チュートリアル

分子モデリング

キーワード 更新日 備考
有機分子 イソオクタン, フルオレン, カフェイン, 尿酸 2020年4月18日 動画あり
超分子 ベンゼン, 2量体 2020年3月2日 -
金属錯体 Ferrocene, Zn[saloph], Ru[Tris(2,2'-bipyridyl)] 2020年3月2日 -

結晶モデリング

キーワード 更新日 備考
基本操作 アナターゼ型TiO2結晶, スーパーセル 2020年3月12日 -
表面切り出し Fe (1 1 0)面 2020年3月26日 -
真空層挿入 Auスラブ 2020年3月2日 -

MOPAC

キーワード 更新日 備考
基礎編 プロピレン分子, 構造最適化, IR, 分子軌道, Mulliken電荷 2020年4月8日 -
遷移状態・IRC計算 ブロモエタン, 塩化物イオン, 化学反応解析, SN2反応, 気相反応, Minimum Energy Path, Intrinsic Reaction Coordinate, 遷移状態構造最適化 2020年5月12日 -
二面角スキャン ブタン, エネルギー曲面NEW 2020年3月27日 -
生成熱・活性化エネルギー ブタジエン, エチレン, Diels-Alder反応, 生成熱, 活性化エネルギー, 気相反応, 遷移状態構造最適化NEW 2020年4月9日 -

CNDO/S

キーワード 更新日 備考
基礎編 インディゴ分子, SMILES入力, UV-Visスペクトル 2020年3月2日 -

GAMESS

キーワード 更新日 備考
基礎編 プロピレン分子, 構造最適化, IR, ラマン, NMR, UV-Vis, 分子軌道, 静電ポテンシャル 2020年3月26日 動画あり
蛍光スペクトル計算 フルオレン, 蛍光スペクトル, 励起状態構造最適化NEW 2020年4月14日 -
溶媒効果 アセトン, 水溶液, 構造最適化, IRNEW 2020年5月12日 -
生成熱・活性化エネルギー ブロモエタン, 塩化物イオン, SN2反応, ブタジエン, エチレン, Diels-Alder反応, 生成熱, 活性化エネルギー, 気相反応, DMSO溶液中反応, 溶媒効果, 遷移状態構造最適化NEW 2020年5月19日 -
2量体計算(分散力補正) ベンゼン2量体, 分散力補正, π-π相互作用, B3LYP-D3NEW 2020年5月20日 -

Gaussian

キーワード 更新日 備考
基礎編 プロピレン分子, 構造最適化, IR, ラマン, NMR, UV-Vis, 分子軌道, 静電ポテンシャル 2020年3月26日 エコノミー・学生版非対応
遷移状態・IRC計算 ブロモエタン, 塩化物イオン, 化学反応解析, SN2反応, 気相反応, Minimum Energy Path, Intrinsic Reaction Coordinate, 遷移状態構造最適化 2020年4月1日 エコノミー・学生版非対応
蛍光スペクトル計算 フルオレン, 蛍光スペクトル, 励起状態構造最適化NEW 2020年4月14日 エコノミー・学生版非対応
溶媒効果 アセトン, 水溶液, 構造最適化, IRNEW 2020年5月14日 エコノミー・学生版非対応
2量体計算(分散力補正) ベンゼン2量体, 分散力補正, π-π相互作用, B3LYP-D3NEW 2020年5月20日 エコノミー・学生版非対応

NWChem

キーワード 更新日 備考
基礎編 プロピレン分子, 構造最適化, IR, ラマン, NMR, UV-Vis, 分子軌道, 静電ポテンシャル 2020年3月26日 -
NEB法 クロロエタン, 化学反応解析, SN2反応, 気相反応, Nudged Elastic Band, 遷移状態探索 2020年3月2日 エコノミー・学生版非対応
2量体計算(分散力補正) ベンゼン2量体, 分散力補正, π-π相互作用, B3LYP-D3NEW 2020年5月20日 -

Gromacs

キーワード 更新日 備考
シミュレーションセルの作成 - - ユーザマニュアルに統合
基礎編 テトラヒドロフラン, 液体, 各種熱力学量, アニメーション, 動径分布関数, 平均二乗変位, 自己拡散係数, 比熱 2020年4月24日 動画あり
タンパク系 リゾチーム, PDB, 水素付加, 溶媒配置, イオン追加, 分子の固定, RMSD 2020年4月6日 -
蒸気圧・表面張力 水, 気液界面, 相平衡, 表面張力, 蒸気圧, 密度分布 2020年3月2日 エコノミー・学生版非対応
界面張力 水, ベンゼン, 液液界面, 界面張力, 相平衡, AM1-BCC電荷, 密度分布, 界面ビルダ 2020年3月2日 エコノミー・学生版非対応
誘電率・粘度 水, 液体, 誘電率, 粘度, 温度・密度の自動スケーリング 2020年3月2日 エコノミー・学生版非対応
溶解度/χ/DPDパラメータ 水, ベンゼン, Hildebrandの溶解度パラメータ, SP値, χパラメータ, DPD aijパラメータ, 凝集エネルギー, AM1-BCC電荷 2020年3月2日 エコノミー・学生版非対応
溶媒和自由エネルギー(ER法) エタノール, AM1-BCC電荷, 水和, 希釈溶液, エネルギー表示法, ERmod 2020年3月2日 エコノミー・学生版非対応
溶媒和自由エネルギー(BAR法) エタノール, AM1-BCC電荷, 水和, 希釈溶液, Bennett Acceptance Ratio法 2020年3月2日 エコノミー・学生版非対応

