6.26. MO Plotウィンドウ

分子軌道、静電ポテンシャル、各種cubeファイルなどのボリュームデータの表示を調整します。

File ‣ Open メニュー
描画したいcubeファイルを選びます。
File ‣ Export VRML メニュー
VRML形式で出力し、そのファイルを開きます。
File ‣ Open Jmol メニュー
Jmolで表示します。
File ‣ Close メニュー
このウィンドウを閉じます。
Quantity プルダウンメニュー

描画する物理量を選択します。

  • MO
    Selected MO で選択された分子軌道の3次元分布です。
  • Surface
    VDW半径程度の距離（厳密ではありません）に描画される分子表面です。
  • ESP(Population Charge)
    ESP(Population Charge) はPopulation解析後の点電荷から算出する静電ポテンシャルの3次元分布です。 ESP よりも高速に動作します。複数種類の電荷が存在する場合は（高優先）ESP電荷＞Lowdin電荷＞NBO電荷＞User電荷＞Mulliken電荷（低優先）の順に使用されます。
  • ESP(Population Charge)/Surface
    ESP(Population Charge) の情報を、分子表面上で表示します。複数種類の電荷が存在する場合はESP(Population Charge)と同様に振る舞います。
  • MO/Surface
    MO の情報を、分子表面上で表示します。
  • Density
    電子密度の3次元分布です。
  • ESP
    電子状態計算で直接計算された静電ポテンシャルの3次元分布です。

ヒント

以下の手順で、 ESP/Surface に相当する、分子表面上でのESPを表示できます。（ただし、MOPACでは未対応）

  1. Dump cube file にチェックを入れ、 Quantity で Density を選択する。
  2. Draw ボタンを押と、 *_den.cube というファイルが生成される。
  3. Quantity で ESP を選択する。
  4. Draw ボタンを押と、 *_esp.cube というファイルが生成される。この処理員は数分掛かることがある。
  5. *_den.cube をWinmostarのメインウィンドウで開くと、 Cube Plot というウィンドウが開く。
  6. File 2 の横の ... ボタンをクリックし、 *_esp.cube を開く。
  7. Draw ボタンをクリックする。

ヒント

Windows版Gaussianに同梱されているCubegenプログラムをお持ちの場合は、 ESP の表示を高速化できます。 Cubeファイルを開いた際に出現する Cubegen ウィンドウにおいて、 Use Gaussian's cubegen チェックボックスにチェックを入れてください。

Selected MO
描画する分子軌道の番号を指定します。 Energy Level Diagramウィンドウ で分子軌道を選択するとこの場所に値がセットされます。
Show Diagram ボタン
Energy Level Diagramウィンドウ を表示します。
alpha/beta ボタン
スピンを選択します。
Draw Style プルダウンメニュー
等値面を格子(Mesh)またはソリッド(Solid)モデルで表示します。
Transparency
透明度を指定します。（0: 不透明、1: 透明）
Isosurface Value
描画する等値面の値を指定します。
Points
各辺の格子点数を指定します。
Scale
描く範囲を指定するスケーリング係数を指定します。
Draw boundary チェックボックス
cubeファイルの境界に線を描画します。Quantum ESPRESSO, OpenMXなどのバンド計算で主に使用します。
Draw contour Map チェックボックス
指定した断面において等高線を描画します。
Dump cube file チェックボックス
Draw ボタンを押したときに、描画と同時にcubeファイルを出力します。
Draw ボタン
ボリュームデータを Winmostar Viewer を用いて描画します。
Close ボタン
このウィンドウを閉じます。