジョブサブミット機能で、パスワードに","が含まれると読み落とす不具合を修正しました(Tencube/WMのみ)。
- 最近版のGAMESSのRaman出力が読めなくなっていた不具合を修正しました。
- 新規の時に、ONIOMの設定がクリヤーされないことがある不具合を修正しました。
- キーワードテキストの[undo]ボタンが、全表示の時に消えない不具合を修正しました。
- Gaussian出力の読込みで、Multiplicityの読込みエラーになることがある不具合を修正しました。
- Gaussian出力のMO読込みで、"Density Matrix:"がない場合にエラーになる不具合を修正しました。
- Gaussian09の出力で、ESP電荷が読込みエラーになる不具合を修正しました。
Version 3.805 2011/01/14
- 原子数が多くてクリーンができない場合は、指定原子周りで部分的にクリーンする機能を追加しました。これによって、200原子以上の場合でも分割してクリーンが行なえます。
- ファイル読込み時に、キーワードテキストを読込み前の状態に戻す[undo]ボタンを設置しました。
- IRスペクトル図の保存機能(GIF,JPEG)を追加しました。
- 環構築の条件と番号付けの一部を変更しました。
- PIO解析プログラムを高速化しました。
- 部分重心を求めた位置にダミー原子を置く機能を追加しました(編集/その他/部分重心)。
- 水素付加の条件を再調整しました。
- 原子の並び替えと番号交換で、最適化フラグが連動して並び替わらない不具合を修正しました。
- V3.804eで、MOPACの保存時に最適化フラグが全て1になってしまう不具合を修正しました。
- V3.804h,iで、部品付加時に一部の最適化フラグが"0"になる不具合を修正しました。
- V3.804kで、計算結果ファイルの読込時に最適化フラグが空白になることがある不具合を修正しました。
- Gaussianの入力で、同位元素の指定でエラーになる不具合を修正しました。
- Gaussian09のFreq出力の振動ベクトルが表示できない不具合を修正しました。
- Submit Job画面のテキスト部分が欠けることがある不具合を修正しました。
- Submit Job画面のパスワードをマスクしました。
- Submit Job画面のMethodのパラメータの数が9を超えるとエラーになる不具合を修正しました。
- PDB入力で、元素名を誤ることがある不具合を修正しました。
- Gaussian,MOPAC,GAMESSのImport/Animationで、分子配向が狂うことがある不具合を修正しました。
- 座標が接近した原子対があると空間充填モデル表示がエラーになる不具合を修正しました。
- GAMESS出力の読込みで、座標が無い時にフリーズすることがある不具合を修正しました。
Version 3.804 2010/08/23
- エネルギー準位図の[Excel]ボタンで、Excel表を作成するようにしました。
- 複数分子のSDFファイルの読込みに対応しました。
- 複数分子のMOL2ファイルの読込みに対応しました。
- Gaussian09でのPIO解析に対応しました。
- 他のマシンで計算した結果(Gaussian,GAMESS)を用いて、PIO解析を可能にしました。
- GAMESSのDRC出力に対応しました。
- GAMESSのMD出力(*.trj)に対応しました。
- CNDO/SのMO表示で、d軌道を含む場合に対応しました。
- 初期状態の2原子の中の1原子を削除して、1原子にすることを可能にしました。
- Gaussian出力ファイルのドラッグ&ドロップで、Gaussan形式でないと誤判断することがある不具合を修正しました。
- Linux(UNUX)マシンへのリモートジョブ制御機能で、大容量出力ファイルのgetでエラーになることがある不具合を修正しました。
- 多重結合表示のON,OFFを保存属性にしました。
- Windows7で、プルダウンメニューの一部が文字化けすることがある不具合を修正しました。
- GaussianのImport/Optで、構造が読めないことがある不具合を修正しました。
- 1番原子の水素付加で、結合長が長すぎることがある不具合を修正しました。
- MOPAC2009の振動解析結果で、Tv原子がある時に読むことができない不具合を修正しました。
- iPhoneアプリのMoleculesで読み込めるように、PDB形式保存時のCOMPND行のフォーマットを修正しました。
Version 3.803 2010/01/06
- 小数点をコンマで表す国の言語環境(地域オプション)で、MO表示の不具合を修正しました。
- PIO解析の最大軌道数を拡張しました。1フラグメント(500→1000)。全系(800→1600)。
- GAMESSによるPIO解析のMO表示ができないことがある不具合を修正しました。
- 3D表示の光源位置を、正面から左上に変更しました。
- MOPACの赤外スペクトル表示で、低波数側にゴミが出ることがある不具合を修正しました。
- XMol(Turbomole)のXYZ形式保存で、コメント行が保存されるようにしました。
- GAMESSの出力から、MO表示ができないことがある不具合を修正しました。
- GAMESSの出力の読込みで、第2テキストエリアにゴミが出る場合がある不具合を修正しました。
- Gaussianの出力で、EIGENVALUESが"**********"になる場合に対応しました。
- Gaussianの出力のImport/Optで、Reloadがおかしくなる不具合を修正しました。
- PIO解析のWinGAMESSの計算部分を、並列計算に対応しました。
- 原子の番号や電荷の表示が、原子に重ならないようにしました。
- -PDHxの部品読込の不具合を修正しました。
- PDB形式データの読込みで、サンプル名が40文字以下に切り取られる不具合を修正しました。
- Jmolのパスの設定ができない不具合を修正しました。
- GaussianデータのImportで、座標部分に余分なデータが追加されることがある不具合を修正しました。
- 重金属元素が複数あると、2DのMO表示ができないことがある不具合を修正しました。
- 2DのMO表示で、等値面が描画範囲を超えると、全てが表示できなくなる不具合を修正しました。
- 2DのMO表示で、旧バージョンのキューブファイル作成になることがある不具合を修正しました。
Version 3.802 2009/09/24
- GaussianとGAMESSの出力ファイルからのMO表示の制限がなくなりました。これによって、既定関数や元素の制限がなくなりました。但し、Gaussianの場合は、キーワードに"gfprint"と"pop=full"が必要です。
- MOPACのmgf出力からのMO表示の制限がなくなりました。これによって、PM6のd軌道の表示も可能になりました。
- 元座標の結合関係によっては、部品置換で構造が歪むことがある不具合を修正しました。
- テキスト入力エリアを広くしました。
- 右クリックによる部品置換のマウスイベントを、MouseDownからMouseClickに変更しました。
- Gaussianの出力で、modredundantの場合に構造を読み取れないことがある不具合を修正しました。
- Gaussian出力のImport/MO,UV..,で、最後の要約部分のXYZ座標を、倍精度で読み取るようにしました。
- PDBファイル入力で、HETATMの原子をBackBoneと誤って判定することがある不具合を修正しました。
Version 3.801 2009/08/18
- GaussianのZマトリクス形式でのCounterpoise法入力に対応しました。
- GaussianのNMR=CSGTとIGAIMのスペクトル表示に対応しました。
- NMRスペクトル表示で、Excel形式出力に対応しました。
- 赤外線吸収スペクトル表示で、再描画時の無駄な計算を省いて、描画を高速化しました。
- XYZ座標からのZ-Matrix生成で、二面角が180度以上の場合は、360度を引いた値になるようにしました。
- 二面角の計算を倍精度にしました。
- GaussianのlogファイルImportで、ダミー原子があるとエラーになることがある不具合を修正しました。
- Gaussianの入力データがGAMESSのデータと誤判断されることがある不具合を修正しました。
- Gaussianのlogファイルを読めないことがある不具合を修正しました。
- Gaussianの入力データにタブがある場合に対応しました。
- Gaussianの入力データで、XYZ形式で変数があるとエラーになる不具合を修正しました。
- G98Wを起動できない不具合を修正しました。
- G03WとG98Wで、ファイル名に括弧や鍵括弧((,),[,])があると起動できないことがある不具合を修正しました。
- MOPACのmgf出力ファイルが200,000行を超えると、エネルギー準位が表示できない不具合を修正しました。
- MOPACの入力データに"+"があると、読込みと保存が正しくできない不具合を修正しました。
- PIO解析で、G03Wが起動できないことがある不具合を修正しました。
- PIO解析で、Lummox用データを出力するようにしました。
