6.13. メニュー¶
Amberに関するメニューです。
WinmostarではAmberをCygwin環境上で実行するため、本機能を利用するためには CygwinWMのセットアップ が必要です。
6.13.1. LEaPキーワード設定¶
tLEaPを用いて座標（crd）、トポロジ（prmtop）ファイルを作成する条件を設定します。 各項目を選択して指定し、[OK]ボタンをクリックします。
- Force Field
- 力場の種類を選択します。
- Add Na+
- Naイオンを追加するか指定し、その数を指定します。
- Add Cl-
- Clイオンを追加するか指定し、その数を指定します。
- Solvate
- 水分子を追加するか指定します。
- Box/Octahedron
- ボックスタイプを指定します。
- Solvent
- 溶媒の種類を指定します。
- Distance
- 溶質とボックス境界の距離を指定します。
- Other LEaP Commands
- その他のLEaPコマンドを記述します。
6.13.2. LEaP実行¶
tLEaPを用いて座標（crd）ファイルおよびトポロジ（prmtop）ファイルを作成します。 （拡張子を除くcrdファイル名）_leap_tmpという名前の作業フォルダを作成して、そのフォルダで処理が行われます。
6.13.3. sanderキーワード設定¶
sanderによる計算を実行するための条件を設定します。 各項目を選択して指定し、[OK]ボタンをクリックします。
- Basic
- imin
- エネルギー最小化を行うか指定します。
- igb
- 溶媒モデルを指定します。
- ntb
- 周期境界条件かどうか指定します。
- ntt
- 温度スケーリングを指定します。
- tempi
- 初期温度を指定します。
- temp0
- 参照温度を指定します。
- nstlim
- MDステップの数を指定します。
- Advanced
- maxcyc
- 最大サイクル数を指定します。
- ncyc
- 最大勾配法のアルゴリズムを使用するサイクル数を指定します。
- gamma_ln
- 衝突頻度γを指定します。
- dt
- 時間ステップを指定します。
- cut
- カットオフ距離を指定します。
- ntpr
- エネルギー値、温度などの出力頻度を指定します。
- ntwx
- 座標をトラジェクトリファイルに出力する頻度を指定します。
- QM/MM
- Use qmmm
- ifqnt=1にし、&qmmm namelistを加え、QM/MM/MD計算のための設定を有効にします。
- qm_theory
- QM領域で用いる計算手法を選択します。
- qmcharge
- QM領域のnet chargeを指定します。
- qmshake
- QM領域のH原子へのSHAKE法の適用を指定します。
- qm_ewald
- QM領域へのEwald法の適用を指定します。
- qm_pme
- QM領域へのPME法の適用を指定します。
- qmmask
- [Set]ボタンを押すと、メイン画面で選択された原子をQM領域として設定します。 メイン画面においてCtrl+ドラッグにより選択された青色の原子が対象となります。
- Misc
- Other Settings
- その他の設定を記述します。
6.13.4. sander実行¶
sanderを実行します。 （拡張子を除くcrdファイル名）_amb_tmpという名前の作業フォルダを作成して、そのフォルダで処理が行われます。
ジョブは Winmostar Job Manager を通じて実行されます。
6.13.5. アニメーション¶
mdcrdファイルをptrajで変換したPDBファイルからトラジェクトリの座標をインポートします。
アニメーション表示の操作方法は Animationウィンドウ を参照してください。
6.13.6. エネルギー変化¶
計算結果のlogファイルからエネルギーのグラフを表示します。
サブウィンドウの操作方法は Energy Plotウィンドウ を参照してください。
6.13.7. 座標ファイル読み込み¶
Amber形式の座標（crd）ファイルとトポロジ（prmtop）ファイルを読み込みメインウィンドウに表示します。