6.7. メニュー¶
GAMESSに関するメニューです。
GAMESSを利用するためには別途GAMESSをインストールする必要があります。 GAMESSをインストールする方法は インストール に記載しています。
6.7.1. キーワード設定¶
GAMESSの計算条件を設定します。設定後、すぐに計算を実行する場合は Run ボタン、一旦メインウィンドウに戻る場合は OK ボタンを押してください。
Run をクリックしたときの挙動は (1) GAMESS実行, (2) GAMESS実行 を参照してください。
Reset ボタンでデフォルトの状態に戻ります。 Save as Default ボタンで現在の状態をデフォルトの状態として保存します。 で保存されてデフォルトの状態を出荷時の状態に戻します。
- Easy Setup
- 簡易設定画面を表示します。
- NCPUS
- 並列数を指定します。
- NODES (FireFly)
- 計算に使用するノードのディレクトリを指定します。
- Basicタブ
- $CONTRL
- ICHARG
- 電荷を指定します。
- MULT
- 多重度を指定します。
- SCFTYP
- SCF計算方法を指定します。
- RUNTYP
- 計算目的を選択します。
- COORD
- 分子構造データの形式を指定します。
- MAXIT
- SCF計算の反復回数の上限を指定します。
- NZVAR
- 内部座標の数を指定します。
- EXETYP
- 実際に計算を行うかどうかの指定で、入力をチェックするときはCHECKを指定します。
- NOSYM
- 計算の際に対称性を利用するかどうかを指定します。
- NPRINT
- 出力の詳細度を指定します。
- LOCAL
- 軌道の局在化の方法を指定します。（デフォルト 0 = しない）
- ECP
- Pseudopotentialを指定します。
- DFTTYP
- 密度汎関数法の基底関数系を指定します。
- TDDFT
- 時間依存(Time-dependent)DFT法を用いて励起状態のエネルギー計算を行うかどうかを指定します
- Others
- その他のキーワードを記入します。
- $BASIS
- Basis Set
- 基底関数系を選択します。GBASIS、NGAUSS、NDFUNC、NFFUNC、DIFFSP、DIFFSに反映されます。
- GBASIS
- 基底関数系の基本セット
- NGAUSS
- Gaussian関数の数
- EXTFIL
- 外部ファイルから基底関数を読み込みます。
- NDFUNC
- 加えるd-分極関数の数
- NFFUNC
- 加えるｆ-分極関数の数
- NPFUNC
- 加えるp-分極関数の数
- DIFFSP
- sp-diffuse関数を加えるかどうかの指定
- DIFFS
- s-diffuse関数を加えるかどうかの指定
- Others
- その他のキーワードを記入します。
- Advancedタブ
- $SYSTEM
- TIMLIM
- 計算の制限時間 （デフォルト 600分）
- MWORDS
- メモリー使用量 （デフォルト 1MW）
- Others
- その他のキーワードを記入します。
- $SCF
- DIRSCF
- ダイレクトSCF計算法を使用するかどうかを指定します。
- DAMP
- Fock 行列の作成に際して、Davidson damping を利用します。
- CONV
- SCF収束判定の際の密度変化の閾値を指定します。（デフォルト 1.0D-05）
- Others
- その他のキーワードを記入します。
- $GUESS
- GUESS
- 初期波動関数の求め方を指定します。
- Others
- その他のキーワードを記入します。
- $STATPT
- NSTEP
- 構造最適化のステップ数の上限を指定します。（デフォルト 20）
- OPTTOL
- エネルギー勾配の閾値を指定します。（デフォルト 0.0001 Hartree/Bohr）
- METHOD
- 構造最適化のアルゴリズムを指定します。
- HESS
- Hessian 行列の求め方を指定します。
- Others
- その他のキーワードを記入します。
- Z-Matrix
- Z-Matrixの設定を行います。
- DFT
- $DFT
- LC
- 長距離補正を行うかどうかを指定します。（BLYP, BOP及び BVWNの場合のみ）
- MU
- 長距離補正のパラメータの値を指定します。（デフォルト 0.33）
- Others
- その他のキーワードを記入します。
- $TDDFT
- NSTATE
- 求める状態の数（基底状態をのぞく)を指定します。
- NRAD
- 密度汎関数の導関数を求める際の動径方向の格子点の数を指定します。（デフォルト 48）
- NLEB