- Linux(UNUX)マシンへのリモートジョブ制御機能で、SSHに対応しました。
- Linux機へのリモートジョブ機能で、通信不可の時にテストするとフリーズすることがある不具合を修正しました。
- GaussianキーワードのImportで、データが欠けることがある不具合を修正しました。
- Shift+左マウスドラッグで、表示原点を移動するようにしました。
- 座標軸にXYZを表示するようにしました。
Version 3.80 2009/04/10
- GaussianとGAMESSのNMRスペクトル表示に対応しました。
- G03Wで、バージョンによっては実行できないことがある不具合を修正しました。
- 連続実行後に、自動的にシャットダウンできる機能を追加しました。このために、GaussianとGAMESSのバッチファイル作成法を一部修正しました。
- ジョブマネージャで、シャットダウン機能を追加しました(Tencube/WMのみ)。
- Gaussian入力データで、%行と#行の間に空行が入るとエラーになる不具合を修正しました。
- Gaussian入力データで、タブ文字が入るとエラーになる不具合を修正しました。
- ファイル/新規で、ファイル名に\が付くことがある不具合を修正しました。
- 計算中の出力ファイルをドラッグ&ドロップで読むとエラーになる不具合を修正しました。
- PC-GAMESSの複数の並列計算に対応しました。
- PDB形式の保存で、化合物名が一桁消える不具合を修正しました。
- Zoom,Atom,Bondのスライダーを操作した時に、BS1形式の表示に変わることがある不具合を修正しました。
- IRスペクトル表示で、ピーク幅を0にすると表示されない不具合を修正しました。
- IRスペクトル表示で、負(虚数)の振動数を表示できない不具合を修正しました。
Version 3.79 2009/02/03
- GaussianとGAMESSの実行を、ジョブマネージャ方式の実行に変えました(Tencube/WMのみ)。
- MOPACの実行を、従来方式とジョブマネージャ方式を選択できるようにしました(Tencube/WMのみ)。
- PC-GAMESSのSMP並列に対応しました。
- Gaussian03Wのデータが同一ディレクトリにあっても、同時に実行できるように修正しました。
- MOPACのIRC/DRC計算の最適化フラグ"T"に対応しました。
- 3DのJpeg保存で、ビデオドライバーによっては、一部が欠けることがある不具合を修正しました。
- GAMESSのCOORD=ZMT入力で、構造が読めないことがある不具合を修正しました。
- 名前をつけて保存のキャンセルで、ファイル名が変わってしまう不具合を修正しました。
- パスの設定後に、カレントディレクトリが変わってしまう不具合を修正しました。
- GAMESSのNCPUSが0になることがある不具合を修正しました。
- 起動オプションで、PDB形式ファイルを読めない不具合を修正しました。
- 起動オプションで、-MOPACn の後に-Yをつけると、保存ダイアログが開かずに、MOPAC形式で保存されてから計算されるようにしました。MOPACのキーワードは、Setupで変更できるDefault Keywordsになります。
- MOPACの入力データで、原子がC(Atom 1)のような括弧つきの入力に対応しました。
- Windows2000で、コンボボックスで空の項目を選択すると、書き込み違反が発生する不具合を修正しました。
Version 3.78 2008/12/28
- アニメーションGIFを出力できるようにしました。
- MOPAC2009のAUX出力に対応しました。
- Windows Vista用に、キーワード入力テキストエリア等の大きさを調整しました。
- 原子の配位数が多い時にクリーンできない不具合を修正しました。
- GAMESSのSetup画面で、$DFTと$TDDFTに対応しました。
- 部分クリーン時に、固定原子側に5配位以上の原子があるとクリーンできない不具合を修正しました。
- GAMESSのFMOのキーワード行が100行を超えると、正しく保存できない不具合を修正しました。
- 5配位以上の原子が複数あると、クリーンできないことがある不具合を修正しました。
- MOPACのXYZ形式データの読込で、最適化指標を読めないことがある不具合を修正しました。
Version 3.77 2008/11/27
- 編集/変更で、距離,角度,二面角を数値で変更できるようにしました。
- WinGAMESSのSMP並列(DualCore等)に対応しました。
- PDBデータのバックボーン表示に対応しました。
- Windows VistaのAero設定の場合に、3D画面キャプチャーが出来ない不具合を修正しました。
- Windows Vistaの3D画面キャプチャーで、ずれる不具合を修正しました。
- 3D表示画面をJpegファイルで保存できるようにしました。
- 立体視用の左右画面をJpeg保存し、ステレオフォトメーカーを立ち上げてアナグリフ表示をできるようにしました。
Version 3.76 2008/10/22
- 3Dの分子軌道表示で、スムーズシェーディングのオプションを追加しました。
- WinGAMESSのfmocubeのpunファイルに対応しました(C:\WinGAMESS\Utilities\fmo\fmocube)。
- CNDO/S計算のエネルギー準位、分子軌道表示に対応しました。
- 部分クリーンの固定側原子数の制限を無くしました。
- クリーン時に、5配位以上の原子とそれに結合している原子を固定するようにしました。
- Gaussianのfreq=HPの出力に対応しました。
- パスの設定を、[計算]から、[その他]に移し、Jmol、Facio、Mercury、POV-Rayのパスも集約しました。
- 編集/部分固定,自由を追加しました(選択原子グループの最適化指標を変更します)。
- 編集/部分クリーンを追加しました(選択原子グループだけをクリーンします)。
- 編集/クリップボードに貼り付けを、表示に移しました。
- 編集/原点設定を、編集/初期配向に移しました。
- 編集/クリーンを、編集/その他に移しました。
- CIFデータで、読めないことがある不具合を修正しました。
- PCGAMESSの出力で、旧バージョンの警告がある時に読めないことがある不具合を修正しました。
Version 3.75 2008/08/02
- PIO解析に対応しました。起動は、その他/PIO(マニュアル)。
- 3D表示で、棒球モデルと空間充填モデルの混合表示を可能にしました。
- 3DのRainbow表示で、表示できる色の種類を増やしました。
- 3Dの分子軌道表示で、表示色を変更できるようにしました。
- 1原子から3原子で求めれらる平面への垂線の長さを表示するようにしました(分子情報のLper)。
- Gaussian入力で、#行の前の空行に対応しました(Gdis形式)。
- Gaussianの計算出力ファイルの読込で、構造が正しく読めないことがある不具合を修正しました。
- Gaussianの入力データの書込で、300原子以上のOniom形式が書けない不具合を修正しました。
Version 3.74 2008/07/01
- エネルギー準位を表示できるようにしました。
- MOPACのキーワードのデフォルト値を変更できるようにしました(Setup画面の[Load],[Save],[Reset])。
- CNDO/Sのキーワードを、設定画面で設定できるようにしました(従来のDefault設定)。
- MOPACのImport/Animation(Arc)で、FOR REACTION COORDINATEの数値を読んで表示するようにしました。
- Gaussian Cubeファイルの分割点数の最大値を95から150に増やしました。
- GaussianのZ-Matrix入力データで、参照原子番号が原子名の場合に対応しました。
- Gaussianの入力データで、E形式の数値が読めないことがある不具合を修正しました。
- GAMESSの振動解析出力で、虚の振動数を読めない不具合を修正しました。
- CARファイルの元素名を読めないことがある不具合を修正しました。
- 3D表示のView/Preferencesでエラーが出ることがある不具合(3.73f)を修正しました。
Version 3.73 2008/05/04
- MOPAC6のGRAPH出力で、*.gptと共に*.mgfも出力されるようにしました。*.mgfはUHF計算にも対応しています。
- MOPACのSTEP,POINTの出力(*.out)に対応しました。STEP1,STEP2,POINT1,POINT2のグリッド計算の場合は、[Excel]ボタンで等高線描画用のExcel表も立ち上がります。
- MOPACの計算後に*.arcを読み込んだ時は、カレントファイル名が*.arcになるようにしました。従来は、*.arcを読んでも*.datのままでした。
- GaussianのScanの出力をImport/Animationで読めるようにしました。
- 分子軌道表示の時の原子数の制限を、200から800に増やしました。軌道数の制限は1800です。
- 結合の無い孤立原子の部品置換後に、自動的に水素付加するようにしました。
- 基準振動ベクトルを逆向きに表示できるようにしました(Displ.F.を負値に調整)。
