0.基本マニュアル
ビギナーズガイド(V8)
クイックリファレンス(V8)
ユーザマニュアル(V8)
操作メニュー解説(V6 V7)
計算メニュー解説(V6 V7)
2.計算エンジンのインストール
Windows版
V6用
 cygwin_wm_v6_20160512.exe(402MB) ※Gromacs, Amber Windowsビルド済パッケージ(Cygwin)
 V6用NWChem ※Windowsビルド済パッケージ
V7用
 cygwin_wm_v7_20170919.exe(402MB) ※Gromacs, Amber Windowsビルド済パッケージ(Cygwin)
V8用
 cygwin_wm_v8_20180727.exe(687MB) ※Gromacs, Amber Windowsビルド済パッケージ(Cygwin)
V8版
分子モデリング
結晶ビルダ
リモートジョブ(各ソルバ共通)
MOPAC
基礎編
(インディゴ分子, SMILES入力, 分子軌道)
MEP・IRC計算
(クロロエタン, 化学反応解析, SN2反応, 気相反応, Minimum Energy Path, Intrinsic Reaction Coordinate, 遷移状態探索)
CNDO/S
基礎編
(インディゴ分子, SMILES入力, UV-Visスペクトル)
GAMESS/Gaussian
基礎編
(スチレン分子, 構造最適化, IR, ラマン, NMR, UV-Vis, 分子軌道, 静電ポテンシャル)
NWChem
基礎編
(スチレン分子, 構造最適化, IR, ラマン, NMR, UV-Vis, 分子軌道, 静電ポテンシャル)
NEB法
(クロロエタン, 化学反応解析, SN2反応, 気相反応, Nudged Elastic Band, 遷移状態探索)
Gromacs
シミュレーションセルの作成
(RESP電荷, AM1-BCC電荷, 固液界面, タンパク-リガンド系)
基礎編
(水, 液体, 各種熱力学量, アニメーション, 動径分布関数, 平均二乗変位, 自己拡散係数)
タンパク系
(リゾチーム, PDB, 水素付加, 溶媒配置, イオン追加, 分子の固定, RMSD)
蒸気圧・表面張力
(水, 気液界面, 相平衡, 表面張力, 蒸気圧, 密度分布)
界面張力
(水, ベンゼン, 液液界面, 界面張力, 相平衡, AM1-BCC電荷, 密度分布, 界面ビルダ)
誘電率・粘度
(水, 液体, 誘電率, 粘度, 温度・密度の自動スケーリング)
溶解度/χ/DPDパラメータ
(水, ベンゼン, Hildebrandの溶解度パラメータ, SP値, χパラメータ, DPD aijパラメータ, 凝集エネルギー, AM1-BCC電荷)
溶媒和自由エネルギー(ER法)
(エタノール, AM1-BCC電荷, 水和, 希釈溶液, エネルギー表示法, ERmod)
溶媒和自由エネルギー(BAR法)
(エタノール, AM1-BCC電荷, 水和, 希釈溶液, Bennett Acceptance Ratio法)
LAMMPS
シミュレーションセルの作成
(RESP電荷, AM1-BCC電荷, 固液界面, タンパク-リガンド系)
基礎編
(水, 液体, 各種熱力学量, アニメーション, 動径分布関数, 平均二乗変位, 自己拡散係数)
固体壁を含む系
(グラフェン, 水, 界面ビルダ, 不均一核生成, 固液界面系, 固体壁の固定, 吸着)
熱伝導率
(水, 液体, 熱伝導率, 温度・密度の自動スケーリング, 自己相関関数, Green-Kubo式)
融点計算
(シリコン, 界面ビルダ, Tersoff, 固液界面系, 相平衡, 融点, NPH一定計算)
ガラス転移温度(ポリマー)
(ポリプロピレン, ポリマーメルト, AM1-BCC電荷, ポリマービルダ, アニーリング計算, 比体積, ガラス転移温度, Tg)
伸長計算(ポリマー)
(ポリエチレン, ポリマーメルト, AM1-BCC電荷, ポリマービルダ, 破壊, ひずみ-応力曲線, SS曲線)
線膨張率(固体)
(シリコン, 結晶ビルダ, Tersoff, アニーリング計算, 線膨張率)
伸長計算(固体)
(アルミ, 結晶ビルダ, EAM, スーパーセル, 欠陥, ひずみ-応力曲線, SS曲線)
散逸粒子動力学
(ジブロックコポリマー, DPD, モルフォロジ, 散乱関数, ラメラ構造)
Amber
基礎編
(シニョリン, 溶媒配置, PDB, 各種熱力学量, アニメーション)
Quantum ESPRESSO
基礎編
(シリコン, SCF計算, バンド構造, 状態密度, 部分状態密度, 電子密度)
構造最適化
(ルチル型酸化チタン, 構造最適化, アニメーション)
Car-Parrinello MD
(メタン分子, Γ点, CPMD, アニメーション, エネルギー, 温度制御)
Born-Oppenheimer MD
(メタン分子, Γ点, BOMD, アニメーション, エネルギー, 温度制御)
仕事関数
(金, スラブモデル, 結晶ビルダ, SCF計算, 仕事関数, ポテンシャル分布, ESM法)
ESM法
(アルミ, スラブモデル, 結晶ビルダ, SCF計算, constant-N計算, constant-mu計算, フェルミエネルギー)
フォノン計算
(シリコン, SCF計算, フォノン計算, ph.x, IR, Raman, 誘電率, 振動, フォノンバンド, フォノン状態密度)
誘電関数
(シリコン, SCF計算, 誘電関数, epsilon.x)
フェルミ面
(銅, FCC, SCF計算, フェルミ面, FermiSurfer)
スピン分極計算
(鉄, BCC, SCF計算, スピン分極計算, Up/downスピン, バンド構造, 状態密度, 部分状態密度, 強磁性体)
NEB法
(銅, スラブモデル, 表面吸着モデル, 部分構造を固定した構造最適化計算, NEB, 遷移状態, 表面拡散)
OpenMX
基礎編
(ダイアモンド, SCF計算, バンド構造, 状態密度, 部分状態密度, 電子密度)
FDMNES
XAFSスペクトル
(銅, FCC, XAFSスペクトル, XANESスペクトル)
BoltzTraP
基礎編
(Mg2Si, FCC, Quantum ESPRESSO, ゼーベック係数, 電気伝導率, 電子熱伝導率)
DCDFTBMD
構造最適化
(スチレン分子, 構造最適化, アニメーション)
Fragment ER
結合自由エネルギー計算
(NAMD, リゾチーム, PDB, タンパク-リガンド系, エネルギー表示法)