LAMMPS

キーワード 更新日 備考
シミュレーションセルの作成 - - ユーザマニュアルに統合
基礎編 テトラヒドロフラン, 液体, 各種熱力学量, アニメーション, 動径分布関数, 平均二乗変位, 自己拡散係数, 比熱 2020年5月12日 -
固体壁を含む系 グラフェン, 水, 界面ビルダ, 不均一核生成, 固液界面系, 固体壁の固定, 吸着 2020年3月2日 エコノミー・学生版非対応
熱伝導率・粘度 水, 液体, 熱伝導率, 粘度, 温度・密度の自動スケーリング, 自己相関関数, Green-Kubo式 2020年3月2日 エコノミー・学生版非対応
融点計算 シリコン, 界面ビルダ, Tersoff, 固液界面系, 相平衡, 融点, NPH一定計算 2020年3月2日 エコノミー・学生版非対応
ガラス転移温度(ポリマー) ポリプロピレン, ポリマーメルト, AM1-BCC電荷, ポリマービルダ, アニーリング計算, 比体積, ガラス転移温度, Tg 2020年3月2日 エコノミー・学生版非対応
伸長計算(ポリマー) ポリエチレン, ポリマーメルト, AM1-BCC電荷, ポリマービルダ, 破壊, ひずみ-応力曲線, SS曲線 2020年3月2日 エコノミー・学生版非対応
線膨張率(固体) シリコン, 結晶ビルダ, Tersoff, アニーリング計算, 線膨張率 2020年3月2日 エコノミー・学生版非対応
伸長計算(固体) アルミ, 結晶ビルダ, EAM, スーパーセル, 欠陥, ひずみ-応力曲線, SS曲線 2020年3月2日 エコノミー・学生版非対応
散逸粒子動力学 ジブロックコポリマー, DPD, モルフォロジ, 散乱関数, ラメラ構造 2020年3月2日 エコノミー・学生版非対応

Amber

キーワード 更新日 備考
基礎編 シニョリン, 溶媒配置, PDB, 各種熱力学量, アニメーション 2019年7月8日 エコノミー・学生版非対応

Quantum ESPRESSO

キーワード 更新日 備考
基礎編 シリコン, SCF計算, バンド構造, 状態密度, 部分状態密度, 電子密度 2020年3月17日 動画あり
構造最適化 ルチル型酸化チタン, 構造最適化, アニメーション 2020年3月17日 -
Car-Parrinello MD メタン分子, Γ点, CPMD, アニメーション, エネルギー, 温度制御 2020年3月17日 エコノミー・学生版非対応
Born-Oppenheimer MD メタン分子, Γ点, BOMD, アニメーション, エネルギー, 温度制御 2020年4月6日 エコノミー・学生版非対応
仕事関数 金, スラブモデル, 結晶ビルダ, 仕事関数, ポテンシャル分布, ESM法 2020年3月17日 -
ESM法 アルミ, スラブモデル, 結晶ビルダ, constant-N計算, constant-mu計算, フェルミエネルギー 2020年3月26日 エコノミー・学生版非対応
フォノン計算(DFPT法) シリコン, フォノン計算, ph.x, IR, Raman, 誘電率, 振動, フォノンバンド, フォノン状態密度 2020年3月17日 -
フォノン計算(Phonopy) シリコン, フォノン計算, Phonopy, フォノンバンド, フォノン状態密度, 熱特性 2020年3月2日 エコノミー・学生版非対応
誘電関数 シリコン, 誘電関数, epsilon.x 2020年3月17日 -
フェルミ面 銅, FCC, フェルミ面, FermiSurfer 2020年3月17日 -
スピン分極計算 鉄, BCC, スピン分極計算, Up/downスピン, バンド構造, 状態密度, 部分状態密度, 強磁性体 2020年3月17日 -
NEB法 銅, スラブモデル, 表面吸着モデル, 部分構造を固定した構造最適化計算, NEB, 遷移状態, 表面拡散 2020年3月17日 エコノミー・学生版非対応
BoltzTraP Mg2Si, FCC, ゼーベック係数, 電気伝導率, 電子熱伝導率 2020年4月6日 エコノミー・学生版非対応

OpenMX

キーワード 更新日 備考
基礎編 ダイアモンド, SCF計算, バンド構造, 状態密度, 部分状態密度, 電子密度 2020年3月2日 -
分子動力学計算 メタン分子, アニメーション, エネルギー, 温度制御 2020年3月2日 -

FDMNES

キーワード 更新日 備考
XANESスペクトル 銅, FCC, XANESスペクトル 2020年3月2日 -

DCDFTBMD

キーワード 更新日 備考
構造最適化計算 スチレン分子, 構造最適化, アニメーション 2019年5月10日 アドオンが必要
分子動力学計算 水酸化物イオン, ホッピング拡散, グロタス機構, 動径分布関数, 平均二乗変位, 自己拡散係数 2019年6月7日 アドオンが必要

Fragment ER

キーワード 更新日 備考
結合自由エネルギー計算 NAMD, リゾチーム, PDB, タンパク-リガンド系, エネルギー表示法 2017年8月2日 アドオンが必要

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