- 双極子モーメント表示時に部品登録すると、画面が異常になる不具合を修正しました。
- 部品登録で別名登録すると、編集ファイル名が変わる不具合を修正しました。
Version 3.72 2008/04/14
- 3DのMO表示で、メッシュ表示をできるようにしました。
- Gaussianの振動解析のVCDスペクトルを図示できるようにしました。
- 分子軌道や振動表示で、多数表示してタスクバーにグループ化されても、グループリストで区別できるようにしました。
- WinMOPAC3.0のMOS-F4.2に対応しました。
- MOPACのgrid出力ファイル*.umpを保存するようにしました。
- MOPACのESP電荷と双極子モーメントの表示に対応しました。ESP電荷がある場合は、ESP電荷を元にした双極子モーメントが表示されます。*.arcを読む時に、*.outに書かれたESP電荷と双極子モーメントが読まれます。MOPAC計算後は、自動的に読まれます。
- GaussianのChelp(g)によるESP電荷と双極子モーメントの表示に対応しました。ESP電荷がある場合は、ESP電荷を元にした双極子モーメントが表示されます。
- GAMESSの双極子モーメントとLowdin電荷の表示に対応しました。
- 部分回転等に、キーボードショートカットを設定しました。
- Molekelを起動する機能を、Jmolを起動する機能に置き換えました。
- Jmolを利用した分子軌道表示をサポートしました。Winmostarの標準機能で表示できない時にも利用できます。
Version 3.71k 2008/03/13
- Winmostarはアカデミックフリーとし、商用版のTencube/WMの販売を開始しました。
Version 3.71 2008/02/19
- GAMESSのキーワードを、設定画面で設定できるようにしました(従来のDefault設定)。
- MOPAC2007のmgfファイルを読み込んで、MO表示をできるようにしました。PM6でd軌道を含むものは、まだ表示できないので、Jmolスクリプトを出力するようにしました。
- GAMESSのアニメーション読込画面で、GRADIENTを出力するようにしました。
Version 3.70 2008/01/25
- GaussianとGAMESSの実行中でも構造最適化状況を確認できるように、Import/Animationを可能にしました。
- GAMESSの入力パラメータで、対称性を"C1 0"と書いた場合に不要な空行が入る不具合を修正しました。
- 不完全ですが、Gaussian03のOniomの入出力データの読込みに対応しました。
- GaussianのImport/Optで、構造が読めないことがある不具合を修正しました。
- SXGA+以上の画面解像度で最大化
- 全表示すると、画面の一部が欠ける不具合を修正しました。
- 赤外,ラマン吸収スペクトルで、反転表示を可能にしました。
- 赤外,ラマン吸収スペクトルを、Excelのデータとして出力する機能を追加しました。
- 赤外,ラマン吸収スペクトルで、無駄な重ね描きをする不具合を修正しました。
Version 3.69 2008/01/03
- 多重結合を表示できるようにしました(2Dのみ)。表示/表示選択/多重結合でチェックを外すと、結合様式の区別なしの表示になります。設定は終了後も保存されます。
- Winmostar標準の元素表示色を、炭素と水素以外は、JMolの色に合わせました。
- PDB形式で、ATOMレコードの後のHETATMレコードが読み込めない不具合を修正しました。
- クリーンで、結合長がおかしくなることがある(V3.67,V3.68)不具合を修正しました。
- Mol File形式保存で、最後の行を"M  END"にしました。
- Sybyl mol2形式の読込みに対応しました。
- PDBデータの元素を、正しく読めないことがある不具合を修正しました。
- DOSのBATファイルで、MOPACの起動が出来ない不具合(V3.67,3.68)を修正しました。
- Gaussianのlogファイルをアイコンへのドラッグ&ドロップした場合に、構造読込ができない不具合を修正しました。
Version 3.68 2007/11/26
- Gaussianのキーワードを、設定画面で設定できるようにしました(従来のDefault設定)。
- 環構築で、余分な結合ができることがある不具合を修正しました。
- 表示/色変更が、3D表示の立ち上げ時に反映されるようにしました。
- 分子の色をJmol色とRasmol色を選択できるようにしました。
- 3D表示の棒球モデル表示で、球の大きさをVDW半径の3倍まで大きくできるようにしました。
- 3D表示のセルの太さを調整しました。
- 3D表示の空間充填モデル表示で、半透明表示にして棒球モデル等と重ね表示できるようにしました。
- MOPAC2007のIRC=1*の出力が読めない不具合を修正しました。
Version 3.67 2007/10/23
- MOPACのキーワードを、設定画面で設定できるようにしました(従来のDefault設定)。
- GaussianのTDDFT、CIS、ZINDOの出力からUVスペクトルを表示するようにしました。
- GAMESSのTDDFTの出力からUVスペクトルを表示するようにしました。
- GAMESSの入力データで、$DATAに直接入力した基底があると分子構造が正しく読めない不具合を修正しました。(直接入力した基底は読み飛ばしているので、保存時に基底を保存することはできません。)
- [水素付加]で構造が異常になることがある不具合を修正しました。
- キーボードショートカットの設定を変更しました。
- Gaussian出力の読込みで、出力ファイルが途中で終っている場合に、フリーズする不具合を修正しました。
- クリーン機能が200原子以下でもできないことがある不具合を修正しました。
- MOPACの計算前にgptファイルが削除されずに、新たに計算された時に置き換えられるようにしました。
Version 3.66 2007/09/17
- [元に戻す]を20回までできるようにしました。
- [やり直し]をできるようにしました。
- 結合付加
- 削除の後に[元に戻す]ができるようにしました。
- [元に戻す]で、選択原子が狂うことがある不具合を修正しました。
- 別名保存後に、[元に戻す]ができなくなる不具合を修正しました。
- キーボードショートカットの設定を変更しました。
- [環構築]の条件を一部変更しました。
- XMolのXYZ形式が読めないことがある不具合を修正しました。
- アスペクト比が1に近い時に、正しく求められないことがある不具合を修正しました。
- -OH基の結合二面角を30°に変更しました。
- 振動アニメーションのフレーム数を、13→9に減らしました。
Version 3.65 2007/08/23
- XYZ形式で保存時する時に、自動的に初期分子配向に戻して保存するようにしました。
- 編集/初期配向/再設定で、初期分子配向を再設定できるようにしました。
- 分子配向を確認するための座標軸をデフォルトで表示するようにしました(非表示に設定可能)。
- 重ね合わせ時に、初期分子配向が狂ってしまう不具合を修正しました。
- PCGAMESSの出力の構造読込で不具合が起こることがある問題を修正しました。
- G03W,C02以降の実行に必要な環境変数GAUSS_EXEDIRを設定するようにしました。
- 3D表示のJpeg保存で、保存画面がずれる不具合を修正しました。
- 3Dアニメ表示のJpeg保存で、巻き戻しフレームも保存できるようにしました。
- 分子体積
- 表面積の計算で、atoms1.wmxのVDW半径が正しく読めないことがある不具合を修正しました。
- デフォルト原子テーブルのBrのVDW半径を2.10から1.85に変更しました。
- マニュアルのOvalityを定義する式が間違っていたので修正しました。
Version 3.64 2007/07/24
- GAMESSの振動解析(RUNTYP=HESS,RAMAN)出力を読んで、赤外,ラマン表示と振動表示ができるようにしました。
- 多環構造を作成する「環構築」を編集メニューに追加しました。
- 水素付加の付加方向を一部調整しました。
- 分子の重ね合わせの3D表示で、分子の順序が反対になる不具合を修正しました。
- Gaussianの6-31Gで分子軌道が表示できない不具合を修正しました。
Version 3.63 2007/06/26
- 起動オプションで、MOPAC、分子体積
- 表面積、アスペクト比の計算を指定できるようにしました。
- 検索/連続実行で、Winmostarで作成した以外のbatファイルも指定できるようにしました。
- -OH基の結合二面角を165°に変更しました。
Version 3.62 2007/06/21
- 「分子体積,表面積」を「計算」から「その他」のプルダウンメニューに移しました。
- 「その他」に「アスペクト比」計算機能を追加しました。
- Gaussianの振動解析(Freq)出力から、ラマンスペクトルを表示できるようにしました。
- GaussianのIR/ラマンスペクトル表示の横軸の範囲を可変にしました。
- 連続実行の指定時間のフォーマットが不適当な場合に、自動的に修正するようにしました。
