6.21. メニュー¶
Winmostarの各種の設定を行います。
- 基本タブ
- 言語
- 言語を選択します。
- ライセンスコード
- ライセンスコードを設定します。
- 内部UNIX環境
- 内部で使用するUNIX環境にcygwinを使用するかWindows Subsystem for Linux(Bash on Ubuntu on Windows)を使用するか選択します。
- [ファイル]-[テキストエディタで開く]メニューにて旧エディタを使用
- チェックが入っていた場合は、 テキストエディタで開く をクリックした際に、V8までの 機能を使用します。入っていない場合は、 でEditorに設定したプログラムを使います。
- Zipの解凍に旧式(V8以前)のコードを使用
- リモートジョブにおいて、リモートサーバから作業ディレクトリのzipファイルをgetし解凍する際に使うコードを指定します。 旧式のコードは巨大なファイル（数百 MB以上）の解凍時にエラーを出します。
- Xyzファイルの保存に旧式(V9以前)のフォーマットを使用
- xyzファイル形式で保存する場合に、V9以前でデフォルトとしていたヘッダのないxyzファイルとして保存します。
- ChemDrawのMOL形式を読み込み後結合長と水素を自動調整
- ChemDrawのMOL形式を読み込み後結合長と水素を自動調整します。
- 編集タブ
- 結合判定係数
- 原子間距離から共有結合の有無を判定する際の閾値を設定します。
- 編集中にZ-Matrixの結合関係を保持
- チェックされている場合は、分子構造の編集時にZ-Matrixの結合関係が変わらないようにします。
- MOL保存時に芳香環を単+二重結合に変換
- MOLファイルの保存時に、芳香環を単結合と二重結合の組み合わせに変更してから出力します。
- 結合除外リスト
- 結合を自動生成する機能において、特定元素間の結合を生成したくない場合に本機能を使います。 まず Add ボタンを押します。 次に、リストの下にある2つのプルダウンメニューで結合を除外したい2つの元素を選択し、 Apply ボタンを押します。 その後、 結合を再生成 などを適用すると指定した元素間の結合が切断されます。 元に戻す場合は、リストの中から設定を解除したい行を選択して Delete ボタンを押します。
- ペーストした原子にマーカーを移動する。
- チェックした場合は、 グループを貼り付け を使用した際に、ペーストした原子にマーカーを移動します。
- 座標表示エリアに表示する最大原子数
- 座標表示エリアに座標を表示する最大原子数を設定します。
- Z-Matrixを自動生成する最大原子数
- Z-Matrixを自動生成する最大原子数を設定します。
- 結合を自動生成する最大原子数
- 結合を自動生成する処理が動作する最大原子数を設定します。
- 計算タブ
- MOPACをジョブマネージャで実行
チェックが入っている場合は、MOPACを実行する際に Winmostar Job Manager を使用します。 入っていない場合は、MOPACでの計算が終わるまでWinmostarは待ち状態となり、MOPACの出力結果は自動でメインウィンドウに読み込まれます。
ジョブマネージャで実行 からも設定することができます。
- その他のプログラムをジョブマネージャで実行
- MOPAC以外のプログラムの実行に、 Winmostar Job Manager を使用するか指定します。
- タイムアウト時間
- 時間のかかる処理のタイムアウト時間を設定します。
- デフォルト拡張子
- それぞれのソルバーの入力ファイルを作成する際にデフォルトで設定される拡張子を設定します。
- Gnuplotを使用してグラフを描画
- 一部のグラフ描画機能において、チェックした場合はGnuplotを使用します。チェックしていない場合はGraceを使用します。 GraceまたはGnuplotを用いるグラフ描画機能がWinmostarネイティブのグラフ描画機能に徐々に置き換わる予定です。 Gnuplotのファイルは、Winmostarネイティブのグラフ描画機能の Export ボタンから保存することができます。
- 計算を開始する前に確認を表示
- チェックした場合は各ソルバを実行する際に、確認ダイアログを表示します。
- リモートサーバ上のディレクトリ名に"wm_"を付ける
- チェックした場合はリモートジョブ実行の作業ディレクトリにユーザ名に"wm_"をつけたディレクトリ名を使用します。
- GAMESS計算後に強制的にスリープ
- チェックが入っている場合は、ローカルマシンでGAMESSを実行した後に強制的に指定秒数スリープします。計算直後にログの内容をその場で確認したいときに便利な機能です。
- AmberToolsで計算する電荷を自動調整
- acpypeまたはAmberToolsを利用してAM1/BCC、Gasteiger、RESP電荷を算出する際に、分子全体の電荷を厳密に整数値にします。この場合、分子内の最後の原子の電荷の値が微修正されます。
- 表示タブ
- 標準色
- 配色を、Winmostar、GaussView、Jmol、Rasmol、旧Winmostarから選択します。
- 色の設定
- 選択原子
- 選択している粒子の原子種の色を変更します。
- 結合
- 結合の色を変更します。
- 背景
- 背景の色を変更します。
- 背景(Viewer)
- Winmostar Viewerの背景の色を変更します。
- 文字
- 分子表示画面の文字の色を変更します。
- 選択原子のVDW半径
- 分子表示エリアでマーカーが付いた原子の元素について、VDW半径を変更します。
- 電荷表示スケール
ラベル/電荷 において電荷を表示する際の電荷の表示の大きさを調整します。
表示項目 からも設定することができます。
- キーワード表示エリアの文字サイズ
- キーワード表示エリアのフォントの大きさを指定します。
- マウスのスクロールの速さ
- 分子表示エリアにおけるマウスホイールによる拡大・縮小の速度を調整します。
- 奥行き表現
奥行き表現を使用するか設定します。
- 奥行き表現の強さ
- 奥行き表現に使用するフォグの濃さを調整します。
- 奥行き表現を有効にする最小原子数
- 設定した原子数以上の場合に奥行き表現を有効にします。
- 表示項目
分子表示エリアに表示する項目にチェックを入れます。
表示項目 からも設定することができます。
- ファイルを開いた後にセンタリング
- ファイルを開く際に自動で 選択原子を注視 にチェックを入れます。
- 特許出願用表示
- 特許出願の際に使用できるような白黒で階調のない表示にします。
- プログラムパスタブ
- 各種プログラムのインストールパスを指定します。