6.1. メニュー¶
6.1.1. 新規¶
起動直後の状態に戻ります。
ヒント
Ctrl+N でも操作できます。
6.1.2. 開く¶
ファイルから分子構造をメインウィンドウに読み込みます。各種ソフトのフォーマットに対応しています。
ヒント
Ctrl+O でも操作できます。
6.1.4. プロジェクトを開く¶
プロジェクトファイル（拡張子wmpj）を開きます。
ヒント
Ctrl+Alt+O でも操作できます。
6.1.6. 再度読み込み¶
メインウィンドウのタイトルに表示されているファイルを再度読み込みます。
6.1.7. 追加読み込み¶
メインウィンドウに表示されている分子構造に、選択したファイルの分子構造を追加します。
6.1.9. 名前を付けて保存¶
メインウィンドウに表示されている分子構造を別名で保存します。
ファイル名およびファイルを含むフォルダ名（上位階層全て）は半角英数のみで記入することを推奨します。
- 全角英数、日本語などのマルチバイト文字、スペースが含まれる場合は、一部の処理で不具合がでることがあります。
- アンダースコアは使用可能です。
各種ソルバの入力ファイルを保存する場合は、 キーワード表示エリア と 座標表示エリア の内容を基にファイルが作成されます。
キーワード表示エリアに、保存したいソルバのキーワードが表示されていない場合は、キーワード設定ウィンドウが自動で開きます。 また、MOPAC、GAMESS、Gaussian、NWChemの場合は 座標出力形式を切り替え で選択されたフォーマットで座標が出力されます。
ヒント
Shift+Ctrl+S でも操作できます。
6.1.10. インポート¶
特定の形式の分子構造と、一部の計算結果ファイルを読み込みます。
6.1.10.1. SMILES¶
SMILES形式の文字列から分子構造を生成し、メインウィンドウに読み込みます。 Import SMILES ウィンドウが開いたら、 Enter SMILES の欄にSMILES形式の文字列を入力し、 Import を押してください。内部的にはBalloonまたはOpenBabelが使用されます。*_smiles_tmpという作業フォルダに中間ファイルが生成されます。
6.1.11. エクスポート¶
選択した形式でメインウィンドウに表示されている内容を出力します。
6.1.11.1. SMILES¶
メインウィンドウに表示されている分子構造をSMILES形式の文字列で出力します。メインウィンドウに複数分子表示されている場合は使用できません。Cygwin上でOpenBabelを使用します。「水素原子を補完してからSMILESを生成しますか？」のダイアログで「はい」の場合はOpenBabelを-bオプション付きでmol2形式経由で実行し、「いいえ」の場合はxyz形式経由で実行します。
警告
本機能を利用するためには CygwinWMのセットアップ が必要です。
6.1.11.2. 構造式¶
メインウィンドウに表示されている分子構造の構造式の画像をSVG形式で出力します。メインウィンドウに複数分子表示されている場合は使用できません。Cygwin上でOpenBabelを使用します。
警告
本機能を利用するためには CygwinWMのセットアップ が必要です。
6.1.11.3. 画像¶
メインウィンドウに表示されている内容をBMPまたはJPG形式で出力します。
6.1.11.4. VRML¶
メインウィンドウに表示されている分子構造をVRML形式で出力します。
6.1.11.5. CHARMM crd File¶
メインウィンドウに表示されている分子構造をCHARMMのcrd形式で座標を出力します。
6.1.12. テキストエディタで開く¶
メインウィンドウのタイトルに表示されるファイルを、環境設定ウィンドウにて選択したテキストエディタで開きます。
注釈
テキストエディタで編集後、再度読み込み を選択すると、変更をメインウィンドウに反映することができます。
6.1.13. エクスプローラで表示¶
メインウィンドウのタイトルに表示されているファイルの一階層上のディレクトリを開きます。
6.1.14. 座標出力形式を切り替え¶
6.1.15. 終了¶
Winmostarを終了します。