- 3D表示で、JPEG保存機能を追加しました。
- 3D表示で、Save(copy) Input(入力データの保存機能)を追加しました。
Version 3.61 2007/05/14
- Gaussianの振動解析(Freq)出力を読んで、赤外スペクトル表示と振動表示ができるようにしました。
- MOPAC2007のGRAPHF出力が、*.mgfに保存されるようにしました。
- PCGAMESSのSurfaceScanの出力に対応しました。
- WinGAMESS2007の出力を読む場合に、パラメータに余分なテキストを拾う不具合を修正しました。
- GaussianのパラメータのImportで、座標がない場合にフリーズする不具合を修正しました。
Version 3.60 2007/04/04
- テキストエリアの拡大,縮小ボタンをつけました。
- 計算/パラメータをセット/Defaultで、編集ダイアログが出ないようにしました。
- GAMESSの外部基底関数ファイル($BASIS EXTFIL=.T.)に対応しました。
- Gaussianのデータが300原子までしか取り扱えない不具合を修正しました。
Version 3.59 2007/03/10
- 分子軌道表示で、基底関数の最大値を800から1800に増やしました。
- PHASEのcubeファイルに対応しました。http://www.rss21.iis.u-tokyo.ac.jp/result/download/index.php
- GaussianのImport/cubeで、GAMESSのpun出力の複数$CUBEに対応しました。
Version 3.58 2007/03/04
- Gaussian94の出力(*.log)の構造入力に対応しました。
- Gaussian cubeファイルの入力フォーマット仕様を調整して、GAMESSのpun出力に対応しました。
- Import/cubeで、GAMESSのpun出力を読めるようにしました。
- GAMESSの第2起動メニューを追加しました。
Version 3.57 2007/02/27
- TinkerのXYZ形式データの入力に対応しました。
- Animation画面の[3D]ボタンで、3Dアニメーションを起動するようにしました。
- 2D表示でも3D表示と同様に、右クリック+ドラッグで拡大
- 縮小ができるようにしました。
- 英語版OSで、画面のサイズと配置がおかしくなる不具合を修正しました。
Version 3.56 2007/02/13
- MOPAC6等で、ESP POTWRTの出力(*.esp)に対応しました。
Version 3.55 2007/02/04
- 分子軌道,電子密度の等高線(カラー)表示機能を追加しました。
- 等電子密度面のマッピングで、ポリゴンが9角形の時に起こる不具合を修正しました。
- クリーン時に、最適化指標が全て1になってしまう不具合を修正しました。
- Z-Matrixの修正時に、結合再生成が起こらないようにしました。
- 分子の重ね表示時に、Z軸だけでなく、X軸とY軸のシフトも可能にしました。
- Gaussianのcubmanを使用せずに、cubeファイルの加算、減算、二乗の減算を可能にしました。
Version 3.54 2006/12/29
- 3D表示で、軸を固定して回転できるようにしました。
- 3D表示で、分子軌道等値面の透明度を変更できるようにしました。
- 3D表示で、棒球モデルの棒の太さと球の大きさを変更できるようにしました。
- 3D表示で、視野の手前のクリップ面の位置を指定できるようにしました。これによる効果は、トップページのスクリーンショットにあります。
- 3D分子軌道等値面のポリゴンが多い時に、表示できなくなる不具合を修正しました。
- GaussianとGAMESSの分子軌道表示で、UHFに対応しました。
- バージョンアップ時に、カラープロファイルがデフォルトに戻らないようにしました。
- マイプロファイルのSave,Loadで、カラープロファイルを保存
- 再現できるようにしました。
- Winmostar起動後に地域オプションが変更された時に、エラーで止められなくなる不具合を修正しました。
- MOPACデータのAIGIN(Gaussian形式)に対応しました。
- MOPAC7.2の計算結果で、一番原子のマリケン電荷が読めない不具合を修正しました。
- MOPACのグリッド計算後のarcファイルのように、座標がない場合には読まないようにしました。
Version 3.53 2006/12/05
- OpenMOPACのMOPAC7.2に対応しました。http://openmopac.net/
- 小数点をコンマで表す国の言語(地域オプション)に対応しました(表示は英語モード)。
- 英語モードのフォントも固定ピッチにしました。
- 原子追加で、結合関係原子の選択を不要にしました。
- MOPACの振動解析(Force)計算の出力を読めないことがある不具合を修正しました。
- MOPACの分子軌道表示で、空軌道の数が少ないことがある不具合を修正しました。
- CNDO/Sのグラフ出力ピーク数を9個から30個に増やしました。波長の自動スケールを調整しました。
- MOPACのパラメータのImportで元素が変わってしまうことがある不具合を修正しました。
Version 3.52 2006/11/14
- 結合角変更の機能を追加しました。
- 最近使ったファイルの表示を15個に増やしました。
- ヘルプに周期表を追加しました。
- 3Dの棒球表示で、原子の大きさと結合の太さを変更できるようにしました。
- 3D表示で、鏡像体表示をサポートしました。
Version 3.51 2006/11/5
- アニメーションパネルで、エネルギー値等をExcel化するボタンを追加しました。
- 3D表示で、水素非表示をサポートしました。
- 赤外吸収パネルで、吸収強度表示、波数の単位換算機能を追加しました。
- 部分回転で、二面角の値が表示されるようにしました。
- [元に戻す]で、第二テキストエリアに余分な空白行が入る不具合を修正しました。
Version 3.50 2006/10/28
- MOPACの振動解析(Force)計算に対応しました。赤外線吸収スペクトル表示と、振動のアニメーションとベクトル表示ができます。
Version 3.49 2006/09/17
- MOPACのRM1法に対応しました。AM1 EXTERNAL=RM1.RM1でRM1法計算ができます。RM1.RM1はWinmostarに内臓しています。EXTERNAL=RM1.RM1以外は指定できません。 MOPAC6_RM1をダウンロードして実行することも可能です。
http://www.rm1.sparkle.pro.br/
- 一番原子に部品置換する時の部品の配向の不具合を修正しました。
- 分子軌道表示で、3D表示の時に勝手に2D表示はしないようにしました。
Version 3.48 2006/08/22
- 自動的に原点を重心に移動するモード(従来のモード:デフォルト)と移動しないモードを選択できるようにしました。
- 原子削除で、分子配向が変わることがある不具合を修正しました。
- 番号交換で、分子配向が変わることがある不具合を修正しました。
- 編集/元に戻すで、変更前の分子配向と中心からの位置に戻ることを保障しました。
- 直接編集で、勝手に保存されないようにしました。
- 3Dのレインボウ表示で、分子量毎に色分けできるようにしました。
- 3Dの慣性回転速度が遅くなるように調整しました。
Version 3.47 2006/07/18
- 3D表示で、立体視(平行法、交差法、アナグリフ)をサポートしました。
- 3D表示で、レインボウ表示をサポートしました。
Version 3.46 2006/07/08
- 3D表示で、XY方向の移動ができるようにしました。
- カレントディレクトリが空白を含む場合に、3Dの分子軌道表示ができない不具合を修正しました。
- GAMESSのXYZ形式のデータが読めないことがある不具合を修正しました。
- GAMESSの出力で、$END行がないデータの場合にフリーズする不具合を修正しました。
Version 3.45 2006/07/02
- OpenGLによる3D表示機能を実装しました。従来のVRML表示の代替になります。
- POV-Ray表示で、Zoomが1以外で起こる不具合を修正しました。
Version 3.44 2006/06/06
- GaussianとGAMESSの連続実行機能を実装しました。
Version 3.43 2006/06/03
- MOPAC7(MOP7W70)のCOSMO法で、フリーズすることがある不具合を修正しました。
注)MOPAC7のCOSMO法では、DEBUGキーワードが必要です。(例:DEBUG NSPA=60 EPS=78.4)
Version 3.42b 2006/05/27
- MOPAC7(MOP7W70)を同梱しました。
- Gaussian出力のImport/Optで読込みが異常になることがある不具合を修正しました。
Version 3.41 2006/05/26
- V3.39とV3.40のMOPAC形式とGaussian形式の保存で勝手にXYZ形式保存になってしまう不具合を修正しました。
