6.13. MD ‣ Amber メニュー

Amberに関するメニューです。

WinmostarではAmberをCygwin環境上で実行するため、本機能を利用するためには CygwinWMのセットアップ が必要です。

6.13.1. LEaPキーワード設定

tLEaPを用いて座標(crd)、トポロジ(prmtop)ファイルを作成する条件を設定します。 各項目を選択して指定し、[OK]ボタンをクリックします。

Force Field
力場の種類を選択します。
Add Na+
Naイオンを追加するか指定し、その数を指定します。
Add Cl-
Clイオンを追加するか指定し、その数を指定します。
Solvate
水分子を追加するか指定します。
Box/Octahedron
ボックスタイプを指定します。
Solvent
溶媒の種類を指定します。
Distance
溶質とボックス境界の距離を指定します。
Other LEaP Commands
その他のLEaPコマンドを記述します。

6.13.2. LEaP実行

tLEaPを用いて座標(crd)ファイルおよびトポロジ(prmtop)ファイルを作成します。 (拡張子を除くcrdファイル名)_leap_tmpという名前の作業フォルダを作成して、そのフォルダで処理が行われます。

6.13.3. sanderキーワード設定

sanderによる計算を実行するための条件を設定します。 各項目を選択して指定し、[OK]ボタンをクリックします。

Basic
imin
エネルギー最小化を行うか指定します。
igb
溶媒モデルを指定します。
ntb
周期境界条件かどうか指定します。
ntt
温度スケーリングを指定します。
tempi
初期温度を指定します。
temp0
参照温度を指定します。
nstlim
MDステップの数を指定します。
Advanced
maxcyc
最大サイクル数を指定します。
ncyc
最大勾配法のアルゴリズムを使用するサイクル数を指定します。
gamma_ln
衝突頻度γを指定します。
dt
時間ステップを指定します。
cut
カットオフ距離を指定します。
ntpr
エネルギー値、温度などの出力頻度を指定します。
ntwx
座標をトラジェクトリファイルに出力する頻度を指定します。
QM/MM
Use qmmm
ifqnt=1にし、&qmmm namelistを加え、QM/MM/MD計算のための設定を有効にします。
qm_theory
QM領域で用いる計算手法を選択します。
qmcharge
QM領域のnet chargeを指定します。
qmshake
QM領域のH原子へのSHAKE法の適用を指定します。
qm_ewald
QM領域へのEwald法の適用を指定します。
qm_pme
QM領域へのPME法の適用を指定します。
qmmask
[Set]ボタンを押すと、メイン画面で選択された原子をQM領域として設定します。 メイン画面においてCtrl+ドラッグにより選択された青色の原子が対象となります。
Misc
Other Settings
その他の設定を記述します。

6.13.4. sander実行

sanderを実行します。 (拡張子を除くcrdファイル名)_amb_tmpという名前の作業フォルダを作成して、そのフォルダで処理が行われます。

ジョブは Winmostar Job Manager を通じて実行されます。

6.13.5. アニメーション

mdcrdファイルをptrajで変換したPDBファイルからトラジェクトリの座標をインポートします。

アニメーション表示の操作方法は Animationウィンドウ を参照してください。

6.13.6. エネルギー変化

計算結果のlogファイルからエネルギーのグラフを表示します。

サブウィンドウの操作方法は Energy Plotウィンドウ を参照してください。

6.13.7. 座標ファイル読み込み

Amber形式の座標(crd)ファイルとトポロジ(prmtop)ファイルを読み込みメインウィンドウに表示します。