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旧版WinmostarのFlash動画によるチュートリアル集。

分子モデリング

有機分子

超分子

金属錯体

結晶ビルダ

基本操作

表面切り出し

真空層挿入

MOPAC

基礎編

インディゴ分子, SMILES入力, 分子軌道

MEP・IRC計算

クロロエタン, 化学反応解析, SN2反応, 気相反応, Minimum Energy Path, Intrinsic Reaction Coordinate, 遷移状態探索

CNDO/S

基礎編

インディゴ分子, SMILES入力, UV-Visスペクトル

GAMESS

基礎編

プロピレン分子, 構造最適化, IR, ラマン, NMR, UV-Vis, 分子軌道, 静電ポテンシャル

Gaussian

基礎編

プロピレン分子, 構造最適化, IR, ラマン, NMR, UV-Vis, 分子軌道, 静電ポテンシャル

MEP・IRC計算

クロロエタン, 化学反応解析, SN2反応, 気相反応, Minimum Energy Path, Intrinsic Reaction Coordinate, 遷移状態探索

NWChem

基礎編

プロピレン分子, 構造最適化, IR, ラマン, NMR, UV-Vis, 分子軌道, 静電ポテンシャル

NEB法

クロロエタン, 化学反応解析, SN2反応, 気相反応, Nudged Elastic Band, 遷移状態探索

Gromacs

シミュレーションセルの作成

RESP電荷, AM1-BCC電荷, 固液界面, タンパク-リガンド系

基礎編

テトラヒドロフラン, 液体, 各種熱力学量, アニメーション, 動径分布関数, 平均二乗変位, 自己拡散係数, 比熱

タンパク系

リゾチーム, PDB, 水素付加, 溶媒配置, イオン追加, 分子の固定, RMSD

蒸気圧・表面張力

水, 気液界面, 相平衡, 表面張力, 蒸気圧, 密度分布

界面張力

水, ベンゼン, 液液界面, 界面張力, 相平衡, AM1-BCC電荷, 密度分布, 界面ビルダ

誘電率・粘度

水, 液体, 誘電率, 粘度, 温度・密度の自動スケーリング

溶解度/χ/DPDパラメータ

水, ベンゼン, Hildebrandの溶解度パラメータ, SP値, χパラメータ, DPD aijパラメータ, 凝集エネルギー, AM1-BCC電荷

溶媒和自由エネルギー(ER法)

エタノール, AM1-BCC電荷, 水和, 希釈溶液, エネルギー表示法, ERmod

溶媒和自由エネルギー(BAR法)

エタノール, AM1-BCC電荷, 水和, 希釈溶液, Bennett Acceptance Ratio法

LAMMPS

シミュレーションセルの作成

RESP電荷, AM1-BCC電荷, 固液界面, タンパク-リガンド系

基礎編

テトラヒドロフラン, 液体, 各種熱力学量, アニメーション, 動径分布関数, 平均二乗変位, 自己拡散係数, 比熱

固体壁を含む系

グラフェン, 水, 界面ビルダ, 不均一核生成, 固液界面系, 固体壁の固定, 吸着

熱伝導率・粘度

水, 液体, 熱伝導率, 粘度, 温度・密度の自動スケーリング, 自己相関関数, Green-Kubo式

融点計算

シリコン, 界面ビルダ, Tersoff, 固液界面系, 相平衡, 融点, NPH一定計算

ガラス転移温度(ポリマー)

ポリプロピレン, ポリマーメルト, AM1-BCC電荷, ポリマービルダ, アニーリング計算, 比体積, ガラス転移温度, Tg

伸長計算(ポリマー)

ポリエチレン, ポリマーメルト, AM1-BCC電荷, ポリマービルダ, 破壊, ひずみ-応力曲線, SS曲線

線膨張率(固体)

シリコン, 結晶ビルダ, Tersoff, アニーリング計算, 線膨張率

伸長計算(固体)

アルミ, 結晶ビルダ, EAM, スーパーセル, 欠陥, ひずみ-応力曲線, SS曲線

散逸粒子動力学

ジブロックコポリマー, DPD, モルフォロジ, 散乱関数, ラメラ構造

Amber

基礎編

シニョリン, 溶媒配置, PDB, 各種熱力学量, アニメーション

Quantum ESPRESSO

基礎編

シリコン, SCF計算, バンド構造, 状態密度, 部分状態密度, 電子密度

構造最適化

ルチル型酸化チタン, 構造最適化, アニメーション

Car-Parrinello MD

メタン分子, Γ点, CPMD, アニメーション, エネルギー, 温度制御

Born-Oppenheimer MD

メタン分子, Γ点, BOMD, アニメーション, エネルギー, 温度制御

仕事関数

金, スラブモデル, 結晶ビルダ, SCF計算, 仕事関数, ポテンシャル分布, ESM法

ESM法

アルミ, スラブモデル, 結晶ビルダ, SCF計算, constant-N計算, constant-mu計算, フェルミエネルギー

フォノン計算

シリコン, SCF計算, フォノン計算, ph.x, IR, Raman, 誘電率, 振動, フォノンバンド, フォノン状態密度

誘電関数

シリコン, SCF計算, 誘電関数, epsilon.x

フェルミ面

銅, FCC, SCF計算, フェルミ面, FermiSurfer

スピン分極計算

鉄, BCC, SCF計算, スピン分極計算, Up/downスピン, バンド構造, 状態密度, 部分状態密度, 強磁性体

NEB法

銅, スラブモデル, 表面吸着モデル, 部分構造を固定した構造最適化計算, NEB, 遷移状態, 表面拡散

OpenMX

基礎編

ダイアモンド, SCF計算, バンド構造, 状態密度, 部分状態密度, 電子密度

分子動力学計算

メタン分子, アニメーション, エネルギー, 温度制御

FDMNES

XANESスペクトル

銅, FCC, XANESスペクトル, XANESスペクトル

BoltzTraP

基礎編

Mg2Si, FCC, Quantum ESPRESSO, ゼーベック係数, 電気伝導率, 電子熱伝導率

Phonopy

基礎編

Si, FCC, Quantum ESPRESSO, フォノンバンド、フォノン状態密度、熱特性

DCDFTBMD

構造最適化計算

スチレン分子, 構造最適化, アニメーション

分子動力学計算

水酸化物イオン, ホッピング拡散, グロタス機構, 動径分布関数, 平均二乗変位, 自己拡散係数

Fragment ER

結合自由エネルギー計算

NAMD, リゾチーム, PDB, タンパク-リガンド系, エネルギー表示法

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