- GaussianのcubeファイルがVRML表示できないことがある不具合を修正しました。
- VRML表示の時に、関数値の最大と最小を表示するようにしました。
- 部品登録時に、拡張子が変わってしまう不具合を修正しました。
Version 3.40 2006/05/22
- GAMESSのGaussian形式入力で起こる不具合を修正しました。
- GAMESSのEFP出力のImport/Animationに対応しました。
Version 3.39 2006/05/11
- マリケン電荷を表示できるようにしました。
- Gaussianのアニメーション表示で、エネルギー値と構造がずれることがある不具合を修正しました。
- GAMESSのXYZ形式保存ができないことがある不具合を修正しました。
Version 3.38 2006/05/04
- 分子の重ね合わせ機能を強化しました。(重ね表示モード中に、指定分子の再設定、スリム表示、分離ボタンなど)
Version3.37 2006/04/29
- 分子の重ね合わせ時に、指定分子のファイル名が表示されるようにしました。
- 重ね合わせ時に、指定分子をわかりやすくしました。
- 重ね合わせ時に、分子のスリム表示ボタンを追加しました。
Version3.36e 2006/04/17
- 分子の重ね合わせができるようになりました。
- February 27, 2006版のWinGAMESSに対応しました。
- GEMESSの入力データで、第二テキストエリアが読込めない不具合を修正しました。
- GaussianとGAMESSのImport/MOで、6-31Gの分極関数と拡散関数で起こることがある不具合を修正しました。
Version 3.35b 2006/04/01
- [座標反転]後に、鏡像表示するようにしました。
- [鏡像体生成]で鏡像体を追加生成するようにしました。
- 原子追加で、水素以外を追加した場合に起こる不具合を修正しました。
Version 3.34 2006/03/23
- [H]ボタン(水素付加/1原子)の動作を変更しました。既に水素が結合している原子でも適当に付加します。
- 原子追加後に結合再生成をしないようにしました。
- 表示/標準色で、複数の標準色を選択できるようにしました。
Version 3.33 2006/03/16
- クリーン機能後に、Z-Matrixの結合関係を変更しないようにしました。
- ダミー原子を使用した直線の部品、-CNXと-CCHを追加しました。その他、-PDH4の追加とダミー原子を含む部品の修正を行いました。
- [Del]で、末端(孤立)原子が削除されず、水素置換されてしまう不具合を修正しました。
Version 3.32 2006/03/13
- クリーン機能の分子力場パラメータが不足する場合に、自動的に補完するようにしました。
- クリーン機能の最大原子数を、120原子から200原子に拡張しました。
- 原子移動、部分移動、部分自由回転後に結合再生成をしないようにしました。
Version 3.31b 2006/03/05
- 複環用部品の追加時に環をまかない不具合を修正しました。
- 元素変更後に結合再生成をしないようにしました。
- 番号交換後に結合再生成をしないようにしました。
- 番号交換後に視点が変わることがある不具合を修正しました。
- 距離、角度、2面角の表示をわかりやすくしました。
- チェックボックスのNumber,All Atoms,Markと同じ機能をプルダウンメニューの表示に追加しました。
Version 3.30 2006/02/26
- 部品置換後に結合再生成をしないようにしました。
- 「元に戻す」で、従来は結合再生成を行っていましたが、元の結合を再現するようにしました。
- Gaussian出力のアニメーション表示をサポートしました。
- GaussianユーテリティーのcubmanをImport Cubeの画面から起動できるようにしました(addとsubtractのみ)。
Version 3.29c 2006/01/31
- 部品追加とか部品付加といっていたのを部品置換に変えました。置換基とは言えないものがあるので部品と呼んでいますが、動作は末端原子の置換なのでそうしました。マニュアル作成者には、またご迷惑をおかけします。
- 末端原子以外は、部品置換できないようにしました。
- 部品にアダマンチル基を追加しました。
- GaussianのXYZ形式入力で、10桁以上の数値で起きる不具合を修正しました。
Version 3.28b 2006/01/28
- GAMESSの保存で、$FMOXYZの前に$DATAがある場合の不具合を修正しました。
Version 3.28 2006/01/26
- 番号交換でZ-Matrix再生成が必要な時は、結合関係の変更が極力少なくなるようにしました。
- GAMESSの入力で、$FMOXYZのatomic chargeがない場合に対応しました。
Version 3.27 2006/01/18
- GAMESSのFMOの出力ファイルをImportする時の不具合を修正しました。
- アニメーションとその他/検索を同時に行うとエラーになる不具合を修正しました。
Version 3.26 2006/01/15
- [-CH3],[-C2H3],[-C6H5]ボタンでは部品選択のみで、部品置換はしないようにしました。このため、部品置換は右クリックまたは[Rep](部品置換)ボタンの押下が必要になりました。
- 計算パラメータのImportで、第二テキストエリアに対応しました。
- Shiftキー+マウス右クリックで、原子削除の動作を行うようにしました。
- 原子削除の動作を一部変更しました。メチル基の炭素のような原子の削除の場合は、部分削除の動作を行うように変更しました。
Version3.25 2005/12/23
- GAMESSのFMOの入力データと出力ファイルの読込みに対応しました。
Version3.24 2005/12/6
- MOPACとGaussianとGAMESSの出力(gpt,out,log)を読込み後に、ファイルの拡張子を変更しないようにしました。
Version 3.23 2005/12/4
- ディレクトリ移動後のVRML保存の不具合を修正しました。
- GAMESSの実行バッチファイルを一部修正しました。
Version 3.22 2005/12/3
- その他/検索で、文字列の検索機能を追加しました。ワイルドカード"*"と"?"を使用して、複数のファイルから検索することもできます。
- MOPAC,GAMESS,Gaussian,CNDO/Sのパラメータを既存のファイルからインポートできるようにしました。
- アニメーション時に、jpegファイル保存ができるようにしました。
- GAMESSのデータ入力でエラーになった後、おかしなことになる不具合をちょっと修正しました。
Version 3.21 2005/11/19
- MOPACのMEP計算結果(*.arc)とIRC計算結果(*.out)をImportできるようにしました。
- ファイル/名前を付けて保存で、画面イメージのjpegファイル保存に対応しました。
- ファイル/名前を付けて保存で、任意のファイル名でのVRML保存に対応しました。
- GaussianとGAMESSの出力Importで、MO係数が無い時はMO Plot画面が立ち上がらないようにしました。
Version 3.20 2005/08/12
- クリップボードに貼り付けで、画面の一部が欠けることがある不具合を修正しました。
- アイコンへのファイルのドラッグ&ドロップでエラーが出ることがある不具合を修正しました。
- June 27, 2005版のWinGAMESSに対応しました。
Version 3.19 2005/07/30
- ダブルバッファリングを採用し、ちらつきがないようにしました。
- 500原子以下では、立体棒球表示で回転するようにしました。
Version3.18 2005/07/24
- 遠近法表示をサポートしました。
- NanoBox/GEMS(分子動力学法プログラム;ナノシミュレーション社)の入出力をサポートしました。この機能を利用するには、設定ファイルが必要になります。
- Gaussian入力で、ONIOMのデータを含むXYZ形式が読み取れない不具合を修正しました。
Version 3.17 2005/07/5
- rsh、ftpを利用した、Linux(UNUX)マシンへのリモートジョブ制御機能をサポートしました。
- Gaussian出力で、Nosymmキーワードの場合に座標が読み取れない不具合を修正しました。
Version 3.16 2005/06/20
- 日本コンピュータ化学会に登録されている旧JCPEの P083(CNDO/S:紫外,可視吸収スペクトル計算)に対応しました。バイナリコードを同梱しましたので、すぐに利用できます。
Version 3.15 2005/06/12
- MolWorksとTurbomoleのXYZ形式入出力に対応しました。
- 終了時に、カレントディレクトリの作業ファイルを消去するようにしました。
Version 3.14 2005/05/30
- ツールバーにクリーンボタンを追加しました。
- ファイルをアイコンへドラッグアンドドロップすることで、起動ファイル読込みが出来るようにしました。
- 起動しているWinmostarのウィンドウへドラッグアンドドロップすることで、ファイル読込みが出来るようにしました。
