6.33. Winmostar Viewer¶
Winmostar Viewerは分子軌道などを表示する、描画に特化したWinmostarの付属ソフトウェアです。
MDのような多成分系で特定の成分だけを表示させることも可能です。
6.33.1. マウスの使い方¶
| 左ボタン+ドラッグ | 視点を回転させます。
ドラッグしながらマウスボタンを離すと回転し続けます。
|
| 右ボタン+上下ドラッグ | 縮小・拡大します。 |
| 左ボタン+右ボタン+ドラッグ | 上下･左右に移動します。 |
6.33.2. メニュー操作¶
6.33.2.1. Fileメニュー¶
- Open
- gld形式およびMOLDA形式のファイルを読み込みます。
- Save GLD
- 現在開いているGLD形式のファイルを名前を付けて保存します。
- Save MOLDA
- ウィンドウに表示されている構造をMOLDA形式で保存します。
- Save JPEG
- ウィンドウに表示されている内容をJPEGファイルとして保存します。
- Save JPEG (Stereo)
- 立体視用の左右の画面をJPEGファイルとして保存します。
- StereoPhoto Maker
- StereoPhotomakerを起動します。
- Exit
- Winmsotar Viewerを終了します。
6.33.2.2. Viewメニュー¶
- Representations
- 描画の詳細な調整を行う Representationsウィンドウ を表示します。
- Perspective
- 遠近法を使用します。
- Background Color
背景の色を指定します。
- Winmostar Viewer
- 背景の色を暗青色にします。
- Winmostar
- 背景の色をWinmostarのデフォルトの背景色にします。
- Black
- 背景の色を黒にします。
- White
- 背景の色を白にします。
- Model
表示するモデルを選択します。
- Ball-and-Stick Model
- 球棒モデルを表示します。
- Space-Filling Model
- 空間充填モデルを表示します。
- Stick Model
- 棒モデルを表示します。
- Wire Model
- ワイヤーモデルを表示します。
- Show SPace-Filling Model Overlapping
- 空間重点モデルを半透明で重ね合わせ表示する。
- Show Animation Control Panel
- アニメーション操作パネル を表示します。
- Copy Image
- ウィンドウに表示されている画像をクリップボードにコピーします。
6.33.2.3. Helpメニュー¶
- Help
- マウスの使い方を表示します。
- About Winmostar Viewer
- バージョンを表示します。
- Debug
- メモリ使用量など、デバッグ用の情報を表示します。
6.33.3. アニメーション操作パネル¶
Winmostar 3Dでアニメーションを表示すると、Winmostar 3Dのウィンドウの左上にアニメーション操作用のUIが表示されます。
- スライダー
- フレームを移動します。
- Once
- 最終フレームまで再生が到達したら再生をストップします。
- Loop
- 最終フレームまで再生が到達したら最初のフレームに戻って再生を繰り返します。
- Round
- 再生を往復で繰り返します。
- JPEG
- チェックを入れた状態で再生すると表示されている内容がJPEG形式で保存されます
- GIF
- チェックを入れた状態で再生すると表示されている内容がGIF形式で保存されます
- Close
- このパネルを閉じます。
6.33.4. Representationsウィンドウ¶
- Orbit/Rotation
左ドラッグで視点を回転させる際の回転方法を指定します。
- Orbit
- 自由に回転させます。
- X, Y or Z
- 画面内水平方向、画面内垂直方向、または画面に垂直方向の軸周りで回転させます。
- Periodic Boundary Condition
セルの外側に存在する分子の表示方法を指定します。
- None
- 元の座標のまま表示します。
- Atom
- 原子単位でセル内に構造が収まるよう表示します。
- Mol
- 分子単位でセル内に構造が収まるよう表示します。
- Molecule
- 本ウィンドウ中部の 1 から 9 を各分子に割り当てます。
- Composition
- 本ウィンドウ中部の 1 から 9 を（分子量が共通する）各分子種に割り当てます。
- 1 - 9
- チェックが付いた項目を表示します。プルダウンメニューの BS , SF , ST , WI はそれぞれBall-stick（棒球）モデル（デフォルト）、Space filling（空間充填）モデル、Stick（棒）モデル、ワイヤーモデルを意味します。
- Rainbow
- 分子ごとに異なる色で表示します。
- Gold
- 分子を金色で表示します。
- Stereo
- 立体視表示します。
- Enantiomer
- 元の構造とその鏡像体を表示します。
- Para
- 平行法で表示します。
- Cross
- 交差法で表示します。
- Anag
- アナグリフで表示します。（赤青のメガネを使用）
- Shift
- 分子間の距離を指定します。
- Rot
- 分子の回転する大きさを指定します。
- H
- チェックされている場合は、水素原子を表示します。
- Dummy
- チェックされている場合は、ダミー原子を表示します。
- Backbone
- チェックされている場合は、バックボーンのみを表示します。（タンパク質向け）
- Atom
- 原子の表示倍率を設定します。
- Bond
- 結合の表示倍率を設定します。
- Z-Clip
- Z方向のクリッピング位置を指定します。
- Surface Style
分子軌道などの等値面の表示方法を指定します。
- Mesh
- 等値面をメッシュ（格子）モデルで表示します。
- Solid
- 等値面をソリッドモデルで表示します。
- SmoothSolid
- 等値面を滑らかなソリッドモデルで表示します。
- Trans
- 等値面の透明度を指定します。 （0: 不透明、1: 透明）
- X, Y, Z
- 分子軌道などのメッシュ（スカラー場）情報が読み込まれた場合、チェックを入れた面に対しコンターマップ（等高線）を描画します。コンターマップの位置はスライダーで調整可能です。