- 角度方向の格子点の数を指定します。（デフォルト 110）
- Others
- その他のキーワードを記入します。
6.7.2. キーワード読み込み¶
既存のGAMESSの入力ファイルから、キーワード（計算条件）のみを読み込みます。
6.7.3. punchファイルから読み込み¶
6.7.3.1. $VECを読み込み¶
$VECをpunchファイルから読み込みます。
6.7.3.2. $HESSを読み込み¶
$HESSをpunchファイルから読み込みます。
6.7.4. (1) GAMESS実行, (2) GAMESS実行¶
メインウィンドウでGAMESSの入力ファイルが開かれている場合は、そのファイルを使ってGAMESSを実行します。 開かれていない場合は、GAMESSの入力ファイルを保存した上でGAMESSを実行します。
入力ファイルを保存する際に、 座標出力形式を切り替え の選択肢（ Z-Matrix または XYZ ）および 座標表示エリア の Z-Matrix / XYZ タブの選択に応じて座標の出力フォーマットが変化します。
(1) GAMESS実行 , (2) GAMESS実行 の違いは、起動するGAMESSのプログラムパスです。 プログラムパスは、 で変更することができます。 (1) GAMESS実行 , (2) GAMESS実行 には、バージョンの異なるGAMESSなどを設定して、両者を場面に応じて使い分けながら使用することを想定しています。
外部基底関数ファイルを使用するには( $BASIS EXTFIL=.T. )、
basis.libをGAMESSのEXEファイルと同じディレクトリに置きます。 WinGAMESSの場合は、runscript.cshの中で setenv EXTBAS ../basis.lib と指定します。実行に伴い以下のファイルが生成されます。 例として入力ファイルが
water.inpの時のファイル/フォルダ名を併記しています。
種類 説明 water.out計算のログファイルです。 water.inp.batGAMESSを実行するためのバッチファイルです。 water.punジョブは Winmostar Job Manager を通じて実行されます。
6.7.5. ログを表示 (out,log)¶
outファイルをテキストエディタで開きます。
6.7.6. アニメーション¶
outファイルの情報から構造最適化、スキャン、IRC計算等のアニメーションを作成し表示します。
アニメーション表示の操作方法は Animationウィンドウ を参照してください。
6.7.7. 結果解析¶
6.7.7.1. 分子軌道, UV-Vis, 電荷, NMR¶
outファイルの情報から分子軌道, UV-Vis, 電荷, NMRの情報を取得し表示します。
読み込まれた電荷の情報は などを選択することで分子表示エリアに表示することができます。
サブウィンドウの操作方法は Energy Level Diagramウィンドウ , MO Plotウィンドウ , UV-Vis Spectrumウィンドウ , NMRウィンドウ を参照してください。
6.7.7.2. IR/ラマンスペクトル¶
outファイルを選択し、振動スペクトル（IRまたはラマンスペクトル）を表示します。
RUNTYP=HESSIAN のoutファイルからIRスペクトルを読み込ませた後、続けて本メニューで RUNTYP=RAMAN のoutラマンスペクトルを読み込ませると、両方のスペクトルを同時にサブウィンドウに表示することができます。
サブウィンドウの操作方法は IR Spectrumウィンドウ を参照してください。
6.7.7.3. RESP電荷¶
RESP法に基づく点電荷をpunchファイルから算出します。
読み込ませるpunchファイルは、 において RESP/ESP の設定を選んで実行した計算から出力されている必要があります。 スピン多重度は1という前提で処理されます。
「分子構造的に等価な原子に同じ電荷を割り当てますか？」と聞かれ、 はい をクリックすると内部的にはacpypeを、 いいえ をクリックすると内部的にはAmberToolsを直接使ってRESP電荷を算出しています。基本的には はい をクリックする方を推奨しますが、大きい分子の場合などに処理が正常終了しない場合があり、そのような場合は いいえ をクリックしてください。両者の計算結果は、大きくは変化しないことが期待されます。 いいえ を選択した後に分子構造的に等価な原子（例えばメチル基の3つの水素原子）の電荷を平均化したい場合は、 グループの電荷を平均化 を使用してください。
警告
本機能を利用するためには CygwinWMのセットアップ が必要です。
6.7.9. PIO解析¶
Paired Interacting Orbitals解析を実行します。 詳細は PIO解析ウィンドウ を参照してください。