Version 3.13 2005/05/16
- LinuxのWineに対応しました。Wineがインストールされていれば、Linux上でWinmostarが動きます。
- GaussianのXYZ形式入力で、XYZ形式の入力にチェックが付かない不具合を修正しました。
Version 3.12c 2005/05/07
- 部品登録の不具合(V3.11~V3.12)を修正しました。
- 水素付加時のZ-Matrix生成で、結合関係原子が0になることがある不具合を修正しました。
Version 3.12 2005/05/03
- Import Cubeで、不要なワークファイルを読もうとしてエラーになる不具合を修正しました(末永さんの指摘)。
- 原子の表示色を、一般的なモデリングソフトに近くなるように変更しました(佐々木さんの調査に基づく)。[デフォルトプロファイルの読込み]/[Old]で従来の表示色に戻すことができます。
- 原子の表示色を[色変更]/[原子]で変更できるようにしました。
Version 3.11 2005/04/21
- 水素付加機能を追加しました。自動付加は、PDB形式等で原子間距離や角度等の構造がほぼ正しい場合に適用できます。
- クリーン機能の力場パラメータを追加しました。
- MOPACでの構造最適化後の[元に戻す]が動作しない不具合を修正しました。
Version 3.10 2005/04/17
- Molda QuLiSVR形式のデータ出力に対応しました。
- WinGAMESSのデータファイルの改行コードがCRLFの場合に対応しました。
- 直接編集の読込みを高速化しました。
- 直接編集のUndoの不具合を修正しました。
- 座標データ入力時のテキストエリア読込みを高速化しました。
- 最大原子数の自動拡張時に配列オーバーとなることがある不具合を修正しました。
- Gaussian、GAMESSの実行後にDOS画面が止まらないようにしました。(連続実行batファイルが作成し易くなります。)
- クリーン機能の力場パラメータを追加しました。
- 末端原子の元素変更の場合、結合長を調整するようにしました。
- PDB形式の入出力仕様を変更しました。入力データに"TER"があっても終了しない。入力データで"ATOM"の後の"HETATM"は読まない。出力を"HETATM"から"ATOM"に変更。
Version 3.09 2005/03/24
- 最大原子数を自動的に拡張するようにしました。
- WindowsNT4.0で、分子軌道表示メニューの一部が表示できない不具合を修正しました。
- マニュアルを、印刷を想定したフォーマットに変更しました。
Version3.08 2005/03/22
- GAMESSの出力から構造最適化のアニメ表示を可能にしました。
- 十万原子までの表示に対応しました。
- 原子の表示半径を小さくすると、輪郭が不明瞭になる不具合を修正しました。
- 部品追加後に「元に戻す」が動作しないことがある不具合を修正しました。
Version 3.07c 2005/03/13
- PCGAMESSの出力からの分子軌道表示が出来ない不具合を修正しました。
- GAMESSの軌道表示で、6-31G(d,p)=6-31G**(GBASIS=N31 NGAUSS=6 NDFUNC=1 NPFUNC=1)に対応しました。
Version 3.07 2005/03/12
- GAMESSの計算結果出力から分子軌道表示が出来るようにしました(Import out(MO))。基底関数は、STO-3G,3-21G(*),6-31(+)G(*)に限定されています。
Version3.06 2005/03/03
- VRML表示で、分子軌道等と同時に表示される棒球表示を、標準の棒球表示と同じ設定にしました。
Version 3.05b 2005/02/28
- 分子軌道、電子密度表示の機能を拡張しました。透明表示、Gaussianのcubegenの出力物理量の追加、設定パネルの変更、不具合修正等。
- テンポラリファイルが無い場合に、WinGAMESSが起動できない不具合を修正しました。
- Windows98で、wineと判定されてしまうことがある不具合を修正しました。
Version 3.04 2005/02/20
- Gaussianのcubeファイルから、等電子密度面での静電ポテンシャルマップ表示等が出来るようにしました。
- 部品保存を部品登録に呼称変更しました。
- 部品追加後に「元に戻す」ができないことがある不具合を修正しました。
Version 3.03 2005/01/18
- PC-GAMESSが起動しない不具合を修正しました。
- MOLEKELが起動しないことがある不具合を修正しました。
- CIF(Crystallographic Information File)形式の読込みに対応しました。 対称性を用いた座標生成は行っていません。対称性の処理が必要な場合はMercuryをお勧めします。
- Mercuryの起動をサポートしました。読込み中のファイルの拡張子がCIFの場合は、CIFファイルを読込みます。
Version 3.02 2005/01/10
- MOPACの分子軌道表示で、ファイル名と原子数が等しい場合はZ-Matrixを保持するようにしました。
- クリーン機能でSP炭素に対応、その他ヘテロ原子のパラメータを調整しました。
Version 3.01 2004/12/31
- 2004/11/22版のWinGAMESSに対応しました。
- Facioに合わせて、GAMESSとGaussianのdefaultの拡張子を変更しました。GAMESSの入力ファイルをgms→inp、出力をlog→out、Gaussianの出力をout→log。
Version 3.00 2004/12/12
- 特別大きな機能拡張はないのですが、exeファイル名をwinmostar.exeに変更してV3.00にしました。それに伴い、アイコンの絵柄と、デフォルトのインストールフォルダ名をwinmos3、ショートカット名をWinmostarに変更しました。
- ツールバーに結合付加と結合削除を追加しました。
- キーボードショートカットを一部変更しました。
- 分子軌道表示で、基底関数の最大値を400から800に増やしました。
- GAMESSデータのXYZ形式入出力で、C1以外の対称性の場合に不具合が起きることを修正しました。
Winmostar V2以前
Ver 2.xx 以前
- Version 2.27 2004/11/24
MOPACとGAMESSのXYZ形式入力で、原子数が3以下の場合に構造を正しく読めない不具合を修正しました。
2004/10/23版のWinGAMESSに対応しました。
- Version 2.26 2004/10/20
テキストエリアのキーボードショートカットを使用できるようにするために、分子編集のキーボードショートカットを変更しました。
部分削除後の末端原子が水素になるように変更しました。
MOPACでの最適化構造読込み後に、最適化前の構造に戻せるようにしました。
- Version 2.25 2004/10/10
MOPAC2002(または2000)のXYZ形式のarc出力に対応しました。
- Version 2.24 2004/09/26
キーボードショートカット機能を追加しました。
- Version 2.23 2004/08/22
計算プログラムのパス設定画面で参照ボタンを追加しました。
ver. 19 MAY 2004のWinGAMESSに対応しました。
WindowsXPの場合、クリップボードに貼り付けの画面がずれる不具合を修正しました。
GAMESSのpunch出力のファイル名を*.punに変更しました。
- Version 2.22 2004/08/07
原子数が多いと座標の桁数が符号を含めて3桁以上になり、分子軌道表示が出来ないことがある不具合を修正しました。原子数の制限は200原子に設定していますが、実際に可能かどうかは未確認です。
ヘテロ原子の力場パラメータを調整しました。
- Version 2.21 2004/08/02
簡易分子力場法による構造クリーン機能を追加しました。(力場パラメータは調整中ですので、まだ不完全なものです。)
原子削除時に結合関係が変更されたことを示すメッセージダイアログが出ないようにしました。
GaussianのcubeファイルからXYZ座標が読み込めない不具合を修正しました。
- Version 2.20 2004/07/23
SIM社のVRMLviewに対応しました。VRML表示で、Winmostarのディレクトリにvrmlview.exeが存在すると、従来のIEの代わりにVRMLviewが起動します。
Windows98のバージョンによってはwineと誤判定されて、一部の機能が使えなくなる不具合を修正しました。
- Version 2.19 2004/07/21
Windows98の場合、環境変数の領域が足りないためにWinGAMESSが実行できない不具合を修正しました。
- Version 2.18 2004/07/17
Gaussian98WとGaussian03Wの起動を標準のGUIを用いない共通の新方式に変更しました。スクラッチディレクトリはカレントディレクトリになるので、チェックポイントファイルもカレントディレクトリに出来ます。つまり、UNIX(Linux)版と同じです。
- Version 2.17 2004/07/10
編集/回転方法でX軸、Y軸、Z軸固定で分子回転できるようにしました。 軸固定回転時には、回転角度も表示されます。(Winmostar/MOPAC掲示板のKawaさんのご要望)
プルダウンメニューの起動プログラム名を、設定パス名から抽出するようにしました。
- Version 2.16 2004/06/24
Gaussian03Wの起動を、標準のGUIを立ち上げるようにしました。出力はカレントディレクトリに出来ますが、チェックポイントファイルはスクラッチディレクトリに出来ます。Gaussian98Wは従来どおりです。
- Version 2.15 2004/06/18
部品追加時の結合距離を共有結合半径を基にして調整するようにしました。(従来は1.4A固定)
結合距離=atom1.wmxの各原子の共有結合半径の合計x0.97 注)元ファイルのatoms.wmxの一部を変更しました。0.97に深い意味はありません。こんなものかと、、。
結合位置の原子間距離が2A以上の時は調整されない、という仕様は従来と変更ありません。
WinGAMESSに対応しました。
GAMESSの出力をテンポラリファイル経由でなく、直接行うようにしました。
- Version 2.14 2004/06/12
wine対応のテストを開始しました。
起動時のディレクトリがカレントディレクトリになるようにしました。
- Version 2.13 2004/05/26
編集中の分子を部品として登録できるようにしました。
右クリックで部品追加できるようにしました。
- Version 2.12 2004/05/11
メモリー不足等でMOPACが実行できなかった時にフリーズする不具合を修正しました。
金属錯体用部品(佐々木氏提供)を追加しました。
- Version 2.11 2004/04/30
最近使ったファイルの表示を10個に増やしました。
分子表示の原点をXY方向に移動できるようにしました。
部品にシクロプロピル基とシクロブチル基を追加しました。
グループ回転等の表示を部分回転等に変更しました。
部分回転等の分子編集時に分子表示が2度描きになることがある不具合を修正しました。
- Version 2.10 2004/04/18
高分子量分子の空間充填モデル表示で、エラーになることがある不具合を修正しました。
- Version 2.09 2004/04/17
CAR形式出力の不具合を修正しました。
- Version 2.08 2004/04/10
プルダウンメニューのファイル(F)で、最近使ったファイルが表示選択できるようにしました。
計算/分子軌道表示(MOPAC)のカレントディレクトリが狂うことがある不具合を修正しました。
- Version 2.07 2004/04/03
Gaussianのadditional inputが読み込めないことがある不具合を修正しました。
- Version 2.06 2004/03/23
インストールフォルダのデフォルトをC:\Program Files\dmostarからC:\dmostarに変更しました。
CAR形式出力をMaterials Visualizerで読込みできるように修正しました。
- Version 2.05b 2004/03/16
2.05で部品ファイルが欠落していた不具合を修正しました。
- Version 2.05 2004/03/15
全表示時にスライダーが表示されるようにしました。スライダーを非表示にすることも出来ます。
- Version 2.04 2004/01/01
原子削除時に分子が消滅することがある不具合を修正しました。
- Version 2.03 2003/12/18
実行時のディレクトリがWinmostarと異なる時の、Gaussian03Wの起動の不具合を修正しました。
- Version 2.02 2003/12/13
Gaussian03Wに対応しました。
- Version 2.01 2003/11/20
Facioの起動をサポートしました。
- Version 2.0b3 2003/11/16
番号交換の不具合を修正しました。
- Version 2.0b2 2003/11/15
Gaussian Importの不具合を修正しました。
gpt形式MOファイル読込み後の、データ保存の不具合を修正しました。
存在しないファイルを開こうとした時の不具合を修正しました。
- Version 2.0b1 2003/11/06
Delphiに書換えました。
XYZ形式のGAMESSデータに対応しました。
- Version 1.52 2003/10/18
MOLDA形式入力の不具合を修正しました。
- Version 1.51 2003/10/05
空間充填モデル表示で、原子境界表示の不具合を修正しました。
- Version 1.50 2003/08/09
Gaussian98Wの実行後のファイル移動の不具合を修正しました。
Gaussian98WのCubeGen起動時に、ポイント数とファイル名を設定できるようにしました。
- Version 1.49 2003/08/01
Gaussian98WのFormChk,CubeGenの起動をサポートし、分子軌道と電子密度の表示を出来るようにしました。
Gaussian98のCube形式のインポートを修正しました。
Gaussian98W実行後に、*.chkと*.cubeがカレントディレクトリに移動されるようにしました
Biograf形式の結合情報の不具合を修正しました。
- Version 1.48 2003/07/22
Gaussian98のCube形式のインポートをサポートしました。
Gaussian98の起動ができないことがある不具合を修正しました。
- Version 1.47 2003/07/13
Gaussian入力データ形式の出力の定数が整数になる不具合を修正しました。
- Version 1.46 2003/07/12
Gaussian98の出力のインポートをサポートしました。POP=FULLで軌道係数の出力がある場合は、分子軌道表示もできます(現バージョンでは18番元素まで)。
MOPACの分子軌道表示(*.gpt入力)で、構造データも読込むようにしました。
- Version 1.45 2003/07/05
Biograf形式(BGF)の入出力をサポートしました。
- 直接編集のテキストエリアの大きさをフォームの大きさに連動するようにしました。
- Version 1.44 2003/07/01
分子表示画面に結合距離、角度、二面角を表示するようにしました。
- Version 1.43 2003/06/30
Zoomを0にすると異常終了する不具合を修正しました。
- Version 1.42 2003/06/28
分子軌道表示で、原子番号80番元素(Hg)まで可能にしました(従来は18番元素まで)。
- Version 1.41 2003/06/03
カレントディレクトリを移動すると分子表面積,体積の計算が出来ない不具合を修正しました。
- Version 1.40 2003/06/02
分子表面積,体積の計算をサポートしました。
PDB形式の入出力の不具合を修正しました。
メッシュ表示をサポートしました。
- Version 1.39 2003/05/24
座標データの直接編集をサポートしました。
- Version 1.38 2003/05/23
Gaussian98の入出力をサポートしました。
>Gaussian98wの起動をサポートしました。
- Version1.37 2003/05/17
MOPAC起動時にカレントパスが狂う不具合を修正しました。
- Version 1.36 2003/04/23
MOPAC6(MOP6W70.EXE)のarc出力の原子電荷の不具合を修正しました。
- Version 1.35 2003/03/22
GAMESS実行後に、巨大なワークファイルを削除するようにしました。
- Version 1.34 2003/02/25
分子軌道表示の縮尺を棒球モデル表示と等しくなるようにしました。
- Version 1.33 2003/02/22
分子軌道表示の回転をマウス操作で出来るようにしました。
- Version 1.32 2003/02/15
Escキーで原子追加や原子移動等の操作をキャンセルできるようにしました。
Z-Matrix編集窓でEnterキーによる更新を有効にしました。
原子追加時の変な英語ガイドを日本語化しました。
- Version 1.31 2003/02/11
原子追加時に追加原子を続けてクリックすると異常終了する不具合を修正しました。
写りが良くないとクレームがついたモデルの写真を入れ替えました。
- Version 1.30 2003/02/09
ダブルクリックでも部品追加が出来るようにしました。
水素付加(H)を原子追加(A)に変更して、元素ウィンドウの元素が追加されるようにしました。
原子追加を原子追加(E)に変更して、元素ウィンドウの元素が追加されるようにしました。
- Version 1.29 2003/02/08
MOPACとGAMESSの出力ファイル読込み時のディレクトリが狂う不具合を修正しました。
- Version 1.28 2003/01/19
ファイル保存時と分子軌道読込み時のカレントディレクトリが狂う不具合を修正しました。
- Version 1.27 2002/12/22
起動時のパラメータで入力データを指定可能にしました。
- Version 1.26 2002/12/10
CAR形式入力時の複数end行に対応しました。
- Version 1.25 2002/12/09
部品追加する原子と結合原子との距離が2.0以上の時は結合距離を調整せず、そのままの距離になるように修正。(込み入った分子の構築時に、離しておいて部品追加すると有効)
- Version 1.24 2002/11/23
MOLDA形式の入出力時にサンプル名が正しく処理されない不具合を修正しました。
- Version 1.23 2002/10/20
肖像権が問題になりそうな画像を取り替え。
- Version 1.22 2002/10/13
多環構造を作るための部品、-CHCH-、-CH-を追加。 Version 1.21 2002/10/07
背景色や起動プログラム等の設定が終了時に自動的に保存されるように修正。
部品コンボボックスの表示が昇順になるように修正。
- Version 1.20 2002/09/29
元素変更ボタンを追加。
ツールボタンにツールヒントの表示をサポート。
- Version 1.19 2002/09/28
初期構造から最初の部品追加後に、1番原子が末端水素になるのは良くないので、1,2番原子を交換。
プルダウンメニューを、言語環境により、英語,日本語の自動切換えに変更。
ファイルメニューに、エディタ起動を追加。
- Version 1.18b 2002/09/22
[Add]ツールボタンの動作をAdd AtomからAdd Hydrogenに変更。
- Version 1.18 2002/09/19
Add Hydrogenが1クリックで最近接原子と結合関係を持つのは問題が多いので、もう1クリックした 原子と結合関係を持つように変更。
結合の太さをZoomと連動して相対的に変わるように変更。
原子追加取消時に分子更新フラグがクリアされる不具合を修正。
- Version 1.17 2002/09/16
1クリックで水素原子を追加するAdd Hydrogenをサポート。
Rotate Groupを任意の軸を中心として回転するように変更。従来のフリー回転は、Free Rotationとして残す。
- Version 1.16 2002/08/27
MOLDA形式の入出力をサポート。
- Version 1.15 2002/07/21
共有結合半径をatoms1.wmxに持つように変更。
- Version 1.14 2002/07/14
サポート元素を原始番号92(U)から103(Lr)まで拡張。
- Version 1.13 2002/07/07
Undo用保存ファイルをデータ毎に異なるディレクトリに保存するように変更、これにより、二重起動時のUndo動作を正常化。
- Version 1.12 2002/07/06
分子回転時の画面clearとAutoredrawを調整して、ちらつきを低減。
- Version 1.11 2002/07/02
棒球モデル表示の際のソートをQuicksortに変更して、描画を高速化。
- Version 1.10 2002/06/29
空間充填モデル表示をサポート。(本ルーチンは、姫路工大中野英彦教授のFORTRANプログラム(SFLINE)をVBに変換したものです。)
- Version 1.02 2002/04/14
File(F)/Openfile(R),Save As(A)時のファイルの種類がファイルタイプと異なる不具合を修正。
- Version 1.01 2002/04/06
カレントディレクトリにatoms.dataがないとMOLEKELが起動しない不具合を修正(atoms.dataをカレントディレクトリにコピー)
- Version 1.00 2002/03/25
GAMESSの起動と結果表示をサポート。
MOLEKELの起動をサポート。
- Version 0.9Y 2002/03/09
原子選択後も回転が止まらないように修正。
MOPACのXYZ座標形式の入出力をサポート。
MOPAC形式の対称性データと反応座標データを読込めない不具合を修正。
PDB形式読込み時に元素名が狂うことがある不具合を修正。
- Version 0.9X 2002/02/24
グループ削除をサポート。
一番原子に部品追加出来ない不具合を修正。
右上の画像が気になって困るという方のために、画像固定モード(View/Fix Image)をサポート。
- Version 0.9W 2002/02/18
右下のボタン群を分子表示ウィンドウの上に配置替え
- Version 0.9V 2002/02/17
PDB形式が正しく読み込めないことがある不具合を修正.
ChemscapeChimeの起動時に分子編集フラグがクリアされる不具合を修正.
- Version 0.9U 2002/02/16
ChemscapeChimeの起動をサポート
- Version 0.9T 2002/02/12
MOSF形式の編集時にUndoが異常終了する不具合を修正
編集後未保存状態で、ファイル読込みまたは計算実行時に出る[ファイル名を付けて保存]ダイアログボックスはウザッたいので廃止して、上書き保存に変更.
- Version 0.9S 2002/02/11
編集機能の二重選択を禁止して異常動作を防止
編集時に前選択原子が設定異常になる不具合を修正.
Editプルダウンメニューの表示順序を変更
- Version 0.9R 2002/02/10
グループ移動をサポート
グループ回転をサポート
1原子移動をサポート
分子編集時に視点を保持するアルゴリズムの不具合を修正
バージョンアップ用差分の解凍設定を自動上書に変更
- Version 0.9Q 2002/02/06
共有結合半径を基に結合表示するように変更(これまでは原子によらず固定)
二面角変更時の不具合を修正
- Version 0.9p 2002/02/03
紫外,可視吸収スペクトル表示(MOSF計算結果出力を利用)をサポート
- Version 0.9o 2002/01/31
構造の初期化時にデータのパスが狂う不具合を修正
一部の部品の構造定義を修正
- Version 0.9n 2002/01/30
- 分子軌道表示の最大原子数を50から200に拡張
- Version 0.9m 2002/01/27
分子軌道表示をサポート
- Version 0.9L 2002/01/20
原子間距離表示をサポート.
アイコン化すると異常終了する不具合を修正.
- Version 0.9k 2002/01/19
分子構造イメージをクリップボードへコピーする機能をサポート
座標反転(鏡像体作成)をサポート Version 0.9J 2002/01/14
データの保存時にパスが狂う不具合を修正
一部の部品の構造定義を修正
- Version 0.9i 2002/01/14
マウス操作による原子追加をサポート
マウス操作による原子移動をサポート
マウス操作による接続関係変更をサポート
- Version 0.9h 2002/01/06
マウスのドラッグによる2面角変更をサポート
- Version 0.9g 2002/01/03
新規分子作成のための初期画面と部品追加機能を手直し分子量表示をサポート.
部品追加
- Version 0.9f 2002/01/02
部品追加
- Version 0.9e 2002/01/01
部品選択コンボボックスを追加、多くの部品登録が可能に
- Version 0.9d 2001/12/31
原子の接続関係を変えても、カーテシアン座標を固定するモード(Fix XYZ)を追加
- Version 0.9c 2001/12/27
JCPE版MOSFの起動をサポート
- Version 0.9b 2001/12/18
原子順序の番号交換をサポート
- Version 0.9a 2001/12/9
分子編集時のUndo機能(1回のみ)をサポート
分子編集でZ-Matrixの結合関係を保持するモード(Hold Connectivity)と保持しないモードの切替えを追加
Z-Matrixの結合関係を保持しないモードでの原子削除をサポート
- Version 0.8g 2001/12/1
MOL形式の読込みをサポート
MOL形式とCAR形式の書込みをサポート
- Version 0.8e 2001/11/25
PDB形式の書込みをサポート
- Version 0.8a 2001/11/18
カーテシアンからZ-Matrixへの座標変換機能をサポート
- Version 0.7e 2001/11/17
PDB形式とInsight CAR形式の読込みに対応
- Version 0.7c 2001/11/04
分子回転時にAutoredraw機能を止めて、回転を高速化
- Version 0.7a 2001/10/21
POV-Ray3.5によるレイトレーシング表示をサポート
- Version 0.6a 2001/10/14
MOPAC6の起動をサポート
- Version 0.5a 2001/10/07
部品による分子組立て機能を追加
背景等のカラーをプロファイルとして保存する機能を追加
- Version 0.40 2001/09/29
テスト版として初公開
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